# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2928 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.360 0.303 0.052 0.123 0.018 0.043 0.009 0.030 0.007 0.001 2 K 0.065 0.193 0.638 0.022 0.019 0.038 0.005 0.001 0.017 0.001 0.003 3 V 0.026 0.752 0.148 0.011 0.036 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 4 A 0.033 0.550 0.244 0.016 0.079 0.042 0.004 0.001 0.028 0.002 0.001 5 L 0.047 0.536 0.233 0.057 0.061 0.033 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 6 G 0.045 0.061 0.196 0.027 0.238 0.023 0.067 0.092 0.020 0.232 0.001 7 G 0.136 0.102 0.292 0.041 0.212 0.018 0.018 0.046 0.009 0.126 0.001 8 T 0.136 0.360 0.224 0.091 0.100 0.042 0.019 0.002 0.018 0.004 0.003 9 F 0.151 0.202 0.299 0.175 0.040 0.069 0.024 0.008 0.024 0.004 0.003 10 E 0.027 0.197 0.373 0.010 0.050 0.033 0.010 0.001 0.294 0.003 0.001 11 P 0.527 0.003 0.384 0.015 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 12 L 0.571 0.049 0.114 0.218 0.008 0.017 0.007 0.003 0.010 0.001 0.001 13 H 0.437 0.092 0.217 0.124 0.033 0.029 0.018 0.002 0.042 0.005 0.001 14 E 0.797 0.004 0.090 0.089 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.777 0.004 0.028 0.036 0.033 0.004 0.007 0.045 0.001 0.064 0.001 16 H 0.960 0.004 0.016 0.011 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.576 0.001 0.003 0.415 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.116 0.001 0.010 0.223 0.009 0.001 0.393 0.200 0.001 0.046 0.001 28 G 0.299 0.008 0.079 0.166 0.029 0.006 0.210 0.150 0.002 0.051 0.001 29 R 0.226 0.090 0.209 0.359 0.023 0.012 0.055 0.016 0.005 0.006 0.001 30 D 0.086 0.154 0.234 0.287 0.053 0.044 0.098 0.021 0.019 0.002 0.001 31 I 0.012 0.735 0.196 0.012 0.025 0.007 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 32 T 0.010 0.709 0.210 0.003 0.024 0.026 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 33 I 0.006 0.805 0.101 0.005 0.044 0.022 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 34 G 0.014 0.552 0.178 0.007 0.180 0.034 0.003 0.002 0.026 0.004 0.001 35 V 0.022 0.659 0.196 0.011 0.053 0.035 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 36 T 0.038 0.482 0.254 0.032 0.120 0.035 0.007 0.001 0.025 0.006 0.001 37 S 0.165 0.230 0.226 0.081 0.189 0.038 0.021 0.012 0.017 0.021 0.001 38 D 0.194 0.157 0.240 0.165 0.066 0.060 0.055 0.010 0.040 0.009 0.003 39 R 0.330 0.131 0.239 0.117 0.040 0.045 0.046 0.011 0.032 0.008 0.003 40 M 0.441 0.070 0.279 0.121 0.014 0.034 0.017 0.005 0.014 0.002 0.004 41 A 0.386 0.129 0.252 0.139 0.024 0.026 0.015 0.003 0.020 0.003 0.002 42 R 0.366 0.084 0.278 0.116 0.033 0.036 0.043 0.009 0.026 0.007 0.002 43 A 0.376 0.088 0.286 0.130 0.031 0.029 0.030 0.009 0.014 0.006 0.002 44 R 0.300 0.156 0.252 0.120 0.050 0.049 0.034 0.008 0.023 0.006 0.002 45 I 0.292 0.131 0.366 0.098 0.017 0.044 0.016 0.002 0.028 0.002 0.004 46 R 0.298 0.177 0.323 0.070 0.044 0.029 0.018 0.004 0.031 0.003 0.003 47 S 0.386 0.083 0.342 0.088 0.017 0.051 0.011 0.003 0.011 0.001 0.007 48 V 0.297 0.226 0.231 0.153 0.019 0.045 0.006 0.001 0.019 0.001 0.002 49 L 0.086 0.207 0.520 0.013 0.038 0.019 0.002 0.001 0.113 0.001 0.001 50 P 0.204 0.004 0.760 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 51 F 0.984 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 N 0.976 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.952 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.906 0.005 0.008 0.066 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 63 M 0.821 0.028 0.056 0.071 0.002 0.012 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 64 R 0.736 0.021 0.048 0.164 0.006 0.010 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 65 K 0.495 0.086 0.102 0.239 0.016 0.021 0.021 0.004 0.015 0.001 0.001 66 Y 0.339 0.054 0.158 0.326 0.010 0.018 0.076 0.003 0.013 0.001 0.001 67 G 0.058 0.014 0.040 0.083 0.040 0.013 0.276 0.421 0.006 0.048 0.001 68 F 0.040 0.453 0.318 0.076 0.052 0.020 0.011 0.002 0.027 0.001 0.001 69 E 0.021 0.252 0.621 0.007 0.022 0.029 0.004 0.001 0.041 0.001 0.002 70 P 0.076 0.064 0.776 0.014 0.009 0.035 0.002 0.001 0.011 0.001 0.011 71 E 0.119 0.466 0.253 0.040 0.075 0.025 0.004 0.001 0.015 0.002 0.001 72 I 0.076 0.406 0.259 0.062 0.083 0.061 0.013 0.003 0.034 0.002 0.002 73 V 0.026 0.674 0.202 0.017 0.043 0.012 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 74 K 0.076 0.225 0.500 0.032 0.041 0.077 0.009 0.002 0.031 0.002 0.003 75 I 0.204 0.354 0.283 0.049 0.052 0.034 0.005 0.001 0.014 0.002 0.002 76 T 0.244 0.301 0.191 0.124 0.044 0.054 0.010 0.002 0.026 0.002 0.003 77 N 0.023 0.257 0.307 0.009 0.078 0.029 0.018 0.002 0.273 0.004 0.001 78 P 0.252 0.010 0.665 0.021 0.002 0.024 0.003 0.001 0.004 0.001 0.017 79 Y 0.285 0.140 0.235 0.278 0.025 0.011 0.012 0.002 0.011 0.001 0.001 80 G 0.045 0.007 0.045 0.017 0.090 0.008 0.050 0.479 0.005 0.255 0.001 81 K 0.196 0.208 0.261 0.174 0.073 0.026 0.035 0.006 0.011 0.010 0.001 82 T 0.108 0.347 0.285 0.118 0.050 0.045 0.017 0.003 0.022 0.003 0.002 83 L 0.123 0.398 0.296 0.083 0.036 0.028 0.014 0.003 0.018 0.002 0.001 84 D 0.041 0.210 0.268 0.071 0.082 0.109 0.112 0.017 0.079 0.008 0.002 85 V 0.105 0.383 0.373 0.055 0.032 0.024 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 86 D 0.103 0.185 0.370 0.121 0.052 0.085 0.029 0.004 0.042 0.004 0.004 87 F 0.248 0.306 0.201 0.084 0.087 0.029 0.016 0.005 0.014 0.006 0.003 88 E 0.182 0.412 0.191 0.094 0.055 0.023 0.016 0.002 0.021 0.002 0.002 89 Y 0.017 0.743 0.091 0.017 0.112 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 90 L 0.011 0.655 0.247 0.008 0.017 0.030 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 91 V 0.008 0.621 0.303 0.008 0.009 0.026 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 92 V 0.009 0.758 0.118 0.021 0.053 0.026 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 93 S 0.006 0.165 0.418 0.002 0.199 0.037 0.006 0.002 0.128 0.037 0.001 94 P 0.732 0.005 0.214 0.010 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 95 E 0.489 0.043 0.069 0.287 0.019 0.026 0.037 0.015 0.011 0.003 0.001 96 T 0.519 0.120 0.089 0.193 0.024 0.025 0.013 0.003 0.012 0.001 0.001 97 Y 0.782 0.055 0.064 0.054 0.013 0.013 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 98 E 0.744 0.034 0.069 0.109 0.011 0.017 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 99 M 0.556 0.035 0.051 0.187 0.030 0.031 0.079 0.016 0.011 0.004 0.001 100 A 0.755 0.060 0.089 0.056 0.010 0.013 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 101 L 0.838 0.027 0.063 0.043 0.006 0.014 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 102 K 0.694 0.075 0.050 0.109 0.019 0.033 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 103 I 0.694 0.060 0.064 0.141 0.009 0.014 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 104 N 0.465 0.018 0.051 0.207 0.029 0.030 0.159 0.024 0.011 0.006 0.001 105 Q 0.627 0.033 0.074 0.144 0.024 0.043 0.034 0.008 0.009 0.003 0.001 106 K 0.944 0.012 0.021 0.015 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.970 0.005 0.009 0.010 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.965 0.004 0.008 0.014 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 E 0.943 0.007 0.010 0.033 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 L 0.760 0.015 0.049 0.145 0.003 0.008 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 111 G 0.458 0.010 0.031 0.137 0.024 0.009 0.174 0.129 0.002 0.026 0.001 112 K 0.266 0.112 0.172 0.377 0.021 0.012 0.023 0.003 0.010 0.001 0.001 113 R 0.159 0.132 0.245 0.211 0.065 0.019 0.117 0.027 0.011 0.012 0.001 114 K 0.055 0.302 0.287 0.112 0.058 0.038 0.101 0.012 0.032 0.003 0.001 115 I 0.009 0.711 0.225 0.009 0.032 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 116 T 0.013 0.665 0.233 0.007 0.035 0.031 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 117 I 0.009 0.755 0.170 0.005 0.027 0.019 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 118 V 0.014 0.820 0.081 0.004 0.057 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 119 K 0.033 0.400 0.349 0.020 0.053 0.090 0.008 0.001 0.042 0.001 0.002 120 V 0.025 0.723 0.153 0.009 0.044 0.014 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 121 D 0.119 0.098 0.528 0.047 0.031 0.105 0.020 0.003 0.041 0.002 0.008 122 W 0.294 0.169 0.194 0.146 0.073 0.044 0.035 0.020 0.017 0.007 0.002 123 M 0.251 0.298 0.254 0.084 0.042 0.026 0.008 0.001 0.033 0.001 0.001 124 M 0.224 0.179 0.400 0.074 0.027 0.061 0.008 0.002 0.021 0.002 0.002 125 A 0.370 0.128 0.357 0.055 0.033 0.022 0.009 0.002 0.016 0.007 0.001 126 E 0.635 0.071 0.108 0.124 0.019 0.011 0.009 0.006 0.010 0.005 0.001 127 D 0.053 0.037 0.074 0.497 0.013 0.013 0.289 0.010 0.010 0.003 0.001 128 G 0.008 0.004 0.011 0.010 0.025 0.005 0.106 0.754 0.002 0.074 0.001 129 K 0.011 0.327 0.539 0.006 0.036 0.011 0.003 0.001 0.065 0.002 0.001 130 P 0.029 0.014 0.845 0.009 0.002 0.050 0.003 0.001 0.007 0.001 0.040 131 I 0.037 0.604 0.229 0.040 0.056 0.016 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 132 S 0.040 0.396 0.273 0.028 0.211 0.027 0.002 0.001 0.016 0.006 0.001 133 S 0.211 0.321 0.180 0.055 0.177 0.030 0.005 0.002 0.010 0.009 0.001 134 T 0.210 0.346 0.144 0.076 0.168 0.020 0.012 0.002 0.017 0.005 0.001 135 R 0.312 0.283 0.169 0.065 0.069 0.052 0.028 0.005 0.015 0.002 0.001 136 I 0.155 0.388 0.381 0.030 0.010 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 137 K 0.323 0.362 0.152 0.063 0.036 0.042 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 138 R 0.273 0.075 0.159 0.281 0.035 0.041 0.093 0.004 0.036 0.002 0.001 139 G 0.066 0.004 0.018 0.010 0.063 0.005 0.085 0.623 0.002 0.125 0.001 140 E 0.457 0.105 0.240 0.089 0.030 0.053 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 141 I 0.605 0.127 0.162 0.030 0.010 0.037 0.003 0.001 0.024 0.001 0.002 142 D 0.814 0.017 0.075 0.054 0.006 0.023 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 143 R 0.734 0.028 0.030 0.167 0.012 0.012 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 144 Y 0.527 0.052 0.083 0.280 0.010 0.012 0.016 0.001 0.017 0.001 0.001 145 G 0.375 0.010 0.080 0.127 0.040 0.008 0.204 0.098 0.004 0.052 0.001 146 G 0.341 0.029 0.108 0.083 0.079 0.018 0.117 0.159 0.006 0.060 0.001 147 I 0.267 0.171 0.407 0.091 0.015 0.030 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 148 I 0.365 0.204 0.256 0.067 0.027 0.045 0.011 0.001 0.020 0.001 0.002