# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2928 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.226 0.065 0.026 0.098 0.098 0.107 0.136 0.101 0.074 0.041 0.028 2 K 0.121 0.131 0.056 0.170 0.166 0.109 0.099 0.056 0.047 0.029 0.016 3 V 0.031 0.037 0.024 0.077 0.077 0.102 0.195 0.168 0.147 0.081 0.060 4 A 0.029 0.023 0.016 0.036 0.038 0.058 0.129 0.132 0.204 0.177 0.159 5 L 0.009 0.012 0.011 0.029 0.030 0.042 0.096 0.126 0.195 0.192 0.257 6 G 0.064 0.084 0.039 0.119 0.117 0.100 0.137 0.092 0.098 0.073 0.078 7 G 0.054 0.028 0.015 0.051 0.073 0.072 0.152 0.146 0.163 0.125 0.120 8 T 0.065 0.070 0.029 0.142 0.161 0.107 0.123 0.101 0.088 0.063 0.050 9 F 0.010 0.006 0.006 0.020 0.024 0.041 0.083 0.129 0.201 0.231 0.250 10 E 0.043 0.084 0.038 0.158 0.186 0.142 0.137 0.083 0.063 0.040 0.025 11 P 0.018 0.027 0.023 0.049 0.053 0.064 0.129 0.138 0.180 0.183 0.136 12 L 0.007 0.006 0.009 0.015 0.019 0.030 0.077 0.113 0.192 0.253 0.280 13 H 0.013 0.015 0.019 0.046 0.065 0.113 0.179 0.162 0.155 0.127 0.106 14 E 0.076 0.107 0.102 0.193 0.155 0.101 0.104 0.065 0.044 0.035 0.019 15 G 0.009 0.011 0.020 0.050 0.061 0.096 0.180 0.138 0.178 0.157 0.101 16 H 0.003 0.003 0.008 0.011 0.017 0.023 0.076 0.116 0.247 0.230 0.265 17 K 0.008 0.016 0.061 0.129 0.132 0.258 0.203 0.070 0.057 0.046 0.019 18 K 0.007 0.024 0.141 0.230 0.218 0.147 0.136 0.059 0.022 0.011 0.004 19 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.034 0.110 0.235 0.328 0.281 20 I 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.025 0.135 0.121 0.247 0.255 0.198 21 D 0.006 0.010 0.430 0.243 0.137 0.087 0.050 0.018 0.009 0.007 0.002 22 V 0.001 0.003 0.040 0.078 0.131 0.266 0.370 0.072 0.028 0.009 0.003 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.148 0.293 0.515 24 I 0.001 0.003 0.027 0.040 0.053 0.211 0.372 0.120 0.097 0.051 0.027 25 K 0.003 0.011 0.585 0.189 0.135 0.043 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 26 L 0.003 0.007 0.019 0.019 0.037 0.116 0.344 0.254 0.105 0.063 0.033 27 G 0.091 0.031 0.034 0.038 0.022 0.047 0.130 0.103 0.161 0.184 0.160 28 G 0.187 0.144 0.088 0.112 0.094 0.087 0.105 0.060 0.045 0.035 0.043 29 R 0.226 0.204 0.111 0.197 0.105 0.064 0.049 0.021 0.012 0.006 0.004 30 D 0.195 0.103 0.039 0.145 0.138 0.113 0.112 0.062 0.048 0.027 0.018 31 I 0.002 0.003 0.002 0.005 0.009 0.023 0.071 0.158 0.228 0.211 0.288 32 T 0.006 0.019 0.017 0.039 0.061 0.115 0.225 0.145 0.154 0.112 0.106 33 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.022 0.088 0.213 0.319 0.350 34 G 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.014 0.059 0.110 0.187 0.284 0.326 35 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.010 0.035 0.077 0.162 0.272 0.425 36 T 0.004 0.007 0.007 0.021 0.039 0.055 0.107 0.182 0.184 0.183 0.211 37 S 0.014 0.017 0.016 0.059 0.102 0.105 0.174 0.172 0.134 0.116 0.091 38 D 0.050 0.059 0.029 0.119 0.148 0.149 0.155 0.118 0.081 0.058 0.035 39 R 0.235 0.157 0.063 0.176 0.146 0.075 0.059 0.035 0.025 0.020 0.011 40 M 0.124 0.093 0.043 0.130 0.117 0.096 0.109 0.086 0.081 0.073 0.049 41 A 0.036 0.040 0.026 0.059 0.057 0.084 0.126 0.115 0.153 0.161 0.142 42 R 0.149 0.167 0.091 0.184 0.126 0.091 0.084 0.041 0.030 0.023 0.014 43 A 0.340 0.138 0.081 0.116 0.077 0.064 0.066 0.042 0.033 0.026 0.018 44 R 0.282 0.169 0.058 0.165 0.108 0.076 0.059 0.031 0.023 0.017 0.010 45 I 0.135 0.076 0.037 0.117 0.104 0.119 0.146 0.103 0.076 0.053 0.034 46 R 0.163 0.135 0.096 0.168 0.137 0.099 0.088 0.047 0.035 0.022 0.010 47 S 0.125 0.133 0.093 0.154 0.139 0.116 0.117 0.053 0.037 0.023 0.010 48 V 0.052 0.041 0.039 0.062 0.060 0.071 0.154 0.132 0.149 0.144 0.095 49 L 0.037 0.041 0.037 0.075 0.090 0.119 0.193 0.160 0.113 0.081 0.054 50 P 0.142 0.347 0.172 0.152 0.069 0.035 0.035 0.018 0.014 0.012 0.005 51 F 0.067 0.040 0.030 0.088 0.131 0.198 0.224 0.113 0.060 0.031 0.018 52 A 0.628 0.099 0.105 0.090 0.034 0.018 0.012 0.006 0.004 0.003 0.001 53 I 0.021 0.032 0.072 0.189 0.175 0.202 0.178 0.067 0.036 0.021 0.007 54 R 0.002 0.008 0.028 0.019 0.028 0.034 0.125 0.170 0.244 0.204 0.138 55 A 0.002 0.007 0.075 0.104 0.186 0.209 0.247 0.073 0.051 0.035 0.010 56 E 0.018 0.022 0.681 0.155 0.075 0.023 0.017 0.005 0.003 0.002 0.001 57 N 0.001 0.004 0.028 0.035 0.048 0.157 0.400 0.139 0.109 0.054 0.025 58 V 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.006 0.041 0.067 0.227 0.279 0.370 59 K 0.001 0.004 0.128 0.163 0.337 0.160 0.138 0.036 0.019 0.011 0.003 60 R 0.003 0.014 0.380 0.202 0.226 0.083 0.062 0.017 0.008 0.003 0.001 61 Y 0.002 0.003 0.015 0.009 0.010 0.038 0.188 0.200 0.218 0.185 0.132 62 V 0.016 0.013 0.030 0.025 0.019 0.039 0.161 0.160 0.217 0.165 0.157 63 M 0.012 0.027 0.161 0.145 0.137 0.137 0.135 0.101 0.068 0.046 0.029 64 R 0.115 0.118 0.177 0.198 0.158 0.104 0.079 0.028 0.013 0.007 0.003 65 K 0.259 0.132 0.067 0.109 0.081 0.075 0.105 0.063 0.050 0.041 0.018 66 Y 0.119 0.059 0.020 0.051 0.048 0.105 0.166 0.129 0.127 0.096 0.080 67 G 0.297 0.233 0.097 0.163 0.085 0.047 0.035 0.017 0.012 0.008 0.005 68 F 0.071 0.058 0.038 0.065 0.074 0.107 0.147 0.145 0.127 0.101 0.067 69 E 0.185 0.233 0.057 0.189 0.137 0.071 0.059 0.027 0.020 0.014 0.007 70 P 0.023 0.017 0.012 0.028 0.031 0.051 0.102 0.153 0.200 0.195 0.188 71 E 0.151 0.199 0.103 0.194 0.142 0.084 0.058 0.028 0.020 0.014 0.007 72 I 0.055 0.086 0.059 0.172 0.123 0.115 0.148 0.077 0.071 0.056 0.038 73 V 0.022 0.017 0.015 0.043 0.065 0.093 0.160 0.177 0.170 0.125 0.112 74 K 0.241 0.320 0.117 0.191 0.083 0.021 0.013 0.006 0.004 0.003 0.001 75 I 0.035 0.030 0.030 0.092 0.077 0.126 0.164 0.131 0.131 0.101 0.082 76 T 0.280 0.184 0.067 0.192 0.133 0.048 0.043 0.020 0.017 0.012 0.006 77 N 0.143 0.152 0.061 0.177 0.151 0.095 0.105 0.051 0.036 0.019 0.009 78 P 0.156 0.102 0.064 0.097 0.071 0.091 0.116 0.071 0.095 0.079 0.057 79 Y 0.086 0.092 0.039 0.135 0.121 0.130 0.173 0.086 0.068 0.042 0.029 80 G 0.302 0.195 0.068 0.135 0.093 0.055 0.055 0.039 0.028 0.018 0.011 81 K 0.219 0.141 0.049 0.141 0.128 0.101 0.095 0.051 0.036 0.025 0.015 82 T 0.240 0.189 0.054 0.159 0.106 0.077 0.072 0.041 0.031 0.020 0.012 83 L 0.048 0.034 0.020 0.068 0.087 0.147 0.193 0.151 0.118 0.080 0.054 84 D 0.193 0.213 0.110 0.221 0.119 0.059 0.042 0.018 0.012 0.008 0.005 85 V 0.022 0.018 0.017 0.043 0.050 0.077 0.161 0.177 0.171 0.138 0.126 86 D 0.179 0.243 0.086 0.202 0.132 0.054 0.043 0.020 0.019 0.013 0.008 87 F 0.014 0.015 0.016 0.058 0.070 0.137 0.178 0.149 0.148 0.111 0.104 88 E 0.121 0.139 0.097 0.260 0.165 0.095 0.060 0.024 0.020 0.013 0.006 89 Y 0.008 0.016 0.014 0.060 0.090 0.107 0.194 0.236 0.146 0.079 0.050 90 L 0.002 0.004 0.008 0.011 0.011 0.020 0.058 0.099 0.198 0.304 0.284 91 V 0.002 0.004 0.011 0.018 0.020 0.041 0.109 0.166 0.206 0.220 0.202 92 V 0.006 0.024 0.057 0.072 0.072 0.094 0.146 0.162 0.149 0.135 0.086 93 S 0.011 0.013 0.016 0.038 0.051 0.071 0.151 0.166 0.169 0.185 0.130 94 P 0.103 0.077 0.041 0.121 0.122 0.110 0.138 0.102 0.084 0.065 0.037 95 E 0.142 0.128 0.052 0.161 0.152 0.096 0.096 0.068 0.051 0.037 0.018 96 T 0.031 0.038 0.029 0.062 0.059 0.082 0.136 0.124 0.164 0.162 0.113 97 Y 0.032 0.039 0.033 0.095 0.107 0.134 0.182 0.129 0.113 0.085 0.052 98 E 0.173 0.157 0.142 0.167 0.096 0.079 0.069 0.044 0.034 0.027 0.013 99 M 0.061 0.074 0.068 0.135 0.131 0.134 0.166 0.090 0.068 0.048 0.025 100 A 0.037 0.030 0.036 0.071 0.078 0.098 0.179 0.158 0.142 0.105 0.066 101 L 0.099 0.071 0.166 0.177 0.131 0.112 0.111 0.058 0.038 0.027 0.010 102 K 0.034 0.076 0.206 0.187 0.146 0.115 0.123 0.052 0.033 0.022 0.008 103 I 0.019 0.024 0.043 0.059 0.073 0.116 0.240 0.171 0.128 0.083 0.043 104 N 0.210 0.112 0.210 0.155 0.098 0.069 0.069 0.035 0.020 0.015 0.005 105 Q 0.123 0.136 0.263 0.170 0.093 0.082 0.072 0.029 0.017 0.011 0.004 106 K 0.069 0.056 0.083 0.110 0.113 0.143 0.196 0.102 0.067 0.040 0.020 107 R 0.156 0.086 0.180 0.154 0.118 0.102 0.103 0.049 0.027 0.017 0.007 108 E 0.085 0.070 0.306 0.197 0.121 0.097 0.069 0.028 0.015 0.009 0.003 109 E 0.028 0.036 0.113 0.092 0.089 0.124 0.202 0.118 0.097 0.065 0.037 110 L 0.028 0.038 0.095 0.103 0.117 0.143 0.194 0.117 0.084 0.054 0.027 111 G 0.127 0.100 0.300 0.167 0.093 0.083 0.067 0.026 0.019 0.013 0.005 112 K 0.077 0.076 0.137 0.157 0.135 0.129 0.129 0.062 0.047 0.033 0.018 113 R 0.072 0.056 0.045 0.078 0.083 0.135 0.194 0.125 0.104 0.067 0.042 114 K 0.150 0.169 0.117 0.224 0.146 0.076 0.056 0.025 0.019 0.013 0.006 115 I 0.020 0.019 0.030 0.038 0.046 0.077 0.139 0.177 0.181 0.154 0.120 116 T 0.092 0.154 0.093 0.249 0.185 0.088 0.071 0.030 0.020 0.013 0.005 117 I 0.007 0.010 0.016 0.024 0.022 0.035 0.092 0.121 0.207 0.231 0.236 118 V 0.035 0.045 0.058 0.132 0.135 0.129 0.166 0.102 0.091 0.066 0.041 119 K 0.076 0.140 0.130 0.215 0.139 0.091 0.090 0.043 0.035 0.027 0.014 120 V 0.019 0.022 0.020 0.061 0.075 0.142 0.186 0.165 0.140 0.096 0.073 121 D 0.345 0.206 0.091 0.153 0.081 0.042 0.036 0.017 0.013 0.011 0.004 122 W 0.096 0.080 0.047 0.171 0.137 0.115 0.137 0.089 0.064 0.041 0.022 123 M 0.044 0.045 0.035 0.063 0.069 0.090 0.146 0.129 0.162 0.121 0.097 124 M 0.097 0.213 0.082 0.200 0.153 0.083 0.085 0.037 0.025 0.017 0.009 125 A 0.079 0.065 0.052 0.112 0.104 0.122 0.151 0.108 0.092 0.061 0.055 126 E 0.473 0.238 0.063 0.114 0.059 0.020 0.015 0.008 0.005 0.004 0.002 127 D 0.371 0.238 0.040 0.141 0.086 0.044 0.042 0.020 0.010 0.005 0.003 128 G 0.344 0.112 0.029 0.089 0.083 0.073 0.085 0.065 0.055 0.037 0.028 129 K 0.182 0.201 0.059 0.163 0.130 0.106 0.084 0.033 0.023 0.013 0.006 130 P 0.168 0.101 0.066 0.147 0.120 0.119 0.126 0.067 0.045 0.026 0.015 131 I 0.026 0.021 0.017 0.033 0.049 0.078 0.145 0.171 0.172 0.174 0.113 132 S 0.035 0.072 0.050 0.113 0.113 0.110 0.145 0.129 0.099 0.081 0.052 133 S 0.018 0.019 0.025 0.052 0.058 0.074 0.129 0.159 0.167 0.176 0.124 134 T 0.090 0.065 0.077 0.163 0.146 0.117 0.118 0.067 0.070 0.057 0.030 135 R 0.065 0.078 0.058 0.199 0.204 0.119 0.129 0.062 0.047 0.025 0.013 136 I 0.009 0.011 0.013 0.025 0.022 0.037 0.087 0.108 0.215 0.262 0.211 137 K 0.017 0.054 0.046 0.131 0.139 0.150 0.189 0.104 0.084 0.053 0.032 138 R 0.105 0.252 0.131 0.227 0.134 0.059 0.045 0.023 0.013 0.008 0.003 139 G 0.571 0.103 0.048 0.078 0.062 0.044 0.044 0.022 0.014 0.010 0.005 140 E 0.202 0.312 0.051 0.180 0.123 0.053 0.042 0.017 0.011 0.006 0.003 141 I 0.017 0.014 0.012 0.038 0.038 0.068 0.149 0.157 0.197 0.149 0.161 142 D 0.221 0.201 0.159 0.216 0.123 0.038 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 143 R 0.093 0.206 0.152 0.230 0.132 0.078 0.056 0.025 0.016 0.009 0.004 144 Y 0.029 0.026 0.022 0.058 0.064 0.104 0.179 0.146 0.154 0.122 0.096 145 G 0.199 0.141 0.102 0.181 0.126 0.095 0.084 0.035 0.021 0.012 0.005 146 G 0.205 0.174 0.199 0.191 0.106 0.050 0.035 0.018 0.011 0.007 0.003 147 I 0.057 0.036 0.038 0.070 0.070 0.114 0.178 0.125 0.139 0.104 0.069 148 I 0.096 0.080 0.060 0.130 0.127 0.124 0.151 0.086 0.074 0.047 0.025