# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170.093 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.005 0.046 0.017 0.016 0.038 0.005 0.831 2 K 0.033 0.004 0.297 0.053 0.078 0.097 0.004 0.434 3 V 0.014 0.002 0.539 0.043 0.052 0.047 0.002 0.300 4 A 0.002 0.001 0.805 0.056 0.079 0.014 0.001 0.043 5 L 0.002 0.001 0.712 0.032 0.047 0.039 0.001 0.166 6 G 0.003 0.001 0.682 0.017 0.052 0.040 0.001 0.204 7 G 0.007 0.002 0.275 0.014 0.035 0.193 0.003 0.472 8 T 0.039 0.004 0.197 0.013 0.024 0.163 0.012 0.549 9 F 0.208 0.020 0.125 0.018 0.033 0.105 0.015 0.476 10 E 0.174 0.051 0.060 0.028 0.025 0.140 0.006 0.516 11 P 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.988 12 L 0.182 0.051 0.035 0.013 0.032 0.176 0.009 0.502 13 H 0.270 0.102 0.028 0.006 0.014 0.129 0.010 0.441 14 E 0.045 0.121 0.015 0.002 0.007 0.031 0.003 0.777 15 G 0.054 0.147 0.022 0.002 0.005 0.085 0.005 0.680 16 H 0.097 0.318 0.011 0.002 0.005 0.199 0.009 0.358 17 K 0.016 0.803 0.005 0.001 0.002 0.045 0.001 0.127 18 K 0.005 0.918 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.067 19 L 0.013 0.949 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.029 20 I 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 21 D 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 22 V 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 23 A 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.009 24 I 0.014 0.967 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.008 25 K 0.041 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 26 L 0.095 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.012 27 G 0.293 0.372 0.018 0.004 0.002 0.003 0.245 0.063 28 G 0.089 0.060 0.244 0.022 0.005 0.023 0.080 0.476 29 R 0.084 0.007 0.359 0.047 0.014 0.137 0.032 0.319 30 D 0.070 0.004 0.441 0.038 0.027 0.099 0.009 0.313 31 I 0.004 0.001 0.830 0.045 0.028 0.035 0.001 0.057 32 T 0.001 0.001 0.907 0.021 0.031 0.013 0.001 0.027 33 I 0.001 0.001 0.843 0.056 0.066 0.007 0.001 0.028 34 G 0.001 0.001 0.820 0.052 0.083 0.010 0.001 0.035 35 V 0.001 0.001 0.611 0.058 0.073 0.060 0.001 0.197 36 T 0.001 0.001 0.287 0.027 0.067 0.314 0.001 0.301 37 S 0.003 0.001 0.086 0.010 0.053 0.295 0.002 0.550 38 D 0.004 0.001 0.010 0.002 0.007 0.177 0.003 0.794 39 R 0.034 0.004 0.003 0.002 0.002 0.629 0.008 0.317 40 M 0.127 0.078 0.003 0.004 0.004 0.606 0.006 0.173 41 A 0.091 0.639 0.003 0.008 0.014 0.097 0.003 0.145 42 R 0.046 0.831 0.001 0.004 0.011 0.015 0.004 0.087 43 A 0.093 0.778 0.002 0.006 0.014 0.008 0.020 0.078 44 R 0.176 0.619 0.008 0.015 0.018 0.011 0.054 0.100 45 I 0.138 0.412 0.066 0.036 0.027 0.046 0.045 0.229 46 R 0.066 0.176 0.111 0.035 0.028 0.062 0.024 0.498 47 S 0.058 0.100 0.088 0.026 0.033 0.066 0.017 0.612 48 V 0.087 0.064 0.073 0.019 0.024 0.097 0.019 0.616 49 L 0.125 0.053 0.092 0.026 0.035 0.143 0.012 0.514 50 P 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.981 51 F 0.028 0.022 0.041 0.026 0.055 0.167 0.005 0.656 52 A 0.033 0.028 0.016 0.008 0.013 0.074 0.004 0.824 53 I 0.050 0.150 0.035 0.027 0.081 0.071 0.004 0.582 54 R 0.037 0.196 0.018 0.018 0.028 0.173 0.005 0.524 55 A 0.078 0.374 0.013 0.017 0.030 0.096 0.012 0.380 56 E 0.092 0.635 0.010 0.013 0.025 0.041 0.010 0.174 57 N 0.067 0.670 0.008 0.015 0.025 0.032 0.013 0.170 58 V 0.035 0.681 0.019 0.023 0.042 0.026 0.010 0.165 59 K 0.030 0.655 0.015 0.031 0.050 0.031 0.011 0.177 60 R 0.028 0.680 0.022 0.041 0.074 0.027 0.008 0.120 61 Y 0.024 0.705 0.033 0.056 0.070 0.019 0.007 0.088 62 V 0.035 0.654 0.030 0.061 0.083 0.017 0.012 0.109 63 M 0.060 0.556 0.042 0.075 0.112 0.012 0.019 0.124 64 R 0.085 0.328 0.072 0.126 0.148 0.022 0.034 0.185 65 K 0.098 0.157 0.071 0.096 0.099 0.044 0.037 0.399 66 Y 0.070 0.053 0.079 0.076 0.093 0.046 0.023 0.559 67 G 0.050 0.020 0.061 0.045 0.066 0.126 0.016 0.616 68 F 0.095 0.010 0.085 0.059 0.084 0.072 0.022 0.573 69 E 0.069 0.007 0.141 0.059 0.075 0.193 0.006 0.450 70 P 0.002 0.001 0.007 0.006 0.007 0.007 0.001 0.969 71 E 0.012 0.001 0.195 0.153 0.329 0.092 0.003 0.215 72 I 0.020 0.002 0.053 0.057 0.076 0.029 0.003 0.759 73 V 0.009 0.002 0.248 0.274 0.350 0.026 0.002 0.090 74 K 0.003 0.002 0.015 0.026 0.018 0.053 0.001 0.882 75 I 0.017 0.003 0.155 0.074 0.378 0.039 0.004 0.329 76 T 0.015 0.006 0.040 0.032 0.050 0.353 0.012 0.492 77 N 0.318 0.005 0.033 0.035 0.041 0.120 0.033 0.415 78 P 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.985 79 Y 0.019 0.007 0.017 0.025 0.057 0.458 0.005 0.411 80 G 0.376 0.012 0.023 0.021 0.045 0.123 0.022 0.379 81 K 0.164 0.029 0.023 0.035 0.051 0.071 0.010 0.617 82 T 0.103 0.018 0.050 0.065 0.109 0.105 0.009 0.542 83 L 0.085 0.016 0.046 0.080 0.092 0.127 0.012 0.542 84 D 0.053 0.013 0.039 0.060 0.095 0.104 0.010 0.627 85 V 0.045 0.008 0.057 0.049 0.077 0.088 0.009 0.665 86 D 0.060 0.005 0.051 0.046 0.047 0.264 0.011 0.516 87 F 0.089 0.004 0.075 0.060 0.070 0.074 0.013 0.615 88 E 0.044 0.004 0.172 0.206 0.155 0.185 0.007 0.227 89 Y 0.024 0.003 0.198 0.100 0.130 0.147 0.005 0.394 90 L 0.006 0.002 0.400 0.267 0.255 0.020 0.001 0.049 91 V 0.003 0.001 0.395 0.202 0.306 0.018 0.001 0.074 92 V 0.003 0.001 0.352 0.167 0.234 0.043 0.002 0.199 93 S 0.002 0.001 0.178 0.195 0.364 0.110 0.001 0.148 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 E 0.002 0.001 0.006 0.003 0.007 0.736 0.002 0.244 96 T 0.425 0.007 0.009 0.003 0.005 0.242 0.026 0.284 97 Y 0.164 0.290 0.014 0.007 0.021 0.089 0.004 0.409 98 E 0.012 0.149 0.003 0.003 0.006 0.196 0.002 0.629 99 M 0.054 0.337 0.005 0.003 0.009 0.216 0.008 0.367 100 A 0.044 0.868 0.002 0.001 0.005 0.016 0.003 0.061 101 L 0.014 0.913 0.001 0.001 0.002 0.016 0.002 0.051 102 K 0.012 0.933 0.002 0.001 0.001 0.014 0.003 0.035 103 I 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 104 N 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 105 Q 0.004 0.938 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.045 106 K 0.011 0.917 0.002 0.001 0.001 0.026 0.007 0.036 107 R 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.013 108 E 0.010 0.966 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 109 E 0.023 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 110 L 0.119 0.794 0.003 0.001 0.002 0.002 0.056 0.023 111 G 0.268 0.347 0.043 0.014 0.009 0.015 0.166 0.139 112 K 0.094 0.093 0.362 0.057 0.024 0.059 0.034 0.277 113 R 0.033 0.012 0.072 0.053 0.026 0.061 0.014 0.729 114 K 0.023 0.004 0.054 0.019 0.024 0.052 0.004 0.820 115 I 0.029 0.004 0.289 0.147 0.167 0.034 0.004 0.326 116 T 0.025 0.001 0.314 0.202 0.167 0.088 0.003 0.198 117 I 0.005 0.001 0.172 0.153 0.187 0.026 0.001 0.453 118 V 0.001 0.001 0.340 0.302 0.328 0.008 0.001 0.020 119 K 0.002 0.001 0.176 0.060 0.071 0.065 0.001 0.625 120 V 0.001 0.001 0.404 0.158 0.355 0.017 0.001 0.065 121 D 0.001 0.001 0.204 0.193 0.276 0.065 0.001 0.259 122 W 0.005 0.001 0.143 0.097 0.189 0.039 0.003 0.524 123 M 0.008 0.002 0.232 0.229 0.292 0.090 0.002 0.146 124 M 0.009 0.007 0.085 0.110 0.175 0.134 0.004 0.477 125 A 0.025 0.017 0.097 0.106 0.312 0.097 0.005 0.341 126 E 0.029 0.018 0.041 0.055 0.076 0.154 0.011 0.617 127 D 0.096 0.011 0.014 0.020 0.027 0.253 0.042 0.536 128 G 0.463 0.012 0.014 0.013 0.020 0.063 0.082 0.333 129 K 0.281 0.010 0.041 0.052 0.033 0.243 0.011 0.329 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.997 131 I 0.007 0.001 0.047 0.136 0.540 0.054 0.001 0.214 132 S 0.031 0.008 0.025 0.066 0.123 0.158 0.004 0.585 133 S 0.080 0.015 0.058 0.066 0.168 0.102 0.012 0.498 134 T 0.070 0.031 0.052 0.081 0.097 0.225 0.012 0.432 135 R 0.079 0.028 0.070 0.147 0.142 0.205 0.014 0.316 136 I 0.040 0.098 0.056 0.216 0.278 0.076 0.006 0.231 137 K 0.026 0.137 0.037 0.213 0.344 0.051 0.007 0.185 138 R 0.046 0.207 0.021 0.084 0.194 0.081 0.021 0.347 139 G 0.225 0.092 0.027 0.066 0.121 0.065 0.099 0.305 140 E 0.412 0.022 0.042 0.087 0.067 0.118 0.048 0.204 141 I 0.026 0.013 0.098 0.117 0.115 0.123 0.006 0.502 142 D 0.005 0.005 0.097 0.315 0.402 0.061 0.002 0.113 143 R 0.007 0.022 0.030 0.023 0.062 0.061 0.003 0.792 144 Y 0.022 0.017 0.097 0.023 0.067 0.529 0.020 0.227 145 G 0.508 0.007 0.048 0.016 0.024 0.063 0.146 0.187 146 G 0.175 0.026 0.185 0.056 0.041 0.194 0.023 0.301 147 I 0.012 0.005 0.049 0.041 0.038 0.224 0.003 0.628 148 I 0.018 0.006 0.095 0.085 0.342 0.061 0.002 0.389