# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170.093 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.005 0.416 0.048 0.017 0.006 0.005 0.007 0.092 0.256 0.071 0.050 0.020 2 K 0.025 0.004 0.276 0.019 0.009 0.004 0.043 0.131 0.237 0.131 0.028 0.025 0.068 3 V 0.024 0.003 0.023 0.004 0.002 0.001 0.124 0.550 0.231 0.004 0.001 0.019 0.015 4 A 0.022 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.151 0.663 0.140 0.001 0.001 0.005 0.008 5 L 0.014 0.002 0.018 0.018 0.001 0.001 0.079 0.612 0.237 0.003 0.002 0.007 0.006 6 G 0.003 0.002 0.211 0.012 0.004 0.001 0.017 0.253 0.437 0.037 0.012 0.004 0.008 7 G 0.002 0.004 0.402 0.009 0.021 0.004 0.011 0.047 0.241 0.216 0.031 0.005 0.006 8 T 0.007 0.029 0.367 0.010 0.073 0.024 0.020 0.039 0.129 0.209 0.061 0.016 0.016 9 F 0.009 0.110 0.299 0.010 0.067 0.073 0.031 0.079 0.069 0.150 0.064 0.011 0.031 10 E 0.002 0.045 0.491 0.010 0.073 0.063 0.009 0.037 0.087 0.123 0.036 0.010 0.014 11 P 0.001 0.013 0.165 0.001 0.270 0.258 0.002 0.011 0.026 0.050 0.197 0.001 0.004 12 L 0.001 0.005 0.130 0.001 0.108 0.335 0.001 0.003 0.017 0.093 0.306 0.001 0.001 13 H 0.001 0.008 0.185 0.001 0.111 0.347 0.001 0.001 0.004 0.231 0.111 0.001 0.001 14 E 0.001 0.002 0.026 0.001 0.054 0.761 0.001 0.001 0.001 0.058 0.098 0.001 0.001 15 G 0.001 0.002 0.018 0.001 0.025 0.861 0.001 0.001 0.001 0.029 0.064 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.015 0.904 0.001 0.001 0.001 0.025 0.042 0.001 0.001 27 G 0.001 0.001 0.163 0.001 0.027 0.191 0.001 0.001 0.001 0.072 0.543 0.001 0.001 28 G 0.001 0.001 0.256 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 0.142 0.587 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.552 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.038 0.285 0.108 0.001 0.001 30 D 0.001 0.003 0.157 0.005 0.004 0.001 0.005 0.040 0.671 0.090 0.013 0.003 0.008 31 I 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.020 0.378 0.586 0.002 0.001 0.001 0.002 32 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.891 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.902 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.075 0.765 0.148 0.001 0.001 0.002 0.002 35 V 0.014 0.003 0.072 0.008 0.001 0.001 0.063 0.295 0.502 0.013 0.004 0.013 0.013 36 T 0.003 0.007 0.588 0.004 0.003 0.002 0.006 0.014 0.156 0.171 0.014 0.011 0.021 37 S 0.001 0.009 0.547 0.007 0.046 0.035 0.001 0.001 0.018 0.267 0.048 0.006 0.015 38 D 0.001 0.005 0.077 0.005 0.229 0.504 0.001 0.001 0.002 0.095 0.070 0.004 0.007 39 R 0.001 0.004 0.019 0.001 0.164 0.747 0.001 0.001 0.001 0.019 0.036 0.002 0.006 40 M 0.001 0.003 0.019 0.001 0.089 0.846 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 0.003 0.006 41 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.044 0.893 0.001 0.001 0.002 0.005 0.029 0.002 0.005 42 R 0.002 0.001 0.018 0.001 0.044 0.864 0.001 0.001 0.002 0.008 0.051 0.003 0.005 43 A 0.004 0.002 0.036 0.002 0.043 0.792 0.001 0.001 0.002 0.020 0.082 0.006 0.010 44 R 0.006 0.005 0.122 0.003 0.042 0.569 0.001 0.001 0.003 0.047 0.168 0.016 0.018 45 I 0.003 0.007 0.317 0.003 0.045 0.295 0.001 0.001 0.006 0.084 0.205 0.014 0.021 46 R 0.003 0.011 0.427 0.005 0.058 0.155 0.001 0.001 0.010 0.137 0.153 0.014 0.025 47 S 0.001 0.009 0.440 0.003 0.056 0.093 0.001 0.001 0.017 0.205 0.136 0.020 0.018 48 V 0.001 0.016 0.513 0.004 0.028 0.043 0.001 0.001 0.018 0.238 0.096 0.009 0.031 49 L 0.001 0.009 0.746 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 0.016 0.140 0.023 0.027 0.008 50 P 0.001 0.016 0.660 0.001 0.023 0.073 0.001 0.001 0.022 0.098 0.054 0.003 0.048 51 F 0.001 0.016 0.498 0.005 0.038 0.173 0.001 0.001 0.011 0.163 0.029 0.054 0.010 52 A 0.001 0.005 0.242 0.001 0.106 0.516 0.001 0.001 0.012 0.033 0.045 0.005 0.034 53 I 0.001 0.002 0.046 0.001 0.068 0.826 0.001 0.001 0.004 0.013 0.026 0.006 0.007 54 R 0.001 0.001 0.022 0.001 0.044 0.894 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.007 0.007 55 A 0.002 0.001 0.016 0.001 0.029 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.003 0.010 56 E 0.002 0.001 0.015 0.001 0.013 0.931 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.006 0.004 57 N 0.005 0.001 0.026 0.001 0.018 0.886 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.006 0.014 58 V 0.009 0.001 0.037 0.003 0.016 0.843 0.001 0.001 0.003 0.014 0.048 0.011 0.013 59 K 0.038 0.002 0.053 0.008 0.021 0.706 0.003 0.001 0.008 0.021 0.061 0.035 0.043 60 R 0.105 0.002 0.048 0.008 0.023 0.577 0.009 0.004 0.016 0.014 0.038 0.051 0.104 61 Y 0.213 0.004 0.054 0.021 0.019 0.361 0.018 0.010 0.029 0.015 0.036 0.095 0.124 62 V 0.255 0.004 0.058 0.019 0.016 0.198 0.021 0.011 0.038 0.014 0.040 0.189 0.137 63 M 0.189 0.006 0.106 0.012 0.017 0.129 0.021 0.013 0.055 0.022 0.069 0.054 0.306 64 R 0.120 0.016 0.230 0.047 0.017 0.077 0.011 0.007 0.032 0.093 0.090 0.166 0.095 65 K 0.037 0.008 0.417 0.010 0.027 0.040 0.004 0.002 0.021 0.116 0.111 0.057 0.151 66 Y 0.016 0.006 0.325 0.020 0.030 0.021 0.003 0.001 0.015 0.159 0.321 0.031 0.053 67 G 0.015 0.007 0.364 0.017 0.020 0.011 0.004 0.001 0.019 0.222 0.252 0.032 0.035 68 F 0.032 0.012 0.363 0.018 0.021 0.008 0.010 0.003 0.032 0.228 0.073 0.070 0.129 69 E 0.026 0.014 0.421 0.020 0.007 0.004 0.009 0.005 0.074 0.127 0.049 0.145 0.100 70 P 0.052 0.008 0.402 0.020 0.006 0.004 0.027 0.006 0.097 0.048 0.016 0.048 0.265 71 E 0.083 0.006 0.127 0.031 0.005 0.004 0.047 0.012 0.115 0.030 0.009 0.453 0.080 72 I 0.101 0.006 0.047 0.011 0.008 0.004 0.052 0.024 0.132 0.011 0.005 0.035 0.563 73 V 0.062 0.007 0.071 0.037 0.003 0.002 0.020 0.015 0.045 0.019 0.002 0.681 0.037 74 K 0.038 0.007 0.191 0.007 0.013 0.006 0.014 0.007 0.111 0.026 0.010 0.036 0.534 75 I 0.034 0.017 0.360 0.013 0.025 0.013 0.017 0.007 0.074 0.060 0.050 0.232 0.099 76 T 0.015 0.044 0.470 0.017 0.025 0.010 0.005 0.001 0.029 0.155 0.103 0.034 0.092 77 N 0.001 0.008 0.665 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.005 0.211 0.036 0.032 0.022 78 P 0.001 0.009 0.236 0.004 0.078 0.031 0.001 0.001 0.004 0.104 0.497 0.009 0.025 79 Y 0.003 0.016 0.174 0.007 0.090 0.026 0.001 0.001 0.004 0.156 0.490 0.011 0.022 80 G 0.003 0.020 0.404 0.005 0.055 0.016 0.001 0.001 0.004 0.327 0.073 0.069 0.024 81 K 0.005 0.027 0.571 0.004 0.040 0.021 0.001 0.001 0.007 0.110 0.105 0.017 0.093 82 T 0.010 0.049 0.482 0.007 0.052 0.031 0.002 0.001 0.008 0.133 0.086 0.080 0.059 83 L 0.011 0.017 0.538 0.016 0.051 0.028 0.002 0.001 0.006 0.126 0.110 0.034 0.062 84 D 0.011 0.015 0.560 0.004 0.043 0.025 0.002 0.001 0.006 0.134 0.105 0.041 0.053 85 V 0.006 0.020 0.521 0.009 0.046 0.017 0.003 0.001 0.009 0.175 0.104 0.030 0.058 86 D 0.004 0.008 0.670 0.013 0.024 0.007 0.001 0.001 0.020 0.119 0.042 0.051 0.039 87 F 0.009 0.004 0.522 0.029 0.043 0.007 0.003 0.001 0.067 0.146 0.075 0.018 0.075 88 E 0.027 0.005 0.209 0.084 0.018 0.005 0.022 0.023 0.204 0.178 0.064 0.121 0.040 89 Y 0.065 0.002 0.050 0.004 0.004 0.002 0.129 0.384 0.260 0.007 0.001 0.019 0.073 90 L 0.059 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.205 0.555 0.139 0.001 0.001 0.023 0.006 91 V 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.220 0.539 0.160 0.001 0.001 0.009 0.013 92 V 0.030 0.008 0.053 0.006 0.001 0.001 0.096 0.394 0.370 0.004 0.003 0.011 0.021 93 S 0.001 0.002 0.740 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.170 0.051 0.003 0.008 0.009 94 P 0.001 0.007 0.211 0.010 0.219 0.097 0.001 0.001 0.013 0.180 0.238 0.003 0.019 95 E 0.001 0.005 0.051 0.002 0.181 0.208 0.001 0.001 0.001 0.125 0.421 0.003 0.001 96 T 0.001 0.013 0.093 0.001 0.179 0.451 0.001 0.001 0.002 0.152 0.099 0.002 0.008 97 Y 0.001 0.004 0.061 0.001 0.043 0.803 0.001 0.001 0.001 0.045 0.037 0.002 0.003 98 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.902 0.001 0.001 0.001 0.012 0.061 0.001 0.001 99 M 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.919 0.001 0.001 0.001 0.006 0.048 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 103 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 109 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.653 0.001 0.001 0.001 0.008 0.326 0.001 0.001 111 G 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.011 0.963 0.001 0.001 112 K 0.001 0.002 0.927 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.030 0.024 0.001 0.003 113 R 0.001 0.010 0.766 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.023 0.147 0.019 0.013 0.010 114 K 0.003 0.005 0.407 0.025 0.015 0.003 0.003 0.007 0.182 0.190 0.097 0.015 0.047 115 I 0.008 0.003 0.345 0.070 0.006 0.001 0.015 0.031 0.288 0.145 0.018 0.027 0.044 116 T 0.009 0.001 0.084 0.011 0.001 0.001 0.031 0.119 0.639 0.035 0.001 0.048 0.020 117 I 0.042 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.087 0.288 0.461 0.003 0.001 0.010 0.085 118 V 0.094 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.195 0.394 0.212 0.001 0.001 0.071 0.008 119 K 0.060 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.136 0.484 0.265 0.001 0.001 0.009 0.037 120 V 0.103 0.001 0.018 0.017 0.001 0.001 0.163 0.373 0.259 0.003 0.001 0.038 0.023 121 D 0.246 0.001 0.041 0.042 0.001 0.001 0.135 0.114 0.229 0.008 0.001 0.110 0.072 122 W 0.295 0.002 0.035 0.015 0.004 0.001 0.159 0.044 0.124 0.009 0.006 0.083 0.225 123 M 0.326 0.012 0.050 0.037 0.006 0.002 0.089 0.036 0.110 0.020 0.023 0.185 0.105 124 M 0.154 0.051 0.149 0.029 0.015 0.005 0.030 0.018 0.089 0.056 0.043 0.133 0.228 125 A 0.016 0.023 0.402 0.008 0.041 0.010 0.004 0.003 0.029 0.154 0.108 0.073 0.130 126 E 0.004 0.008 0.109 0.023 0.070 0.011 0.001 0.001 0.004 0.185 0.532 0.016 0.037 127 D 0.001 0.002 0.025 0.010 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.124 0.804 0.013 0.002 128 G 0.002 0.015 0.209 0.005 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.309 0.410 0.006 0.027 129 K 0.002 0.035 0.647 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.174 0.014 0.096 0.022 130 P 0.012 0.103 0.332 0.003 0.014 0.004 0.003 0.001 0.013 0.057 0.017 0.017 0.427 131 I 0.017 0.032 0.426 0.046 0.013 0.005 0.005 0.001 0.014 0.099 0.025 0.242 0.074 132 S 0.034 0.009 0.405 0.059 0.027 0.008 0.009 0.001 0.015 0.060 0.046 0.059 0.267 133 S 0.070 0.009 0.188 0.044 0.073 0.034 0.008 0.002 0.022 0.071 0.066 0.135 0.278 134 T 0.170 0.012 0.107 0.046 0.042 0.034 0.012 0.003 0.019 0.040 0.028 0.286 0.201 135 R 0.294 0.012 0.039 0.008 0.019 0.028 0.017 0.005 0.018 0.012 0.013 0.245 0.290 136 I 0.318 0.029 0.053 0.013 0.018 0.022 0.037 0.009 0.020 0.010 0.019 0.082 0.368 137 K 0.173 0.012 0.152 0.102 0.019 0.029 0.016 0.004 0.020 0.036 0.039 0.286 0.112 138 R 0.030 0.003 0.113 0.069 0.048 0.043 0.003 0.001 0.011 0.085 0.423 0.055 0.115 139 G 0.017 0.003 0.106 0.025 0.021 0.022 0.003 0.001 0.009 0.143 0.573 0.040 0.037 140 E 0.050 0.028 0.287 0.005 0.021 0.018 0.007 0.002 0.028 0.110 0.049 0.280 0.114 141 I 0.054 0.190 0.157 0.006 0.010 0.012 0.010 0.004 0.026 0.044 0.017 0.051 0.419 142 D 0.012 0.042 0.455 0.014 0.010 0.008 0.004 0.002 0.019 0.073 0.012 0.275 0.074 143 R 0.004 0.007 0.103 0.039 0.191 0.073 0.002 0.001 0.010 0.041 0.399 0.010 0.120 144 Y 0.001 0.003 0.075 0.015 0.103 0.025 0.001 0.001 0.006 0.065 0.689 0.012 0.005 145 G 0.004 0.011 0.284 0.008 0.083 0.020 0.002 0.001 0.009 0.337 0.198 0.016 0.027 146 G 0.006 0.043 0.535 0.003 0.015 0.020 0.003 0.001 0.018 0.179 0.087 0.053 0.038 147 I 0.014 0.179 0.403 0.004 0.018 0.018 0.006 0.002 0.020 0.077 0.031 0.028 0.200 148 I 0.005 0.031 0.634 0.017 0.015 0.021 0.002 0.001 0.015 0.093 0.021 0.103 0.042