# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170.093 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.172 0.191 0.047 0.012 0.488 0.019 0.017 0.009 0.006 0.012 0.027 2 K 0.248 0.055 0.005 0.001 0.674 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 3 V 0.285 0.054 0.005 0.001 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 4 A 0.288 0.116 0.025 0.006 0.447 0.006 0.004 0.004 0.002 0.010 0.090 5 L 0.186 0.119 0.042 0.085 0.186 0.075 0.064 0.033 0.025 0.065 0.121 6 G 0.089 0.067 0.080 0.224 0.097 0.061 0.042 0.031 0.026 0.206 0.078 7 G 0.060 0.223 0.194 0.097 0.141 0.036 0.034 0.054 0.048 0.083 0.030 8 T 0.100 0.195 0.083 0.018 0.218 0.018 0.042 0.121 0.084 0.084 0.037 9 F 0.091 0.141 0.045 0.019 0.156 0.025 0.041 0.175 0.167 0.103 0.038 10 E 0.073 0.123 0.070 0.017 0.165 0.021 0.033 0.236 0.186 0.052 0.024 11 P 0.015 0.026 0.013 0.003 0.023 0.005 0.034 0.504 0.338 0.029 0.009 12 L 0.024 0.043 0.015 0.004 0.028 0.009 0.103 0.364 0.136 0.254 0.020 13 H 0.035 0.305 0.139 0.018 0.078 0.008 0.010 0.237 0.067 0.075 0.027 14 E 0.003 0.014 0.007 0.007 0.006 0.009 0.022 0.773 0.136 0.018 0.005 15 G 0.005 0.016 0.014 0.004 0.007 0.003 0.007 0.789 0.100 0.051 0.005 16 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.872 0.107 0.010 0.002 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.043 0.002 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.014 0.003 0.001 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.007 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.052 0.004 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.051 0.002 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.786 0.119 0.011 0.001 26 L 0.022 0.083 0.061 0.009 0.030 0.015 0.125 0.401 0.103 0.139 0.014 27 G 0.053 0.168 0.122 0.116 0.081 0.061 0.071 0.097 0.052 0.131 0.047 28 G 0.106 0.046 0.058 0.066 0.104 0.022 0.026 0.066 0.058 0.341 0.106 29 R 0.073 0.187 0.083 0.029 0.168 0.032 0.112 0.074 0.117 0.080 0.045 30 D 0.246 0.158 0.021 0.006 0.432 0.010 0.039 0.015 0.015 0.024 0.034 31 I 0.255 0.054 0.003 0.001 0.674 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 32 T 0.267 0.029 0.003 0.001 0.678 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 33 I 0.302 0.086 0.015 0.006 0.448 0.009 0.006 0.004 0.004 0.016 0.105 34 G 0.197 0.155 0.062 0.018 0.377 0.013 0.013 0.010 0.006 0.039 0.111 35 V 0.154 0.205 0.091 0.026 0.246 0.017 0.024 0.037 0.028 0.101 0.071 36 T 0.023 0.467 0.274 0.037 0.080 0.016 0.019 0.028 0.018 0.025 0.014 37 S 0.033 0.230 0.117 0.013 0.074 0.008 0.017 0.324 0.138 0.030 0.016 38 D 0.002 0.010 0.004 0.002 0.004 0.004 0.012 0.667 0.277 0.017 0.002 39 R 0.004 0.013 0.003 0.001 0.007 0.002 0.012 0.755 0.142 0.058 0.003 40 M 0.004 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.756 0.178 0.037 0.003 41 A 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.019 0.721 0.217 0.026 0.002 42 R 0.006 0.012 0.005 0.001 0.008 0.003 0.051 0.674 0.189 0.047 0.003 43 A 0.018 0.054 0.035 0.006 0.026 0.009 0.084 0.464 0.179 0.113 0.015 44 R 0.056 0.102 0.050 0.008 0.077 0.013 0.054 0.277 0.141 0.179 0.042 45 I 0.086 0.168 0.057 0.012 0.135 0.015 0.049 0.180 0.112 0.137 0.048 46 R 0.074 0.132 0.073 0.026 0.130 0.030 0.062 0.153 0.120 0.146 0.054 47 S 0.084 0.174 0.080 0.016 0.187 0.020 0.055 0.131 0.104 0.110 0.040 48 V 0.119 0.218 0.084 0.013 0.251 0.015 0.033 0.060 0.048 0.112 0.046 49 L 0.067 0.401 0.156 0.009 0.247 0.007 0.013 0.036 0.023 0.021 0.020 50 P 0.099 0.189 0.066 0.015 0.171 0.019 0.039 0.168 0.098 0.084 0.051 51 F 0.029 0.442 0.191 0.016 0.105 0.010 0.014 0.106 0.041 0.034 0.014 52 A 0.053 0.113 0.026 0.004 0.105 0.004 0.013 0.468 0.161 0.036 0.018 53 I 0.014 0.022 0.004 0.001 0.023 0.003 0.009 0.700 0.185 0.033 0.006 54 R 0.014 0.022 0.004 0.001 0.023 0.003 0.011 0.789 0.090 0.036 0.007 55 A 0.020 0.012 0.002 0.001 0.019 0.002 0.010 0.782 0.115 0.031 0.007 56 E 0.009 0.021 0.004 0.001 0.015 0.003 0.011 0.829 0.079 0.024 0.005 57 N 0.026 0.014 0.003 0.001 0.023 0.003 0.016 0.782 0.088 0.033 0.010 58 V 0.027 0.040 0.006 0.002 0.038 0.004 0.018 0.739 0.088 0.028 0.010 59 K 0.049 0.045 0.006 0.002 0.063 0.006 0.024 0.689 0.059 0.043 0.015 60 R 0.082 0.058 0.009 0.003 0.107 0.006 0.026 0.551 0.090 0.045 0.024 61 Y 0.077 0.070 0.013 0.005 0.133 0.011 0.042 0.477 0.114 0.036 0.021 62 V 0.105 0.068 0.014 0.004 0.158 0.009 0.049 0.386 0.116 0.058 0.034 63 M 0.137 0.087 0.023 0.006 0.183 0.012 0.069 0.249 0.088 0.097 0.049 64 R 0.091 0.170 0.115 0.036 0.158 0.039 0.082 0.128 0.060 0.074 0.048 65 K 0.162 0.131 0.105 0.038 0.193 0.027 0.034 0.096 0.047 0.107 0.060 66 Y 0.039 0.278 0.123 0.061 0.103 0.053 0.095 0.088 0.086 0.053 0.021 67 G 0.078 0.061 0.061 0.082 0.080 0.039 0.039 0.048 0.060 0.333 0.120 68 F 0.087 0.308 0.133 0.021 0.245 0.018 0.025 0.032 0.032 0.070 0.030 69 E 0.192 0.183 0.047 0.010 0.481 0.007 0.011 0.009 0.010 0.022 0.030 70 P 0.156 0.279 0.057 0.009 0.413 0.010 0.016 0.011 0.017 0.011 0.021 71 E 0.143 0.225 0.039 0.006 0.504 0.010 0.015 0.013 0.010 0.011 0.024 72 I 0.436 0.048 0.005 0.001 0.443 0.002 0.005 0.005 0.005 0.017 0.034 73 V 0.065 0.453 0.107 0.014 0.313 0.010 0.007 0.005 0.003 0.006 0.017 74 K 0.258 0.154 0.028 0.004 0.468 0.004 0.004 0.012 0.009 0.012 0.046 75 I 0.160 0.085 0.022 0.008 0.217 0.014 0.028 0.118 0.127 0.126 0.095 76 T 0.068 0.117 0.058 0.074 0.135 0.079 0.111 0.075 0.053 0.173 0.057 77 N 0.144 0.235 0.186 0.014 0.316 0.005 0.008 0.027 0.014 0.029 0.023 78 P 0.071 0.062 0.046 0.022 0.091 0.035 0.061 0.263 0.233 0.076 0.042 79 Y 0.058 0.227 0.098 0.064 0.097 0.073 0.129 0.087 0.057 0.079 0.032 80 G 0.041 0.087 0.089 0.169 0.052 0.067 0.037 0.063 0.059 0.244 0.090 81 K 0.104 0.181 0.125 0.033 0.209 0.016 0.025 0.055 0.057 0.132 0.063 82 T 0.201 0.138 0.045 0.013 0.295 0.014 0.029 0.073 0.065 0.073 0.054 83 L 0.067 0.210 0.087 0.065 0.179 0.080 0.092 0.058 0.053 0.073 0.035 84 D 0.357 0.064 0.030 0.012 0.449 0.006 0.007 0.014 0.010 0.025 0.027 85 V 0.089 0.203 0.110 0.026 0.232 0.047 0.062 0.067 0.080 0.055 0.029 86 D 0.228 0.131 0.054 0.009 0.413 0.005 0.009 0.012 0.011 0.048 0.081 87 F 0.250 0.099 0.022 0.004 0.259 0.010 0.043 0.046 0.150 0.017 0.101 88 E 0.057 0.075 0.032 0.027 0.096 0.185 0.279 0.079 0.041 0.069 0.061 89 Y 0.149 0.302 0.015 0.002 0.499 0.002 0.004 0.007 0.004 0.007 0.008 90 L 0.182 0.020 0.001 0.001 0.790 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 91 V 0.249 0.036 0.007 0.001 0.656 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.037 92 V 0.145 0.153 0.044 0.068 0.181 0.092 0.049 0.009 0.007 0.100 0.152 93 S 0.013 0.427 0.480 0.007 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 94 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.261 0.717 0.003 0.001 95 E 0.016 0.041 0.014 0.003 0.032 0.008 0.061 0.453 0.243 0.122 0.008 96 T 0.089 0.117 0.015 0.001 0.114 0.004 0.016 0.368 0.064 0.180 0.033 97 Y 0.027 0.047 0.026 0.021 0.038 0.020 0.023 0.616 0.095 0.058 0.030 98 E 0.009 0.036 0.018 0.016 0.020 0.020 0.036 0.729 0.090 0.021 0.005 99 M 0.015 0.022 0.014 0.007 0.018 0.006 0.014 0.557 0.167 0.153 0.026 100 A 0.018 0.020 0.003 0.001 0.019 0.001 0.006 0.749 0.137 0.037 0.009 101 L 0.005 0.010 0.003 0.001 0.008 0.004 0.016 0.867 0.075 0.009 0.003 102 K 0.010 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 0.871 0.049 0.034 0.003 103 I 0.005 0.016 0.002 0.001 0.008 0.001 0.006 0.887 0.053 0.016 0.004 104 N 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.896 0.076 0.007 0.004 105 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.024 0.006 0.001 106 K 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.934 0.031 0.014 0.001 107 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.885 0.092 0.011 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.852 0.138 0.002 0.001 109 E 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.004 0.224 0.669 0.067 0.022 0.001 110 L 0.001 0.779 0.130 0.011 0.007 0.016 0.032 0.011 0.004 0.006 0.002 111 G 0.024 0.005 0.006 0.020 0.008 0.004 0.001 0.003 0.006 0.434 0.487 112 K 0.154 0.280 0.089 0.015 0.271 0.012 0.019 0.029 0.031 0.053 0.047 113 R 0.040 0.456 0.195 0.030 0.142 0.028 0.046 0.018 0.012 0.016 0.017 114 K 0.362 0.094 0.014 0.005 0.347 0.007 0.030 0.021 0.032 0.024 0.063 115 I 0.224 0.082 0.009 0.002 0.643 0.009 0.012 0.003 0.003 0.003 0.009 116 T 0.165 0.089 0.006 0.001 0.718 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 117 I 0.493 0.017 0.001 0.001 0.462 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 118 V 0.089 0.204 0.027 0.005 0.645 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 119 K 0.398 0.025 0.002 0.001 0.550 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 120 V 0.175 0.248 0.035 0.005 0.482 0.006 0.006 0.002 0.004 0.005 0.033 121 D 0.177 0.215 0.047 0.014 0.429 0.023 0.023 0.011 0.008 0.009 0.043 122 W 0.290 0.113 0.015 0.003 0.442 0.004 0.007 0.020 0.016 0.036 0.055 123 M 0.173 0.172 0.025 0.004 0.526 0.007 0.011 0.020 0.007 0.022 0.033 124 M 0.154 0.280 0.075 0.017 0.327 0.015 0.014 0.022 0.008 0.030 0.058 125 A 0.112 0.157 0.337 0.039 0.124 0.015 0.018 0.080 0.035 0.028 0.054 126 E 0.011 0.020 0.037 0.140 0.011 0.201 0.130 0.290 0.111 0.039 0.010 127 D 0.006 0.453 0.150 0.143 0.022 0.053 0.115 0.016 0.010 0.026 0.006 128 G 0.017 0.011 0.015 0.054 0.010 0.009 0.003 0.004 0.014 0.551 0.312 129 K 0.021 0.610 0.203 0.012 0.105 0.007 0.007 0.009 0.008 0.009 0.008 130 P 0.258 0.186 0.046 0.013 0.343 0.009 0.017 0.035 0.025 0.027 0.040 131 I 0.138 0.177 0.081 0.029 0.186 0.032 0.045 0.108 0.077 0.070 0.058 132 S 0.075 0.192 0.101 0.034 0.168 0.042 0.035 0.169 0.062 0.067 0.054 133 S 0.165 0.097 0.034 0.010 0.192 0.010 0.018 0.245 0.096 0.076 0.056 134 T 0.079 0.218 0.043 0.007 0.223 0.013 0.022 0.285 0.063 0.031 0.016 135 R 0.180 0.161 0.010 0.001 0.399 0.003 0.008 0.172 0.022 0.029 0.015 136 I 0.258 0.073 0.015 0.003 0.217 0.005 0.020 0.296 0.045 0.026 0.042 137 K 0.041 0.034 0.038 0.116 0.043 0.214 0.132 0.268 0.045 0.034 0.036 138 R 0.026 0.397 0.098 0.139 0.054 0.067 0.100 0.051 0.018 0.029 0.019 139 G 0.023 0.020 0.033 0.089 0.022 0.022 0.010 0.028 0.035 0.505 0.211 140 E 0.102 0.345 0.066 0.005 0.335 0.005 0.011 0.045 0.023 0.035 0.029 141 I 0.225 0.229 0.025 0.007 0.383 0.008 0.015 0.030 0.015 0.028 0.034 142 D 0.127 0.258 0.232 0.024 0.238 0.014 0.020 0.035 0.016 0.009 0.026 143 R 0.054 0.037 0.038 0.025 0.044 0.061 0.077 0.395 0.173 0.057 0.039 144 Y 0.035 0.265 0.105 0.096 0.071 0.067 0.131 0.086 0.041 0.079 0.023 145 G 0.041 0.069 0.059 0.145 0.044 0.052 0.027 0.035 0.036 0.349 0.144 146 G 0.049 0.329 0.183 0.049 0.146 0.019 0.015 0.040 0.036 0.084 0.050 147 I 0.314 0.113 0.015 0.003 0.453 0.004 0.011 0.022 0.018 0.021 0.024 148 I 0.168 0.229 0.060 0.017 0.360 0.022 0.028 0.032 0.021 0.022 0.042