# TARGET T0514 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.006 0.789 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.122 0.019 0.021 0.025 2 S 0.003 0.034 0.755 0.003 0.012 0.006 0.002 0.001 0.012 0.027 0.022 0.023 0.102 3 L 0.009 0.056 0.524 0.010 0.015 0.012 0.005 0.001 0.034 0.073 0.015 0.090 0.156 4 T 0.013 0.017 0.437 0.095 0.020 0.008 0.006 0.001 0.032 0.076 0.018 0.083 0.195 5 E 0.008 0.008 0.297 0.018 0.014 0.006 0.003 0.001 0.035 0.161 0.023 0.315 0.111 6 T 0.007 0.024 0.221 0.012 0.009 0.006 0.004 0.001 0.036 0.064 0.029 0.076 0.511 7 Y 0.020 0.032 0.211 0.073 0.017 0.009 0.004 0.001 0.011 0.108 0.172 0.204 0.138 8 G 0.068 0.010 0.183 0.038 0.011 0.006 0.003 0.001 0.006 0.197 0.234 0.101 0.142 9 L 0.114 0.008 0.223 0.019 0.016 0.009 0.006 0.001 0.004 0.096 0.073 0.145 0.287 10 W 0.478 0.003 0.064 0.036 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.026 0.018 0.113 0.246 11 S 0.774 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.069 12 I 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.075 13 N 0.841 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.077 14 C 0.691 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 0.006 0.128 0.147 15 G 0.579 0.002 0.026 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.022 0.044 0.117 0.191 16 I 0.295 0.012 0.109 0.004 0.004 0.001 0.009 0.001 0.002 0.074 0.054 0.160 0.276 17 Q 0.063 0.020 0.181 0.007 0.017 0.003 0.004 0.001 0.001 0.096 0.259 0.184 0.164 18 E 0.004 0.003 0.075 0.009 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.067 0.786 0.014 0.024 19 G 0.003 0.004 0.137 0.023 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.291 0.498 0.016 0.016 20 K 0.012 0.007 0.545 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.214 0.036 0.091 0.080 21 K 0.045 0.021 0.347 0.004 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.045 0.003 0.133 0.373 22 V 0.201 0.013 0.081 0.027 0.001 0.001 0.059 0.003 0.013 0.007 0.001 0.135 0.456 23 C 0.516 0.002 0.028 0.055 0.001 0.001 0.112 0.006 0.009 0.003 0.001 0.165 0.102 24 F 0.670 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.089 0.004 0.007 0.002 0.001 0.142 0.074 25 M 0.654 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.065 0.001 0.005 0.002 0.001 0.068 0.186 26 H 0.552 0.001 0.025 0.036 0.001 0.001 0.024 0.001 0.006 0.004 0.002 0.241 0.107 27 R 0.434 0.001 0.032 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.012 0.002 0.119 0.366 28 Q 0.296 0.002 0.063 0.022 0.003 0.002 0.008 0.001 0.008 0.034 0.008 0.382 0.172 29 E 0.248 0.016 0.081 0.006 0.006 0.007 0.015 0.001 0.010 0.024 0.011 0.098 0.477 30 V 0.135 0.095 0.108 0.012 0.007 0.011 0.022 0.001 0.007 0.030 0.048 0.204 0.322 31 N 0.015 0.011 0.375 0.012 0.014 0.008 0.002 0.001 0.002 0.063 0.340 0.037 0.121 32 D 0.002 0.002 0.119 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.188 0.637 0.017 0.012 33 Q 0.001 0.002 0.060 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.125 0.766 0.009 0.010 34 N 0.002 0.003 0.188 0.014 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.553 0.185 0.014 0.027 35 R 0.022 0.009 0.405 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.089 0.015 0.329 0.119 36 V 0.081 0.022 0.071 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.014 0.001 0.028 0.750 37 V 0.365 0.002 0.031 0.069 0.001 0.001 0.040 0.001 0.005 0.002 0.001 0.414 0.072 38 V 0.730 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.072 0.001 0.003 0.001 0.001 0.042 0.135 39 A 0.823 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.034 40 M 0.881 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.053 41 S 0.863 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.031 42 V 0.831 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.119 43 V 0.787 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.126 0.052 44 L 0.483 0.023 0.017 0.002 0.001 0.001 0.020 0.001 0.005 0.010 0.002 0.081 0.358 45 N 0.027 0.014 0.502 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.053 0.026 0.097 0.266 46 A 0.001 0.001 0.027 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.882 0.010 0.011 47 D 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.938 0.002 0.002 48 G 0.001 0.001 0.174 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.652 0.150 0.010 0.006 49 V 0.014 0.015 0.548 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.115 0.020 0.135 0.145 50 V 0.025 0.040 0.063 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.024 0.827 51 S 0.101 0.002 0.038 0.677 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.126 0.041 52 G 0.500 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.322 0.137 53 N 0.624 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.038 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.293 54 L 0.263 0.001 0.013 0.011 0.001 0.001 0.061 0.001 0.008 0.001 0.001 0.610 0.032 55 T 0.244 0.002 0.022 0.004 0.001 0.001 0.083 0.003 0.021 0.003 0.001 0.016 0.601 56 V 0.148 0.002 0.077 0.015 0.001 0.001 0.032 0.001 0.018 0.013 0.001 0.648 0.045 57 P 0.067 0.008 0.238 0.012 0.003 0.003 0.016 0.001 0.045 0.036 0.021 0.029 0.521 58 F 0.028 0.009 0.209 0.030 0.032 0.017 0.011 0.004 0.042 0.142 0.334 0.094 0.048 59 G 0.115 0.011 0.129 0.029 0.051 0.013 0.019 0.004 0.021 0.174 0.243 0.066 0.124 60 I 0.088 0.029 0.212 0.007 0.032 0.008 0.021 0.010 0.051 0.113 0.046 0.234 0.147 61 L 0.045 0.093 0.305 0.020 0.019 0.010 0.020 0.010 0.028 0.055 0.036 0.069 0.289 62 V 0.016 0.051 0.500 0.079 0.015 0.008 0.006 0.003 0.010 0.086 0.049 0.053 0.124 63 S 0.004 0.015 0.490 0.033 0.055 0.012 0.001 0.001 0.005 0.199 0.108 0.045 0.032 64 K 0.001 0.003 0.081 0.024 0.062 0.005 0.001 0.001 0.001 0.274 0.539 0.006 0.005 65 P 0.004 0.002 0.229 0.027 0.038 0.001 0.001 0.001 0.005 0.085 0.576 0.009 0.022 66 V 0.080 0.011 0.388 0.006 0.004 0.001 0.022 0.005 0.066 0.065 0.005 0.145 0.203 67 R 0.314 0.008 0.062 0.016 0.001 0.001 0.079 0.012 0.107 0.013 0.001 0.165 0.221 68 L 0.282 0.003 0.024 0.014 0.001 0.001 0.165 0.088 0.180 0.003 0.001 0.147 0.095 69 Q 0.295 0.004 0.018 0.007 0.001 0.001 0.178 0.138 0.172 0.002 0.001 0.075 0.109 70 V 0.158 0.008 0.091 0.013 0.001 0.001 0.144 0.109 0.232 0.008 0.005 0.070 0.162 71 D 0.031 0.010 0.474 0.015 0.003 0.001 0.014 0.008 0.112 0.048 0.044 0.155 0.083 72 E 0.001 0.002 0.028 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.080 0.862 0.002 0.007 73 G 0.001 0.001 0.035 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.832 0.004 0.002 74 K 0.003 0.021 0.538 0.005 0.020 0.002 0.001 0.001 0.005 0.248 0.052 0.045 0.060 75 A 0.011 0.038 0.418 0.016 0.016 0.004 0.006 0.001 0.010 0.108 0.044 0.062 0.266 76 V 0.068 0.032 0.305 0.094 0.016 0.005 0.029 0.002 0.009 0.055 0.027 0.111 0.247 77 I 0.074 0.026 0.187 0.006 0.005 0.004 0.018 0.001 0.021 0.034 0.005 0.493 0.127 78 E 0.027 0.014 0.236 0.018 0.003 0.004 0.014 0.001 0.028 0.017 0.003 0.025 0.609 79 T 0.035 0.010 0.319 0.068 0.009 0.008 0.011 0.001 0.021 0.044 0.026 0.365 0.082 80 G 0.046 0.012 0.325 0.016 0.016 0.007 0.009 0.001 0.016 0.080 0.098 0.116 0.258 81 I 0.063 0.022 0.290 0.015 0.035 0.012 0.010 0.002 0.019 0.062 0.031 0.092 0.346 82 R 0.063 0.011 0.191 0.048 0.059 0.025 0.012 0.003 0.036 0.084 0.051 0.294 0.122 83 T 0.065 0.023 0.163 0.013 0.049 0.023 0.019 0.009 0.058 0.113 0.074 0.111 0.279 84 C 0.061 0.080 0.183 0.033 0.033 0.036 0.025 0.011 0.039 0.111 0.065 0.084 0.240 85 V 0.011 0.028 0.420 0.026 0.022 0.026 0.003 0.002 0.019 0.194 0.060 0.144 0.046 86 P 0.003 0.006 0.158 0.009 0.057 0.040 0.001 0.001 0.005 0.143 0.541 0.006 0.031 87 A 0.011 0.008 0.137 0.011 0.066 0.022 0.002 0.001 0.006 0.176 0.521 0.018 0.020 88 G 0.039 0.036 0.300 0.012 0.069 0.031 0.009 0.002 0.020 0.203 0.152 0.042 0.085 89 C 0.048 0.043 0.383 0.009 0.028 0.027 0.018 0.004 0.038 0.119 0.093 0.092 0.100 90 I 0.090 0.055 0.281 0.032 0.025 0.030 0.030 0.005 0.040 0.097 0.059 0.035 0.219 91 V 0.021 0.019 0.371 0.008 0.013 0.027 0.010 0.002 0.054 0.121 0.034 0.277 0.043 92 P 0.011 0.020 0.467 0.004 0.012 0.042 0.007 0.002 0.060 0.072 0.032 0.012 0.258 93 I 0.012 0.025 0.440 0.012 0.039 0.060 0.004 0.001 0.025 0.164 0.079 0.098 0.043 94 V 0.006 0.034 0.562 0.002 0.037 0.043 0.002 0.001 0.012 0.078 0.113 0.018 0.093 95 F 0.001 0.039 0.586 0.001 0.022 0.027 0.001 0.001 0.005 0.158 0.143 0.009 0.010 96 D 0.001 0.002 0.848 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.118 0.006 0.001 0.002 97 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 104 R 0.001 0.002 0.005 0.001 0.013 0.752 0.001 0.001 0.001 0.003 0.224 0.001 0.001 105 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.114 0.001 0.001 0.001 0.004 0.874 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.063 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.063 0.855 0.001 0.001 107 K 0.001 0.005 0.603 0.001 0.021 0.004 0.001 0.001 0.011 0.257 0.084 0.004 0.009 108 H 0.001 0.010 0.559 0.027 0.012 0.001 0.003 0.001 0.090 0.150 0.029 0.016 0.102 109 L 0.062 0.005 0.205 0.018 0.003 0.001 0.094 0.016 0.239 0.042 0.003 0.178 0.136 110 K 0.194 0.003 0.028 0.006 0.001 0.001 0.240 0.034 0.164 0.007 0.001 0.187 0.136 111 L 0.405 0.001 0.016 0.010 0.001 0.001 0.227 0.033 0.084 0.001 0.001 0.066 0.158 112 A 0.389 0.001 0.022 0.100 0.001 0.001 0.159 0.017 0.075 0.003 0.001 0.184 0.051 113 M 0.421 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.099 0.003 0.044 0.003 0.001 0.041 0.357 114 T 0.167 0.002 0.065 0.009 0.001 0.001 0.048 0.002 0.113 0.010 0.001 0.500 0.083 115 I 0.040 0.023 0.196 0.010 0.001 0.001 0.027 0.002 0.158 0.022 0.004 0.025 0.494 116 A 0.008 0.044 0.547 0.022 0.004 0.001 0.006 0.002 0.062 0.084 0.035 0.128 0.057 117 A 0.001 0.015 0.508 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.013 0.237 0.131 0.023 0.055 118 P 0.001 0.003 0.063 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.772 0.002 0.004 119 G 0.001 0.005 0.193 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.481 0.003 0.004 120 E 0.001 0.015 0.665 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.011 0.018 0.009 121 P 0.001 0.063 0.739 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.013 0.004 0.104 122 P 0.002 0.041 0.738 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.004 0.064 0.039 0.073 0.017 123 L 0.008 0.072 0.468 0.016 0.033 0.006 0.005 0.001 0.015 0.119 0.098 0.019 0.141 124 N 0.006 0.011 0.461 0.042 0.033 0.006 0.005 0.001 0.021 0.190 0.072 0.109 0.044 125 D 0.014 0.008 0.411 0.065 0.013 0.004 0.007 0.001 0.019 0.248 0.039 0.016 0.155 126 L 0.016 0.009 0.268 0.004 0.004 0.003 0.012 0.001 0.095 0.124 0.007 0.401 0.056 127 F 0.037 0.052 0.211 0.009 0.002 0.003 0.022 0.002 0.065 0.014 0.004 0.012 0.568 128 V 0.056 0.038 0.248 0.006 0.003 0.004 0.024 0.005 0.085 0.018 0.005 0.485 0.025 129 Q 0.003 0.008 0.586 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.048 0.019 0.002 0.007 0.320 130 L 0.001 0.001 0.032 0.001 0.405 0.444 0.001 0.001 0.003 0.007 0.102 0.002 0.002 131 N 0.001 0.002 0.015 0.001 0.399 0.345 0.001 0.001 0.002 0.020 0.212 0.002 0.001 132 G 0.001 0.003 0.015 0.001 0.395 0.378 0.001 0.001 0.002 0.013 0.191 0.001 0.001 133 F 0.001 0.004 0.050 0.001 0.045 0.858 0.001 0.001 0.002 0.014 0.026 0.001 0.001 134 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 135 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 139 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.019 0.001 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 141 I 0.001 0.001 0.017 0.001 0.026 0.924 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.027 0.875 0.001 0.001 0.001 0.010 0.071 0.001 0.001 143 L 0.001 0.001 0.027 0.001 0.022 0.742 0.001 0.001 0.001 0.011 0.195 0.001 0.001 144 Q 0.001 0.005 0.272 0.001 0.012 0.386 0.001 0.001 0.001 0.060 0.262 0.001 0.002 145 K 0.001 0.003 0.834 0.001 0.006 0.053 0.001 0.001 0.001 0.071 0.030 0.001 0.001