# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 170.093 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.580 0.249 0.106 0.046 0.014 0.004 0.001 2 K 0.159 0.228 0.312 0.237 0.048 0.015 0.002 3 V 0.066 0.069 0.123 0.228 0.294 0.193 0.027 4 A 0.062 0.050 0.074 0.177 0.200 0.290 0.148 5 L 0.023 0.034 0.048 0.075 0.151 0.372 0.297 6 G 0.057 0.083 0.129 0.202 0.188 0.171 0.169 7 G 0.013 0.023 0.033 0.051 0.128 0.325 0.426 8 T 0.009 0.017 0.026 0.054 0.109 0.274 0.511 9 F 0.009 0.012 0.022 0.061 0.130 0.323 0.444 10 E 0.021 0.067 0.122 0.198 0.235 0.245 0.113 11 P 0.020 0.041 0.073 0.129 0.264 0.311 0.163 12 L 0.013 0.020 0.024 0.065 0.148 0.409 0.321 13 H 0.018 0.054 0.112 0.174 0.280 0.271 0.091 14 E 0.031 0.108 0.244 0.348 0.166 0.083 0.021 15 G 0.039 0.079 0.129 0.170 0.319 0.206 0.057 16 H 0.005 0.011 0.016 0.042 0.156 0.494 0.277 17 K 0.022 0.092 0.248 0.295 0.205 0.119 0.018 18 K 0.016 0.087 0.314 0.415 0.114 0.044 0.009 19 L 0.001 0.003 0.010 0.027 0.193 0.581 0.184 20 I 0.002 0.005 0.011 0.048 0.218 0.529 0.188 21 D 0.013 0.128 0.284 0.306 0.179 0.082 0.008 22 V 0.005 0.042 0.216 0.419 0.236 0.075 0.007 23 A 0.001 0.002 0.005 0.012 0.126 0.723 0.131 24 I 0.005 0.043 0.206 0.415 0.269 0.058 0.004 25 K 0.068 0.414 0.306 0.164 0.037 0.010 0.001 26 L 0.008 0.034 0.114 0.276 0.456 0.110 0.003 27 G 0.028 0.075 0.151 0.309 0.332 0.100 0.004 28 G 0.150 0.499 0.247 0.069 0.028 0.006 0.001 29 R 0.043 0.177 0.305 0.364 0.085 0.024 0.002 30 D 0.003 0.022 0.117 0.315 0.364 0.169 0.009 31 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.081 0.609 0.300 32 T 0.001 0.001 0.003 0.009 0.052 0.347 0.589 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.136 0.855 34 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.121 0.859 35 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.194 0.789 36 T 0.001 0.006 0.016 0.043 0.146 0.378 0.410 37 S 0.012 0.047 0.082 0.159 0.262 0.326 0.112 38 D 0.063 0.161 0.200 0.200 0.224 0.135 0.016 39 R 0.077 0.175 0.248 0.238 0.163 0.089 0.010 40 M 0.061 0.084 0.116 0.192 0.309 0.212 0.024 41 A 0.117 0.163 0.203 0.237 0.186 0.087 0.008 42 R 0.302 0.303 0.205 0.120 0.050 0.019 0.001 43 A 0.342 0.261 0.182 0.133 0.061 0.019 0.001 44 R 0.382 0.252 0.169 0.120 0.057 0.018 0.001 45 I 0.400 0.243 0.164 0.112 0.058 0.022 0.002 46 R 0.392 0.254 0.170 0.112 0.051 0.019 0.002 47 S 0.374 0.272 0.163 0.111 0.057 0.021 0.002 48 V 0.266 0.259 0.182 0.149 0.095 0.043 0.006 49 L 0.116 0.155 0.174 0.217 0.202 0.120 0.016 50 P 0.113 0.143 0.174 0.209 0.205 0.138 0.019 51 F 0.142 0.194 0.224 0.208 0.148 0.074 0.010 52 A 0.198 0.232 0.198 0.184 0.122 0.058 0.008 53 I 0.120 0.126 0.193 0.247 0.207 0.097 0.011 54 R 0.383 0.314 0.158 0.088 0.042 0.015 0.001 55 A 0.414 0.299 0.143 0.089 0.040 0.014 0.001 56 E 0.198 0.206 0.217 0.211 0.119 0.045 0.004 57 N 0.194 0.221 0.234 0.199 0.106 0.042 0.003 58 V 0.218 0.231 0.243 0.181 0.092 0.032 0.003 59 K 0.199 0.257 0.212 0.181 0.108 0.039 0.004 60 R 0.084 0.142 0.188 0.262 0.215 0.101 0.008 61 Y 0.110 0.180 0.228 0.238 0.164 0.073 0.006 62 V 0.109 0.192 0.229 0.234 0.156 0.073 0.007 63 M 0.101 0.115 0.173 0.244 0.236 0.119 0.012 64 R 0.208 0.276 0.236 0.171 0.082 0.026 0.002 65 K 0.307 0.302 0.203 0.118 0.050 0.018 0.002 66 Y 0.164 0.155 0.202 0.256 0.163 0.057 0.005 67 G 0.401 0.328 0.154 0.073 0.032 0.011 0.001 68 F 0.223 0.222 0.211 0.206 0.101 0.035 0.003 69 E 0.253 0.335 0.207 0.122 0.061 0.020 0.002 70 P 0.086 0.105 0.176 0.285 0.230 0.108 0.010 71 E 0.179 0.360 0.214 0.136 0.084 0.026 0.002 72 I 0.057 0.118 0.171 0.284 0.241 0.121 0.009 73 V 0.084 0.160 0.242 0.263 0.193 0.056 0.003 74 K 0.239 0.352 0.231 0.124 0.041 0.012 0.001 75 I 0.091 0.100 0.202 0.297 0.234 0.071 0.005 76 T 0.341 0.324 0.185 0.101 0.038 0.010 0.001 77 N 0.422 0.298 0.156 0.086 0.029 0.008 0.001 78 P 0.413 0.292 0.145 0.095 0.042 0.012 0.001 79 Y 0.223 0.188 0.205 0.205 0.131 0.045 0.003 80 G 0.361 0.300 0.195 0.095 0.038 0.010 0.001 81 K 0.309 0.333 0.205 0.107 0.036 0.009 0.001 82 T 0.136 0.130 0.198 0.244 0.214 0.073 0.005 83 L 0.193 0.270 0.248 0.177 0.085 0.025 0.001 84 D 0.395 0.340 0.162 0.071 0.024 0.007 0.001 85 V 0.155 0.227 0.259 0.231 0.102 0.024 0.002 86 D 0.125 0.307 0.250 0.184 0.097 0.034 0.004 87 F 0.007 0.023 0.063 0.194 0.365 0.311 0.037 88 E 0.025 0.134 0.219 0.295 0.211 0.107 0.008 89 Y 0.002 0.008 0.023 0.063 0.216 0.535 0.154 90 L 0.001 0.003 0.009 0.023 0.100 0.434 0.430 91 V 0.001 0.004 0.013 0.044 0.122 0.367 0.449 92 V 0.003 0.011 0.029 0.065 0.161 0.359 0.371 93 S 0.007 0.022 0.046 0.099 0.237 0.439 0.150 94 P 0.052 0.167 0.236 0.253 0.181 0.098 0.014 95 E 0.063 0.166 0.202 0.238 0.212 0.109 0.010 96 T 0.043 0.077 0.126 0.207 0.332 0.198 0.018 97 Y 0.106 0.188 0.272 0.241 0.141 0.049 0.003 98 E 0.365 0.369 0.171 0.069 0.021 0.005 0.001 99 M 0.297 0.289 0.192 0.143 0.062 0.017 0.001 100 A 0.135 0.154 0.185 0.241 0.200 0.080 0.005 101 L 0.216 0.291 0.272 0.151 0.055 0.014 0.001 102 K 0.215 0.378 0.258 0.116 0.027 0.005 0.001 103 I 0.040 0.058 0.091 0.203 0.381 0.214 0.013 104 N 0.046 0.134 0.254 0.353 0.170 0.042 0.001 105 Q 0.425 0.415 0.112 0.034 0.011 0.002 0.001 106 K 0.180 0.285 0.266 0.204 0.056 0.008 0.001 107 R 0.088 0.120 0.251 0.290 0.212 0.039 0.001 108 E 0.347 0.377 0.173 0.074 0.025 0.003 0.001 109 E 0.670 0.277 0.041 0.010 0.003 0.001 0.001 110 L 0.335 0.263 0.224 0.143 0.032 0.004 0.001 111 G 0.536 0.295 0.117 0.038 0.012 0.002 0.001 112 K 0.257 0.235 0.288 0.175 0.039 0.006 0.001 113 R 0.513 0.349 0.094 0.033 0.010 0.002 0.001 114 K 0.174 0.389 0.246 0.140 0.040 0.011 0.001 115 I 0.031 0.054 0.130 0.265 0.364 0.146 0.011 116 T 0.048 0.295 0.313 0.223 0.093 0.027 0.001 117 I 0.013 0.043 0.096 0.230 0.309 0.268 0.040 118 V 0.007 0.043 0.122 0.258 0.341 0.210 0.018 119 K 0.015 0.103 0.213 0.342 0.196 0.114 0.016 120 V 0.004 0.016 0.047 0.130 0.321 0.412 0.069 121 D 0.020 0.162 0.239 0.299 0.212 0.064 0.003 122 W 0.008 0.039 0.101 0.247 0.346 0.242 0.017 123 M 0.016 0.054 0.142 0.238 0.329 0.210 0.013 124 M 0.068 0.169 0.323 0.295 0.116 0.027 0.001 125 A 0.356 0.349 0.177 0.085 0.029 0.005 0.001 126 E 0.644 0.268 0.057 0.024 0.006 0.001 0.001 127 D 0.714 0.217 0.045 0.018 0.005 0.001 0.001 128 G 0.620 0.244 0.090 0.036 0.009 0.001 0.001 129 K 0.597 0.281 0.086 0.028 0.008 0.001 0.001 130 P 0.358 0.359 0.189 0.072 0.019 0.003 0.001 131 I 0.108 0.124 0.237 0.292 0.190 0.046 0.002 132 S 0.185 0.276 0.241 0.175 0.092 0.029 0.001 133 S 0.219 0.253 0.233 0.185 0.083 0.026 0.001 134 T 0.353 0.345 0.167 0.088 0.038 0.009 0.001 135 R 0.130 0.296 0.274 0.201 0.078 0.019 0.001 136 I 0.061 0.065 0.142 0.288 0.314 0.120 0.010 137 K 0.171 0.297 0.241 0.180 0.088 0.022 0.001 138 R 0.425 0.348 0.135 0.063 0.023 0.006 0.001 139 G 0.337 0.319 0.192 0.114 0.031 0.006 0.001 140 E 0.173 0.248 0.229 0.204 0.111 0.034 0.002 141 I 0.116 0.107 0.187 0.266 0.234 0.084 0.006 142 D 0.396 0.303 0.181 0.084 0.029 0.007 0.001 143 R 0.564 0.269 0.102 0.047 0.014 0.004 0.001 144 Y 0.532 0.230 0.120 0.075 0.031 0.010 0.001 145 G 0.526 0.210 0.113 0.085 0.048 0.016 0.002 146 G 0.528 0.272 0.115 0.053 0.022 0.009 0.001 147 I 0.379 0.196 0.156 0.140 0.081 0.040 0.008 148 I 0.368 0.177 0.152 0.139 0.094 0.058 0.012