# TARGET T0514 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.079 0.199 0.070 0.012 0.204 0.015 0.048 0.171 0.111 0.054 0.038 2 S 0.108 0.222 0.070 0.007 0.221 0.008 0.029 0.132 0.078 0.089 0.037 3 L 0.277 0.079 0.015 0.005 0.258 0.006 0.017 0.112 0.088 0.059 0.084 4 T 0.104 0.129 0.028 0.023 0.224 0.047 0.068 0.153 0.113 0.065 0.045 5 E 0.198 0.190 0.055 0.010 0.306 0.008 0.027 0.095 0.041 0.031 0.038 6 T 0.177 0.132 0.058 0.025 0.227 0.036 0.062 0.120 0.048 0.064 0.050 7 Y 0.086 0.208 0.096 0.099 0.142 0.065 0.073 0.084 0.042 0.055 0.050 8 G 0.064 0.068 0.069 0.132 0.064 0.060 0.029 0.051 0.051 0.294 0.118 9 L 0.188 0.200 0.035 0.007 0.343 0.005 0.013 0.052 0.040 0.074 0.041 10 W 0.237 0.115 0.020 0.009 0.404 0.011 0.019 0.063 0.042 0.039 0.042 11 S 0.237 0.122 0.022 0.008 0.513 0.011 0.022 0.022 0.010 0.012 0.022 12 I 0.288 0.085 0.014 0.006 0.511 0.010 0.014 0.022 0.006 0.009 0.035 13 N 0.363 0.065 0.018 0.006 0.399 0.006 0.011 0.017 0.006 0.021 0.086 14 C 0.201 0.167 0.030 0.020 0.307 0.032 0.035 0.043 0.026 0.060 0.079 15 G 0.149 0.197 0.102 0.033 0.267 0.019 0.015 0.033 0.030 0.093 0.060 16 I 0.133 0.214 0.106 0.047 0.193 0.032 0.041 0.081 0.046 0.059 0.048 17 Q 0.045 0.145 0.233 0.220 0.082 0.082 0.041 0.068 0.039 0.027 0.017 18 E 0.007 0.042 0.038 0.169 0.013 0.188 0.291 0.166 0.058 0.020 0.008 19 G 0.024 0.046 0.061 0.112 0.027 0.033 0.018 0.035 0.063 0.493 0.089 20 K 0.079 0.354 0.121 0.012 0.248 0.010 0.019 0.044 0.040 0.048 0.023 21 K 0.177 0.233 0.062 0.005 0.384 0.007 0.016 0.031 0.016 0.029 0.039 22 V 0.306 0.136 0.019 0.006 0.438 0.007 0.012 0.017 0.008 0.011 0.039 23 C 0.235 0.142 0.021 0.014 0.462 0.021 0.018 0.031 0.008 0.013 0.035 24 F 0.203 0.157 0.029 0.005 0.548 0.003 0.004 0.019 0.004 0.007 0.020 25 M 0.363 0.079 0.010 0.008 0.354 0.013 0.014 0.054 0.010 0.022 0.073 26 H 0.209 0.120 0.040 0.036 0.320 0.024 0.030 0.071 0.027 0.061 0.060 27 R 0.257 0.092 0.030 0.012 0.272 0.013 0.031 0.073 0.047 0.080 0.094 28 Q 0.148 0.239 0.069 0.012 0.343 0.013 0.021 0.065 0.028 0.033 0.029 29 E 0.250 0.150 0.045 0.008 0.300 0.011 0.028 0.087 0.024 0.040 0.058 30 V 0.061 0.265 0.078 0.036 0.227 0.059 0.041 0.098 0.043 0.068 0.024 31 N 0.072 0.178 0.284 0.054 0.109 0.014 0.025 0.169 0.053 0.022 0.022 32 D 0.012 0.015 0.037 0.031 0.008 0.036 0.070 0.466 0.228 0.082 0.015 33 Q 0.002 0.584 0.155 0.084 0.032 0.023 0.066 0.038 0.008 0.005 0.001 34 N 0.033 0.011 0.008 0.008 0.011 0.003 0.004 0.006 0.021 0.575 0.319 35 R 0.017 0.561 0.224 0.006 0.142 0.004 0.009 0.016 0.009 0.009 0.003 36 V 0.440 0.052 0.003 0.001 0.476 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 37 V 0.314 0.069 0.011 0.018 0.519 0.029 0.019 0.002 0.001 0.002 0.016 38 V 0.175 0.090 0.004 0.005 0.710 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 39 A 0.388 0.024 0.001 0.001 0.570 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 40 M 0.326 0.034 0.001 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 41 S 0.360 0.033 0.002 0.001 0.552 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 42 V 0.445 0.070 0.006 0.001 0.372 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.091 43 V 0.141 0.272 0.025 0.001 0.534 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 44 L 0.113 0.311 0.039 0.004 0.480 0.008 0.005 0.007 0.004 0.010 0.018 45 N 0.050 0.146 0.628 0.040 0.074 0.006 0.007 0.025 0.013 0.003 0.008 46 A 0.004 0.007 0.015 0.099 0.004 0.149 0.170 0.426 0.112 0.011 0.003 47 D 0.001 0.565 0.227 0.161 0.010 0.009 0.017 0.006 0.002 0.003 0.001 48 G 0.016 0.005 0.007 0.015 0.004 0.004 0.001 0.002 0.009 0.588 0.349 49 V 0.040 0.514 0.099 0.002 0.299 0.002 0.007 0.013 0.011 0.010 0.004 50 V 0.456 0.070 0.019 0.002 0.384 0.002 0.003 0.002 0.002 0.006 0.052 51 S 0.081 0.073 0.045 0.148 0.103 0.175 0.256 0.027 0.025 0.033 0.033 52 G 0.096 0.233 0.171 0.071 0.281 0.019 0.004 0.009 0.010 0.056 0.051 53 N 0.205 0.157 0.019 0.003 0.551 0.003 0.004 0.010 0.006 0.011 0.031 54 L 0.171 0.138 0.012 0.001 0.647 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.022 55 T 0.365 0.075 0.014 0.003 0.432 0.002 0.003 0.003 0.003 0.016 0.084 56 V 0.059 0.337 0.336 0.031 0.196 0.005 0.006 0.010 0.003 0.006 0.010 57 P 0.077 0.283 0.290 0.051 0.158 0.032 0.018 0.032 0.015 0.020 0.025 58 F 0.016 0.083 0.054 0.093 0.043 0.123 0.251 0.172 0.114 0.034 0.017 59 G 0.074 0.041 0.052 0.045 0.088 0.029 0.009 0.038 0.080 0.381 0.165 60 I 0.052 0.433 0.073 0.002 0.397 0.001 0.004 0.013 0.010 0.009 0.006 61 L 0.331 0.111 0.019 0.001 0.441 0.001 0.004 0.007 0.005 0.020 0.060 62 V 0.101 0.333 0.136 0.014 0.308 0.008 0.013 0.022 0.018 0.020 0.028 63 S 0.062 0.165 0.375 0.091 0.134 0.037 0.018 0.038 0.025 0.033 0.024 64 K 0.019 0.128 0.194 0.081 0.053 0.055 0.212 0.168 0.062 0.018 0.009 65 P 0.100 0.098 0.049 0.034 0.096 0.034 0.020 0.025 0.045 0.320 0.178 66 V 0.151 0.221 0.037 0.003 0.545 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 0.024 67 R 0.193 0.108 0.021 0.002 0.628 0.005 0.014 0.005 0.004 0.006 0.015 68 L 0.247 0.107 0.006 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 69 Q 0.291 0.061 0.007 0.001 0.568 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.062 70 V 0.233 0.203 0.043 0.011 0.367 0.008 0.007 0.010 0.007 0.031 0.082 71 D 0.115 0.165 0.228 0.128 0.208 0.045 0.023 0.016 0.014 0.027 0.031 72 E 0.007 0.040 0.032 0.178 0.018 0.148 0.257 0.199 0.079 0.033 0.008 73 G 0.016 0.019 0.037 0.070 0.015 0.022 0.022 0.033 0.086 0.597 0.083 74 K 0.027 0.471 0.211 0.015 0.169 0.008 0.016 0.033 0.024 0.020 0.006 75 A 0.177 0.250 0.046 0.003 0.376 0.002 0.006 0.042 0.025 0.027 0.047 76 V 0.234 0.104 0.023 0.019 0.243 0.045 0.074 0.096 0.066 0.035 0.061 77 I 0.147 0.196 0.026 0.013 0.443 0.017 0.023 0.063 0.021 0.022 0.028 78 E 0.345 0.066 0.012 0.005 0.378 0.006 0.017 0.042 0.016 0.047 0.066 79 T 0.140 0.335 0.098 0.014 0.334 0.010 0.009 0.015 0.005 0.012 0.028 80 G 0.281 0.136 0.047 0.010 0.319 0.005 0.006 0.017 0.008 0.047 0.125 81 I 0.355 0.087 0.014 0.004 0.318 0.004 0.006 0.028 0.044 0.048 0.092 82 R 0.075 0.088 0.024 0.022 0.171 0.076 0.142 0.224 0.115 0.039 0.024 83 T 0.184 0.173 0.069 0.009 0.384 0.006 0.020 0.054 0.027 0.038 0.036 84 C 0.183 0.119 0.038 0.034 0.244 0.026 0.040 0.063 0.058 0.121 0.074 85 V 0.062 0.191 0.338 0.109 0.114 0.035 0.017 0.043 0.037 0.028 0.026 86 P 0.033 0.102 0.054 0.057 0.070 0.097 0.114 0.292 0.102 0.059 0.019 87 A 0.037 0.124 0.093 0.080 0.062 0.031 0.089 0.084 0.106 0.254 0.040 88 G 0.065 0.135 0.140 0.148 0.101 0.108 0.025 0.035 0.035 0.123 0.086 89 C 0.169 0.189 0.036 0.005 0.442 0.002 0.009 0.027 0.024 0.048 0.049 90 I 0.261 0.148 0.048 0.007 0.313 0.011 0.020 0.036 0.034 0.045 0.079 91 V 0.015 0.532 0.259 0.011 0.149 0.003 0.006 0.015 0.006 0.002 0.002 92 P 0.364 0.089 0.018 0.002 0.345 0.002 0.017 0.039 0.019 0.017 0.088 93 I 0.059 0.266 0.082 0.013 0.232 0.021 0.042 0.127 0.096 0.033 0.029 94 V 0.140 0.243 0.033 0.002 0.291 0.004 0.025 0.096 0.045 0.063 0.058 95 F 0.074 0.284 0.131 0.029 0.144 0.023 0.039 0.055 0.035 0.130 0.055 96 D 0.085 0.413 0.156 0.005 0.278 0.001 0.002 0.019 0.006 0.012 0.022 97 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.629 0.354 0.005 0.001 98 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.900 0.056 0.030 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.063 0.034 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.052 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.034 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.967 0.023 0.003 0.001 103 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.074 0.009 0.001 104 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.817 0.131 0.024 0.001 105 A 0.001 0.230 0.104 0.029 0.009 0.028 0.275 0.268 0.036 0.020 0.001 106 G 0.041 0.125 0.029 0.008 0.044 0.002 0.003 0.009 0.021 0.472 0.246 107 K 0.064 0.432 0.070 0.010 0.198 0.013 0.029 0.056 0.051 0.052 0.024 108 H 0.442 0.039 0.004 0.003 0.337 0.005 0.016 0.008 0.010 0.040 0.098 109 L 0.101 0.239 0.012 0.002 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 110 K 0.201 0.070 0.003 0.001 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 111 L 0.513 0.027 0.003 0.001 0.418 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 112 A 0.254 0.066 0.008 0.005 0.600 0.005 0.007 0.001 0.001 0.004 0.051 113 M 0.369 0.086 0.016 0.002 0.475 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 114 T 0.112 0.302 0.041 0.004 0.496 0.004 0.004 0.003 0.002 0.009 0.022 115 I 0.283 0.170 0.037 0.004 0.423 0.004 0.005 0.004 0.004 0.013 0.052 116 A 0.088 0.200 0.110 0.115 0.179 0.064 0.040 0.049 0.053 0.052 0.051 117 A 0.038 0.176 0.286 0.191 0.102 0.056 0.039 0.051 0.033 0.019 0.010 118 P 0.013 0.151 0.134 0.121 0.045 0.067 0.171 0.152 0.084 0.051 0.012 119 G 0.023 0.043 0.069 0.110 0.029 0.041 0.032 0.039 0.068 0.472 0.075 120 E 0.076 0.330 0.228 0.018 0.215 0.011 0.029 0.025 0.021 0.023 0.024 121 P 0.048 0.483 0.170 0.008 0.240 0.005 0.009 0.014 0.007 0.005 0.011 122 P 0.155 0.295 0.120 0.006 0.312 0.005 0.013 0.026 0.020 0.016 0.033 123 L 0.093 0.120 0.040 0.036 0.129 0.078 0.093 0.144 0.125 0.093 0.049 124 N 0.068 0.164 0.110 0.089 0.152 0.046 0.047 0.065 0.076 0.131 0.051 125 D 0.174 0.068 0.027 0.015 0.188 0.015 0.037 0.061 0.086 0.234 0.095 126 L 0.134 0.212 0.040 0.005 0.433 0.003 0.008 0.036 0.041 0.050 0.036 127 F 0.287 0.072 0.018 0.004 0.274 0.013 0.053 0.056 0.053 0.059 0.112 128 V 0.072 0.435 0.111 0.011 0.282 0.005 0.010 0.028 0.014 0.012 0.020 129 Q 0.147 0.389 0.069 0.002 0.304 0.001 0.003 0.035 0.007 0.008 0.036 130 L 0.037 0.029 0.007 0.007 0.039 0.016 0.012 0.457 0.301 0.062 0.032 131 N 0.001 0.007 0.008 0.015 0.003 0.066 0.104 0.666 0.116 0.012 0.002 132 G 0.017 0.022 0.021 0.007 0.011 0.002 0.006 0.504 0.096 0.292 0.022 133 F 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.724 0.193 0.064 0.003 134 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.888 0.098 0.003 0.001 135 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.063 0.002 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.075 0.012 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.900 0.093 0.004 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.921 0.072 0.003 0.001 139 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.821 0.092 0.073 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.796 0.166 0.032 0.001 141 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.788 0.191 0.003 0.001 142 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 0.793 0.115 0.025 0.001 143 L 0.003 0.009 0.006 0.002 0.007 0.015 0.139 0.605 0.141 0.071 0.003 144 Q 0.054 0.104 0.022 0.006 0.085 0.005 0.020 0.390 0.158 0.116 0.041 145 K 0.022 0.044 0.028 0.016 0.034 0.026 0.073 0.378 0.214 0.147 0.018