# TARGET T0513 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0513.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 146 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 S 0.025 0.022 0.012 0.139 0.004 0.053 0.745 3 F 0.018 0.009 0.025 0.245 0.168 0.146 0.389 4 L 0.013 0.008 0.023 0.392 0.153 0.100 0.311 5 K 0.013 0.006 0.021 0.510 0.120 0.087 0.243 6 H 0.010 0.003 0.021 0.697 0.060 0.061 0.148 7 V 0.012 0.004 0.027 0.775 0.040 0.025 0.118 8 Q 0.011 0.002 0.027 0.842 0.024 0.031 0.062 9 D 0.007 0.005 0.045 0.818 0.018 0.064 0.044 10 C 0.005 0.008 0.064 0.722 0.023 0.130 0.047 11 N 0.005 0.003 0.061 0.466 0.036 0.383 0.046 12 T 0.007 0.005 0.062 0.311 0.104 0.356 0.155 13 H 0.008 0.010 0.053 0.128 0.238 0.098 0.465 14 D 0.013 0.013 0.098 0.073 0.139 0.105 0.558 15 L 0.011 0.007 0.340 0.085 0.111 0.297 0.149 16 S 0.020 0.004 0.389 0.047 0.112 0.292 0.136 17 N 0.068 0.006 0.241 0.044 0.175 0.229 0.237 18 F 0.248 0.023 0.064 0.033 0.145 0.117 0.371 19 V 0.522 0.015 0.010 0.013 0.095 0.015 0.330 20 R 0.728 0.013 0.004 0.006 0.027 0.007 0.215 21 F 0.802 0.022 0.002 0.005 0.013 0.004 0.153 22 V 0.751 0.022 0.004 0.005 0.024 0.013 0.181 23 I 0.545 0.010 0.014 0.006 0.046 0.066 0.313 24 E 0.065 0.003 0.020 0.006 0.118 0.743 0.045 25 G 0.046 0.002 0.015 0.003 0.190 0.688 0.056 26 R 0.363 0.011 0.003 0.003 0.166 0.020 0.433 27 R 0.623 0.049 0.003 0.004 0.045 0.011 0.265 28 V 0.843 0.025 0.005 0.005 0.017 0.016 0.089 29 G 0.765 0.004 0.009 0.011 0.042 0.039 0.130 30 W 0.784 0.009 0.009 0.011 0.065 0.023 0.099 31 V 0.609 0.060 0.005 0.016 0.056 0.010 0.244 32 R 0.158 0.009 0.003 0.028 0.043 0.009 0.750 33 K 0.001 0.001 0.067 0.885 0.010 0.029 0.008 34 A 0.001 0.001 0.059 0.901 0.007 0.029 0.003 35 L 0.001 0.001 0.060 0.914 0.003 0.018 0.003 36 A 0.001 0.001 0.032 0.943 0.004 0.013 0.007 37 Q 0.002 0.001 0.046 0.865 0.006 0.074 0.007 38 R 0.002 0.001 0.069 0.803 0.009 0.109 0.009 39 L 0.004 0.007 0.071 0.740 0.047 0.091 0.039 40 K 0.011 0.004 0.084 0.547 0.046 0.254 0.054 41 A 0.013 0.004 0.064 0.379 0.126 0.292 0.122 42 H 0.020 0.011 0.049 0.129 0.208 0.089 0.494 43 G 0.018 0.008 0.128 0.113 0.138 0.382 0.213 44 R 0.047 0.009 0.185 0.089 0.130 0.343 0.197 45 V 0.203 0.023 0.142 0.081 0.137 0.114 0.300 46 F 0.465 0.031 0.037 0.050 0.072 0.053 0.292 47 D 0.525 0.031 0.020 0.027 0.079 0.052 0.266 48 V 0.375 0.045 0.012 0.016 0.129 0.054 0.369 49 T 0.186 0.014 0.012 0.011 0.162 0.080 0.536 50 R 0.091 0.008 0.078 0.041 0.275 0.339 0.168 51 D 0.184 0.009 0.097 0.050 0.241 0.242 0.177 52 A 0.575 0.016 0.051 0.043 0.075 0.043 0.196 53 V 0.790 0.022 0.014 0.030 0.021 0.015 0.106 54 L 0.784 0.018 0.013 0.029 0.022 0.019 0.115 55 L 0.677 0.026 0.015 0.032 0.048 0.024 0.178 56 S 0.358 0.020 0.022 0.030 0.115 0.035 0.420 57 A 0.117 0.016 0.062 0.042 0.195 0.147 0.421 58 S 0.040 0.018 0.064 0.033 0.210 0.187 0.448 59 L 0.022 0.013 0.080 0.040 0.266 0.239 0.339 60 R 0.010 0.013 0.043 0.043 0.383 0.180 0.327 61 T 0.003 0.012 0.024 0.052 0.272 0.062 0.576 62 P 0.001 0.003 0.114 0.436 0.138 0.163 0.145 63 Q 0.002 0.003 0.128 0.510 0.067 0.215 0.075 64 S 0.002 0.007 0.153 0.571 0.048 0.141 0.078 65 R 0.002 0.004 0.044 0.708 0.047 0.072 0.123 66 T 0.002 0.002 0.009 0.789 0.051 0.043 0.104 67 R 0.001 0.001 0.005 0.966 0.005 0.016 0.007 68 A 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.011 0.006 69 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 70 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 71 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 74 D 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.011 0.002 76 L 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.009 0.006 77 A 0.001 0.001 0.005 0.948 0.006 0.030 0.010 78 D 0.001 0.001 0.016 0.817 0.007 0.147 0.011 79 E 0.001 0.001 0.013 0.224 0.020 0.728 0.015 80 G 0.001 0.001 0.008 0.041 0.052 0.843 0.056 81 V 0.005 0.014 0.015 0.025 0.129 0.056 0.756 82 V 0.019 0.060 0.039 0.023 0.132 0.031 0.696 83 P 0.033 0.009 0.101 0.042 0.184 0.236 0.395 84 A 0.046 0.017 0.165 0.071 0.151 0.276 0.273 85 P 0.098 0.026 0.150 0.090 0.149 0.110 0.377 86 R 0.179 0.032 0.156 0.104 0.085 0.134 0.310 87 G 0.129 0.015 0.168 0.095 0.130 0.213 0.250 88 E 0.164 0.016 0.087 0.057 0.223 0.129 0.324 89 L 0.231 0.019 0.035 0.037 0.152 0.073 0.453 90 Y 0.351 0.022 0.016 0.025 0.163 0.021 0.401 91 R 0.463 0.027 0.013 0.015 0.050 0.018 0.414 92 V 0.558 0.032 0.011 0.010 0.051 0.015 0.324 93 N 0.590 0.079 0.007 0.008 0.058 0.013 0.244 94 Q 0.313 0.059 0.013 0.010 0.070 0.037 0.498 95 S 0.064 0.010 0.030 0.005 0.145 0.234 0.512 96 W 0.016 0.004 0.022 0.003 0.239 0.604 0.112 97 G 0.015 0.005 0.015 0.005 0.457 0.378 0.124 98 E 0.066 0.007 0.004 0.009 0.495 0.059 0.360 99 P 0.259 0.037 0.005 0.016 0.113 0.024 0.547 100 T 0.534 0.075 0.007 0.017 0.045 0.009 0.313 101 L 0.827 0.012 0.008 0.020 0.028 0.006 0.099 102 M 0.872 0.005 0.005 0.038 0.009 0.004 0.067 103 L 0.899 0.005 0.003 0.047 0.005 0.003 0.037 104 L 0.866 0.005 0.006 0.078 0.008 0.006 0.031 105 D 0.695 0.004 0.014 0.187 0.025 0.013 0.062 106 R 0.428 0.005 0.046 0.343 0.042 0.026 0.110 107 A 0.195 0.007 0.075 0.497 0.047 0.092 0.087 108 V 0.165 0.012 0.080 0.526 0.033 0.108 0.075 109 V 0.099 0.010 0.164 0.464 0.071 0.096 0.096 110 P 0.079 0.003 0.156 0.417 0.081 0.169 0.095 111 T 0.024 0.006 0.172 0.361 0.049 0.335 0.051 112 F 0.052 0.008 0.062 0.179 0.136 0.454 0.109 113 G 0.172 0.006 0.026 0.060 0.152 0.344 0.240 114 V 0.422 0.022 0.019 0.050 0.107 0.058 0.322 115 R 0.637 0.029 0.017 0.030 0.047 0.031 0.208 116 A 0.578 0.012 0.021 0.018 0.093 0.041 0.236 117 Y 0.591 0.009 0.022 0.010 0.169 0.043 0.155 118 G 0.779 0.006 0.010 0.004 0.046 0.022 0.133 119 V 0.902 0.004 0.004 0.003 0.020 0.009 0.060 120 H 0.962 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.022 121 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.025 122 N 0.962 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.029 123 G 0.934 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.053 124 Y 0.939 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.049 125 V 0.909 0.013 0.001 0.001 0.009 0.002 0.067 126 G 0.617 0.015 0.003 0.001 0.050 0.029 0.286 127 A 0.167 0.008 0.013 0.002 0.183 0.355 0.273 128 G 0.011 0.003 0.014 0.001 0.153 0.789 0.029 129 A 0.014 0.002 0.015 0.001 0.316 0.592 0.061 130 D 0.200 0.015 0.012 0.001 0.277 0.164 0.330 131 L 0.658 0.025 0.005 0.001 0.039 0.022 0.251 132 H 0.932 0.009 0.001 0.001 0.008 0.002 0.048 133 L 0.969 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 134 W 0.969 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 135 I 0.947 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 136 G 0.859 0.002 0.003 0.001 0.009 0.002 0.124 137 R 0.729 0.024 0.013 0.003 0.026 0.012 0.192 138 R 0.570 0.053 0.014 0.004 0.092 0.025 0.242 139 S 0.158 0.019 0.032 0.007 0.148 0.061 0.575 140 P 0.028 0.030 0.048 0.008 0.363 0.257 0.265 141 D 0.017 0.016 0.048 0.005 0.319 0.309 0.285 142 K 0.028 0.028 0.045 0.009 0.409 0.091 0.390 143 S 0.032 0.035 0.025 0.007 0.207 0.112 0.583 144 V 0.024 0.050 0.019 0.007 0.299 0.073 0.529 145 A 0.012 0.030 0.008 0.006 0.277 0.023 0.644 146 P 0.002 0.003 0.110 0.037 0.078 0.709 0.062 147 G 0.002 0.005 0.088 0.020 0.094 0.737 0.053 148 K 0.018 0.047 0.187 0.129 0.189 0.135 0.295 149 L 0.057 0.068 0.066 0.273 0.088 0.103 0.344 150 D 0.068 0.019 0.080 0.345 0.136 0.111 0.240 151 N 0.121 0.031 0.110 0.369 0.099 0.100 0.170 152 M 0.137 0.015 0.081 0.398 0.063 0.198 0.107 153 V 0.095 0.018 0.056 0.355 0.040 0.377 0.059 154 A 0.051 0.010 0.038 0.212 0.071 0.510 0.108 155 G 0.027 0.009 0.023 0.049 0.183 0.484 0.225 156 G 0.040 0.023 0.024 0.019 0.352 0.156 0.385 157 Q 0.082 0.156 0.046 0.032 0.141 0.046 0.497 158 P 0.038 0.055 0.080 0.026 0.152 0.104 0.546 159 A 0.012 0.008 0.113 0.022 0.179 0.444 0.223 160 D 0.006 0.005 0.061 0.020 0.251 0.467 0.190 161 L 0.004 0.012 0.023 0.038 0.554 0.060 0.309 162 S 0.003 0.023 0.006 0.064 0.195 0.014 0.694 163 L 0.001 0.001 0.031 0.890 0.015 0.036 0.027 164 R 0.001 0.001 0.010 0.962 0.005 0.016 0.007 165 Q 0.001 0.001 0.004 0.984 0.004 0.005 0.004 166 N 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.004 167 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 168 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 169 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 170 E 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.013 0.003 171 C 0.001 0.001 0.001 0.970 0.003 0.016 0.008 172 A 0.001 0.001 0.005 0.926 0.007 0.057 0.005 173 E 0.001 0.001 0.013 0.849 0.009 0.124 0.005 174 E 0.001 0.004 0.036 0.687 0.042 0.201 0.030 175 A 0.005 0.003 0.035 0.406 0.092 0.361 0.099 176 D 0.005 0.009 0.044 0.107 0.127 0.439 0.269 177 L 0.007 0.033 0.009 0.045 0.371 0.028 0.507 178 P 0.006 0.005 0.007 0.039 0.030 0.012 0.902 179 E 0.001 0.001 0.088 0.841 0.012 0.047 0.012 180 A 0.001 0.001 0.088 0.863 0.008 0.032 0.008 181 L 0.001 0.001 0.084 0.876 0.008 0.020 0.011 182 A 0.001 0.003 0.033 0.906 0.006 0.032 0.018 183 R 0.003 0.001 0.048 0.730 0.013 0.186 0.019 184 Q 0.004 0.001 0.049 0.572 0.019 0.332 0.022 185 A 0.016 0.012 0.060 0.360 0.107 0.256 0.189 186 I 0.053 0.018 0.032 0.137 0.199 0.082 0.479 187 P 0.099 0.014 0.045 0.094 0.258 0.137 0.353 188 V 0.192 0.016 0.032 0.064 0.213 0.141 0.341 189 G 0.355 0.007 0.018 0.034 0.165 0.134 0.286 190 A 0.707 0.008 0.007 0.017 0.061 0.024 0.175 191 I 0.885 0.005 0.005 0.012 0.014 0.009 0.069 192 T 0.893 0.004 0.004 0.013 0.013 0.007 0.066 193 Y 0.815 0.007 0.007 0.019 0.020 0.014 0.117 194 C 0.712 0.015 0.010 0.019 0.042 0.024 0.179 195 M 0.577 0.017 0.013 0.019 0.078 0.035 0.261 196 E 0.382 0.022 0.014 0.023 0.158 0.052 0.349 197 S 0.157 0.016 0.021 0.026 0.179 0.068 0.533 198 P 0.042 0.008 0.098 0.041 0.177 0.324 0.310 199 A 0.018 0.005 0.138 0.033 0.172 0.489 0.144 200 G 0.055 0.007 0.099 0.029 0.193 0.327 0.290 201 I 0.190 0.039 0.024 0.028 0.157 0.067 0.495 202 K 0.230 0.027 0.005 0.008 0.080 0.010 0.641 203 P 0.273 0.013 0.051 0.036 0.142 0.070 0.414 204 D 0.477 0.009 0.046 0.022 0.202 0.058 0.185 205 T 0.882 0.007 0.007 0.007 0.018 0.004 0.075 206 L 0.965 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.023 207 F 0.987 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 208 L 0.970 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.022 209 Y 0.897 0.003 0.003 0.004 0.023 0.007 0.063 210 D 0.801 0.007 0.005 0.005 0.034 0.007 0.142 211 L 0.644 0.007 0.010 0.006 0.054 0.034 0.245 212 A 0.610 0.033 0.010 0.007 0.081 0.053 0.206 213 L 0.218 0.085 0.007 0.005 0.115 0.021 0.550 214 P 0.038 0.010 0.010 0.001 0.067 0.022 0.853 215 E 0.005 0.003 0.052 0.003 0.120 0.769 0.049 216 D 0.006 0.004 0.057 0.002 0.074 0.776 0.082 217 F 0.026 0.040 0.010 0.002 0.092 0.017 0.814 218 R 0.060 0.182 0.003 0.001 0.082 0.012 0.659 219 P 0.049 0.065 0.003 0.002 0.190 0.018 0.673 220 H 0.027 0.054 0.004 0.002 0.101 0.031 0.780 221 N 0.016 0.028 0.012 0.007 0.227 0.111 0.598 222 T 0.006 0.016 0.022 0.011 0.301 0.199 0.445 223 D 0.003 0.011 0.052 0.047 0.386 0.224 0.277 224 G 0.008 0.010 0.073 0.112 0.287 0.334 0.176 225 E 0.031 0.038 0.141 0.193 0.152 0.158 0.287 226 M 0.104 0.058 0.132 0.185 0.094 0.096 0.331 227 A 0.156 0.031 0.137 0.206 0.129 0.108 0.233 228 D 0.237 0.015 0.128 0.229 0.079 0.135 0.178 229 F 0.339 0.015 0.046 0.124 0.089 0.069 0.318 230 M 0.607 0.008 0.029 0.095 0.091 0.038 0.133 231 L 0.699 0.017 0.009 0.048 0.034 0.035 0.158 232 W 0.429 0.032 0.002 0.016 0.104 0.009 0.408 233 P 0.126 0.017 0.001 0.011 0.060 0.002 0.784 234 A 0.001 0.001 0.008 0.973 0.006 0.007 0.005 235 A 0.001 0.001 0.012 0.970 0.005 0.011 0.002 236 K 0.001 0.001 0.012 0.979 0.001 0.006 0.001 237 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 238 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.009 0.002 239 E 0.001 0.001 0.002 0.972 0.002 0.019 0.003 240 A 0.001 0.001 0.003 0.957 0.005 0.025 0.008 241 V 0.005 0.007 0.009 0.896 0.020 0.040 0.022 242 R 0.006 0.002 0.017 0.794 0.022 0.122 0.037 243 T 0.003 0.002 0.016 0.620 0.034 0.285 0.040 244 T 0.003 0.002 0.021 0.332 0.102 0.467 0.073 245 E 0.005 0.002 0.015 0.075 0.318 0.368 0.216 246 A 0.018 0.007 0.012 0.026 0.364 0.084 0.489 247 F 0.125 0.061 0.010 0.036 0.104 0.029 0.634 248 K 0.065 0.010 0.010 0.032 0.082 0.015 0.786 249 F 0.043 0.017 0.080 0.224 0.152 0.192 0.292 250 N 0.022 0.009 0.084 0.247 0.208 0.253 0.177 251 V 0.048 0.007 0.023 0.598 0.067 0.021 0.236 252 N 0.019 0.001 0.005 0.922 0.012 0.008 0.033 253 L 0.016 0.001 0.002 0.968 0.003 0.004 0.006 254 T 0.012 0.001 0.002 0.978 0.001 0.005 0.002 255 V 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 256 I 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 257 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 258 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 259 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.010 0.001 260 I 0.001 0.001 0.006 0.964 0.002 0.025 0.002 261 R 0.002 0.001 0.012 0.840 0.010 0.129 0.007 262 H 0.001 0.001 0.017 0.364 0.017 0.590 0.009 263 G 0.007 0.005 0.016 0.077 0.143 0.648 0.105 264 L 0.036 0.027 0.013 0.034 0.183 0.062 0.645 265 I 0.080 0.119 0.016 0.032 0.140 0.028 0.585 266 D 0.022 0.019 0.014 0.012 0.060 0.028 0.846 267 P 0.003 0.002 0.120 0.047 0.094 0.599 0.134 268 D 0.001 0.002 0.088 0.040 0.116 0.713 0.041 269 N 0.004 0.006 0.067 0.071 0.378 0.178 0.295 270 E 0.003 0.012 0.044 0.156 0.181 0.114 0.491 271 P 0.003 0.009 0.056 0.352 0.082 0.384 0.114 272 D 0.006 0.012 0.030 0.473 0.071 0.270 0.139 273 Y 0.003 0.002 0.007 0.925 0.022 0.012 0.030 274 Q 0.003 0.001 0.002 0.976 0.003 0.004 0.010 275 E 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.005 0.004 276 I 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.007 0.001 277 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.016 0.002 278 A 0.001 0.001 0.006 0.931 0.003 0.055 0.004 279 G 0.001 0.001 0.011 0.787 0.017 0.163 0.019 280 L 0.006 0.010 0.074 0.564 0.052 0.182 0.113 281 R 0.017 0.022 0.244 0.270 0.092 0.175 0.179 282 G 0.021 0.007 0.143 0.207 0.202 0.306 0.114 283 R 0.029 0.034 0.109 0.168 0.097 0.382 0.181 284 P 0.026 0.039 0.010 0.042 0.297 0.077 0.509 285 R 0.014 0.020 0.004 0.006 0.188 0.071 0.698 286 E 0.023 0.030 0.004 0.009 0.285 0.018 0.631 287 R 0.029 0.034 0.006 0.008 0.096 0.025 0.803 288 A 0.031 0.040 0.011 0.014 0.126 0.047 0.732 289 A 0.019 0.041 0.018 0.023 0.263 0.065 0.571 290 S 0.011 0.018 0.015 0.023 0.192 0.111 0.630 291 P 0.004 0.008 0.007 0.010 0.006 0.074 0.891 292 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999