# TARGET T0513 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0513.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 146 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.006 0.007 0.041 0.182 0.736 2 S 0.048 0.025 0.015 0.093 0.273 0.545 3 F 0.038 0.023 0.019 0.115 0.311 0.494 4 L 0.024 0.010 0.024 0.167 0.341 0.433 5 K 0.017 0.006 0.022 0.197 0.332 0.426 6 H 0.015 0.011 0.042 0.504 0.239 0.187 7 V 0.021 0.010 0.064 0.617 0.197 0.092 8 Q 0.028 0.005 0.106 0.637 0.157 0.066 9 D 0.042 0.007 0.130 0.622 0.130 0.071 10 C 0.045 0.007 0.099 0.608 0.148 0.093 11 N 0.054 0.006 0.063 0.506 0.185 0.186 12 T 0.063 0.014 0.041 0.270 0.253 0.359 13 H 0.059 0.018 0.039 0.163 0.315 0.406 14 D 0.040 0.012 0.061 0.092 0.444 0.352 15 L 0.031 0.010 0.249 0.107 0.477 0.126 16 S 0.053 0.004 0.291 0.071 0.452 0.129 17 N 0.201 0.007 0.201 0.050 0.380 0.161 18 F 0.494 0.017 0.042 0.026 0.181 0.240 19 V 0.715 0.019 0.012 0.013 0.085 0.157 20 R 0.780 0.008 0.010 0.011 0.065 0.126 21 F 0.769 0.011 0.007 0.008 0.072 0.133 22 V 0.638 0.015 0.009 0.009 0.195 0.134 23 I 0.370 0.017 0.016 0.009 0.447 0.142 24 E 0.091 0.003 0.014 0.005 0.786 0.101 25 G 0.105 0.005 0.038 0.009 0.733 0.110 26 R 0.539 0.044 0.013 0.008 0.235 0.161 27 R 0.719 0.030 0.005 0.005 0.092 0.149 28 V 0.676 0.008 0.002 0.005 0.059 0.249 29 G 0.793 0.020 0.003 0.005 0.056 0.123 30 W 0.619 0.035 0.005 0.011 0.086 0.244 31 V 0.321 0.016 0.005 0.014 0.099 0.544 32 R 0.046 0.004 0.004 0.023 0.114 0.809 33 K 0.004 0.001 0.085 0.590 0.149 0.171 34 A 0.002 0.001 0.131 0.753 0.091 0.022 35 L 0.002 0.001 0.149 0.767 0.074 0.007 36 A 0.002 0.001 0.113 0.805 0.066 0.013 37 Q 0.002 0.001 0.095 0.811 0.073 0.017 38 R 0.002 0.001 0.099 0.800 0.071 0.026 39 L 0.006 0.004 0.093 0.721 0.124 0.052 40 K 0.015 0.009 0.130 0.505 0.228 0.113 41 A 0.030 0.007 0.089 0.276 0.314 0.284 42 H 0.045 0.008 0.065 0.076 0.522 0.284 43 G 0.060 0.005 0.064 0.046 0.554 0.270 44 R 0.125 0.007 0.092 0.039 0.518 0.219 45 V 0.415 0.014 0.063 0.036 0.308 0.164 46 F 0.657 0.018 0.022 0.025 0.136 0.143 47 D 0.750 0.015 0.008 0.013 0.088 0.127 48 V 0.529 0.017 0.009 0.019 0.195 0.232 49 T 0.188 0.012 0.024 0.036 0.478 0.261 50 R 0.090 0.004 0.088 0.073 0.587 0.159 51 D 0.282 0.007 0.075 0.076 0.394 0.166 52 A 0.657 0.022 0.035 0.053 0.130 0.102 53 V 0.812 0.009 0.009 0.031 0.041 0.098 54 L 0.866 0.009 0.007 0.026 0.031 0.061 55 L 0.745 0.014 0.009 0.028 0.060 0.143 56 S 0.429 0.015 0.017 0.030 0.266 0.244 57 A 0.152 0.011 0.042 0.026 0.487 0.282 58 S 0.052 0.011 0.040 0.019 0.657 0.221 59 L 0.035 0.023 0.044 0.025 0.624 0.249 60 R 0.019 0.020 0.019 0.039 0.489 0.414 61 T 0.014 0.013 0.012 0.039 0.357 0.564 62 P 0.005 0.004 0.124 0.577 0.201 0.090 63 Q 0.004 0.003 0.112 0.680 0.140 0.061 64 S 0.003 0.003 0.099 0.734 0.100 0.061 65 R 0.002 0.004 0.017 0.864 0.042 0.071 66 T 0.001 0.001 0.005 0.853 0.044 0.096 67 R 0.001 0.001 0.002 0.980 0.008 0.010 68 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.010 0.010 69 V 0.001 0.001 0.002 0.982 0.009 0.007 70 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.006 0.005 71 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.007 0.007 72 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.005 73 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.006 74 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.009 0.005 75 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.008 0.004 76 L 0.001 0.001 0.005 0.977 0.013 0.004 77 A 0.001 0.001 0.021 0.947 0.022 0.009 78 D 0.001 0.001 0.021 0.869 0.066 0.043 79 E 0.001 0.001 0.020 0.622 0.144 0.213 80 G 0.002 0.001 0.003 0.022 0.155 0.816 81 V 0.023 0.023 0.009 0.015 0.222 0.708 82 V 0.073 0.026 0.013 0.018 0.451 0.419 83 P 0.061 0.013 0.086 0.039 0.619 0.183 84 A 0.075 0.012 0.103 0.027 0.577 0.206 85 P 0.075 0.011 0.230 0.051 0.531 0.101 86 R 0.073 0.021 0.201 0.097 0.392 0.215 87 G 0.095 0.014 0.130 0.084 0.456 0.221 88 E 0.144 0.024 0.095 0.119 0.406 0.212 89 L 0.174 0.028 0.053 0.094 0.302 0.348 90 Y 0.287 0.024 0.057 0.052 0.308 0.273 91 R 0.366 0.014 0.040 0.050 0.199 0.331 92 V 0.553 0.022 0.025 0.025 0.159 0.216 93 N 0.647 0.044 0.013 0.016 0.120 0.159 94 Q 0.469 0.047 0.016 0.014 0.247 0.207 95 S 0.094 0.016 0.051 0.019 0.696 0.123 96 W 0.018 0.005 0.072 0.017 0.807 0.081 97 G 0.019 0.006 0.043 0.012 0.838 0.083 98 E 0.062 0.027 0.019 0.016 0.595 0.281 99 P 0.178 0.027 0.007 0.010 0.211 0.567 100 T 0.451 0.024 0.008 0.018 0.132 0.367 101 L 0.739 0.016 0.008 0.028 0.062 0.147 102 M 0.853 0.008 0.003 0.034 0.025 0.077 103 L 0.873 0.005 0.003 0.055 0.015 0.049 104 L 0.856 0.005 0.003 0.054 0.015 0.066 105 D 0.696 0.009 0.013 0.135 0.040 0.108 106 R 0.383 0.004 0.065 0.187 0.136 0.226 107 A 0.257 0.011 0.106 0.275 0.202 0.150 108 V 0.164 0.019 0.162 0.261 0.282 0.111 109 V 0.084 0.008 0.170 0.337 0.292 0.110 110 P 0.030 0.004 0.246 0.295 0.337 0.088 111 T 0.029 0.003 0.151 0.378 0.357 0.082 112 F 0.023 0.007 0.069 0.401 0.347 0.153 113 G 0.067 0.011 0.016 0.086 0.322 0.499 114 V 0.224 0.011 0.014 0.111 0.193 0.446 115 R 0.449 0.026 0.016 0.108 0.131 0.269 116 A 0.597 0.032 0.013 0.076 0.109 0.173 117 Y 0.634 0.007 0.016 0.130 0.100 0.113 118 G 0.729 0.004 0.015 0.078 0.104 0.069 119 V 0.870 0.006 0.006 0.027 0.048 0.043 120 H 0.916 0.004 0.006 0.018 0.029 0.027 121 L 0.936 0.002 0.004 0.011 0.023 0.025 122 N 0.948 0.001 0.002 0.010 0.018 0.021 123 G 0.952 0.001 0.001 0.006 0.016 0.023 124 Y 0.958 0.004 0.001 0.003 0.015 0.020 125 V 0.925 0.004 0.001 0.002 0.034 0.033 126 G 0.812 0.011 0.003 0.002 0.108 0.064 127 A 0.386 0.014 0.011 0.005 0.509 0.074 128 G 0.041 0.002 0.035 0.012 0.875 0.035 129 A 0.038 0.005 0.051 0.015 0.847 0.044 130 D 0.296 0.018 0.020 0.006 0.536 0.124 131 L 0.744 0.006 0.002 0.002 0.082 0.164 132 H 0.937 0.003 0.001 0.001 0.009 0.050 133 L 0.979 0.004 0.001 0.001 0.003 0.014 134 W 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 135 I 0.944 0.002 0.001 0.001 0.010 0.042 136 G 0.709 0.004 0.001 0.002 0.043 0.240 137 R 0.403 0.016 0.003 0.003 0.108 0.467 138 R 0.145 0.033 0.008 0.004 0.144 0.666 139 S 0.097 0.068 0.023 0.007 0.429 0.376 140 P 0.055 0.033 0.069 0.020 0.600 0.223 141 D 0.013 0.017 0.050 0.013 0.833 0.074 142 K 0.014 0.015 0.051 0.023 0.836 0.061 143 S 0.012 0.030 0.029 0.050 0.699 0.179 144 V 0.012 0.095 0.029 0.069 0.553 0.243 145 A 0.006 0.047 0.009 0.035 0.569 0.334 146 P 0.006 0.013 0.070 0.285 0.511 0.116 147 G 0.010 0.008 0.103 0.245 0.581 0.052 148 K 0.020 0.034 0.105 0.350 0.463 0.029 149 L 0.029 0.047 0.068 0.487 0.322 0.047 150 D 0.017 0.012 0.037 0.451 0.397 0.086 151 N 0.024 0.007 0.043 0.593 0.280 0.053 152 M 0.037 0.014 0.044 0.642 0.195 0.068 153 V 0.055 0.022 0.051 0.623 0.172 0.076 154 A 0.048 0.013 0.081 0.523 0.192 0.144 155 G 0.043 0.009 0.062 0.213 0.314 0.359 156 G 0.057 0.016 0.023 0.039 0.334 0.530 157 Q 0.043 0.063 0.016 0.022 0.290 0.566 158 P 0.030 0.053 0.028 0.015 0.752 0.121 159 A 0.015 0.008 0.054 0.021 0.789 0.113 160 D 0.008 0.007 0.041 0.026 0.778 0.141 161 L 0.019 0.030 0.027 0.040 0.684 0.199 162 S 0.016 0.023 0.003 0.035 0.147 0.776 163 L 0.001 0.001 0.010 0.925 0.033 0.030 164 R 0.001 0.001 0.005 0.974 0.016 0.004 165 Q 0.001 0.001 0.004 0.978 0.015 0.003 166 N 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.001 167 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 168 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.003 169 K 0.001 0.001 0.003 0.981 0.008 0.007 170 E 0.001 0.001 0.002 0.982 0.006 0.009 171 C 0.001 0.001 0.002 0.980 0.009 0.008 172 A 0.001 0.001 0.006 0.964 0.018 0.011 173 E 0.001 0.001 0.016 0.909 0.053 0.021 174 E 0.001 0.001 0.022 0.918 0.040 0.018 175 A 0.001 0.001 0.022 0.849 0.068 0.059 176 D 0.001 0.001 0.009 0.120 0.196 0.673 177 L 0.001 0.002 0.001 0.011 0.155 0.829 178 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.109 0.877 179 E 0.001 0.001 0.022 0.821 0.088 0.068 180 A 0.004 0.001 0.038 0.835 0.097 0.025 181 L 0.003 0.001 0.063 0.862 0.064 0.007 182 A 0.004 0.001 0.069 0.870 0.042 0.013 183 R 0.002 0.001 0.128 0.771 0.084 0.014 184 Q 0.001 0.001 0.076 0.694 0.173 0.055 185 A 0.006 0.001 0.030 0.328 0.352 0.283 186 I 0.011 0.014 0.037 0.183 0.347 0.408 187 P 0.081 0.011 0.035 0.074 0.304 0.495 188 V 0.199 0.006 0.027 0.048 0.298 0.422 189 G 0.503 0.005 0.017 0.026 0.153 0.296 190 A 0.891 0.003 0.004 0.009 0.029 0.064 191 I 0.952 0.003 0.002 0.007 0.012 0.026 192 T 0.943 0.002 0.003 0.011 0.014 0.028 193 Y 0.920 0.002 0.004 0.015 0.021 0.038 194 C 0.883 0.004 0.006 0.016 0.037 0.055 195 M 0.824 0.009 0.006 0.014 0.064 0.082 196 E 0.646 0.018 0.007 0.012 0.147 0.170 197 S 0.232 0.020 0.020 0.016 0.521 0.191 198 P 0.036 0.005 0.086 0.027 0.769 0.076 199 A 0.017 0.002 0.118 0.021 0.796 0.047 200 G 0.083 0.013 0.068 0.023 0.722 0.090 201 I 0.264 0.100 0.019 0.013 0.323 0.281 202 K 0.338 0.043 0.012 0.005 0.357 0.245 203 P 0.240 0.003 0.066 0.008 0.474 0.209 204 D 0.665 0.009 0.033 0.006 0.199 0.088 205 T 0.922 0.005 0.005 0.002 0.040 0.027 206 L 0.944 0.001 0.001 0.001 0.013 0.040 207 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 208 L 0.951 0.002 0.001 0.001 0.012 0.034 209 Y 0.872 0.001 0.001 0.002 0.038 0.087 210 D 0.605 0.009 0.003 0.002 0.098 0.283 211 L 0.540 0.035 0.002 0.002 0.091 0.330 212 A 0.451 0.028 0.001 0.002 0.098 0.419 213 L 0.225 0.041 0.003 0.003 0.143 0.586 214 P 0.109 0.065 0.011 0.002 0.712 0.101 215 E 0.038 0.006 0.035 0.004 0.846 0.071 216 D 0.032 0.002 0.044 0.005 0.864 0.053 217 F 0.220 0.099 0.029 0.005 0.563 0.083 218 R 0.339 0.074 0.010 0.008 0.215 0.355 219 P 0.318 0.059 0.013 0.010 0.215 0.385 220 H 0.181 0.052 0.011 0.009 0.340 0.408 221 N 0.121 0.034 0.012 0.010 0.383 0.440 222 T 0.115 0.023 0.014 0.008 0.428 0.412 223 D 0.101 0.019 0.026 0.012 0.594 0.248 224 G 0.133 0.009 0.048 0.021 0.570 0.220 225 E 0.432 0.019 0.035 0.022 0.273 0.219 226 M 0.679 0.014 0.028 0.016 0.157 0.105 227 A 0.759 0.008 0.014 0.011 0.103 0.105 228 D 0.861 0.009 0.009 0.005 0.058 0.059 229 F 0.867 0.006 0.021 0.003 0.054 0.049 230 M 0.879 0.002 0.015 0.002 0.044 0.059 231 L 0.876 0.004 0.016 0.004 0.045 0.055 232 W 0.780 0.043 0.002 0.002 0.050 0.122 233 P 0.302 0.024 0.001 0.008 0.087 0.577 234 A 0.003 0.001 0.017 0.938 0.029 0.013 235 A 0.001 0.001 0.007 0.974 0.016 0.003 236 K 0.001 0.001 0.006 0.984 0.009 0.001 237 V 0.001 0.001 0.002 0.981 0.009 0.007 238 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.002 239 E 0.001 0.001 0.004 0.979 0.014 0.002 240 A 0.001 0.001 0.005 0.975 0.015 0.004 241 V 0.001 0.001 0.015 0.939 0.033 0.010 242 R 0.001 0.001 0.065 0.826 0.085 0.024 243 T 0.001 0.001 0.106 0.657 0.180 0.055 244 T 0.004 0.001 0.068 0.384 0.337 0.207 245 E 0.003 0.001 0.018 0.020 0.363 0.594 246 A 0.058 0.015 0.015 0.011 0.378 0.524 247 F 0.250 0.058 0.014 0.015 0.301 0.363 248 K 0.205 0.042 0.012 0.007 0.664 0.069 249 F 0.077 0.008 0.035 0.017 0.764 0.098 250 N 0.049 0.006 0.019 0.009 0.772 0.144 251 V 0.112 0.012 0.015 0.033 0.609 0.219 252 N 0.302 0.029 0.008 0.086 0.125 0.451 253 L 0.664 0.012 0.005 0.145 0.046 0.127 254 T 0.641 0.011 0.006 0.282 0.017 0.043 255 V 0.452 0.004 0.006 0.494 0.013 0.031 256 I 0.110 0.001 0.004 0.862 0.013 0.010 257 D 0.071 0.001 0.005 0.892 0.021 0.010 258 F 0.069 0.004 0.005 0.864 0.042 0.017 259 A 0.071 0.002 0.016 0.799 0.069 0.044 260 I 0.082 0.004 0.015 0.787 0.063 0.050 261 R 0.040 0.009 0.024 0.855 0.039 0.033 262 H 0.102 0.004 0.020 0.538 0.114 0.221 263 G 0.074 0.004 0.012 0.052 0.181 0.677 264 L 0.189 0.023 0.021 0.045 0.286 0.436 265 I 0.246 0.089 0.019 0.033 0.246 0.366 266 D 0.065 0.018 0.024 0.030 0.563 0.301 267 P 0.003 0.001 0.451 0.061 0.439 0.045 268 D 0.001 0.001 0.402 0.043 0.524 0.030 269 N 0.002 0.003 0.266 0.084 0.598 0.047 270 E 0.003 0.005 0.068 0.172 0.545 0.207 271 P 0.004 0.009 0.055 0.328 0.322 0.282 272 D 0.017 0.024 0.048 0.310 0.192 0.409 273 Y 0.005 0.002 0.014 0.931 0.019 0.028 274 Q 0.002 0.001 0.006 0.979 0.007 0.006 275 E 0.002 0.001 0.006 0.988 0.003 0.001 276 I 0.002 0.001 0.003 0.989 0.004 0.001 277 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 278 A 0.002 0.001 0.007 0.970 0.016 0.006 279 G 0.001 0.001 0.009 0.942 0.026 0.021 280 L 0.009 0.007 0.011 0.796 0.067 0.110 281 R 0.016 0.012 0.057 0.410 0.187 0.319 282 G 0.054 0.016 0.064 0.171 0.284 0.411 283 R 0.075 0.007 0.057 0.062 0.228 0.571 284 P 0.079 0.024 0.013 0.023 0.175 0.686 285 R 0.065 0.009 0.006 0.007 0.099 0.814 286 E 0.084 0.018 0.006 0.009 0.108 0.775 287 R 0.094 0.023 0.019 0.013 0.139 0.712 288 A 0.109 0.018 0.014 0.010 0.139 0.709 289 A 0.068 0.008 0.013 0.008 0.141 0.762 290 S 0.029 0.013 0.004 0.004 0.092 0.857 291 P 0.019 0.019 0.006 0.011 0.116 0.829 292 A 0.001 0.003 0.001 0.003 0.031 0.960