# TARGET T0514 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.536 0.126 0.058 0.085 0.056 0.044 0.037 0.023 0.018 0.011 0.006 2 S 0.309 0.281 0.085 0.158 0.083 0.036 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 3 L 0.077 0.060 0.021 0.064 0.086 0.109 0.166 0.150 0.123 0.091 0.053 4 T 0.189 0.196 0.069 0.202 0.153 0.087 0.057 0.023 0.013 0.007 0.003 5 E 0.160 0.092 0.117 0.161 0.125 0.092 0.096 0.058 0.047 0.031 0.021 6 T 0.124 0.189 0.093 0.243 0.138 0.080 0.072 0.031 0.017 0.009 0.005 7 Y 0.041 0.041 0.023 0.069 0.088 0.122 0.185 0.148 0.135 0.097 0.052 8 G 0.307 0.198 0.069 0.159 0.096 0.066 0.051 0.022 0.016 0.009 0.005 9 L 0.055 0.085 0.068 0.194 0.145 0.125 0.132 0.076 0.060 0.038 0.022 10 W 0.010 0.012 0.010 0.038 0.047 0.068 0.162 0.179 0.204 0.161 0.108 11 S 0.035 0.078 0.054 0.219 0.198 0.151 0.127 0.064 0.041 0.021 0.012 12 I 0.007 0.011 0.019 0.048 0.067 0.097 0.174 0.179 0.192 0.138 0.068 13 N 0.029 0.079 0.060 0.230 0.226 0.162 0.120 0.049 0.029 0.011 0.004 14 C 0.004 0.008 0.006 0.019 0.026 0.038 0.140 0.182 0.236 0.216 0.126 15 G 0.102 0.144 0.065 0.193 0.164 0.109 0.112 0.052 0.032 0.018 0.009 16 I 0.050 0.105 0.051 0.182 0.166 0.149 0.145 0.074 0.044 0.023 0.012 17 Q 0.299 0.217 0.084 0.141 0.092 0.064 0.050 0.023 0.016 0.009 0.005 18 E 0.403 0.205 0.068 0.135 0.078 0.047 0.037 0.014 0.007 0.003 0.001 19 G 0.763 0.148 0.021 0.035 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 20 K 0.089 0.147 0.059 0.206 0.183 0.142 0.097 0.041 0.022 0.010 0.004 21 K 0.186 0.202 0.089 0.206 0.135 0.084 0.056 0.021 0.011 0.006 0.003 22 V 0.010 0.021 0.023 0.086 0.114 0.150 0.229 0.153 0.115 0.066 0.033 23 C 0.005 0.007 0.006 0.023 0.038 0.077 0.207 0.222 0.203 0.147 0.065 24 F 0.008 0.025 0.037 0.131 0.142 0.149 0.191 0.130 0.100 0.056 0.030 25 M 0.006 0.006 0.011 0.021 0.022 0.034 0.104 0.154 0.220 0.244 0.177 26 H 0.007 0.016 0.025 0.102 0.125 0.141 0.204 0.146 0.121 0.074 0.038 27 R 0.009 0.028 0.033 0.095 0.112 0.128 0.213 0.159 0.126 0.070 0.026 28 Q 0.027 0.043 0.059 0.120 0.148 0.136 0.175 0.120 0.092 0.054 0.025 29 E 0.067 0.106 0.087 0.172 0.156 0.122 0.141 0.066 0.045 0.026 0.012 30 V 0.072 0.076 0.041 0.106 0.111 0.115 0.179 0.114 0.092 0.061 0.032 31 N 0.253 0.202 0.079 0.165 0.106 0.079 0.060 0.027 0.015 0.008 0.005 32 D 0.489 0.233 0.082 0.096 0.046 0.025 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 33 Q 0.379 0.207 0.072 0.134 0.078 0.053 0.044 0.017 0.010 0.005 0.002 34 N 0.412 0.178 0.062 0.135 0.092 0.055 0.036 0.014 0.009 0.005 0.003 35 R 0.027 0.099 0.069 0.206 0.208 0.157 0.131 0.054 0.030 0.013 0.006 36 V 0.014 0.030 0.027 0.108 0.145 0.185 0.234 0.116 0.075 0.043 0.022 37 V 0.003 0.005 0.007 0.029 0.051 0.089 0.177 0.175 0.193 0.160 0.112 38 V 0.002 0.002 0.003 0.011 0.016 0.030 0.146 0.210 0.246 0.217 0.118 39 A 0.002 0.006 0.015 0.066 0.077 0.117 0.179 0.166 0.156 0.125 0.091 40 M 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.009 0.049 0.113 0.242 0.332 0.242 41 S 0.002 0.006 0.011 0.060 0.102 0.152 0.229 0.187 0.139 0.077 0.035 42 V 0.001 0.003 0.006 0.007 0.008 0.012 0.057 0.107 0.230 0.308 0.262 43 V 0.003 0.012 0.019 0.108 0.177 0.172 0.222 0.136 0.094 0.042 0.016 44 L 0.009 0.033 0.023 0.101 0.120 0.144 0.224 0.150 0.107 0.060 0.029 45 N 0.027 0.050 0.034 0.162 0.212 0.179 0.165 0.091 0.052 0.021 0.006 46 A 0.274 0.171 0.061 0.152 0.095 0.084 0.078 0.041 0.024 0.013 0.007 47 D 0.662 0.188 0.041 0.064 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 48 G 0.454 0.175 0.030 0.093 0.059 0.057 0.050 0.031 0.024 0.016 0.011 49 V 0.219 0.264 0.061 0.175 0.111 0.062 0.048 0.025 0.018 0.011 0.008 50 V 0.055 0.053 0.027 0.097 0.113 0.149 0.182 0.114 0.102 0.066 0.042 51 S 0.063 0.105 0.060 0.207 0.200 0.132 0.109 0.059 0.035 0.019 0.010 52 G 0.027 0.023 0.017 0.068 0.099 0.126 0.192 0.165 0.134 0.091 0.056 53 N 0.023 0.056 0.056 0.189 0.201 0.167 0.140 0.074 0.049 0.028 0.018 54 L 0.003 0.002 0.003 0.008 0.010 0.019 0.074 0.140 0.234 0.273 0.235 55 T 0.012 0.024 0.020 0.081 0.107 0.122 0.190 0.158 0.133 0.087 0.067 56 V 0.004 0.006 0.004 0.012 0.013 0.021 0.073 0.128 0.221 0.254 0.264 57 P 0.018 0.027 0.020 0.078 0.094 0.118 0.163 0.143 0.145 0.108 0.086 58 F 0.018 0.021 0.015 0.049 0.052 0.067 0.146 0.156 0.181 0.166 0.130 59 G 0.118 0.072 0.048 0.142 0.128 0.116 0.118 0.086 0.073 0.054 0.045 60 I 0.016 0.029 0.021 0.066 0.080 0.105 0.186 0.154 0.154 0.112 0.078 61 L 0.058 0.088 0.052 0.130 0.126 0.121 0.150 0.094 0.083 0.058 0.040 62 V 0.004 0.004 0.003 0.010 0.014 0.021 0.060 0.094 0.179 0.226 0.384 63 S 0.146 0.188 0.107 0.216 0.157 0.082 0.057 0.023 0.014 0.006 0.004 64 K 0.370 0.161 0.048 0.186 0.102 0.063 0.042 0.015 0.007 0.004 0.002 65 P 0.238 0.120 0.056 0.191 0.139 0.101 0.071 0.036 0.022 0.015 0.011 66 V 0.003 0.006 0.003 0.022 0.038 0.079 0.177 0.185 0.207 0.170 0.111 67 R 0.024 0.111 0.076 0.334 0.237 0.125 0.061 0.018 0.007 0.003 0.002 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 0.076 0.210 0.320 0.356 69 Q 0.017 0.109 0.067 0.403 0.270 0.085 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.036 0.078 0.205 0.299 0.365 71 D 0.034 0.125 0.087 0.326 0.220 0.118 0.062 0.016 0.007 0.003 0.002 72 E 0.255 0.297 0.071 0.171 0.091 0.051 0.041 0.013 0.007 0.003 0.001 73 G 0.455 0.157 0.058 0.136 0.069 0.045 0.034 0.016 0.013 0.010 0.008 74 K 0.347 0.260 0.072 0.149 0.077 0.042 0.028 0.010 0.008 0.004 0.002 75 A 0.246 0.155 0.074 0.155 0.105 0.086 0.080 0.039 0.032 0.017 0.011 76 V 0.060 0.067 0.040 0.117 0.111 0.131 0.166 0.111 0.094 0.061 0.041 77 I 0.037 0.046 0.050 0.125 0.131 0.166 0.179 0.108 0.081 0.051 0.027 78 E 0.102 0.114 0.127 0.236 0.171 0.101 0.071 0.035 0.023 0.012 0.006 79 T 0.016 0.016 0.015 0.039 0.051 0.078 0.169 0.175 0.186 0.155 0.100 80 G 0.135 0.174 0.068 0.207 0.161 0.105 0.084 0.033 0.020 0.009 0.004 81 I 0.008 0.007 0.006 0.018 0.025 0.038 0.104 0.141 0.214 0.223 0.216 82 R 0.030 0.066 0.060 0.181 0.183 0.146 0.140 0.080 0.057 0.033 0.024 83 T 0.036 0.087 0.052 0.165 0.168 0.148 0.154 0.084 0.059 0.029 0.017 84 C 0.008 0.012 0.007 0.031 0.043 0.069 0.153 0.176 0.183 0.173 0.145 85 V 0.061 0.056 0.023 0.089 0.121 0.122 0.172 0.130 0.105 0.070 0.052 86 P 0.347 0.191 0.084 0.156 0.091 0.052 0.038 0.017 0.012 0.007 0.004 87 A 0.216 0.119 0.055 0.163 0.119 0.103 0.101 0.050 0.035 0.025 0.015 88 G 0.082 0.073 0.032 0.099 0.102 0.108 0.135 0.115 0.111 0.084 0.058 89 C 0.019 0.035 0.019 0.059 0.074 0.097 0.169 0.151 0.158 0.119 0.100 90 I 0.027 0.027 0.027 0.061 0.062 0.082 0.134 0.137 0.155 0.147 0.141 91 V 0.033 0.027 0.023 0.066 0.097 0.123 0.193 0.147 0.130 0.093 0.069 92 P 0.141 0.145 0.099 0.231 0.151 0.085 0.067 0.035 0.024 0.014 0.009 93 I 0.048 0.026 0.019 0.042 0.051 0.069 0.145 0.132 0.170 0.164 0.133 94 V 0.225 0.162 0.104 0.145 0.104 0.079 0.087 0.039 0.027 0.017 0.011 95 F 0.007 0.020 0.013 0.025 0.039 0.067 0.142 0.138 0.174 0.201 0.174 96 D 0.070 0.363 0.126 0.164 0.104 0.066 0.053 0.022 0.015 0.009 0.006 97 K 0.555 0.117 0.079 0.134 0.072 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 98 N 0.741 0.108 0.066 0.054 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.002 0.007 0.014 0.041 0.056 0.126 0.261 0.187 0.165 0.092 0.050 100 V 0.006 0.005 0.027 0.027 0.050 0.127 0.288 0.193 0.148 0.083 0.046 101 A 0.019 0.027 0.792 0.111 0.032 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.003 0.019 0.157 0.119 0.156 0.201 0.207 0.071 0.039 0.020 0.008 103 L 0.002 0.002 0.007 0.006 0.006 0.011 0.041 0.071 0.173 0.266 0.413 104 R 0.054 0.067 0.166 0.131 0.162 0.171 0.144 0.051 0.032 0.015 0.007 105 A 0.067 0.135 0.356 0.221 0.109 0.061 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 106 G 0.194 0.089 0.077 0.101 0.108 0.103 0.129 0.074 0.056 0.040 0.029 107 K 0.093 0.095 0.068 0.190 0.140 0.138 0.155 0.059 0.033 0.017 0.012 108 H 0.121 0.198 0.205 0.264 0.127 0.053 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 109 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.080 0.162 0.267 0.266 0.200 110 K 0.027 0.120 0.103 0.390 0.222 0.093 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.023 0.065 0.216 0.310 0.378 112 A 0.012 0.039 0.046 0.269 0.249 0.183 0.125 0.042 0.021 0.008 0.005 113 M 0.002 0.004 0.003 0.008 0.010 0.018 0.080 0.135 0.247 0.264 0.228 114 T 0.013 0.038 0.039 0.203 0.214 0.191 0.158 0.070 0.045 0.019 0.009 115 I 0.046 0.084 0.052 0.132 0.120 0.117 0.155 0.113 0.093 0.057 0.030 116 A 0.055 0.073 0.045 0.157 0.153 0.116 0.144 0.104 0.077 0.050 0.027 117 A 0.178 0.199 0.065 0.151 0.118 0.089 0.091 0.049 0.033 0.018 0.010 118 P 0.403 0.177 0.049 0.120 0.079 0.056 0.053 0.027 0.019 0.012 0.006 119 G 0.599 0.153 0.036 0.079 0.047 0.031 0.023 0.013 0.009 0.006 0.004 120 E 0.209 0.203 0.053 0.144 0.105 0.075 0.081 0.049 0.038 0.026 0.016 121 P 0.242 0.137 0.043 0.106 0.096 0.089 0.094 0.067 0.062 0.042 0.023 122 P 0.336 0.141 0.039 0.114 0.098 0.082 0.076 0.045 0.033 0.022 0.015 123 L 0.123 0.082 0.046 0.127 0.121 0.107 0.130 0.097 0.077 0.056 0.035 124 N 0.069 0.054 0.031 0.109 0.118 0.120 0.155 0.117 0.105 0.073 0.050 125 D 0.155 0.136 0.081 0.218 0.159 0.104 0.073 0.036 0.020 0.011 0.006 126 L 0.017 0.017 0.012 0.035 0.049 0.070 0.167 0.192 0.184 0.158 0.099 127 F 0.065 0.094 0.078 0.251 0.195 0.141 0.097 0.038 0.022 0.012 0.007 128 V 0.004 0.004 0.003 0.008 0.011 0.018 0.063 0.120 0.230 0.262 0.277 129 Q 0.010 0.079 0.056 0.177 0.160 0.136 0.156 0.092 0.066 0.037 0.030 130 L 0.009 0.008 0.006 0.015 0.022 0.040 0.109 0.145 0.223 0.220 0.205 131 N 0.144 0.107 0.079 0.202 0.172 0.116 0.090 0.039 0.025 0.014 0.009 132 G 0.009 0.047 0.030 0.103 0.111 0.127 0.179 0.137 0.115 0.087 0.057 133 F 0.001 0.003 0.006 0.009 0.011 0.016 0.059 0.104 0.210 0.261 0.321 134 S 0.055 0.035 0.072 0.148 0.158 0.194 0.197 0.066 0.043 0.021 0.011 135 N 0.049 0.076 0.348 0.261 0.138 0.067 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 136 A 0.001 0.003 0.009 0.013 0.015 0.036 0.126 0.145 0.208 0.221 0.224 137 L 0.002 0.001 0.009 0.010 0.016 0.043 0.171 0.187 0.241 0.196 0.125 138 N 0.018 0.026 0.658 0.172 0.069 0.033 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 139 R 0.003 0.015 0.146 0.116 0.163 0.243 0.216 0.057 0.025 0.012 0.005 140 L 0.003 0.003 0.021 0.009 0.007 0.014 0.066 0.111 0.233 0.297 0.236 141 I 0.019 0.024 0.138 0.127 0.142 0.176 0.225 0.083 0.043 0.018 0.006 142 A 0.029 0.042 0.749 0.108 0.043 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 143 L 0.028 0.039 0.083 0.070 0.094 0.160 0.265 0.115 0.074 0.048 0.023 144 Q 0.105 0.075 0.091 0.078 0.066 0.073 0.133 0.110 0.122 0.093 0.055 145 K 0.270 0.196 0.168 0.117 0.087 0.055 0.048 0.025 0.017 0.011 0.006