# TARGET T0514 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.005 0.006 0.008 0.211 0.743 2 S 0.062 0.020 0.007 0.010 0.211 0.689 3 L 0.082 0.022 0.009 0.014 0.186 0.687 4 T 0.180 0.038 0.014 0.015 0.169 0.584 5 E 0.380 0.021 0.020 0.015 0.136 0.427 6 T 0.568 0.013 0.024 0.030 0.157 0.209 7 Y 0.544 0.014 0.016 0.012 0.186 0.228 8 G 0.416 0.008 0.008 0.006 0.284 0.278 9 L 0.461 0.004 0.010 0.005 0.246 0.275 10 W 0.830 0.007 0.005 0.004 0.064 0.090 11 S 0.959 0.002 0.002 0.002 0.013 0.022 12 I 0.980 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 13 N 0.951 0.001 0.001 0.004 0.012 0.030 14 C 0.856 0.003 0.001 0.002 0.028 0.108 15 G 0.765 0.003 0.002 0.001 0.067 0.161 16 I 0.666 0.027 0.009 0.004 0.114 0.179 17 Q 0.277 0.020 0.015 0.005 0.643 0.040 18 E 0.084 0.005 0.016 0.006 0.832 0.058 19 G 0.028 0.002 0.007 0.002 0.863 0.098 20 K 0.331 0.024 0.004 0.002 0.499 0.140 21 K 0.700 0.011 0.002 0.002 0.056 0.229 22 V 0.944 0.008 0.001 0.001 0.013 0.033 23 C 0.964 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 24 F 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 25 M 0.931 0.001 0.002 0.002 0.017 0.046 26 H 0.870 0.003 0.002 0.005 0.031 0.089 27 R 0.843 0.003 0.003 0.005 0.043 0.103 28 Q 0.804 0.004 0.007 0.006 0.058 0.120 29 E 0.827 0.009 0.009 0.007 0.062 0.087 30 V 0.693 0.041 0.008 0.009 0.099 0.149 31 N 0.170 0.018 0.013 0.012 0.718 0.069 32 D 0.027 0.003 0.055 0.011 0.865 0.039 33 Q 0.013 0.002 0.064 0.016 0.857 0.048 34 N 0.055 0.016 0.035 0.004 0.789 0.100 35 R 0.119 0.008 0.002 0.001 0.149 0.722 36 V 0.608 0.015 0.001 0.001 0.055 0.321 37 V 0.926 0.003 0.001 0.001 0.011 0.060 38 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 39 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 M 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 41 S 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 43 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 44 L 0.899 0.007 0.001 0.001 0.012 0.081 45 N 0.268 0.010 0.001 0.001 0.703 0.017 46 A 0.012 0.001 0.006 0.001 0.973 0.007 47 D 0.002 0.001 0.008 0.001 0.985 0.005 48 G 0.048 0.006 0.007 0.001 0.928 0.011 49 V 0.511 0.020 0.003 0.001 0.133 0.333 50 V 0.885 0.025 0.001 0.001 0.020 0.070 51 S 0.935 0.002 0.001 0.001 0.014 0.049 52 G 0.964 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 53 N 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 54 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 55 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 56 V 0.953 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 57 P 0.773 0.005 0.002 0.001 0.110 0.110 58 F 0.430 0.011 0.007 0.003 0.329 0.221 59 G 0.282 0.008 0.019 0.004 0.450 0.237 60 I 0.698 0.016 0.014 0.003 0.158 0.110 61 L 0.774 0.015 0.009 0.003 0.065 0.135 62 V 0.631 0.045 0.008 0.003 0.103 0.210 63 S 0.327 0.015 0.008 0.001 0.534 0.114 64 K 0.106 0.004 0.011 0.001 0.772 0.106 65 P 0.135 0.002 0.011 0.001 0.682 0.168 66 V 0.840 0.013 0.002 0.001 0.102 0.043 67 R 0.933 0.002 0.001 0.001 0.014 0.051 68 L 0.970 0.003 0.001 0.001 0.006 0.021 69 Q 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 70 V 0.927 0.004 0.001 0.001 0.009 0.060 71 D 0.694 0.005 0.001 0.001 0.270 0.029 72 E 0.146 0.003 0.006 0.004 0.791 0.051 73 G 0.028 0.002 0.009 0.004 0.917 0.041 74 K 0.263 0.020 0.009 0.002 0.647 0.058 75 A 0.545 0.013 0.011 0.006 0.121 0.304 76 V 0.828 0.016 0.016 0.014 0.051 0.076 77 I 0.877 0.003 0.011 0.023 0.028 0.058 78 E 0.894 0.004 0.003 0.019 0.021 0.058 79 T 0.670 0.008 0.003 0.033 0.061 0.224 80 G 0.418 0.005 0.005 0.033 0.104 0.434 81 I 0.535 0.005 0.008 0.016 0.091 0.345 82 R 0.760 0.007 0.013 0.016 0.067 0.138 83 T 0.761 0.015 0.015 0.012 0.085 0.113 84 C 0.500 0.040 0.014 0.013 0.164 0.269 85 V 0.156 0.024 0.012 0.007 0.710 0.090 86 P 0.030 0.003 0.054 0.009 0.862 0.042 87 A 0.029 0.002 0.072 0.012 0.839 0.046 88 G 0.350 0.026 0.081 0.010 0.495 0.039 89 C 0.694 0.018 0.019 0.011 0.109 0.149 90 I 0.792 0.030 0.016 0.015 0.056 0.092 91 V 0.679 0.013 0.016 0.028 0.086 0.179 92 P 0.576 0.009 0.022 0.025 0.115 0.254 93 I 0.338 0.015 0.048 0.033 0.197 0.368 94 V 0.198 0.030 0.051 0.038 0.276 0.407 95 F 0.075 0.021 0.037 0.058 0.316 0.493 96 D 0.023 0.006 0.011 0.102 0.215 0.642 97 K 0.001 0.001 0.022 0.931 0.027 0.018 98 N 0.001 0.001 0.014 0.969 0.010 0.006 99 Y 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 100 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 101 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 103 L 0.001 0.001 0.006 0.971 0.019 0.003 104 R 0.002 0.001 0.006 0.926 0.061 0.004 105 A 0.002 0.001 0.013 0.756 0.181 0.047 106 G 0.006 0.002 0.013 0.025 0.598 0.355 107 K 0.072 0.006 0.011 0.002 0.438 0.470 108 H 0.566 0.005 0.004 0.001 0.117 0.306 109 L 0.932 0.002 0.001 0.001 0.018 0.047 110 K 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 111 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 112 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 113 M 0.967 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 114 T 0.882 0.003 0.001 0.001 0.026 0.087 115 I 0.630 0.011 0.003 0.001 0.109 0.246 116 A 0.239 0.022 0.007 0.003 0.309 0.419 117 A 0.055 0.012 0.016 0.003 0.791 0.123 118 P 0.014 0.009 0.044 0.010 0.822 0.101 119 G 0.010 0.006 0.041 0.010 0.772 0.160 120 E 0.054 0.034 0.036 0.008 0.603 0.265 121 P 0.056 0.037 0.022 0.010 0.273 0.602 122 P 0.081 0.049 0.045 0.012 0.334 0.478 123 L 0.218 0.051 0.062 0.020 0.358 0.290 124 N 0.263 0.026 0.021 0.013 0.366 0.311 125 D 0.162 0.007 0.015 0.009 0.393 0.414 126 L 0.179 0.013 0.006 0.005 0.271 0.527 127 F 0.333 0.021 0.008 0.008 0.192 0.438 128 V 0.508 0.051 0.012 0.019 0.122 0.288 129 Q 0.444 0.055 0.017 0.042 0.139 0.304 130 L 0.213 0.029 0.046 0.136 0.231 0.345 131 N 0.070 0.011 0.033 0.169 0.351 0.367 132 G 0.030 0.006 0.058 0.375 0.242 0.289 133 F 0.008 0.003 0.020 0.890 0.045 0.035 134 S 0.005 0.002 0.011 0.932 0.028 0.022 135 N 0.002 0.001 0.009 0.962 0.017 0.009 136 A 0.002 0.001 0.006 0.974 0.011 0.007 137 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.008 0.007 138 N 0.001 0.001 0.004 0.976 0.009 0.010 139 R 0.001 0.001 0.003 0.981 0.007 0.008 140 L 0.001 0.001 0.005 0.965 0.011 0.018 141 I 0.002 0.001 0.011 0.963 0.015 0.008 142 A 0.002 0.001 0.012 0.958 0.017 0.011 143 L 0.003 0.001 0.010 0.873 0.027 0.087 144 Q 0.005 0.003 0.009 0.695 0.044 0.244 145 K 0.008 0.003 0.008 0.306 0.080 0.596