# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2928 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.396 0.176 0.146 0.131 0.089 0.048 0.013 2 K 0.305 0.234 0.223 0.146 0.056 0.029 0.008 3 V 0.169 0.137 0.156 0.193 0.180 0.127 0.038 4 A 0.130 0.080 0.087 0.173 0.176 0.219 0.135 5 L 0.056 0.054 0.063 0.108 0.160 0.313 0.246 6 G 0.099 0.107 0.119 0.179 0.165 0.171 0.160 7 G 0.055 0.064 0.073 0.109 0.175 0.273 0.251 8 T 0.039 0.079 0.098 0.154 0.151 0.211 0.267 9 F 0.018 0.019 0.033 0.077 0.173 0.328 0.352 10 E 0.036 0.073 0.102 0.164 0.198 0.251 0.175 11 P 0.023 0.030 0.041 0.080 0.168 0.322 0.335 12 L 0.012 0.016 0.020 0.055 0.105 0.320 0.472 13 H 0.011 0.030 0.056 0.096 0.219 0.350 0.238 14 E 0.015 0.062 0.147 0.266 0.257 0.172 0.082 15 G 0.014 0.038 0.070 0.114 0.269 0.301 0.193 16 H 0.001 0.004 0.006 0.018 0.084 0.411 0.475 17 K 0.011 0.056 0.192 0.280 0.239 0.175 0.046 18 K 0.008 0.058 0.280 0.414 0.148 0.073 0.019 19 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.157 0.594 0.220 20 I 0.001 0.003 0.007 0.031 0.176 0.562 0.220 21 D 0.017 0.156 0.300 0.283 0.157 0.078 0.008 22 V 0.009 0.068 0.259 0.432 0.174 0.054 0.006 23 A 0.001 0.004 0.008 0.021 0.167 0.692 0.107 24 I 0.017 0.068 0.203 0.399 0.249 0.060 0.004 25 K 0.270 0.520 0.140 0.048 0.016 0.006 0.001 26 L 0.052 0.131 0.226 0.336 0.204 0.049 0.002 27 G 0.108 0.143 0.207 0.238 0.225 0.073 0.004 28 G 0.135 0.335 0.297 0.154 0.060 0.017 0.002 29 R 0.184 0.263 0.227 0.176 0.115 0.032 0.003 30 D 0.030 0.126 0.233 0.272 0.218 0.105 0.017 31 I 0.002 0.004 0.011 0.046 0.229 0.515 0.192 32 T 0.001 0.005 0.023 0.080 0.179 0.435 0.277 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.176 0.813 34 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.102 0.886 35 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.153 0.820 36 T 0.001 0.005 0.010 0.030 0.106 0.357 0.491 37 S 0.004 0.021 0.041 0.106 0.241 0.409 0.177 38 D 0.022 0.068 0.119 0.193 0.279 0.255 0.065 39 R 0.108 0.201 0.259 0.202 0.136 0.080 0.015 40 M 0.196 0.215 0.205 0.190 0.112 0.067 0.014 41 A 0.139 0.112 0.162 0.216 0.220 0.129 0.021 42 R 0.304 0.273 0.198 0.140 0.056 0.026 0.003 43 A 0.428 0.278 0.143 0.084 0.046 0.018 0.003 44 R 0.370 0.283 0.160 0.117 0.049 0.018 0.003 45 I 0.193 0.202 0.202 0.201 0.135 0.059 0.008 46 R 0.214 0.253 0.202 0.176 0.095 0.052 0.008 47 S 0.118 0.167 0.179 0.215 0.182 0.120 0.019 48 V 0.062 0.078 0.118 0.186 0.236 0.259 0.060 49 L 0.073 0.106 0.157 0.227 0.222 0.173 0.042 50 P 0.159 0.204 0.189 0.176 0.149 0.097 0.027 51 F 0.071 0.129 0.189 0.236 0.222 0.128 0.025 52 A 0.229 0.319 0.204 0.134 0.080 0.029 0.005 53 I 0.074 0.180 0.206 0.228 0.215 0.083 0.013 54 R 0.030 0.080 0.122 0.221 0.286 0.221 0.039 55 A 0.020 0.065 0.171 0.290 0.274 0.165 0.014 56 E 0.115 0.270 0.315 0.210 0.065 0.023 0.002 57 N 0.015 0.036 0.102 0.202 0.330 0.262 0.053 58 V 0.007 0.012 0.018 0.049 0.206 0.496 0.212 59 K 0.029 0.138 0.286 0.318 0.153 0.067 0.009 60 R 0.059 0.216 0.292 0.264 0.116 0.048 0.006 61 Y 0.014 0.031 0.068 0.173 0.338 0.338 0.038 62 V 0.035 0.066 0.131 0.243 0.308 0.195 0.021 63 M 0.175 0.292 0.279 0.167 0.061 0.023 0.002 64 R 0.378 0.348 0.156 0.080 0.029 0.008 0.001 65 K 0.212 0.222 0.198 0.196 0.121 0.046 0.005 66 Y 0.140 0.179 0.216 0.221 0.171 0.067 0.007 67 G 0.233 0.334 0.217 0.125 0.063 0.025 0.003 68 F 0.094 0.144 0.182 0.255 0.220 0.092 0.013 69 E 0.040 0.138 0.200 0.264 0.217 0.125 0.015 70 P 0.034 0.053 0.086 0.177 0.264 0.319 0.067 71 E 0.067 0.189 0.244 0.257 0.166 0.070 0.007 72 I 0.064 0.161 0.219 0.265 0.190 0.090 0.011 73 V 0.035 0.057 0.132 0.269 0.322 0.169 0.017 74 K 0.241 0.371 0.198 0.116 0.054 0.019 0.002 75 I 0.139 0.173 0.229 0.255 0.144 0.055 0.005 76 T 0.405 0.313 0.170 0.080 0.025 0.006 0.001 77 N 0.362 0.312 0.172 0.104 0.038 0.011 0.001 78 P 0.237 0.224 0.212 0.183 0.112 0.030 0.002 79 Y 0.137 0.166 0.243 0.259 0.151 0.041 0.002 80 G 0.452 0.314 0.144 0.061 0.022 0.005 0.001 81 K 0.502 0.300 0.112 0.058 0.023 0.005 0.001 82 T 0.488 0.302 0.125 0.060 0.021 0.005 0.001 83 L 0.110 0.156 0.290 0.283 0.124 0.035 0.002 84 D 0.255 0.321 0.259 0.119 0.036 0.009 0.001 85 V 0.107 0.143 0.231 0.263 0.201 0.052 0.003 86 D 0.241 0.392 0.171 0.113 0.063 0.018 0.002 87 F 0.019 0.074 0.183 0.338 0.252 0.124 0.010 88 E 0.045 0.170 0.249 0.289 0.171 0.071 0.006 89 Y 0.005 0.024 0.076 0.183 0.340 0.329 0.042 90 L 0.002 0.004 0.011 0.036 0.130 0.478 0.339 91 V 0.001 0.003 0.008 0.024 0.072 0.359 0.533 92 V 0.004 0.013 0.036 0.094 0.162 0.272 0.419 93 S 0.005 0.017 0.035 0.067 0.170 0.373 0.334 94 P 0.018 0.055 0.108 0.181 0.226 0.287 0.125 95 E 0.058 0.143 0.195 0.219 0.180 0.153 0.053 96 T 0.041 0.056 0.078 0.159 0.279 0.299 0.089 97 Y 0.080 0.111 0.141 0.191 0.225 0.201 0.051 98 E 0.128 0.184 0.206 0.205 0.135 0.114 0.028 99 M 0.202 0.194 0.158 0.172 0.157 0.095 0.022 100 A 0.215 0.175 0.164 0.184 0.152 0.090 0.020 101 L 0.323 0.233 0.171 0.130 0.089 0.046 0.008 102 K 0.281 0.250 0.194 0.152 0.078 0.039 0.006 103 I 0.211 0.173 0.185 0.200 0.152 0.070 0.008 104 N 0.326 0.255 0.198 0.132 0.062 0.024 0.003 105 Q 0.434 0.264 0.154 0.092 0.040 0.015 0.002 106 K 0.237 0.184 0.202 0.212 0.121 0.041 0.003 107 R 0.374 0.301 0.172 0.096 0.043 0.013 0.001 108 E 0.301 0.319 0.188 0.123 0.052 0.016 0.001 109 E 0.130 0.165 0.223 0.255 0.170 0.053 0.002 110 L 0.170 0.201 0.276 0.225 0.099 0.027 0.001 111 G 0.471 0.307 0.138 0.057 0.021 0.006 0.001 112 K 0.364 0.284 0.190 0.115 0.036 0.010 0.001 113 R 0.214 0.237 0.236 0.198 0.091 0.023 0.001 114 K 0.222 0.415 0.213 0.100 0.037 0.012 0.001 115 I 0.040 0.073 0.137 0.294 0.316 0.129 0.011 116 T 0.033 0.176 0.264 0.299 0.161 0.063 0.003 117 I 0.020 0.044 0.082 0.186 0.288 0.334 0.046 118 V 0.033 0.117 0.220 0.303 0.230 0.089 0.008 119 K 0.063 0.188 0.226 0.267 0.175 0.072 0.008 120 V 0.026 0.064 0.157 0.275 0.306 0.155 0.017 121 D 0.149 0.310 0.224 0.177 0.102 0.036 0.002 122 W 0.095 0.174 0.245 0.250 0.161 0.070 0.006 123 M 0.150 0.165 0.233 0.242 0.150 0.056 0.003 124 M 0.277 0.274 0.240 0.140 0.051 0.017 0.001 125 A 0.331 0.216 0.199 0.161 0.074 0.017 0.001 126 E 0.700 0.236 0.043 0.015 0.005 0.001 0.001 127 D 0.678 0.249 0.048 0.018 0.006 0.001 0.001 128 G 0.392 0.261 0.182 0.114 0.041 0.010 0.001 129 K 0.308 0.299 0.213 0.122 0.046 0.012 0.001 130 P 0.170 0.319 0.272 0.155 0.062 0.020 0.002 131 I 0.029 0.044 0.101 0.222 0.338 0.233 0.033 132 S 0.021 0.071 0.123 0.201 0.256 0.281 0.047 133 S 0.027 0.062 0.117 0.198 0.259 0.272 0.064 134 T 0.067 0.177 0.220 0.215 0.196 0.111 0.015 135 R 0.042 0.159 0.253 0.262 0.199 0.076 0.008 136 I 0.022 0.039 0.093 0.207 0.342 0.259 0.038 137 K 0.085 0.212 0.255 0.233 0.163 0.049 0.003 138 R 0.314 0.350 0.194 0.102 0.032 0.008 0.001 139 G 0.468 0.332 0.125 0.057 0.016 0.003 0.001 140 E 0.351 0.335 0.172 0.101 0.033 0.008 0.001 141 I 0.121 0.109 0.237 0.293 0.198 0.041 0.002 142 D 0.471 0.353 0.128 0.037 0.009 0.001 0.001 143 R 0.423 0.338 0.148 0.068 0.018 0.004 0.001 144 Y 0.216 0.153 0.202 0.253 0.137 0.036 0.002 145 G 0.546 0.275 0.114 0.045 0.016 0.004 0.001 146 G 0.588 0.285 0.085 0.030 0.009 0.003 0.001 147 I 0.249 0.141 0.182 0.226 0.145 0.051 0.006 148 I 0.415 0.251 0.160 0.101 0.049 0.021 0.002