# TARGET T0514 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.706 0.200 0.060 0.024 0.008 0.002 0.001 2 S 0.557 0.274 0.109 0.045 0.013 0.003 0.001 3 L 0.284 0.215 0.204 0.201 0.080 0.016 0.001 4 T 0.429 0.322 0.157 0.068 0.020 0.004 0.001 5 E 0.489 0.273 0.147 0.068 0.020 0.004 0.001 6 T 0.389 0.347 0.171 0.068 0.021 0.004 0.001 7 Y 0.081 0.103 0.198 0.299 0.237 0.075 0.007 8 G 0.220 0.320 0.239 0.136 0.059 0.023 0.004 9 L 0.068 0.119 0.183 0.247 0.225 0.135 0.023 10 W 0.030 0.052 0.086 0.187 0.287 0.292 0.065 11 S 0.024 0.089 0.170 0.223 0.232 0.203 0.060 12 I 0.035 0.045 0.079 0.183 0.308 0.289 0.061 13 N 0.029 0.135 0.233 0.292 0.210 0.091 0.009 14 C 0.041 0.058 0.127 0.281 0.344 0.136 0.011 15 G 0.158 0.378 0.286 0.130 0.038 0.009 0.001 16 I 0.270 0.358 0.243 0.105 0.022 0.002 0.001 17 Q 0.716 0.203 0.055 0.019 0.005 0.001 0.001 18 E 0.869 0.106 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 19 G 0.850 0.102 0.030 0.014 0.004 0.001 0.001 20 K 0.736 0.194 0.053 0.014 0.003 0.001 0.001 21 K 0.239 0.421 0.248 0.077 0.013 0.002 0.001 22 V 0.084 0.160 0.225 0.300 0.186 0.042 0.002 23 C 0.020 0.049 0.129 0.234 0.336 0.206 0.025 24 F 0.019 0.044 0.118 0.258 0.293 0.233 0.036 25 M 0.010 0.017 0.033 0.094 0.236 0.454 0.155 26 H 0.014 0.035 0.069 0.169 0.279 0.331 0.104 27 R 0.015 0.036 0.066 0.127 0.262 0.395 0.099 28 Q 0.031 0.085 0.177 0.272 0.289 0.135 0.011 29 E 0.091 0.240 0.290 0.234 0.113 0.030 0.002 30 V 0.174 0.314 0.255 0.170 0.073 0.013 0.001 31 N 0.598 0.269 0.095 0.030 0.007 0.001 0.001 32 D 0.774 0.166 0.044 0.013 0.002 0.001 0.001 33 Q 0.732 0.191 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 34 N 0.428 0.314 0.173 0.070 0.014 0.001 0.001 35 R 0.098 0.299 0.295 0.210 0.081 0.015 0.001 36 V 0.010 0.053 0.146 0.304 0.336 0.140 0.012 37 V 0.003 0.019 0.060 0.160 0.310 0.358 0.090 38 V 0.001 0.005 0.014 0.050 0.166 0.488 0.276 39 A 0.001 0.005 0.023 0.084 0.184 0.374 0.329 40 M 0.001 0.001 0.003 0.010 0.050 0.337 0.599 41 S 0.001 0.003 0.012 0.057 0.212 0.471 0.245 42 V 0.001 0.001 0.005 0.029 0.163 0.543 0.258 43 V 0.002 0.018 0.052 0.159 0.327 0.392 0.049 44 L 0.014 0.098 0.237 0.348 0.233 0.068 0.003 45 N 0.080 0.272 0.346 0.226 0.067 0.008 0.001 46 A 0.637 0.263 0.075 0.021 0.004 0.001 0.001 47 D 0.883 0.097 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 48 G 0.563 0.258 0.125 0.045 0.009 0.001 0.001 49 V 0.380 0.363 0.169 0.068 0.017 0.002 0.001 50 V 0.068 0.158 0.245 0.301 0.184 0.041 0.003 51 S 0.048 0.219 0.327 0.253 0.117 0.033 0.004 52 G 0.009 0.025 0.063 0.181 0.344 0.330 0.048 53 N 0.015 0.058 0.156 0.287 0.304 0.149 0.032 54 L 0.004 0.009 0.019 0.055 0.147 0.472 0.294 55 T 0.011 0.029 0.055 0.135 0.227 0.318 0.226 56 V 0.007 0.018 0.038 0.076 0.129 0.350 0.381 57 P 0.012 0.023 0.039 0.090 0.169 0.324 0.343 58 F 0.011 0.028 0.054 0.107 0.179 0.359 0.262 59 G 0.033 0.085 0.112 0.171 0.224 0.254 0.122 60 I 0.020 0.052 0.089 0.166 0.276 0.306 0.092 61 L 0.024 0.081 0.137 0.224 0.266 0.224 0.044 62 V 0.018 0.048 0.113 0.243 0.342 0.215 0.021 63 S 0.143 0.340 0.300 0.153 0.053 0.009 0.001 64 K 0.221 0.407 0.230 0.102 0.031 0.007 0.001 65 P 0.218 0.408 0.229 0.110 0.029 0.005 0.001 66 V 0.008 0.059 0.176 0.327 0.303 0.122 0.006 67 R 0.006 0.108 0.375 0.355 0.130 0.024 0.002 68 L 0.001 0.001 0.006 0.054 0.320 0.557 0.061 69 Q 0.006 0.119 0.324 0.355 0.160 0.034 0.002 70 V 0.004 0.025 0.078 0.268 0.403 0.209 0.011 71 D 0.069 0.289 0.381 0.200 0.050 0.009 0.001 72 E 0.301 0.403 0.200 0.079 0.015 0.002 0.001 73 G 0.511 0.276 0.140 0.057 0.014 0.002 0.001 74 K 0.539 0.301 0.104 0.039 0.013 0.003 0.001 75 A 0.310 0.294 0.220 0.121 0.044 0.011 0.001 76 V 0.139 0.274 0.231 0.203 0.108 0.041 0.003 77 I 0.074 0.137 0.219 0.268 0.204 0.085 0.013 78 E 0.103 0.262 0.253 0.217 0.110 0.047 0.008 79 T 0.057 0.093 0.153 0.226 0.260 0.172 0.040 80 G 0.052 0.172 0.244 0.247 0.174 0.094 0.017 81 I 0.019 0.024 0.050 0.141 0.272 0.370 0.124 82 R 0.079 0.213 0.236 0.236 0.140 0.076 0.020 83 T 0.113 0.244 0.218 0.189 0.130 0.084 0.021 84 C 0.032 0.058 0.116 0.240 0.299 0.194 0.060 85 V 0.148 0.227 0.245 0.193 0.110 0.058 0.019 86 P 0.339 0.303 0.161 0.099 0.055 0.031 0.011 87 A 0.143 0.190 0.210 0.208 0.144 0.084 0.021 88 G 0.116 0.120 0.158 0.197 0.197 0.163 0.049 89 C 0.075 0.069 0.090 0.169 0.232 0.287 0.078 90 I 0.062 0.082 0.117 0.172 0.224 0.255 0.089 91 V 0.058 0.072 0.107 0.182 0.264 0.237 0.079 92 P 0.068 0.176 0.228 0.218 0.168 0.113 0.029 93 I 0.054 0.102 0.163 0.257 0.272 0.137 0.014 94 V 0.092 0.241 0.232 0.205 0.144 0.076 0.011 95 F 0.023 0.061 0.155 0.327 0.321 0.107 0.006 96 D 0.302 0.366 0.212 0.086 0.027 0.007 0.001 97 K 0.513 0.310 0.122 0.043 0.010 0.002 0.001 98 N 0.361 0.399 0.172 0.053 0.013 0.003 0.001 99 Y 0.016 0.041 0.108 0.288 0.389 0.154 0.005 100 V 0.024 0.065 0.160 0.339 0.312 0.095 0.005 101 A 0.202 0.470 0.230 0.080 0.015 0.003 0.001 102 A 0.043 0.147 0.289 0.321 0.161 0.038 0.002 103 L 0.016 0.027 0.067 0.227 0.422 0.231 0.009 104 R 0.087 0.254 0.309 0.235 0.095 0.019 0.001 105 A 0.356 0.422 0.156 0.052 0.011 0.002 0.001 106 G 0.115 0.307 0.320 0.188 0.062 0.007 0.001 107 K 0.244 0.442 0.214 0.078 0.018 0.003 0.001 108 H 0.106 0.434 0.308 0.127 0.023 0.002 0.001 109 L 0.003 0.024 0.086 0.275 0.411 0.194 0.008 110 K 0.003 0.078 0.328 0.427 0.143 0.020 0.002 111 L 0.001 0.003 0.011 0.066 0.278 0.563 0.079 112 A 0.001 0.029 0.157 0.359 0.324 0.119 0.012 113 M 0.003 0.010 0.026 0.115 0.320 0.448 0.078 114 T 0.014 0.110 0.254 0.321 0.200 0.088 0.013 115 I 0.052 0.207 0.267 0.256 0.147 0.062 0.009 116 A 0.122 0.211 0.245 0.222 0.129 0.061 0.008 117 A 0.344 0.285 0.191 0.116 0.049 0.014 0.002 118 P 0.518 0.256 0.125 0.065 0.027 0.008 0.001 119 G 0.569 0.264 0.095 0.046 0.019 0.006 0.001 120 E 0.283 0.257 0.208 0.150 0.074 0.024 0.003 121 P 0.306 0.268 0.186 0.139 0.071 0.026 0.004 122 P 0.137 0.234 0.261 0.216 0.113 0.035 0.004 123 L 0.199 0.272 0.230 0.182 0.092 0.022 0.003 124 N 0.079 0.169 0.240 0.258 0.172 0.073 0.009 125 D 0.077 0.284 0.335 0.200 0.080 0.021 0.003 126 L 0.003 0.010 0.037 0.165 0.384 0.361 0.040 127 F 0.030 0.176 0.308 0.292 0.144 0.044 0.006 128 V 0.003 0.011 0.035 0.132 0.336 0.430 0.053 129 Q 0.036 0.194 0.256 0.236 0.174 0.089 0.015 130 L 0.003 0.024 0.090 0.241 0.359 0.255 0.027 131 N 0.104 0.332 0.286 0.161 0.076 0.032 0.008 132 G 0.013 0.115 0.253 0.331 0.193 0.082 0.012 133 F 0.002 0.004 0.011 0.083 0.342 0.476 0.082 134 S 0.031 0.186 0.345 0.281 0.121 0.033 0.002 135 N 0.116 0.458 0.287 0.108 0.024 0.005 0.001 136 A 0.031 0.044 0.099 0.256 0.384 0.177 0.009 137 L 0.037 0.052 0.121 0.282 0.350 0.149 0.008 138 N 0.271 0.473 0.188 0.056 0.010 0.002 0.001 139 R 0.160 0.288 0.324 0.184 0.040 0.004 0.001 140 L 0.131 0.084 0.120 0.238 0.288 0.132 0.007 141 I 0.339 0.286 0.201 0.125 0.040 0.008 0.001 142 A 0.638 0.272 0.067 0.018 0.004 0.001 0.001 143 L 0.382 0.254 0.205 0.117 0.037 0.005 0.001 144 Q 0.598 0.249 0.097 0.044 0.010 0.002 0.001 145 K 0.898 0.076 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001