# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2928 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.199 0.045 0.015 0.450 0.015 0.025 0.013 0.011 0.025 0.036 2 K 0.211 0.089 0.006 0.001 0.669 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.011 3 V 0.272 0.081 0.005 0.001 0.611 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 4 A 0.383 0.073 0.019 0.013 0.384 0.019 0.012 0.004 0.002 0.009 0.083 5 L 0.226 0.107 0.062 0.070 0.306 0.052 0.038 0.015 0.012 0.034 0.077 6 G 0.106 0.098 0.062 0.210 0.096 0.076 0.053 0.018 0.036 0.176 0.069 7 G 0.051 0.226 0.287 0.121 0.146 0.028 0.016 0.016 0.026 0.055 0.028 8 T 0.166 0.193 0.046 0.014 0.369 0.009 0.020 0.041 0.043 0.041 0.056 9 F 0.191 0.184 0.040 0.018 0.234 0.020 0.032 0.034 0.057 0.068 0.123 10 E 0.093 0.236 0.214 0.046 0.218 0.044 0.033 0.029 0.020 0.027 0.039 11 P 0.102 0.215 0.098 0.028 0.146 0.025 0.053 0.148 0.094 0.054 0.037 12 L 0.080 0.108 0.063 0.045 0.091 0.045 0.065 0.162 0.086 0.188 0.067 13 H 0.075 0.183 0.154 0.046 0.168 0.030 0.026 0.170 0.054 0.055 0.038 14 E 0.010 0.035 0.022 0.013 0.016 0.026 0.058 0.548 0.184 0.076 0.012 15 G 0.008 0.066 0.057 0.012 0.012 0.008 0.014 0.617 0.078 0.114 0.012 16 H 0.006 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.884 0.068 0.015 0.004 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.061 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.031 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.840 0.150 0.003 0.001 25 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.097 0.770 0.093 0.026 0.004 26 L 0.042 0.104 0.100 0.010 0.050 0.020 0.340 0.188 0.062 0.067 0.017 27 G 0.085 0.133 0.100 0.108 0.064 0.072 0.072 0.045 0.033 0.177 0.110 28 G 0.069 0.030 0.028 0.193 0.052 0.069 0.068 0.064 0.106 0.234 0.087 29 R 0.053 0.067 0.045 0.086 0.079 0.072 0.114 0.084 0.101 0.246 0.052 30 D 0.173 0.144 0.021 0.010 0.353 0.013 0.047 0.025 0.028 0.117 0.071 31 I 0.221 0.050 0.003 0.001 0.710 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 32 T 0.203 0.075 0.004 0.001 0.690 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.014 33 I 0.396 0.067 0.007 0.002 0.446 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.070 34 G 0.223 0.159 0.049 0.020 0.426 0.014 0.009 0.006 0.003 0.018 0.073 35 V 0.230 0.170 0.040 0.020 0.314 0.013 0.019 0.021 0.018 0.043 0.111 36 T 0.119 0.154 0.092 0.070 0.175 0.058 0.047 0.041 0.041 0.128 0.075 37 S 0.082 0.250 0.131 0.047 0.215 0.033 0.029 0.067 0.063 0.055 0.028 38 D 0.053 0.078 0.040 0.022 0.086 0.030 0.044 0.177 0.254 0.183 0.033 39 R 0.039 0.113 0.072 0.014 0.103 0.015 0.040 0.325 0.195 0.068 0.017 40 M 0.049 0.069 0.025 0.007 0.072 0.009 0.045 0.388 0.198 0.109 0.029 41 A 0.057 0.137 0.057 0.016 0.101 0.018 0.045 0.260 0.168 0.111 0.031 42 R 0.049 0.162 0.073 0.019 0.115 0.024 0.041 0.288 0.126 0.078 0.026 43 A 0.044 0.121 0.064 0.018 0.086 0.024 0.068 0.246 0.186 0.117 0.026 44 R 0.078 0.148 0.077 0.016 0.161 0.028 0.081 0.174 0.094 0.112 0.032 45 I 0.117 0.161 0.043 0.015 0.166 0.011 0.033 0.116 0.125 0.119 0.093 46 R 0.067 0.260 0.132 0.020 0.156 0.022 0.032 0.093 0.107 0.074 0.036 47 S 0.076 0.232 0.037 0.006 0.378 0.009 0.037 0.092 0.060 0.045 0.029 48 V 0.185 0.103 0.020 0.007 0.195 0.008 0.024 0.062 0.078 0.195 0.123 49 L 0.017 0.448 0.336 0.010 0.117 0.009 0.011 0.029 0.007 0.009 0.007 50 P 0.043 0.577 0.172 0.002 0.110 0.001 0.003 0.064 0.014 0.005 0.008 51 F 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.748 0.226 0.008 0.001 52 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.919 0.065 0.005 0.001 53 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.022 0.004 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.014 0.002 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.035 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 57 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.009 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.073 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.957 0.034 0.002 0.001 61 Y 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.891 0.056 0.011 0.002 62 V 0.008 0.007 0.002 0.001 0.010 0.002 0.009 0.737 0.182 0.034 0.007 63 M 0.009 0.016 0.002 0.001 0.016 0.008 0.061 0.695 0.159 0.027 0.007 64 R 0.020 0.081 0.067 0.007 0.039 0.015 0.170 0.391 0.111 0.082 0.017 65 K 0.122 0.094 0.074 0.016 0.112 0.021 0.062 0.172 0.078 0.149 0.101 66 Y 0.027 0.410 0.098 0.066 0.090 0.067 0.091 0.048 0.041 0.043 0.020 67 G 0.068 0.027 0.033 0.163 0.035 0.033 0.027 0.029 0.032 0.280 0.273 68 F 0.050 0.398 0.190 0.018 0.242 0.007 0.008 0.011 0.014 0.041 0.023 69 E 0.162 0.273 0.052 0.004 0.452 0.004 0.006 0.009 0.005 0.006 0.027 70 P 0.330 0.179 0.027 0.009 0.307 0.009 0.008 0.022 0.023 0.012 0.074 71 E 0.088 0.206 0.081 0.022 0.334 0.065 0.077 0.052 0.027 0.021 0.027 72 I 0.384 0.090 0.022 0.006 0.330 0.006 0.010 0.028 0.021 0.038 0.063 73 V 0.126 0.273 0.065 0.018 0.348 0.022 0.017 0.035 0.028 0.032 0.035 74 K 0.175 0.188 0.094 0.019 0.399 0.015 0.017 0.027 0.013 0.017 0.036 75 I 0.149 0.169 0.046 0.018 0.221 0.020 0.041 0.120 0.103 0.054 0.060 76 T 0.086 0.171 0.062 0.042 0.182 0.057 0.077 0.079 0.058 0.137 0.050 77 N 0.092 0.259 0.255 0.020 0.237 0.010 0.013 0.036 0.022 0.031 0.026 78 P 0.132 0.097 0.056 0.021 0.122 0.031 0.080 0.238 0.113 0.054 0.057 79 Y 0.047 0.218 0.082 0.116 0.110 0.071 0.104 0.085 0.058 0.072 0.036 80 G 0.057 0.078 0.089 0.251 0.063 0.063 0.038 0.077 0.056 0.146 0.081 81 K 0.060 0.169 0.115 0.034 0.184 0.014 0.024 0.099 0.076 0.158 0.069 82 T 0.223 0.180 0.052 0.009 0.327 0.011 0.016 0.058 0.034 0.046 0.044 83 L 0.071 0.331 0.105 0.030 0.207 0.045 0.039 0.059 0.035 0.041 0.036 84 D 0.259 0.150 0.124 0.022 0.326 0.010 0.009 0.023 0.014 0.022 0.040 85 V 0.058 0.140 0.066 0.018 0.118 0.043 0.054 0.225 0.209 0.047 0.023 86 D 0.179 0.163 0.102 0.027 0.221 0.027 0.054 0.061 0.032 0.091 0.043 87 F 0.167 0.138 0.040 0.012 0.284 0.019 0.037 0.105 0.072 0.067 0.057 88 E 0.096 0.159 0.033 0.021 0.175 0.053 0.105 0.136 0.088 0.077 0.058 89 Y 0.198 0.119 0.013 0.003 0.589 0.004 0.012 0.019 0.015 0.013 0.016 90 L 0.200 0.080 0.005 0.002 0.642 0.005 0.009 0.016 0.008 0.008 0.024 91 V 0.332 0.092 0.011 0.003 0.438 0.005 0.008 0.013 0.005 0.018 0.074 92 V 0.100 0.214 0.090 0.048 0.188 0.056 0.040 0.014 0.013 0.159 0.078 93 S 0.056 0.361 0.335 0.008 0.223 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 94 P 0.005 0.012 0.003 0.002 0.011 0.007 0.031 0.370 0.538 0.020 0.003 95 E 0.011 0.030 0.018 0.006 0.023 0.011 0.070 0.522 0.201 0.100 0.009 96 T 0.030 0.030 0.007 0.003 0.034 0.004 0.013 0.386 0.128 0.324 0.041 97 Y 0.030 0.034 0.016 0.005 0.045 0.007 0.013 0.617 0.144 0.068 0.021 98 E 0.008 0.028 0.014 0.006 0.017 0.016 0.026 0.716 0.137 0.029 0.005 99 M 0.014 0.026 0.013 0.006 0.023 0.005 0.027 0.648 0.123 0.105 0.011 100 A 0.025 0.018 0.006 0.003 0.035 0.004 0.015 0.705 0.137 0.040 0.012 101 L 0.011 0.032 0.010 0.003 0.025 0.007 0.028 0.739 0.115 0.024 0.006 102 K 0.024 0.022 0.011 0.003 0.030 0.006 0.035 0.680 0.093 0.076 0.020 103 I 0.022 0.082 0.032 0.008 0.048 0.012 0.034 0.594 0.107 0.047 0.014 104 N 0.017 0.032 0.021 0.014 0.022 0.018 0.028 0.654 0.092 0.081 0.021 105 Q 0.018 0.033 0.014 0.005 0.029 0.003 0.009 0.717 0.097 0.062 0.013 106 K 0.006 0.009 0.003 0.001 0.011 0.002 0.005 0.842 0.106 0.012 0.003 107 R 0.004 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.009 0.874 0.087 0.008 0.002 108 E 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.866 0.099 0.011 0.001 109 E 0.007 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.023 0.838 0.097 0.017 0.004 110 L 0.017 0.077 0.023 0.015 0.030 0.029 0.081 0.560 0.136 0.026 0.006 111 G 0.024 0.024 0.022 0.030 0.022 0.031 0.080 0.325 0.097 0.282 0.063 112 K 0.107 0.115 0.064 0.015 0.151 0.012 0.052 0.127 0.082 0.208 0.067 113 R 0.092 0.276 0.106 0.015 0.230 0.041 0.044 0.048 0.033 0.061 0.054 114 K 0.223 0.145 0.030 0.022 0.270 0.025 0.078 0.032 0.027 0.066 0.083 115 I 0.219 0.101 0.011 0.003 0.627 0.004 0.006 0.006 0.004 0.005 0.014 116 T 0.167 0.096 0.006 0.002 0.679 0.006 0.014 0.006 0.003 0.003 0.017 117 I 0.400 0.040 0.003 0.001 0.532 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 118 V 0.127 0.161 0.019 0.005 0.626 0.009 0.007 0.004 0.002 0.007 0.032 119 K 0.420 0.073 0.011 0.003 0.394 0.002 0.003 0.003 0.002 0.010 0.080 120 V 0.121 0.315 0.091 0.032 0.290 0.032 0.017 0.019 0.016 0.024 0.042 121 D 0.153 0.235 0.087 0.023 0.376 0.018 0.020 0.027 0.020 0.017 0.024 122 W 0.165 0.099 0.029 0.014 0.194 0.016 0.032 0.155 0.153 0.083 0.060 123 M 0.092 0.227 0.082 0.022 0.238 0.028 0.046 0.129 0.060 0.046 0.031 124 M 0.134 0.221 0.061 0.014 0.295 0.018 0.034 0.085 0.039 0.056 0.043 125 A 0.107 0.169 0.110 0.024 0.168 0.017 0.031 0.177 0.105 0.048 0.046 126 E 0.030 0.049 0.054 0.056 0.038 0.115 0.157 0.284 0.143 0.052 0.023 127 D 0.034 0.259 0.114 0.108 0.082 0.050 0.138 0.067 0.042 0.083 0.022 128 G 0.057 0.025 0.029 0.071 0.034 0.018 0.012 0.022 0.031 0.412 0.289 129 K 0.018 0.516 0.273 0.016 0.122 0.008 0.009 0.009 0.008 0.013 0.008 130 P 0.281 0.177 0.031 0.007 0.376 0.007 0.011 0.011 0.009 0.017 0.072 131 I 0.269 0.189 0.047 0.029 0.308 0.023 0.013 0.014 0.015 0.022 0.071 132 S 0.138 0.199 0.109 0.043 0.290 0.065 0.042 0.040 0.014 0.022 0.037 133 S 0.222 0.096 0.047 0.025 0.192 0.018 0.023 0.102 0.118 0.077 0.081 134 T 0.070 0.236 0.117 0.026 0.201 0.033 0.033 0.115 0.087 0.056 0.028 135 R 0.162 0.148 0.021 0.005 0.432 0.008 0.023 0.074 0.036 0.045 0.045 136 I 0.283 0.138 0.028 0.008 0.265 0.011 0.021 0.072 0.042 0.039 0.093 137 K 0.099 0.094 0.095 0.060 0.139 0.109 0.133 0.129 0.032 0.058 0.052 138 R 0.042 0.261 0.167 0.156 0.077 0.048 0.054 0.081 0.052 0.041 0.021 139 G 0.025 0.077 0.129 0.263 0.036 0.061 0.031 0.103 0.066 0.166 0.042 140 E 0.097 0.222 0.065 0.017 0.184 0.005 0.016 0.129 0.069 0.128 0.066 141 I 0.162 0.097 0.013 0.005 0.237 0.011 0.014 0.218 0.144 0.041 0.057 142 D 0.040 0.081 0.065 0.016 0.085 0.064 0.117 0.379 0.115 0.026 0.012 143 R 0.092 0.031 0.036 0.013 0.062 0.016 0.088 0.343 0.118 0.165 0.037 144 Y 0.079 0.146 0.079 0.112 0.122 0.049 0.055 0.139 0.080 0.099 0.039 145 G 0.017 0.050 0.058 0.425 0.021 0.110 0.051 0.109 0.063 0.073 0.022 146 G 0.046 0.048 0.037 0.053 0.078 0.013 0.029 0.122 0.078 0.420 0.076 147 I 0.178 0.164 0.037 0.007 0.351 0.007 0.013 0.104 0.054 0.046 0.037 148 I 0.126 0.214 0.068 0.015 0.292 0.029 0.034 0.117 0.045 0.027 0.034