# TARGET T0510 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0510.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 289 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.004 0.010 0.033 0.167 0.777 2 A 0.010 0.018 0.010 0.056 0.146 0.758 3 Y 0.013 0.022 0.010 0.142 0.174 0.638 4 D 0.008 0.011 0.005 0.214 0.111 0.651 5 G 0.001 0.001 0.002 0.945 0.014 0.036 6 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.008 7 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 9 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 13 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.008 0.008 14 S 0.001 0.001 0.003 0.977 0.011 0.009 15 L 0.001 0.001 0.011 0.935 0.030 0.023 16 Q 0.001 0.001 0.075 0.751 0.123 0.049 17 F 0.001 0.001 0.081 0.636 0.202 0.079 18 L 0.003 0.002 0.060 0.510 0.274 0.150 19 T 0.011 0.005 0.030 0.321 0.323 0.310 20 T 0.038 0.006 0.030 0.157 0.304 0.465 21 G 0.225 0.017 0.040 0.137 0.245 0.335 22 R 0.461 0.022 0.055 0.143 0.150 0.170 23 V 0.608 0.010 0.070 0.125 0.093 0.095 24 H 0.522 0.008 0.099 0.144 0.120 0.108 25 K 0.511 0.008 0.089 0.137 0.139 0.115 26 I 0.515 0.010 0.048 0.099 0.173 0.156 27 N 0.551 0.048 0.019 0.042 0.150 0.190 28 Q 0.373 0.028 0.012 0.016 0.435 0.136 29 P 0.139 0.014 0.028 0.018 0.660 0.142 30 D 0.069 0.018 0.025 0.004 0.823 0.060 31 N 0.037 0.003 0.039 0.003 0.890 0.028 32 D 0.148 0.002 0.034 0.004 0.640 0.172 33 T 0.872 0.016 0.003 0.001 0.071 0.037 34 I 0.973 0.002 0.001 0.001 0.007 0.017 35 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 36 M 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 37 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 38 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 39 R 0.959 0.003 0.001 0.001 0.017 0.020 40 Q 0.822 0.012 0.005 0.001 0.117 0.044 41 N 0.149 0.004 0.050 0.004 0.733 0.060 42 R 0.037 0.003 0.086 0.007 0.837 0.029 43 Q 0.078 0.013 0.107 0.015 0.749 0.037 44 N 0.247 0.005 0.027 0.008 0.520 0.193 45 H 0.827 0.006 0.002 0.001 0.059 0.104 46 Q 0.963 0.003 0.001 0.001 0.008 0.025 47 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 48 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 49 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 50 S 0.936 0.002 0.001 0.001 0.021 0.039 51 I 0.694 0.021 0.003 0.002 0.082 0.198 52 H 0.271 0.026 0.011 0.002 0.545 0.144 53 P 0.057 0.003 0.023 0.003 0.793 0.121 54 N 0.047 0.006 0.023 0.003 0.793 0.128 55 F 0.144 0.046 0.011 0.002 0.647 0.150 56 S 0.271 0.005 0.006 0.003 0.208 0.506 57 R 0.808 0.016 0.005 0.003 0.054 0.114 58 L 0.931 0.006 0.002 0.002 0.018 0.041 59 Q 0.936 0.005 0.002 0.002 0.016 0.039 60 L 0.904 0.005 0.001 0.002 0.019 0.068 61 T 0.654 0.007 0.003 0.004 0.087 0.245 62 T 0.258 0.014 0.008 0.008 0.232 0.479 63 K 0.065 0.020 0.011 0.010 0.331 0.563 64 K 0.032 0.021 0.015 0.008 0.290 0.634 65 Y 0.029 0.027 0.030 0.014 0.314 0.586 66 D 0.031 0.025 0.042 0.020 0.346 0.535 67 N 0.023 0.019 0.058 0.022 0.503 0.374 68 P 0.009 0.011 0.076 0.040 0.540 0.324 69 F 0.006 0.012 0.153 0.069 0.499 0.261 70 N 0.006 0.019 0.074 0.069 0.519 0.313 71 P 0.003 0.007 0.027 0.130 0.303 0.530 72 P 0.002 0.009 0.017 0.358 0.160 0.454 73 M 0.001 0.004 0.007 0.829 0.046 0.112 74 F 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.008 75 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 81 H 0.001 0.001 0.001 0.981 0.010 0.008 82 L 0.001 0.002 0.006 0.935 0.043 0.014 83 E 0.002 0.002 0.014 0.768 0.161 0.053 84 G 0.009 0.002 0.021 0.256 0.446 0.265 85 G 0.049 0.002 0.011 0.024 0.428 0.485 86 I 0.312 0.015 0.010 0.012 0.179 0.472 87 I 0.807 0.011 0.005 0.006 0.052 0.119 88 E 0.882 0.004 0.004 0.008 0.033 0.069 89 S 0.935 0.003 0.004 0.004 0.017 0.037 90 I 0.886 0.003 0.007 0.005 0.033 0.065 91 K 0.870 0.005 0.007 0.004 0.048 0.066 92 Q 0.747 0.008 0.014 0.008 0.127 0.095 93 I 0.462 0.015 0.013 0.008 0.331 0.170 94 G 0.126 0.006 0.023 0.005 0.724 0.116 95 N 0.051 0.007 0.061 0.004 0.805 0.072 96 D 0.158 0.001 0.024 0.002 0.618 0.196 97 R 0.854 0.002 0.002 0.001 0.063 0.078 98 R 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 99 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 100 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 101 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 102 D 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 103 I 0.895 0.002 0.001 0.001 0.027 0.073 104 K 0.620 0.019 0.003 0.002 0.113 0.243 105 S 0.298 0.029 0.012 0.005 0.301 0.355 106 K 0.085 0.012 0.060 0.014 0.552 0.275 107 D 0.036 0.008 0.158 0.049 0.606 0.143 108 E 0.038 0.009 0.199 0.094 0.575 0.085 109 I 0.049 0.013 0.154 0.125 0.548 0.110 110 G 0.074 0.007 0.035 0.047 0.563 0.275 111 D 0.146 0.014 0.025 0.018 0.411 0.385 112 T 0.319 0.056 0.028 0.017 0.311 0.268 113 I 0.442 0.022 0.027 0.010 0.225 0.274 114 Y 0.575 0.006 0.016 0.005 0.150 0.249 115 R 0.867 0.004 0.002 0.001 0.038 0.088 116 T 0.959 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 117 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 118 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 119 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 120 E 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 121 I 0.902 0.002 0.001 0.001 0.043 0.051 122 M 0.635 0.012 0.009 0.002 0.180 0.163 123 G 0.167 0.006 0.038 0.004 0.681 0.104 124 K 0.061 0.005 0.135 0.014 0.709 0.077 125 H 0.175 0.024 0.033 0.006 0.633 0.129 126 S 0.260 0.009 0.014 0.003 0.543 0.171 127 N 0.450 0.001 0.005 0.001 0.205 0.337 128 L 0.952 0.008 0.001 0.001 0.018 0.021 129 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 130 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 131 V 0.957 0.008 0.001 0.001 0.011 0.024 132 D 0.486 0.019 0.002 0.001 0.462 0.029 133 E 0.033 0.002 0.004 0.003 0.942 0.016 134 N 0.017 0.001 0.004 0.002 0.968 0.008 135 R 0.072 0.004 0.010 0.010 0.888 0.016 136 K 0.818 0.016 0.001 0.008 0.059 0.097 137 I 0.957 0.017 0.001 0.004 0.007 0.014 138 I 0.952 0.001 0.002 0.010 0.008 0.026 139 E 0.952 0.007 0.004 0.013 0.011 0.013 140 G 0.763 0.003 0.033 0.064 0.068 0.069 141 F 0.703 0.004 0.034 0.066 0.111 0.081 142 K 0.617 0.010 0.047 0.093 0.139 0.095 143 H 0.523 0.014 0.034 0.064 0.202 0.164 144 L 0.342 0.033 0.018 0.044 0.221 0.341 145 T 0.113 0.023 0.024 0.029 0.470 0.342 146 P 0.023 0.006 0.170 0.078 0.599 0.124 147 N 0.019 0.007 0.198 0.092 0.575 0.109 148 T 0.055 0.017 0.213 0.059 0.556 0.100 149 N 0.122 0.009 0.058 0.040 0.438 0.333 150 H 0.342 0.016 0.040 0.026 0.304 0.272 151 Y 0.429 0.038 0.035 0.021 0.201 0.276 152 R 0.511 0.016 0.023 0.020 0.125 0.305 153 T 0.578 0.018 0.012 0.017 0.089 0.286 154 V 0.393 0.072 0.008 0.020 0.124 0.384 155 M 0.217 0.063 0.007 0.009 0.578 0.125 156 P 0.075 0.004 0.007 0.004 0.778 0.133 157 G 0.051 0.003 0.005 0.002 0.822 0.117 158 F 0.369 0.108 0.002 0.001 0.412 0.107 159 N 0.457 0.052 0.001 0.002 0.078 0.410 160 Y 0.340 0.065 0.005 0.006 0.084 0.500 161 E 0.123 0.029 0.005 0.007 0.092 0.744 162 A 0.065 0.016 0.006 0.011 0.098 0.805 163 P 0.034 0.014 0.008 0.012 0.183 0.748 164 P 0.028 0.018 0.041 0.047 0.285 0.582 165 T 0.015 0.011 0.104 0.079 0.416 0.376 166 Q 0.009 0.010 0.163 0.085 0.547 0.186 167 H 0.010 0.010 0.091 0.073 0.578 0.238 168 K 0.010 0.021 0.049 0.089 0.500 0.331 169 I 0.011 0.027 0.018 0.079 0.416 0.448 170 N 0.008 0.017 0.013 0.038 0.465 0.458 171 P 0.012 0.013 0.103 0.099 0.557 0.215 172 Y 0.017 0.009 0.121 0.104 0.529 0.219 173 D 0.039 0.018 0.101 0.098 0.398 0.346 174 I 0.036 0.035 0.028 0.124 0.220 0.558 175 T 0.018 0.010 0.007 0.111 0.088 0.765 176 G 0.005 0.001 0.026 0.864 0.042 0.062 177 A 0.003 0.001 0.021 0.916 0.033 0.027 178 E 0.002 0.001 0.033 0.928 0.026 0.011 179 V 0.002 0.001 0.011 0.960 0.018 0.009 180 L 0.002 0.001 0.016 0.955 0.020 0.007 181 K 0.001 0.001 0.017 0.935 0.031 0.015 182 Y 0.001 0.001 0.020 0.893 0.047 0.039 183 I 0.002 0.003 0.042 0.809 0.093 0.050 184 D 0.002 0.002 0.037 0.701 0.154 0.104 185 F 0.002 0.001 0.038 0.529 0.214 0.216 186 N 0.003 0.003 0.022 0.181 0.320 0.472 187 A 0.003 0.003 0.038 0.362 0.331 0.264 188 G 0.002 0.002 0.032 0.555 0.215 0.195 189 N 0.003 0.003 0.043 0.688 0.133 0.131 190 I 0.003 0.003 0.027 0.906 0.032 0.031 191 A 0.004 0.001 0.019 0.935 0.021 0.021 192 K 0.003 0.001 0.020 0.943 0.019 0.014 193 Q 0.003 0.001 0.017 0.953 0.015 0.012 194 L 0.003 0.001 0.010 0.958 0.016 0.012 195 L 0.004 0.001 0.011 0.952 0.020 0.013 196 N 0.004 0.001 0.009 0.922 0.036 0.028 197 Q 0.005 0.002 0.014 0.861 0.052 0.066 198 F 0.007 0.005 0.028 0.732 0.125 0.103 199 E 0.007 0.004 0.048 0.593 0.180 0.167 200 G 0.004 0.003 0.024 0.134 0.219 0.616 201 F 0.003 0.010 0.007 0.101 0.199 0.679 202 S 0.001 0.002 0.002 0.053 0.062 0.879 203 P 0.001 0.001 0.010 0.947 0.013 0.030 204 L 0.001 0.001 0.010 0.971 0.012 0.007 205 I 0.001 0.001 0.015 0.973 0.008 0.004 206 T 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 207 N 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 208 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 209 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 210 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.003 211 S 0.001 0.001 0.004 0.977 0.011 0.008 212 R 0.001 0.001 0.005 0.956 0.018 0.020 213 R 0.002 0.002 0.008 0.887 0.032 0.069 214 Q 0.006 0.005 0.010 0.150 0.170 0.658 215 F 0.007 0.013 0.022 0.081 0.328 0.548 216 M 0.008 0.015 0.031 0.043 0.791 0.112 217 T 0.003 0.001 0.037 0.045 0.835 0.077 218 S 0.010 0.004 0.029 0.033 0.809 0.115 219 S 0.066 0.043 0.024 0.056 0.631 0.181 220 T 0.094 0.045 0.017 0.058 0.255 0.530 221 L 0.049 0.020 0.341 0.176 0.273 0.140 222 P 0.019 0.004 0.495 0.131 0.246 0.105 223 E 0.018 0.005 0.426 0.185 0.230 0.136 224 A 0.016 0.014 0.106 0.238 0.281 0.345 225 F 0.009 0.006 0.010 0.216 0.136 0.624 226 D 0.002 0.001 0.013 0.898 0.044 0.043 227 E 0.002 0.001 0.010 0.926 0.038 0.024 228 V 0.001 0.001 0.015 0.930 0.035 0.018 229 M 0.001 0.001 0.007 0.960 0.015 0.016 230 A 0.001 0.001 0.006 0.955 0.022 0.015 231 E 0.001 0.001 0.007 0.961 0.017 0.014 232 T 0.001 0.001 0.005 0.952 0.016 0.026 233 K 0.001 0.001 0.005 0.957 0.017 0.019 234 L 0.001 0.001 0.005 0.948 0.020 0.026 235 P 0.001 0.001 0.007 0.940 0.020 0.031 236 P 0.002 0.001 0.004 0.954 0.014 0.025 237 T 0.001 0.001 0.005 0.958 0.013 0.022 238 P 0.001 0.001 0.006 0.967 0.010 0.016 239 I 0.001 0.001 0.005 0.975 0.008 0.011 240 F 0.001 0.001 0.007 0.973 0.011 0.008 241 H 0.001 0.001 0.007 0.969 0.014 0.008 242 K 0.001 0.001 0.010 0.948 0.024 0.017 243 N 0.002 0.001 0.013 0.931 0.032 0.021 244 H 0.004 0.001 0.019 0.882 0.059 0.035 245 E 0.006 0.002 0.020 0.674 0.144 0.154 246 T 0.009 0.002 0.014 0.090 0.286 0.599 247 G 0.026 0.004 0.008 0.014 0.275 0.673 248 K 0.137 0.029 0.010 0.011 0.243 0.570 249 E 0.231 0.012 0.013 0.012 0.230 0.501 250 D 0.465 0.008 0.017 0.014 0.147 0.349 251 F 0.744 0.009 0.011 0.010 0.077 0.149 252 Y 0.856 0.009 0.005 0.006 0.044 0.080 253 F 0.827 0.009 0.004 0.006 0.062 0.091 254 I 0.612 0.013 0.009 0.009 0.232 0.124 255 K 0.149 0.007 0.028 0.019 0.658 0.139 256 L 0.057 0.003 0.040 0.023 0.770 0.106 257 N 0.219 0.016 0.026 0.021 0.554 0.163 258 Q 0.483 0.032 0.011 0.024 0.202 0.249 259 F 0.637 0.024 0.007 0.026 0.099 0.207 260 N 0.646 0.013 0.012 0.032 0.128 0.169 261 D 0.526 0.009 0.019 0.040 0.191 0.213 262 D 0.492 0.011 0.014 0.038 0.182 0.263 263 T 0.437 0.011 0.010 0.033 0.150 0.359 264 V 0.393 0.016 0.011 0.035 0.143 0.403 265 T 0.346 0.017 0.015 0.039 0.132 0.451 266 Y 0.263 0.025 0.025 0.067 0.163 0.458 267 D 0.109 0.012 0.024 0.098 0.208 0.549 268 S 0.064 0.009 0.016 0.094 0.193 0.623 269 L 0.016 0.004 0.071 0.651 0.146 0.111 270 N 0.012 0.002 0.078 0.697 0.143 0.067 271 D 0.012 0.002 0.088 0.706 0.146 0.046 272 L 0.013 0.003 0.056 0.762 0.117 0.049 273 L 0.010 0.003 0.032 0.805 0.101 0.050 274 D 0.012 0.002 0.035 0.626 0.177 0.147 275 R 0.027 0.005 0.037 0.583 0.179 0.170 276 F 0.055 0.029 0.035 0.509 0.203 0.168 277 Y 0.070 0.019 0.024 0.456 0.204 0.227 278 D 0.050 0.007 0.022 0.310 0.267 0.345 279 A 0.029 0.005 0.021 0.318 0.243 0.384 280 R 0.010 0.003 0.046 0.685 0.145 0.111 281 G 0.012 0.004 0.030 0.694 0.134 0.125 282 E 0.011 0.004 0.034 0.809 0.093 0.049 283 R 0.006 0.002 0.027 0.856 0.071 0.038 284 E 0.008 0.002 0.027 0.785 0.105 0.074 285 R 0.007 0.003 0.034 0.764 0.106 0.086 286 V 0.014 0.008 0.027 0.679 0.105 0.169 287 K 0.016 0.005 0.032 0.589 0.106 0.252 288 Q 0.009 0.003 0.015 0.266 0.086 0.621