# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170.093 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.271 0.094 0.129 0.095 0.034 0.372 2 K 0.001 0.002 0.659 0.056 0.068 0.028 0.041 0.145 3 V 0.002 0.001 0.751 0.056 0.042 0.021 0.039 0.088 4 A 0.003 0.001 0.850 0.026 0.031 0.012 0.021 0.055 5 L 0.015 0.002 0.709 0.021 0.028 0.039 0.036 0.150 6 G 0.016 0.004 0.550 0.015 0.030 0.078 0.039 0.268 7 G 0.012 0.010 0.407 0.032 0.030 0.137 0.051 0.320 8 T 0.025 0.048 0.259 0.034 0.047 0.180 0.071 0.334 9 F 0.055 0.066 0.142 0.019 0.031 0.144 0.092 0.451 10 E 0.186 0.199 0.042 0.017 0.025 0.107 0.167 0.257 11 P 0.047 0.217 0.030 0.009 0.019 0.133 0.136 0.410 12 L 0.041 0.471 0.016 0.006 0.009 0.068 0.104 0.285 13 H 0.050 0.780 0.005 0.002 0.003 0.018 0.086 0.057 14 E 0.017 0.777 0.004 0.002 0.002 0.021 0.095 0.082 15 G 0.006 0.912 0.003 0.001 0.001 0.005 0.053 0.019 16 H 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 17 K 0.011 0.928 0.003 0.001 0.001 0.004 0.034 0.019 18 K 0.003 0.939 0.003 0.001 0.001 0.003 0.033 0.016 19 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 20 I 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 21 D 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.010 22 V 0.016 0.929 0.003 0.001 0.001 0.004 0.031 0.016 23 A 0.066 0.437 0.079 0.004 0.005 0.018 0.342 0.050 24 I 0.352 0.068 0.058 0.009 0.011 0.060 0.224 0.218 25 K 0.215 0.004 0.011 0.004 0.008 0.068 0.028 0.662 26 L 0.059 0.001 0.008 0.002 0.003 0.129 0.021 0.776 27 G 0.036 0.001 0.009 0.001 0.003 0.228 0.027 0.694 28 G 0.019 0.001 0.012 0.002 0.004 0.149 0.019 0.794 29 R 0.002 0.001 0.212 0.026 0.046 0.142 0.040 0.531 30 D 0.001 0.001 0.679 0.014 0.048 0.037 0.072 0.149 31 I 0.001 0.001 0.761 0.046 0.054 0.023 0.044 0.072 32 T 0.001 0.001 0.842 0.038 0.067 0.006 0.019 0.026 33 I 0.002 0.001 0.710 0.077 0.054 0.019 0.048 0.089 34 G 0.002 0.001 0.664 0.049 0.111 0.051 0.016 0.107 35 V 0.003 0.004 0.316 0.064 0.054 0.161 0.025 0.373 36 T 0.133 0.298 0.079 0.021 0.022 0.090 0.182 0.176 37 S 0.113 0.718 0.006 0.002 0.002 0.027 0.044 0.088 38 D 0.052 0.744 0.007 0.004 0.005 0.028 0.054 0.104 39 R 0.059 0.741 0.008 0.005 0.010 0.029 0.054 0.094 40 M 0.162 0.454 0.018 0.013 0.020 0.040 0.132 0.160 41 A 0.229 0.278 0.016 0.021 0.027 0.047 0.094 0.287 42 R 0.088 0.158 0.008 0.010 0.018 0.063 0.043 0.611 43 A 0.042 0.089 0.026 0.015 0.019 0.101 0.065 0.643 44 R 0.070 0.055 0.043 0.026 0.034 0.102 0.087 0.581 45 I 0.182 0.032 0.020 0.018 0.019 0.068 0.062 0.598 46 R 0.080 0.021 0.019 0.009 0.013 0.080 0.041 0.737 47 S 0.017 0.018 0.021 0.005 0.010 0.103 0.022 0.804 48 V 0.039 0.050 0.037 0.011 0.016 0.094 0.052 0.701 49 L 0.044 0.130 0.036 0.018 0.022 0.089 0.048 0.614 50 P 0.063 0.217 0.023 0.009 0.014 0.078 0.067 0.529 51 F 0.038 0.468 0.025 0.012 0.015 0.063 0.054 0.326 52 A 0.037 0.708 0.009 0.004 0.008 0.030 0.035 0.167 53 I 0.069 0.455 0.023 0.010 0.011 0.038 0.241 0.154 54 R 0.042 0.704 0.011 0.005 0.009 0.027 0.084 0.118 55 A 0.057 0.665 0.013 0.007 0.010 0.027 0.082 0.139 56 E 0.033 0.716 0.016 0.008 0.012 0.024 0.061 0.130 57 N 0.032 0.731 0.008 0.010 0.017 0.025 0.041 0.136 58 V 0.022 0.747 0.014 0.013 0.021 0.020 0.040 0.123 59 K 0.022 0.770 0.014 0.018 0.031 0.020 0.031 0.095 60 R 0.056 0.572 0.029 0.027 0.043 0.030 0.064 0.180 61 Y 0.090 0.387 0.050 0.055 0.083 0.041 0.075 0.219 62 V 0.129 0.115 0.054 0.055 0.088 0.064 0.109 0.386 63 M 0.099 0.019 0.055 0.043 0.059 0.083 0.092 0.551 64 R 0.145 0.007 0.022 0.032 0.039 0.090 0.034 0.631 65 K 0.088 0.002 0.009 0.008 0.014 0.072 0.036 0.771 66 Y 0.021 0.002 0.015 0.012 0.019 0.128 0.022 0.781 67 G 0.013 0.001 0.024 0.014 0.033 0.097 0.021 0.797 68 F 0.008 0.003 0.064 0.087 0.052 0.107 0.033 0.647 69 E 0.018 0.006 0.159 0.036 0.081 0.087 0.081 0.532 70 P 0.022 0.005 0.143 0.071 0.080 0.094 0.048 0.537 71 E 0.008 0.006 0.424 0.095 0.165 0.042 0.027 0.233 72 I 0.019 0.004 0.228 0.062 0.074 0.088 0.055 0.469 73 V 0.030 0.004 0.337 0.083 0.097 0.091 0.042 0.316 74 K 0.072 0.012 0.117 0.032 0.058 0.112 0.062 0.534 75 I 0.027 0.009 0.056 0.044 0.061 0.147 0.037 0.618 76 T 0.015 0.009 0.056 0.029 0.042 0.124 0.022 0.703 77 N 0.445 0.041 0.019 0.018 0.017 0.066 0.121 0.273 78 P 0.087 0.017 0.024 0.018 0.027 0.137 0.069 0.621 79 Y 0.037 0.013 0.012 0.011 0.019 0.122 0.040 0.746 80 G 0.120 0.030 0.021 0.025 0.036 0.127 0.082 0.557 81 K 0.090 0.027 0.021 0.028 0.038 0.115 0.056 0.625 82 T 0.087 0.009 0.022 0.032 0.051 0.117 0.053 0.629 83 L 0.065 0.005 0.037 0.041 0.068 0.121 0.040 0.624 84 D 0.133 0.004 0.017 0.014 0.031 0.128 0.065 0.609 85 V 0.021 0.002 0.029 0.018 0.023 0.162 0.028 0.717 86 D 0.023 0.005 0.074 0.012 0.033 0.173 0.104 0.575 87 F 0.004 0.002 0.169 0.037 0.048 0.174 0.056 0.509 88 E 0.001 0.002 0.548 0.075 0.112 0.058 0.041 0.162 89 Y 0.001 0.001 0.546 0.053 0.187 0.023 0.068 0.120 90 L 0.001 0.001 0.728 0.095 0.058 0.013 0.044 0.060 91 V 0.001 0.001 0.696 0.097 0.126 0.017 0.013 0.049 92 V 0.002 0.001 0.616 0.056 0.052 0.046 0.038 0.190 93 S 0.286 0.047 0.129 0.014 0.018 0.044 0.358 0.103 94 P 0.105 0.064 0.050 0.009 0.012 0.132 0.075 0.553 95 E 0.010 0.040 0.057 0.039 0.047 0.119 0.066 0.623 96 T 0.084 0.432 0.020 0.008 0.015 0.063 0.068 0.309 97 Y 0.174 0.550 0.006 0.008 0.007 0.039 0.065 0.151 98 E 0.037 0.547 0.007 0.007 0.009 0.043 0.093 0.256 99 M 0.030 0.800 0.002 0.002 0.004 0.019 0.044 0.098 100 A 0.070 0.559 0.017 0.004 0.005 0.023 0.244 0.078 101 L 0.023 0.794 0.008 0.006 0.006 0.021 0.059 0.084 102 K 0.010 0.819 0.006 0.003 0.005 0.012 0.047 0.099 103 I 0.006 0.950 0.004 0.001 0.001 0.004 0.011 0.022 104 N 0.014 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 105 Q 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 106 K 0.014 0.902 0.009 0.003 0.004 0.007 0.033 0.028 107 R 0.124 0.073 0.179 0.008 0.008 0.018 0.537 0.054 108 E 0.792 0.007 0.009 0.006 0.006 0.017 0.030 0.132 109 E 0.053 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.005 0.899 110 L 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.113 0.003 0.878 111 G 0.032 0.001 0.008 0.003 0.012 0.117 0.022 0.805 112 K 0.028 0.001 0.006 0.008 0.005 0.064 0.018 0.871 113 R 0.009 0.001 0.124 0.023 0.028 0.114 0.050 0.651 114 K 0.008 0.001 0.199 0.006 0.029 0.110 0.037 0.611 115 I 0.001 0.001 0.570 0.048 0.055 0.043 0.018 0.265 116 T 0.001 0.001 0.750 0.068 0.074 0.011 0.032 0.064 117 I 0.003 0.001 0.515 0.061 0.062 0.040 0.044 0.274 118 V 0.002 0.001 0.737 0.101 0.078 0.015 0.012 0.056 119 K 0.003 0.002 0.388 0.076 0.170 0.042 0.040 0.278 120 V 0.011 0.005 0.217 0.214 0.146 0.089 0.038 0.280 121 D 0.011 0.011 0.298 0.135 0.212 0.068 0.036 0.230 122 W 0.015 0.012 0.097 0.139 0.264 0.071 0.046 0.356 123 M 0.016 0.006 0.163 0.148 0.182 0.072 0.057 0.354 124 M 0.064 0.005 0.133 0.083 0.117 0.068 0.084 0.448 125 A 0.388 0.003 0.020 0.016 0.026 0.053 0.062 0.432 126 E 0.193 0.002 0.008 0.010 0.010 0.074 0.030 0.674 127 D 0.009 0.001 0.006 0.005 0.014 0.094 0.010 0.861 128 G 0.027 0.002 0.011 0.015 0.027 0.104 0.023 0.789 129 K 0.019 0.004 0.033 0.197 0.096 0.108 0.044 0.500 130 P 0.025 0.006 0.042 0.055 0.087 0.096 0.057 0.631 131 I 0.043 0.015 0.029 0.083 0.092 0.130 0.050 0.558 132 S 0.046 0.063 0.042 0.072 0.141 0.097 0.060 0.479 133 S 0.047 0.085 0.022 0.067 0.188 0.073 0.070 0.449 134 T 0.025 0.054 0.056 0.219 0.270 0.057 0.073 0.246 135 R 0.018 0.008 0.096 0.198 0.283 0.048 0.110 0.240 136 I 0.108 0.006 0.038 0.193 0.187 0.057 0.067 0.345 137 K 0.211 0.007 0.023 0.102 0.124 0.064 0.047 0.422 138 R 0.023 0.004 0.007 0.019 0.068 0.076 0.021 0.783 139 G 0.037 0.007 0.022 0.084 0.121 0.096 0.024 0.609 140 E 0.007 0.005 0.051 0.262 0.254 0.059 0.025 0.338 141 I 0.016 0.006 0.066 0.095 0.085 0.073 0.055 0.604 142 D 0.366 0.015 0.035 0.062 0.066 0.073 0.081 0.301 143 R 0.106 0.011 0.029 0.034 0.056 0.085 0.038 0.642 144 Y 0.023 0.005 0.013 0.019 0.053 0.088 0.027 0.772 145 G 0.038 0.007 0.038 0.061 0.079 0.126 0.033 0.618 146 G 0.014 0.005 0.084 0.135 0.172 0.102 0.032 0.456 147 I 0.017 0.003 0.059 0.074 0.101 0.108 0.056 0.582 148 I 0.047 0.006 0.084 0.074 0.081 0.135 0.078 0.495