# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2928 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.138 0.094 0.154 0.158 0.064 0.388 2 K 0.002 0.001 0.322 0.100 0.171 0.069 0.123 0.213 3 V 0.002 0.001 0.655 0.069 0.082 0.029 0.091 0.071 4 A 0.005 0.001 0.636 0.059 0.061 0.031 0.098 0.107 5 L 0.015 0.002 0.572 0.064 0.064 0.059 0.076 0.147 6 G 0.020 0.003 0.378 0.024 0.067 0.123 0.084 0.302 7 G 0.030 0.005 0.225 0.028 0.065 0.203 0.117 0.326 8 T 0.018 0.010 0.128 0.023 0.044 0.202 0.056 0.519 9 F 0.021 0.017 0.078 0.020 0.034 0.142 0.067 0.621 10 E 0.181 0.116 0.075 0.028 0.033 0.137 0.170 0.261 11 P 0.063 0.166 0.066 0.019 0.026 0.151 0.136 0.373 12 L 0.074 0.408 0.023 0.005 0.008 0.065 0.037 0.378 13 H 0.117 0.738 0.010 0.003 0.003 0.019 0.048 0.062 14 E 0.012 0.851 0.005 0.003 0.003 0.017 0.026 0.083 15 G 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.017 16 H 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 17 K 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 18 K 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 19 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 20 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 21 D 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 22 V 0.007 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 23 A 0.191 0.481 0.042 0.002 0.001 0.006 0.264 0.013 24 I 0.236 0.186 0.032 0.005 0.002 0.021 0.274 0.244 25 K 0.055 0.024 0.009 0.001 0.001 0.027 0.040 0.843 26 L 0.052 0.005 0.025 0.002 0.002 0.097 0.075 0.743 27 G 0.203 0.005 0.011 0.002 0.002 0.101 0.047 0.629 28 G 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.053 0.012 0.881 29 R 0.006 0.002 0.081 0.007 0.019 0.225 0.035 0.624 30 D 0.002 0.001 0.316 0.023 0.062 0.109 0.081 0.406 31 I 0.002 0.001 0.596 0.080 0.058 0.049 0.049 0.164 32 T 0.001 0.001 0.766 0.047 0.046 0.016 0.047 0.077 33 I 0.002 0.001 0.673 0.084 0.087 0.022 0.056 0.075 34 G 0.005 0.002 0.687 0.059 0.090 0.026 0.049 0.082 35 V 0.026 0.010 0.353 0.094 0.115 0.078 0.052 0.272 36 T 0.056 0.041 0.224 0.066 0.096 0.100 0.087 0.330 37 S 0.056 0.150 0.054 0.025 0.054 0.121 0.054 0.484 38 D 0.109 0.252 0.040 0.018 0.027 0.091 0.062 0.400 39 R 0.096 0.302 0.035 0.034 0.024 0.085 0.078 0.344 40 M 0.147 0.207 0.029 0.017 0.020 0.076 0.093 0.411 41 A 0.282 0.123 0.025 0.020 0.021 0.064 0.147 0.319 42 R 0.152 0.064 0.014 0.014 0.021 0.069 0.089 0.576 43 A 0.054 0.023 0.009 0.009 0.017 0.074 0.056 0.758 44 R 0.029 0.020 0.019 0.026 0.037 0.122 0.074 0.673 45 I 0.071 0.016 0.017 0.018 0.033 0.108 0.039 0.699 46 R 0.080 0.014 0.028 0.033 0.040 0.109 0.066 0.630 47 S 0.018 0.035 0.040 0.021 0.035 0.140 0.043 0.668 48 V 0.014 0.062 0.034 0.016 0.027 0.113 0.022 0.713 49 L 0.042 0.351 0.036 0.023 0.015 0.082 0.048 0.403 50 P 0.025 0.915 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 0.025 51 F 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 52 A 0.009 0.956 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.012 53 I 0.009 0.481 0.006 0.002 0.002 0.006 0.476 0.018 54 R 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 55 A 0.008 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.010 56 E 0.002 0.926 0.003 0.002 0.001 0.003 0.044 0.019 57 N 0.013 0.930 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 0.013 58 V 0.047 0.824 0.006 0.001 0.001 0.005 0.101 0.014 59 K 0.051 0.855 0.005 0.001 0.001 0.008 0.032 0.047 60 R 0.064 0.439 0.017 0.002 0.002 0.036 0.102 0.337 61 Y 0.069 0.303 0.087 0.015 0.010 0.080 0.148 0.288 62 V 0.274 0.086 0.072 0.011 0.013 0.070 0.136 0.338 63 M 0.055 0.008 0.040 0.006 0.006 0.095 0.079 0.711 64 R 0.147 0.007 0.035 0.006 0.010 0.089 0.038 0.667 65 K 0.105 0.002 0.011 0.004 0.005 0.078 0.023 0.771 66 Y 0.014 0.001 0.027 0.007 0.015 0.141 0.011 0.784 67 G 0.012 0.002 0.048 0.018 0.057 0.111 0.030 0.723 68 F 0.008 0.002 0.050 0.058 0.045 0.081 0.030 0.726 69 E 0.047 0.007 0.151 0.128 0.117 0.086 0.061 0.402 70 P 0.037 0.004 0.062 0.054 0.063 0.064 0.043 0.673 71 E 0.034 0.006 0.106 0.142 0.171 0.078 0.045 0.419 72 I 0.012 0.002 0.057 0.051 0.120 0.068 0.057 0.634 73 V 0.020 0.004 0.054 0.153 0.178 0.093 0.060 0.438 74 K 0.088 0.006 0.046 0.113 0.121 0.085 0.068 0.473 75 I 0.038 0.006 0.016 0.045 0.064 0.117 0.031 0.683 76 T 0.019 0.005 0.025 0.024 0.055 0.096 0.019 0.757 77 N 0.163 0.017 0.019 0.041 0.056 0.121 0.045 0.538 78 P 0.082 0.019 0.026 0.059 0.056 0.099 0.090 0.568 79 Y 0.042 0.017 0.021 0.035 0.077 0.106 0.056 0.646 80 G 0.092 0.012 0.028 0.072 0.113 0.074 0.111 0.498 81 K 0.089 0.007 0.015 0.105 0.107 0.082 0.036 0.559 82 T 0.020 0.002 0.021 0.052 0.106 0.077 0.033 0.688 83 L 0.016 0.002 0.022 0.076 0.140 0.117 0.022 0.606 84 D 0.035 0.002 0.035 0.062 0.105 0.097 0.045 0.619 85 V 0.032 0.002 0.028 0.039 0.039 0.112 0.031 0.718 86 D 0.060 0.006 0.060 0.034 0.055 0.128 0.092 0.565 87 F 0.010 0.002 0.069 0.051 0.078 0.172 0.077 0.540 88 E 0.002 0.001 0.329 0.081 0.190 0.060 0.077 0.260 89 Y 0.002 0.001 0.320 0.144 0.281 0.027 0.066 0.159 90 L 0.003 0.001 0.519 0.147 0.156 0.029 0.025 0.120 91 V 0.003 0.002 0.472 0.141 0.185 0.037 0.023 0.137 92 V 0.014 0.008 0.296 0.086 0.095 0.098 0.064 0.340 93 S 0.281 0.155 0.054 0.024 0.027 0.096 0.140 0.222 94 P 0.166 0.202 0.018 0.006 0.010 0.116 0.049 0.433 95 E 0.057 0.287 0.031 0.013 0.016 0.087 0.062 0.446 96 T 0.087 0.637 0.009 0.006 0.009 0.037 0.031 0.184 97 Y 0.157 0.555 0.012 0.010 0.011 0.043 0.049 0.163 98 E 0.046 0.495 0.014 0.017 0.025 0.053 0.068 0.282 99 M 0.090 0.517 0.007 0.006 0.011 0.033 0.099 0.237 100 A 0.041 0.295 0.019 0.021 0.022 0.053 0.335 0.215 101 L 0.035 0.400 0.020 0.023 0.030 0.064 0.117 0.309 102 K 0.104 0.547 0.009 0.010 0.014 0.040 0.054 0.222 103 I 0.045 0.541 0.010 0.010 0.012 0.056 0.040 0.286 104 N 0.028 0.662 0.007 0.007 0.009 0.035 0.043 0.210 105 Q 0.014 0.901 0.002 0.002 0.002 0.009 0.019 0.053 106 K 0.031 0.918 0.003 0.001 0.001 0.005 0.023 0.019 107 R 0.054 0.669 0.019 0.007 0.005 0.016 0.165 0.066 108 E 0.133 0.589 0.016 0.007 0.006 0.021 0.082 0.145 109 E 0.305 0.161 0.031 0.008 0.011 0.051 0.117 0.316 110 L 0.120 0.028 0.019 0.013 0.012 0.074 0.099 0.634 111 G 0.149 0.015 0.003 0.004 0.008 0.040 0.033 0.747 112 K 0.027 0.002 0.007 0.003 0.006 0.094 0.036 0.825 113 R 0.027 0.007 0.037 0.024 0.052 0.165 0.051 0.637 114 K 0.017 0.003 0.030 0.020 0.059 0.088 0.043 0.740 115 I 0.005 0.002 0.154 0.099 0.132 0.088 0.037 0.483 116 T 0.006 0.002 0.264 0.177 0.330 0.028 0.045 0.148 117 I 0.006 0.002 0.128 0.191 0.176 0.038 0.041 0.419 118 V 0.002 0.002 0.328 0.269 0.210 0.031 0.016 0.143 119 K 0.011 0.005 0.088 0.121 0.167 0.052 0.029 0.527 120 V 0.130 0.035 0.085 0.156 0.098 0.064 0.056 0.377 121 D 0.097 0.075 0.059 0.064 0.089 0.076 0.038 0.501 122 W 0.062 0.047 0.040 0.047 0.063 0.085 0.043 0.613 123 M 0.037 0.024 0.060 0.117 0.092 0.095 0.084 0.490 124 M 0.115 0.014 0.043 0.045 0.051 0.090 0.134 0.507 125 A 0.669 0.006 0.010 0.012 0.015 0.035 0.046 0.207 126 E 0.137 0.002 0.006 0.007 0.009 0.064 0.019 0.757 127 D 0.007 0.001 0.005 0.003 0.015 0.093 0.005 0.871 128 G 0.008 0.001 0.011 0.012 0.042 0.117 0.019 0.790 129 K 0.023 0.005 0.039 0.146 0.127 0.131 0.064 0.466 130 P 0.016 0.008 0.078 0.078 0.116 0.096 0.100 0.509 131 I 0.012 0.015 0.099 0.130 0.143 0.092 0.067 0.440 132 S 0.058 0.055 0.122 0.090 0.125 0.072 0.050 0.428 133 S 0.086 0.130 0.065 0.092 0.122 0.061 0.083 0.362 134 T 0.052 0.135 0.090 0.094 0.181 0.069 0.063 0.317 135 R 0.044 0.048 0.069 0.165 0.262 0.067 0.073 0.272 136 I 0.037 0.021 0.051 0.143 0.152 0.091 0.054 0.450 137 K 0.105 0.063 0.026 0.097 0.143 0.081 0.067 0.417 138 R 0.056 0.054 0.009 0.028 0.050 0.095 0.022 0.686 139 G 0.028 0.079 0.021 0.048 0.056 0.090 0.036 0.642 140 E 0.099 0.390 0.011 0.033 0.032 0.052 0.050 0.333 141 I 0.259 0.280 0.024 0.022 0.019 0.048 0.102 0.247 142 D 0.104 0.191 0.033 0.049 0.028 0.074 0.098 0.424 143 R 0.251 0.157 0.012 0.007 0.011 0.052 0.053 0.455 144 Y 0.284 0.089 0.012 0.008 0.011 0.079 0.070 0.448 145 G 0.067 0.040 0.014 0.014 0.028 0.088 0.077 0.672 146 G 0.036 0.028 0.013 0.013 0.030 0.089 0.075 0.717 147 I 0.031 0.026 0.035 0.052 0.066 0.138 0.088 0.564 148 I 0.050 0.021 0.047 0.058 0.082 0.103 0.074 0.565