# TARGET T0514 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.170 0.186 0.313 0.073 0.147 0.013 0.020 0.030 0.008 0.039 0.001 2 S 0.128 0.334 0.289 0.087 0.075 0.029 0.021 0.009 0.023 0.005 0.001 3 L 0.095 0.384 0.340 0.038 0.061 0.043 0.007 0.002 0.024 0.003 0.001 4 T 0.261 0.333 0.196 0.113 0.032 0.032 0.007 0.002 0.022 0.002 0.001 5 E 0.073 0.341 0.243 0.027 0.247 0.017 0.019 0.007 0.016 0.009 0.001 6 T 0.140 0.510 0.204 0.049 0.040 0.026 0.004 0.002 0.022 0.002 0.002 7 Y 0.069 0.280 0.196 0.141 0.125 0.023 0.091 0.010 0.053 0.012 0.001 8 G 0.055 0.034 0.070 0.019 0.160 0.004 0.066 0.244 0.003 0.344 0.001 9 L 0.110 0.358 0.268 0.096 0.087 0.041 0.013 0.003 0.019 0.002 0.003 10 W 0.080 0.482 0.214 0.061 0.112 0.022 0.010 0.002 0.014 0.003 0.001 11 S 0.022 0.693 0.100 0.007 0.164 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 12 I 0.018 0.857 0.039 0.007 0.059 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 13 N 0.028 0.664 0.150 0.010 0.079 0.038 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 14 C 0.053 0.603 0.091 0.079 0.107 0.015 0.005 0.001 0.045 0.001 0.001 15 G 0.063 0.116 0.233 0.053 0.250 0.024 0.058 0.104 0.014 0.082 0.002 16 I 0.087 0.434 0.363 0.040 0.039 0.016 0.002 0.001 0.015 0.002 0.001 17 Q 0.175 0.210 0.393 0.063 0.035 0.040 0.020 0.006 0.037 0.019 0.002 18 E 0.172 0.059 0.321 0.177 0.028 0.020 0.161 0.011 0.026 0.021 0.003 19 G 0.030 0.005 0.031 0.027 0.029 0.002 0.113 0.623 0.001 0.140 0.001 20 K 0.093 0.245 0.373 0.154 0.053 0.026 0.030 0.007 0.015 0.003 0.001 21 K 0.012 0.509 0.375 0.009 0.043 0.022 0.011 0.001 0.017 0.001 0.001 22 V 0.011 0.660 0.270 0.004 0.010 0.029 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 23 C 0.011 0.750 0.156 0.007 0.045 0.015 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 24 F 0.006 0.716 0.167 0.004 0.056 0.029 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 25 M 0.008 0.755 0.141 0.003 0.071 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 26 H 0.008 0.817 0.060 0.008 0.079 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 27 R 0.011 0.585 0.284 0.006 0.060 0.030 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 28 Q 0.012 0.737 0.106 0.003 0.082 0.016 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 29 E 0.051 0.301 0.564 0.007 0.006 0.055 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 30 V 0.085 0.610 0.123 0.065 0.037 0.037 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 31 N 0.086 0.207 0.325 0.057 0.114 0.087 0.043 0.005 0.055 0.019 0.001 32 D 0.524 0.032 0.034 0.273 0.008 0.027 0.057 0.011 0.030 0.002 0.001 33 Q 0.341 0.049 0.103 0.435 0.008 0.006 0.045 0.002 0.005 0.005 0.001 34 N 0.015 0.007 0.016 0.102 0.009 0.011 0.715 0.117 0.005 0.003 0.001 35 R 0.012 0.546 0.344 0.013 0.021 0.017 0.013 0.001 0.034 0.001 0.001 36 V 0.002 0.126 0.829 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 37 V 0.005 0.855 0.099 0.003 0.023 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 38 V 0.002 0.794 0.107 0.002 0.082 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 A 0.001 0.855 0.103 0.001 0.033 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 M 0.001 0.932 0.028 0.001 0.032 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 41 S 0.001 0.903 0.058 0.001 0.027 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 42 V 0.001 0.864 0.082 0.001 0.024 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 43 V 0.001 0.823 0.065 0.001 0.068 0.015 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 44 L 0.005 0.409 0.518 0.004 0.010 0.044 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 45 N 0.003 0.197 0.696 0.003 0.031 0.037 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 46 A 0.837 0.030 0.048 0.049 0.008 0.009 0.004 0.003 0.004 0.007 0.001 47 D 0.025 0.002 0.008 0.679 0.001 0.004 0.259 0.009 0.013 0.001 0.001 48 G 0.003 0.002 0.082 0.010 0.022 0.001 0.064 0.730 0.001 0.086 0.001 49 V 0.023 0.384 0.523 0.015 0.032 0.010 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 50 V 0.030 0.347 0.533 0.009 0.017 0.040 0.002 0.001 0.015 0.004 0.001 51 S 0.044 0.589 0.111 0.117 0.099 0.016 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 52 G 0.005 0.097 0.076 0.014 0.725 0.002 0.013 0.026 0.002 0.039 0.001 53 N 0.004 0.768 0.113 0.004 0.082 0.009 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 54 L 0.004 0.707 0.228 0.001 0.019 0.025 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 55 T 0.004 0.700 0.212 0.004 0.010 0.045 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 56 V 0.002 0.662 0.194 0.001 0.025 0.023 0.002 0.001 0.091 0.001 0.001 57 P 0.018 0.044 0.739 0.001 0.001 0.139 0.001 0.001 0.025 0.001 0.032 58 F 0.150 0.071 0.555 0.108 0.011 0.042 0.037 0.005 0.012 0.004 0.005 59 G 0.033 0.017 0.038 0.029 0.105 0.005 0.212 0.491 0.003 0.067 0.001 60 I 0.042 0.642 0.239 0.021 0.029 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 61 L 0.028 0.150 0.606 0.013 0.003 0.163 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 62 V 0.042 0.616 0.182 0.028 0.034 0.044 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 63 S 0.044 0.128 0.643 0.021 0.034 0.045 0.019 0.002 0.052 0.005 0.006 64 K 0.035 0.110 0.756 0.003 0.050 0.009 0.004 0.002 0.011 0.006 0.014 65 P 0.052 0.040 0.808 0.014 0.001 0.052 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 66 V 0.008 0.568 0.251 0.021 0.073 0.040 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 67 R 0.005 0.799 0.101 0.005 0.041 0.022 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 68 L 0.003 0.749 0.176 0.002 0.020 0.025 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 69 Q 0.003 0.715 0.185 0.002 0.011 0.060 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 70 V 0.016 0.718 0.174 0.006 0.022 0.044 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 71 D 0.044 0.390 0.205 0.048 0.069 0.105 0.006 0.001 0.130 0.002 0.001 72 E 0.418 0.054 0.216 0.218 0.023 0.009 0.046 0.002 0.007 0.005 0.001 73 G 0.058 0.003 0.021 0.097 0.008 0.003 0.083 0.699 0.002 0.026 0.001 74 K 0.042 0.244 0.597 0.026 0.014 0.021 0.011 0.001 0.042 0.001 0.001 75 A 0.040 0.115 0.728 0.011 0.009 0.059 0.017 0.002 0.009 0.003 0.006 76 V 0.110 0.484 0.283 0.040 0.033 0.029 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 77 I 0.066 0.572 0.197 0.025 0.094 0.017 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 78 E 0.072 0.305 0.469 0.026 0.018 0.087 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 79 T 0.058 0.486 0.180 0.056 0.159 0.012 0.013 0.003 0.033 0.002 0.001 80 G 0.056 0.140 0.280 0.021 0.275 0.020 0.040 0.064 0.009 0.094 0.001 81 I 0.160 0.451 0.231 0.043 0.066 0.029 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 82 R 0.377 0.305 0.100 0.138 0.035 0.021 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 83 T 0.137 0.500 0.122 0.059 0.141 0.015 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 84 C 0.156 0.291 0.200 0.134 0.064 0.072 0.023 0.006 0.048 0.005 0.001 85 V 0.041 0.311 0.267 0.007 0.068 0.027 0.014 0.001 0.258 0.005 0.001 86 P 0.484 0.007 0.415 0.025 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.002 0.037 87 A 0.244 0.090 0.190 0.329 0.063 0.011 0.031 0.028 0.008 0.004 0.001 88 G 0.079 0.053 0.127 0.035 0.237 0.003 0.044 0.216 0.006 0.200 0.001 89 C 0.116 0.231 0.416 0.054 0.090 0.054 0.014 0.003 0.013 0.007 0.004 90 I 0.171 0.358 0.216 0.115 0.017 0.060 0.009 0.002 0.050 0.002 0.001 91 V 0.076 0.424 0.266 0.006 0.099 0.022 0.017 0.001 0.085 0.004 0.001 92 P 0.151 0.017 0.613 0.017 0.001 0.109 0.003 0.001 0.006 0.001 0.084 93 I 0.177 0.334 0.261 0.086 0.040 0.050 0.013 0.004 0.034 0.001 0.001 94 V 0.138 0.242 0.377 0.057 0.042 0.076 0.033 0.004 0.023 0.006 0.001 95 F 0.084 0.285 0.390 0.126 0.046 0.043 0.005 0.001 0.018 0.003 0.001 96 D 0.018 0.084 0.720 0.003 0.052 0.071 0.001 0.001 0.047 0.005 0.001 97 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.977 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 A 0.263 0.001 0.008 0.727 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.019 0.003 0.218 0.023 0.005 0.016 0.220 0.457 0.023 0.016 0.001 107 K 0.109 0.150 0.562 0.112 0.012 0.042 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 108 H 0.012 0.646 0.164 0.048 0.091 0.016 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 109 L 0.001 0.743 0.185 0.002 0.044 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 110 K 0.001 0.882 0.070 0.001 0.018 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 111 L 0.001 0.827 0.120 0.001 0.013 0.027 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 112 A 0.003 0.801 0.102 0.003 0.034 0.034 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 113 M 0.003 0.679 0.131 0.003 0.138 0.022 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 114 T 0.014 0.760 0.102 0.006 0.070 0.017 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 115 I 0.052 0.362 0.446 0.023 0.025 0.070 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 116 A 0.128 0.295 0.324 0.137 0.055 0.025 0.006 0.003 0.022 0.004 0.001 117 A 0.027 0.376 0.355 0.001 0.078 0.006 0.007 0.001 0.139 0.010 0.001 118 P 0.123 0.003 0.699 0.023 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 119 G 0.020 0.011 0.055 0.048 0.040 0.006 0.106 0.675 0.002 0.036 0.001 120 E 0.008 0.321 0.511 0.002 0.021 0.012 0.006 0.001 0.119 0.001 0.001 121 P 0.012 0.006 0.937 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 122 P 0.106 0.026 0.775 0.012 0.001 0.057 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 123 L 0.199 0.319 0.258 0.078 0.059 0.045 0.008 0.006 0.024 0.004 0.001 124 N 0.142 0.307 0.154 0.172 0.091 0.056 0.019 0.003 0.051 0.005 0.001 125 D 0.149 0.182 0.204 0.284 0.050 0.053 0.028 0.006 0.041 0.001 0.001 126 L 0.039 0.496 0.272 0.032 0.098 0.030 0.007 0.002 0.023 0.001 0.001 127 F 0.058 0.426 0.384 0.024 0.016 0.059 0.003 0.001 0.026 0.001 0.002 128 V 0.016 0.681 0.144 0.004 0.068 0.024 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 129 Q 0.042 0.258 0.502 0.004 0.008 0.145 0.003 0.001 0.033 0.001 0.003 130 L 0.408 0.204 0.136 0.085 0.014 0.100 0.010 0.002 0.036 0.002 0.002 131 N 0.381 0.121 0.183 0.082 0.068 0.029 0.088 0.009 0.022 0.018 0.001 132 G 0.467 0.004 0.028 0.036 0.045 0.008 0.047 0.166 0.003 0.194 0.002 133 F 0.951 0.002 0.007 0.029 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.980 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 N 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 I 0.987 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.978 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.854 0.002 0.010 0.129 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 Q 0.480 0.038 0.128 0.283 0.007 0.023 0.013 0.005 0.023 0.001 0.001 145 K 0.381 0.058 0.165 0.130 0.042 0.017 0.086 0.047 0.010 0.065 0.001