# TARGET T0510 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0510.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 289 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.990 2 A 0.028 0.028 0.006 0.078 0.014 0.067 0.779 3 Y 0.038 0.017 0.006 0.115 0.106 0.038 0.680 4 D 0.065 0.008 0.008 0.294 0.130 0.053 0.443 5 G 0.031 0.002 0.004 0.896 0.017 0.014 0.035 6 L 0.014 0.001 0.002 0.965 0.003 0.004 0.011 7 F 0.004 0.001 0.001 0.985 0.002 0.002 0.004 8 T 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.002 9 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 10 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 12 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 13 E 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.012 0.001 14 S 0.001 0.001 0.004 0.934 0.002 0.058 0.002 15 L 0.001 0.002 0.020 0.887 0.006 0.063 0.023 16 Q 0.001 0.001 0.081 0.807 0.010 0.091 0.010 17 F 0.001 0.001 0.083 0.706 0.023 0.173 0.014 18 L 0.002 0.003 0.072 0.658 0.068 0.123 0.075 19 T 0.011 0.014 0.033 0.400 0.091 0.232 0.220 20 T 0.025 0.003 0.046 0.231 0.122 0.378 0.194 21 G 0.145 0.011 0.059 0.321 0.131 0.108 0.225 22 R 0.341 0.027 0.057 0.255 0.067 0.053 0.198 23 V 0.419 0.014 0.064 0.287 0.032 0.057 0.126 24 H 0.446 0.010 0.090 0.220 0.046 0.068 0.120 25 K 0.477 0.012 0.105 0.152 0.068 0.082 0.103 26 I 0.659 0.011 0.036 0.055 0.053 0.034 0.152 27 N 0.681 0.012 0.015 0.026 0.066 0.022 0.177 28 Q 0.621 0.031 0.008 0.013 0.051 0.026 0.250 29 P 0.210 0.021 0.015 0.009 0.106 0.072 0.568 30 D 0.073 0.012 0.035 0.002 0.221 0.135 0.522 31 N 0.004 0.001 0.051 0.001 0.100 0.829 0.013 32 D 0.012 0.001 0.035 0.001 0.102 0.821 0.029 33 T 0.575 0.008 0.007 0.001 0.086 0.013 0.311 34 I 0.933 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 35 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 36 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 38 V 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 39 R 0.924 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.062 40 Q 0.656 0.006 0.008 0.001 0.048 0.030 0.250 41 N 0.031 0.001 0.021 0.002 0.112 0.805 0.028 42 R 0.023 0.002 0.034 0.001 0.134 0.771 0.035 43 Q 0.189 0.007 0.030 0.002 0.269 0.250 0.253 44 N 0.374 0.018 0.008 0.001 0.163 0.123 0.313 45 H 0.714 0.005 0.002 0.001 0.073 0.007 0.198 46 Q 0.949 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.040 47 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 48 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 49 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 50 S 0.915 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.070 51 I 0.725 0.014 0.002 0.002 0.053 0.013 0.190 52 H 0.346 0.019 0.008 0.002 0.127 0.040 0.457 53 P 0.043 0.004 0.045 0.005 0.178 0.639 0.086 54 N 0.025 0.006 0.045 0.004 0.199 0.662 0.060 55 F 0.125 0.012 0.040 0.008 0.323 0.111 0.381 56 S 0.251 0.016 0.027 0.007 0.195 0.096 0.409 57 R 0.679 0.039 0.020 0.005 0.066 0.045 0.145 58 L 0.828 0.013 0.009 0.004 0.016 0.014 0.115 59 Q 0.888 0.006 0.006 0.005 0.015 0.016 0.063 60 L 0.856 0.013 0.004 0.005 0.017 0.014 0.091 61 T 0.592 0.014 0.006 0.006 0.075 0.025 0.284 62 T 0.284 0.014 0.009 0.007 0.189 0.051 0.446 63 K 0.134 0.041 0.014 0.013 0.190 0.046 0.562 64 K 0.058 0.026 0.021 0.010 0.142 0.049 0.694 65 Y 0.039 0.014 0.067 0.021 0.211 0.185 0.463 66 D 0.017 0.039 0.075 0.031 0.256 0.153 0.430 67 N 0.006 0.021 0.046 0.016 0.266 0.045 0.601 68 P 0.004 0.006 0.058 0.027 0.145 0.306 0.454 69 F 0.004 0.020 0.061 0.035 0.259 0.293 0.328 70 N 0.003 0.023 0.024 0.044 0.417 0.053 0.436 71 P 0.003 0.012 0.019 0.151 0.108 0.067 0.639 72 P 0.003 0.005 0.026 0.396 0.093 0.091 0.385 73 M 0.005 0.010 0.039 0.677 0.039 0.127 0.103 74 F 0.004 0.005 0.027 0.883 0.011 0.030 0.039 75 A 0.002 0.001 0.010 0.963 0.006 0.007 0.011 76 R 0.002 0.001 0.005 0.980 0.003 0.005 0.005 77 V 0.001 0.001 0.006 0.977 0.002 0.011 0.003 78 F 0.002 0.001 0.006 0.969 0.003 0.015 0.004 79 R 0.002 0.001 0.010 0.964 0.003 0.016 0.005 80 K 0.003 0.001 0.013 0.927 0.007 0.044 0.005 81 H 0.003 0.001 0.028 0.827 0.009 0.117 0.015 82 L 0.015 0.018 0.029 0.687 0.045 0.119 0.087 83 E 0.007 0.002 0.029 0.281 0.046 0.597 0.038 84 G 0.008 0.001 0.014 0.055 0.061 0.825 0.038 85 G 0.131 0.008 0.005 0.037 0.203 0.040 0.576 86 I 0.639 0.028 0.002 0.017 0.044 0.009 0.261 87 I 0.853 0.007 0.004 0.014 0.009 0.007 0.106 88 E 0.872 0.005 0.012 0.017 0.015 0.010 0.068 89 S 0.871 0.003 0.017 0.022 0.023 0.008 0.057 90 I 0.874 0.002 0.011 0.019 0.019 0.006 0.069 91 K 0.866 0.006 0.009 0.020 0.021 0.008 0.070 92 Q 0.774 0.012 0.013 0.019 0.039 0.019 0.124 93 I 0.325 0.006 0.015 0.009 0.136 0.047 0.462 94 G 0.099 0.007 0.041 0.004 0.294 0.267 0.289 95 N 0.109 0.007 0.046 0.002 0.217 0.465 0.155 96 D 0.289 0.006 0.022 0.001 0.271 0.081 0.331 97 R 0.718 0.006 0.003 0.001 0.076 0.003 0.193 98 R 0.963 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 99 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 100 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 101 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 102 D 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.053 103 I 0.793 0.012 0.001 0.001 0.019 0.004 0.170 104 K 0.562 0.035 0.005 0.002 0.118 0.035 0.244 105 S 0.291 0.015 0.006 0.003 0.226 0.048 0.410 106 K 0.103 0.019 0.077 0.031 0.267 0.180 0.325 107 D 0.040 0.009 0.180 0.059 0.220 0.326 0.166 108 E 0.035 0.008 0.221 0.058 0.213 0.325 0.140 109 I 0.026 0.009 0.143 0.050 0.178 0.463 0.132 110 G 0.038 0.006 0.044 0.020 0.279 0.410 0.204 111 D 0.097 0.018 0.032 0.020 0.274 0.090 0.469 112 T 0.371 0.021 0.034 0.023 0.153 0.073 0.326 113 I 0.559 0.020 0.019 0.008 0.076 0.022 0.296 114 Y 0.759 0.008 0.009 0.002 0.031 0.004 0.188 115 R 0.886 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.096 116 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 117 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 118 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 119 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 120 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 121 I 0.925 0.004 0.001 0.002 0.012 0.004 0.052 122 M 0.752 0.008 0.004 0.002 0.071 0.011 0.150 123 G 0.278 0.010 0.060 0.006 0.295 0.123 0.227 124 K 0.046 0.009 0.148 0.007 0.137 0.611 0.042 125 H 0.108 0.009 0.108 0.003 0.099 0.560 0.113 126 S 0.376 0.011 0.025 0.002 0.137 0.161 0.287 127 N 0.609 0.002 0.006 0.001 0.212 0.061 0.108 128 L 0.948 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.039 129 I 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 130 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 131 V 0.926 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.055 132 D 0.427 0.006 0.001 0.001 0.028 0.008 0.528 133 E 0.020 0.001 0.014 0.003 0.098 0.822 0.042 134 N 0.007 0.001 0.014 0.003 0.105 0.850 0.020 135 R 0.051 0.003 0.030 0.037 0.414 0.237 0.228 136 K 0.308 0.075 0.012 0.089 0.094 0.043 0.380 137 I 0.701 0.082 0.012 0.090 0.018 0.020 0.076 138 I 0.685 0.009 0.029 0.129 0.016 0.018 0.114 139 E 0.526 0.004 0.125 0.195 0.032 0.055 0.063 140 G 0.343 0.009 0.212 0.202 0.047 0.140 0.047 141 F 0.383 0.011 0.147 0.242 0.048 0.069 0.100 142 K 0.459 0.005 0.089 0.140 0.082 0.060 0.163 143 H 0.447 0.015 0.046 0.098 0.077 0.097 0.220 144 L 0.315 0.035 0.012 0.023 0.146 0.020 0.449 145 T 0.098 0.023 0.006 0.006 0.062 0.013 0.793 146 P 0.016 0.004 0.153 0.084 0.107 0.561 0.075 147 N 0.010 0.002 0.187 0.041 0.097 0.598 0.065 148 T 0.041 0.010 0.345 0.066 0.138 0.256 0.144 149 N 0.113 0.020 0.099 0.065 0.183 0.204 0.315 150 H 0.246 0.017 0.069 0.058 0.174 0.128 0.307 151 Y 0.519 0.028 0.032 0.044 0.054 0.069 0.254 152 R 0.593 0.016 0.024 0.034 0.053 0.022 0.258 153 T 0.703 0.021 0.019 0.020 0.045 0.015 0.178 154 V 0.584 0.039 0.013 0.019 0.040 0.010 0.295 155 M 0.326 0.018 0.022 0.014 0.064 0.023 0.533 156 P 0.094 0.010 0.046 0.015 0.158 0.492 0.184 157 G 0.044 0.004 0.028 0.003 0.214 0.522 0.185 158 F 0.172 0.013 0.006 0.004 0.147 0.014 0.644 159 N 0.390 0.046 0.003 0.003 0.036 0.010 0.512 160 Y 0.386 0.030 0.006 0.003 0.036 0.013 0.526 161 E 0.368 0.045 0.008 0.004 0.088 0.018 0.469 162 A 0.153 0.054 0.005 0.005 0.217 0.011 0.555 163 P 0.033 0.014 0.005 0.004 0.077 0.010 0.857 164 P 0.007 0.008 0.021 0.009 0.091 0.055 0.809 165 T 0.007 0.016 0.097 0.028 0.121 0.203 0.530 166 Q 0.004 0.010 0.219 0.038 0.120 0.224 0.384 167 H 0.005 0.008 0.184 0.035 0.193 0.250 0.326 168 K 0.008 0.018 0.121 0.030 0.226 0.176 0.421 169 I 0.011 0.068 0.045 0.035 0.287 0.059 0.496 170 N 0.008 0.018 0.020 0.022 0.116 0.030 0.786 171 P 0.004 0.005 0.155 0.090 0.077 0.388 0.281 172 Y 0.006 0.005 0.183 0.108 0.096 0.401 0.201 173 D 0.011 0.020 0.152 0.144 0.187 0.161 0.325 174 I 0.020 0.034 0.049 0.201 0.141 0.073 0.482 175 T 0.013 0.011 0.020 0.192 0.070 0.044 0.649 176 G 0.003 0.002 0.026 0.868 0.025 0.032 0.045 177 A 0.003 0.001 0.014 0.932 0.010 0.021 0.019 178 E 0.002 0.001 0.011 0.950 0.007 0.015 0.014 179 V 0.003 0.001 0.004 0.964 0.006 0.012 0.010 180 L 0.003 0.001 0.006 0.957 0.006 0.019 0.008 181 K 0.002 0.001 0.008 0.941 0.005 0.037 0.007 182 Y 0.001 0.001 0.013 0.905 0.010 0.054 0.016 183 I 0.003 0.003 0.032 0.819 0.021 0.094 0.029 184 D 0.002 0.001 0.041 0.695 0.036 0.187 0.037 185 F 0.001 0.002 0.031 0.570 0.119 0.188 0.089 186 N 0.002 0.003 0.020 0.316 0.188 0.120 0.351 187 A 0.002 0.003 0.034 0.340 0.104 0.224 0.293 188 G 0.003 0.003 0.053 0.520 0.091 0.175 0.156 189 N 0.005 0.005 0.046 0.686 0.060 0.083 0.116 190 I 0.005 0.003 0.025 0.865 0.023 0.026 0.053 191 A 0.006 0.001 0.010 0.932 0.009 0.012 0.029 192 K 0.010 0.001 0.009 0.944 0.007 0.011 0.018 193 Q 0.005 0.001 0.007 0.958 0.005 0.014 0.009 194 L 0.006 0.001 0.007 0.952 0.005 0.020 0.009 195 L 0.004 0.001 0.012 0.932 0.007 0.034 0.009 196 N 0.004 0.001 0.015 0.864 0.011 0.092 0.013 197 Q 0.002 0.001 0.030 0.769 0.020 0.154 0.025 198 F 0.004 0.007 0.054 0.470 0.131 0.222 0.113 199 E 0.003 0.002 0.047 0.269 0.112 0.487 0.079 200 G 0.004 0.004 0.035 0.133 0.165 0.542 0.118 201 F 0.007 0.017 0.020 0.195 0.237 0.090 0.434 202 S 0.006 0.006 0.011 0.307 0.086 0.032 0.552 203 P 0.001 0.001 0.020 0.908 0.017 0.030 0.024 204 L 0.001 0.001 0.012 0.954 0.005 0.019 0.010 205 I 0.001 0.001 0.003 0.979 0.003 0.009 0.006 206 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.003 207 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 208 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 209 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 0.002 210 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 211 S 0.001 0.001 0.002 0.966 0.002 0.028 0.002 212 R 0.001 0.001 0.004 0.887 0.004 0.098 0.006 213 R 0.001 0.001 0.010 0.550 0.020 0.392 0.025 214 Q 0.002 0.003 0.021 0.193 0.058 0.631 0.092 215 F 0.005 0.015 0.035 0.085 0.178 0.079 0.604 216 M 0.009 0.015 0.097 0.052 0.158 0.099 0.569 217 T 0.003 0.003 0.081 0.042 0.117 0.690 0.064 218 S 0.006 0.004 0.051 0.028 0.188 0.596 0.128 219 S 0.041 0.029 0.015 0.041 0.350 0.043 0.480 220 T 0.069 0.070 0.008 0.038 0.064 0.020 0.730 221 L 0.015 0.009 0.240 0.325 0.049 0.106 0.257 222 P 0.013 0.003 0.305 0.302 0.067 0.171 0.139 223 E 0.013 0.009 0.288 0.326 0.064 0.168 0.133 224 A 0.011 0.016 0.083 0.316 0.159 0.096 0.319 225 F 0.007 0.007 0.021 0.402 0.096 0.080 0.387 226 D 0.002 0.002 0.016 0.830 0.042 0.051 0.058 227 E 0.001 0.001 0.011 0.905 0.020 0.032 0.029 228 V 0.001 0.001 0.009 0.925 0.010 0.030 0.025 229 M 0.001 0.001 0.003 0.947 0.014 0.019 0.015 230 A 0.001 0.001 0.002 0.955 0.009 0.023 0.009 231 E 0.001 0.001 0.003 0.950 0.004 0.034 0.008 232 T 0.001 0.001 0.003 0.952 0.007 0.020 0.017 233 K 0.001 0.001 0.003 0.963 0.007 0.020 0.007 234 L 0.001 0.001 0.004 0.940 0.007 0.042 0.007 235 P 0.001 0.001 0.005 0.926 0.006 0.053 0.010 236 P 0.001 0.001 0.005 0.939 0.008 0.032 0.014 237 T 0.002 0.001 0.011 0.933 0.010 0.033 0.011 238 P 0.001 0.001 0.011 0.925 0.010 0.039 0.013 239 I 0.001 0.001 0.010 0.931 0.011 0.026 0.021 240 F 0.001 0.001 0.012 0.944 0.007 0.024 0.011 241 H 0.002 0.001 0.014 0.926 0.008 0.036 0.013 242 K 0.002 0.001 0.017 0.906 0.011 0.047 0.016 243 N 0.004 0.004 0.015 0.849 0.030 0.061 0.037 244 H 0.006 0.004 0.026 0.691 0.031 0.188 0.054 245 E 0.006 0.003 0.030 0.371 0.086 0.433 0.072 246 T 0.010 0.003 0.024 0.118 0.158 0.509 0.178 247 G 0.033 0.011 0.018 0.036 0.245 0.149 0.508 248 K 0.121 0.028 0.020 0.030 0.206 0.061 0.535 249 E 0.222 0.016 0.023 0.023 0.152 0.035 0.530 250 D 0.344 0.014 0.044 0.025 0.089 0.047 0.437 251 F 0.669 0.014 0.027 0.018 0.046 0.024 0.201 252 Y 0.803 0.018 0.013 0.012 0.026 0.011 0.117 253 F 0.776 0.021 0.008 0.012 0.025 0.014 0.144 254 I 0.561 0.017 0.013 0.016 0.075 0.059 0.259 255 K 0.205 0.008 0.028 0.014 0.183 0.281 0.281 256 L 0.067 0.006 0.038 0.014 0.204 0.567 0.104 257 N 0.150 0.010 0.037 0.014 0.258 0.291 0.239 258 Q 0.467 0.032 0.015 0.015 0.132 0.038 0.302 259 F 0.634 0.043 0.010 0.019 0.043 0.024 0.226 260 N 0.553 0.021 0.022 0.033 0.062 0.050 0.259 261 D 0.454 0.016 0.039 0.050 0.097 0.083 0.261 262 D 0.433 0.016 0.039 0.061 0.130 0.065 0.256 263 T 0.405 0.014 0.034 0.079 0.108 0.043 0.318 264 V 0.418 0.027 0.044 0.087 0.077 0.044 0.303 265 T 0.335 0.023 0.049 0.106 0.094 0.057 0.335 266 Y 0.202 0.023 0.057 0.163 0.105 0.096 0.355 267 D 0.084 0.021 0.058 0.168 0.203 0.100 0.367 268 S 0.052 0.022 0.030 0.176 0.175 0.075 0.470 269 L 0.005 0.003 0.078 0.749 0.036 0.051 0.079 270 N 0.002 0.001 0.070 0.800 0.028 0.066 0.032 271 D 0.002 0.001 0.048 0.820 0.024 0.073 0.031 272 L 0.002 0.003 0.019 0.873 0.025 0.037 0.040 273 L 0.003 0.002 0.012 0.875 0.018 0.053 0.037 274 D 0.006 0.001 0.013 0.838 0.019 0.093 0.031 275 R 0.009 0.002 0.012 0.827 0.036 0.054 0.059 276 F 0.013 0.010 0.012 0.828 0.028 0.050 0.059 277 Y 0.016 0.006 0.013 0.752 0.035 0.113 0.065 278 D 0.007 0.002 0.027 0.677 0.041 0.187 0.060 279 A 0.007 0.002 0.028 0.670 0.067 0.129 0.097 280 R 0.009 0.005 0.044 0.677 0.063 0.105 0.097 281 G 0.017 0.011 0.045 0.589 0.080 0.107 0.151 282 E 0.027 0.006 0.064 0.448 0.072 0.123 0.260 283 R 0.029 0.005 0.071 0.525 0.091 0.146 0.133 284 E 0.052 0.006 0.079 0.454 0.079 0.154 0.175 285 R 0.088 0.021 0.068 0.349 0.130 0.131 0.213 286 V 0.114 0.029 0.033 0.211 0.118 0.090 0.405 287 K 0.059 0.031 0.026 0.145 0.008 0.205 0.527 288 Q 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.993