# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2928 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.005 0.113 0.062 0.070 0.087 0.010 0.599 2 K 0.057 0.003 0.261 0.092 0.106 0.082 0.010 0.388 3 V 0.008 0.002 0.688 0.063 0.059 0.014 0.003 0.163 4 A 0.003 0.001 0.732 0.061 0.074 0.021 0.002 0.105 5 L 0.002 0.001 0.715 0.037 0.062 0.027 0.001 0.155 6 G 0.002 0.002 0.765 0.033 0.059 0.028 0.001 0.111 7 G 0.007 0.003 0.404 0.028 0.040 0.135 0.005 0.379 8 T 0.032 0.002 0.245 0.016 0.034 0.156 0.008 0.507 9 F 0.016 0.009 0.176 0.023 0.035 0.103 0.005 0.634 10 E 0.031 0.010 0.086 0.036 0.061 0.225 0.007 0.543 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 12 L 0.038 0.040 0.032 0.020 0.053 0.265 0.006 0.546 13 H 0.156 0.164 0.030 0.013 0.016 0.188 0.015 0.418 14 E 0.066 0.440 0.014 0.007 0.013 0.076 0.006 0.379 15 G 0.072 0.471 0.008 0.004 0.006 0.098 0.007 0.334 16 H 0.123 0.489 0.009 0.002 0.005 0.091 0.013 0.268 17 K 0.005 0.935 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.049 18 K 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 19 L 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 20 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 21 D 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 22 V 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 23 A 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 24 I 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 25 K 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 26 L 0.046 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 27 G 0.337 0.474 0.014 0.006 0.004 0.003 0.099 0.063 28 G 0.084 0.223 0.200 0.024 0.021 0.033 0.068 0.347 29 R 0.129 0.063 0.111 0.045 0.037 0.086 0.056 0.473 30 D 0.089 0.012 0.213 0.026 0.020 0.072 0.026 0.542 31 I 0.037 0.003 0.610 0.061 0.050 0.069 0.009 0.161 32 T 0.001 0.001 0.892 0.045 0.027 0.006 0.001 0.027 33 I 0.001 0.001 0.766 0.071 0.094 0.008 0.001 0.060 34 G 0.001 0.001 0.891 0.032 0.047 0.004 0.001 0.025 35 V 0.001 0.001 0.835 0.035 0.048 0.015 0.001 0.065 36 T 0.002 0.001 0.646 0.037 0.073 0.067 0.001 0.174 37 S 0.007 0.002 0.193 0.026 0.079 0.122 0.002 0.568 38 D 0.016 0.003 0.045 0.011 0.034 0.237 0.005 0.649 39 R 0.050 0.004 0.012 0.005 0.011 0.496 0.007 0.414 40 M 0.081 0.029 0.008 0.007 0.011 0.313 0.009 0.541 41 A 0.127 0.197 0.015 0.017 0.034 0.161 0.012 0.437 42 R 0.048 0.252 0.015 0.013 0.025 0.112 0.012 0.524 43 A 0.108 0.266 0.013 0.015 0.027 0.090 0.024 0.457 44 R 0.344 0.219 0.018 0.016 0.021 0.064 0.044 0.274 45 I 0.264 0.115 0.043 0.015 0.020 0.061 0.043 0.438 46 R 0.101 0.109 0.137 0.044 0.040 0.063 0.022 0.484 47 S 0.035 0.023 0.054 0.015 0.026 0.044 0.011 0.791 48 V 0.128 0.034 0.124 0.026 0.053 0.081 0.020 0.534 49 L 0.067 0.021 0.120 0.033 0.037 0.167 0.006 0.549 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 51 F 0.013 0.024 0.015 0.009 0.039 0.134 0.002 0.764 52 A 0.042 0.063 0.007 0.003 0.007 0.191 0.004 0.684 53 I 0.047 0.364 0.003 0.003 0.005 0.121 0.003 0.455 54 R 0.009 0.925 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.055 55 A 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 56 E 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 57 N 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 58 V 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 59 K 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 60 R 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 61 Y 0.016 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 62 V 0.032 0.897 0.006 0.003 0.004 0.004 0.013 0.040 63 M 0.025 0.853 0.018 0.007 0.008 0.008 0.010 0.070 64 R 0.052 0.719 0.018 0.015 0.012 0.015 0.036 0.132 65 K 0.186 0.345 0.036 0.013 0.011 0.035 0.073 0.301 66 Y 0.106 0.149 0.072 0.038 0.019 0.037 0.039 0.539 67 G 0.051 0.037 0.103 0.040 0.040 0.074 0.047 0.608 68 F 0.124 0.019 0.108 0.043 0.059 0.063 0.025 0.560 69 E 0.019 0.003 0.098 0.054 0.046 0.041 0.004 0.735 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 71 E 0.007 0.001 0.309 0.169 0.248 0.055 0.003 0.207 72 I 0.041 0.002 0.037 0.034 0.059 0.039 0.002 0.786 73 V 0.052 0.006 0.247 0.155 0.266 0.049 0.004 0.222 74 K 0.024 0.003 0.032 0.055 0.074 0.130 0.002 0.679 75 I 0.057 0.007 0.072 0.054 0.179 0.074 0.006 0.550 76 T 0.046 0.014 0.031 0.051 0.104 0.178 0.012 0.564 77 N 0.136 0.013 0.024 0.066 0.065 0.094 0.018 0.584 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 79 Y 0.038 0.007 0.036 0.056 0.179 0.194 0.007 0.482 80 G 0.114 0.013 0.026 0.031 0.050 0.139 0.013 0.614 81 K 0.076 0.021 0.022 0.022 0.040 0.074 0.009 0.736 82 T 0.086 0.012 0.018 0.017 0.028 0.079 0.006 0.755 83 L 0.136 0.013 0.045 0.045 0.062 0.110 0.013 0.575 84 D 0.089 0.014 0.036 0.086 0.103 0.122 0.014 0.537 85 V 0.043 0.006 0.050 0.056 0.085 0.040 0.005 0.717 86 D 0.016 0.005 0.023 0.056 0.112 0.279 0.005 0.504 87 F 0.047 0.004 0.042 0.038 0.081 0.111 0.008 0.669 88 E 0.037 0.010 0.111 0.111 0.113 0.288 0.008 0.322 89 Y 0.043 0.004 0.086 0.042 0.068 0.120 0.007 0.631 90 L 0.024 0.007 0.520 0.181 0.158 0.027 0.005 0.079 91 V 0.012 0.005 0.402 0.177 0.223 0.026 0.005 0.150 92 V 0.005 0.004 0.547 0.094 0.217 0.013 0.003 0.117 93 S 0.005 0.003 0.230 0.126 0.218 0.061 0.002 0.355 94 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 95 E 0.006 0.001 0.036 0.022 0.057 0.284 0.003 0.590 96 T 0.321 0.005 0.011 0.007 0.013 0.177 0.008 0.458 97 Y 0.125 0.058 0.029 0.023 0.045 0.075 0.005 0.640 98 E 0.048 0.091 0.021 0.022 0.040 0.218 0.006 0.554 99 M 0.106 0.238 0.018 0.015 0.023 0.133 0.014 0.454 100 A 0.148 0.547 0.010 0.012 0.024 0.042 0.009 0.207 101 L 0.072 0.646 0.020 0.020 0.029 0.049 0.014 0.149 102 K 0.120 0.615 0.013 0.013 0.017 0.044 0.022 0.157 103 I 0.123 0.684 0.029 0.011 0.020 0.022 0.013 0.099 104 N 0.058 0.630 0.013 0.018 0.014 0.035 0.020 0.212 105 Q 0.147 0.329 0.033 0.010 0.015 0.072 0.027 0.367 106 K 0.067 0.390 0.030 0.009 0.023 0.090 0.010 0.380 107 R 0.038 0.358 0.010 0.006 0.019 0.147 0.008 0.414 108 E 0.028 0.639 0.003 0.003 0.006 0.083 0.005 0.232 109 E 0.022 0.921 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.040 110 L 0.021 0.937 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.026 111 G 0.238 0.590 0.004 0.007 0.007 0.006 0.062 0.086 112 K 0.305 0.416 0.050 0.016 0.016 0.016 0.078 0.102 113 R 0.210 0.208 0.040 0.075 0.061 0.034 0.089 0.284 114 K 0.074 0.025 0.106 0.061 0.066 0.064 0.042 0.561 115 I 0.058 0.008 0.224 0.124 0.114 0.093 0.010 0.368 116 T 0.017 0.002 0.444 0.235 0.176 0.032 0.003 0.091 117 I 0.004 0.001 0.142 0.106 0.153 0.017 0.001 0.576 118 V 0.001 0.001 0.670 0.178 0.127 0.004 0.001 0.021 119 K 0.002 0.001 0.112 0.090 0.111 0.020 0.001 0.664 120 V 0.002 0.001 0.414 0.115 0.357 0.016 0.001 0.095 121 D 0.001 0.001 0.029 0.032 0.056 0.045 0.001 0.836 122 W 0.008 0.001 0.021 0.020 0.072 0.065 0.003 0.810 123 M 0.135 0.008 0.048 0.069 0.092 0.194 0.008 0.446 124 M 0.116 0.018 0.023 0.065 0.078 0.141 0.013 0.546 125 A 0.108 0.055 0.039 0.074 0.155 0.062 0.010 0.497 126 E 0.047 0.043 0.021 0.035 0.054 0.098 0.013 0.687 127 D 0.114 0.028 0.013 0.019 0.024 0.114 0.052 0.636 128 G 0.474 0.027 0.025 0.017 0.016 0.031 0.103 0.307 129 K 0.238 0.007 0.191 0.060 0.058 0.148 0.014 0.284 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 131 I 0.015 0.002 0.125 0.129 0.418 0.079 0.003 0.228 132 S 0.055 0.004 0.076 0.089 0.118 0.134 0.005 0.518 133 S 0.038 0.009 0.087 0.106 0.215 0.052 0.004 0.489 134 T 0.056 0.009 0.057 0.091 0.141 0.222 0.004 0.420 135 R 0.088 0.014 0.040 0.070 0.108 0.154 0.009 0.518 136 I 0.063 0.053 0.078 0.137 0.242 0.096 0.008 0.323 137 K 0.045 0.075 0.055 0.161 0.263 0.129 0.013 0.259 138 R 0.039 0.073 0.042 0.052 0.099 0.050 0.012 0.634 139 G 0.040 0.059 0.027 0.043 0.053 0.054 0.017 0.708 140 E 0.141 0.022 0.019 0.023 0.032 0.107 0.017 0.638 141 I 0.041 0.036 0.044 0.028 0.065 0.054 0.005 0.728 142 D 0.030 0.093 0.034 0.068 0.143 0.162 0.008 0.461 143 R 0.095 0.154 0.020 0.023 0.047 0.156 0.014 0.491 144 Y 0.186 0.375 0.027 0.020 0.046 0.065 0.016 0.265 145 G 0.176 0.267 0.027 0.024 0.025 0.062 0.042 0.377 146 G 0.289 0.138 0.033 0.018 0.018 0.058 0.058 0.388 147 I 0.293 0.125 0.083 0.029 0.053 0.073 0.031 0.312 148 I 0.072 0.123 0.059 0.060 0.107 0.083 0.013 0.484