# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2928 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.026 0.041 0.070 0.105 0.127 0.141 0.139 0.115 0.090 0.066 0.030 0.017 0.009 2 K 0.013 0.016 0.027 0.050 0.072 0.096 0.143 0.155 0.146 0.105 0.080 0.047 0.028 0.022 3 V 0.005 0.003 0.007 0.011 0.023 0.042 0.066 0.106 0.140 0.172 0.149 0.125 0.094 0.057 4 A 0.004 0.002 0.003 0.006 0.013 0.023 0.044 0.091 0.112 0.154 0.169 0.163 0.145 0.073 5 L 0.003 0.002 0.003 0.008 0.011 0.023 0.044 0.055 0.092 0.155 0.195 0.203 0.117 0.089 6 G 0.005 0.004 0.007 0.017 0.026 0.047 0.087 0.121 0.158 0.149 0.153 0.122 0.059 0.046 7 G 0.005 0.006 0.008 0.017 0.024 0.050 0.084 0.148 0.165 0.153 0.154 0.102 0.057 0.028 8 T 0.008 0.016 0.020 0.046 0.074 0.102 0.137 0.187 0.150 0.116 0.074 0.039 0.017 0.014 9 F 0.010 0.013 0.019 0.029 0.051 0.090 0.115 0.128 0.145 0.142 0.126 0.077 0.034 0.021 10 E 0.038 0.036 0.059 0.080 0.105 0.126 0.149 0.126 0.112 0.070 0.045 0.027 0.014 0.013 11 P 0.033 0.023 0.031 0.047 0.079 0.108 0.116 0.134 0.129 0.113 0.085 0.054 0.031 0.017 12 L 0.037 0.024 0.029 0.057 0.086 0.112 0.132 0.146 0.127 0.094 0.072 0.045 0.027 0.010 13 H 0.075 0.069 0.075 0.125 0.115 0.129 0.146 0.088 0.068 0.046 0.035 0.018 0.008 0.004 14 E 0.203 0.134 0.118 0.118 0.111 0.109 0.079 0.052 0.037 0.017 0.013 0.005 0.002 0.001 15 G 0.059 0.073 0.084 0.134 0.155 0.166 0.134 0.096 0.057 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 16 H 0.019 0.029 0.052 0.102 0.168 0.196 0.173 0.127 0.094 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 17 K 0.135 0.197 0.220 0.157 0.134 0.077 0.038 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 K 0.177 0.262 0.213 0.144 0.096 0.055 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.004 0.006 0.015 0.050 0.107 0.171 0.285 0.279 0.063 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 20 I 0.003 0.008 0.034 0.085 0.160 0.219 0.251 0.145 0.062 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 21 D 0.363 0.360 0.174 0.051 0.034 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.019 0.074 0.145 0.264 0.218 0.121 0.094 0.055 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.002 0.008 0.034 0.086 0.205 0.349 0.219 0.079 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.033 0.085 0.167 0.319 0.239 0.093 0.037 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.667 0.230 0.073 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.029 0.065 0.109 0.292 0.274 0.132 0.058 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.056 0.093 0.178 0.172 0.145 0.138 0.142 0.058 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.249 0.247 0.183 0.125 0.098 0.057 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.134 0.175 0.169 0.176 0.136 0.095 0.061 0.022 0.014 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 30 D 0.017 0.035 0.064 0.117 0.193 0.189 0.136 0.080 0.080 0.046 0.027 0.010 0.004 0.004 31 I 0.002 0.003 0.006 0.015 0.033 0.066 0.123 0.210 0.184 0.122 0.112 0.063 0.042 0.020 32 T 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.027 0.054 0.125 0.140 0.164 0.189 0.132 0.095 0.054 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.027 0.064 0.138 0.224 0.259 0.151 0.118 34 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.037 0.084 0.155 0.192 0.241 0.150 0.120 35 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.026 0.073 0.110 0.163 0.228 0.173 0.117 0.091 36 T 0.001 0.002 0.003 0.008 0.016 0.039 0.070 0.135 0.153 0.164 0.185 0.115 0.063 0.046 37 S 0.006 0.011 0.014 0.034 0.061 0.100 0.130 0.146 0.165 0.125 0.109 0.057 0.024 0.018 38 D 0.023 0.060 0.080 0.126 0.151 0.140 0.146 0.102 0.082 0.043 0.031 0.010 0.004 0.003 39 R 0.121 0.156 0.164 0.137 0.121 0.112 0.083 0.049 0.030 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 40 M 0.139 0.143 0.175 0.140 0.149 0.104 0.071 0.042 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 41 A 0.118 0.087 0.119 0.147 0.186 0.135 0.096 0.060 0.028 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 42 R 0.379 0.205 0.163 0.107 0.077 0.033 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.456 0.163 0.128 0.097 0.072 0.038 0.020 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 44 R 0.309 0.167 0.126 0.134 0.116 0.063 0.035 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 45 I 0.154 0.119 0.118 0.154 0.165 0.110 0.070 0.055 0.028 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 46 R 0.196 0.119 0.121 0.144 0.136 0.104 0.068 0.047 0.031 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 47 S 0.100 0.066 0.097 0.138 0.164 0.159 0.107 0.064 0.045 0.028 0.019 0.009 0.003 0.002 48 V 0.064 0.035 0.040 0.079 0.134 0.157 0.128 0.123 0.112 0.063 0.033 0.018 0.009 0.003 49 L 0.117 0.099 0.093 0.190 0.145 0.118 0.096 0.060 0.036 0.021 0.015 0.006 0.003 0.001 50 P 0.264 0.170 0.144 0.121 0.092 0.077 0.055 0.026 0.030 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 51 F 0.081 0.069 0.120 0.150 0.177 0.169 0.110 0.052 0.038 0.018 0.012 0.003 0.001 0.001 52 A 0.497 0.241 0.139 0.057 0.033 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 I 0.235 0.218 0.171 0.149 0.125 0.057 0.023 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.034 0.044 0.058 0.149 0.220 0.184 0.138 0.099 0.058 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 55 A 0.026 0.051 0.116 0.194 0.228 0.176 0.106 0.060 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 56 E 0.516 0.275 0.134 0.042 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 N 0.038 0.068 0.116 0.225 0.243 0.154 0.088 0.051 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.007 0.007 0.017 0.052 0.112 0.192 0.280 0.201 0.102 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 59 K 0.112 0.218 0.213 0.216 0.131 0.057 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.507 0.293 0.134 0.037 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.028 0.032 0.077 0.169 0.261 0.203 0.125 0.075 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 62 V 0.024 0.030 0.054 0.107 0.193 0.192 0.204 0.115 0.057 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 63 M 0.223 0.178 0.144 0.171 0.129 0.078 0.036 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 64 R 0.492 0.223 0.130 0.078 0.039 0.020 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.154 0.108 0.157 0.153 0.178 0.118 0.061 0.029 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 66 Y 0.114 0.084 0.103 0.140 0.170 0.153 0.107 0.070 0.030 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 67 G 0.229 0.166 0.159 0.135 0.125 0.072 0.049 0.027 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 68 F 0.120 0.061 0.079 0.118 0.134 0.137 0.107 0.084 0.062 0.054 0.026 0.011 0.005 0.002 69 E 0.062 0.064 0.081 0.140 0.183 0.124 0.111 0.091 0.065 0.039 0.020 0.013 0.004 0.003 70 P 0.024 0.017 0.024 0.041 0.064 0.114 0.127 0.186 0.130 0.123 0.075 0.043 0.025 0.006 71 E 0.078 0.068 0.082 0.143 0.142 0.124 0.113 0.084 0.063 0.043 0.031 0.018 0.007 0.004 72 I 0.057 0.047 0.073 0.101 0.123 0.125 0.127 0.098 0.098 0.068 0.051 0.021 0.007 0.004 73 V 0.059 0.035 0.047 0.078 0.119 0.179 0.127 0.124 0.092 0.072 0.036 0.019 0.011 0.003 74 K 0.168 0.166 0.139 0.169 0.136 0.069 0.059 0.041 0.027 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 75 I 0.072 0.056 0.079 0.126 0.137 0.174 0.138 0.083 0.064 0.046 0.019 0.005 0.002 0.001 76 T 0.299 0.207 0.174 0.114 0.094 0.054 0.027 0.014 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 77 N 0.321 0.184 0.165 0.129 0.092 0.046 0.029 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 78 P 0.188 0.113 0.107 0.140 0.163 0.121 0.077 0.049 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.141 0.116 0.132 0.174 0.163 0.114 0.080 0.038 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 80 G 0.475 0.214 0.144 0.074 0.042 0.023 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.463 0.180 0.128 0.086 0.066 0.040 0.018 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 82 T 0.204 0.146 0.148 0.162 0.170 0.070 0.044 0.025 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 83 L 0.094 0.059 0.081 0.147 0.175 0.177 0.108 0.084 0.034 0.029 0.008 0.003 0.002 0.001 84 D 0.216 0.148 0.163 0.161 0.145 0.070 0.042 0.023 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 85 V 0.052 0.031 0.050 0.120 0.138 0.173 0.123 0.113 0.070 0.088 0.025 0.011 0.006 0.002 86 D 0.106 0.143 0.133 0.171 0.155 0.092 0.070 0.052 0.040 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 87 F 0.016 0.023 0.037 0.078 0.094 0.144 0.137 0.165 0.099 0.106 0.065 0.019 0.013 0.005 88 E 0.023 0.036 0.047 0.085 0.122 0.128 0.150 0.102 0.119 0.076 0.056 0.032 0.013 0.012 89 Y 0.004 0.004 0.010 0.019 0.035 0.066 0.089 0.144 0.153 0.163 0.178 0.068 0.043 0.025 90 L 0.003 0.002 0.004 0.009 0.018 0.034 0.052 0.095 0.137 0.148 0.160 0.175 0.103 0.059 91 V 0.003 0.002 0.003 0.007 0.009 0.019 0.045 0.107 0.137 0.166 0.204 0.170 0.093 0.035 92 V 0.004 0.005 0.007 0.015 0.024 0.047 0.073 0.169 0.171 0.160 0.160 0.094 0.049 0.022 93 S 0.009 0.012 0.015 0.028 0.051 0.082 0.099 0.131 0.150 0.137 0.130 0.086 0.040 0.030 94 P 0.026 0.039 0.052 0.082 0.122 0.117 0.129 0.121 0.115 0.095 0.056 0.026 0.012 0.008 95 E 0.061 0.098 0.117 0.141 0.146 0.131 0.105 0.069 0.064 0.034 0.022 0.007 0.003 0.002 96 T 0.051 0.055 0.079 0.101 0.133 0.181 0.154 0.096 0.075 0.038 0.024 0.008 0.003 0.002 97 Y 0.086 0.103 0.116 0.150 0.170 0.130 0.100 0.069 0.038 0.022 0.012 0.004 0.001 0.001 98 E 0.284 0.192 0.160 0.116 0.094 0.057 0.041 0.027 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 99 M 0.199 0.140 0.147 0.139 0.138 0.087 0.061 0.042 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 100 A 0.136 0.088 0.105 0.132 0.155 0.124 0.097 0.080 0.041 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 101 L 0.247 0.149 0.136 0.151 0.127 0.075 0.046 0.032 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 102 K 0.296 0.144 0.136 0.136 0.112 0.074 0.044 0.026 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 103 I 0.153 0.091 0.111 0.162 0.184 0.125 0.072 0.047 0.032 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 104 N 0.398 0.179 0.132 0.127 0.081 0.038 0.021 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.547 0.191 0.130 0.066 0.034 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.317 0.128 0.118 0.148 0.142 0.075 0.035 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 107 R 0.472 0.201 0.127 0.100 0.057 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.662 0.177 0.089 0.039 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 E 0.392 0.146 0.141 0.124 0.109 0.050 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.347 0.153 0.133 0.150 0.116 0.052 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 G 0.635 0.190 0.078 0.049 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.304 0.168 0.163 0.138 0.108 0.056 0.031 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 113 R 0.154 0.081 0.106 0.136 0.165 0.144 0.088 0.066 0.028 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 114 K 0.142 0.118 0.129 0.153 0.174 0.103 0.069 0.045 0.029 0.021 0.009 0.005 0.001 0.001 115 I 0.058 0.029 0.039 0.081 0.105 0.139 0.128 0.136 0.099 0.105 0.045 0.021 0.009 0.003 116 T 0.050 0.061 0.076 0.141 0.164 0.137 0.107 0.095 0.069 0.044 0.028 0.018 0.006 0.004 117 I 0.024 0.014 0.021 0.038 0.058 0.096 0.118 0.157 0.145 0.146 0.091 0.060 0.024 0.007 118 V 0.046 0.051 0.066 0.113 0.124 0.153 0.129 0.120 0.079 0.053 0.035 0.017 0.008 0.003 119 K 0.102 0.083 0.094 0.118 0.135 0.112 0.096 0.068 0.071 0.048 0.043 0.020 0.006 0.004 120 V 0.054 0.049 0.073 0.103 0.130 0.149 0.133 0.111 0.084 0.064 0.031 0.012 0.005 0.002 121 D 0.209 0.164 0.142 0.129 0.114 0.080 0.060 0.044 0.028 0.014 0.011 0.004 0.001 0.001 122 W 0.091 0.085 0.120 0.140 0.158 0.128 0.105 0.079 0.046 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 123 M 0.111 0.078 0.092 0.129 0.165 0.155 0.103 0.080 0.042 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 124 M 0.207 0.166 0.156 0.163 0.127 0.074 0.047 0.029 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 125 A 0.257 0.122 0.111 0.144 0.127 0.101 0.057 0.034 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 126 E 0.425 0.218 0.139 0.102 0.060 0.027 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 D 0.513 0.211 0.130 0.071 0.035 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 G 0.411 0.196 0.154 0.089 0.068 0.042 0.021 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 129 K 0.277 0.172 0.142 0.129 0.119 0.071 0.042 0.025 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 130 P 0.198 0.155 0.140 0.133 0.141 0.087 0.065 0.037 0.021 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 131 I 0.050 0.040 0.057 0.094 0.137 0.166 0.139 0.137 0.077 0.053 0.028 0.013 0.006 0.002 132 S 0.042 0.035 0.046 0.091 0.128 0.131 0.128 0.125 0.106 0.073 0.046 0.032 0.010 0.006 133 S 0.027 0.024 0.035 0.064 0.089 0.120 0.126 0.138 0.130 0.112 0.073 0.039 0.017 0.006 134 T 0.152 0.102 0.089 0.113 0.104 0.104 0.086 0.068 0.062 0.042 0.044 0.020 0.009 0.004 135 R 0.088 0.095 0.132 0.153 0.144 0.112 0.113 0.070 0.043 0.022 0.018 0.006 0.002 0.002 136 I 0.028 0.021 0.039 0.073 0.130 0.185 0.176 0.158 0.094 0.059 0.022 0.009 0.004 0.001 137 K 0.096 0.115 0.170 0.192 0.182 0.111 0.067 0.033 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 138 R 0.345 0.168 0.138 0.121 0.110 0.048 0.028 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 139 G 0.336 0.225 0.147 0.135 0.079 0.042 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.351 0.214 0.148 0.116 0.085 0.046 0.019 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 141 I 0.085 0.061 0.082 0.169 0.222 0.168 0.101 0.055 0.034 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 142 D 0.483 0.231 0.130 0.077 0.039 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.413 0.208 0.160 0.089 0.067 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 Y 0.099 0.059 0.081 0.152 0.198 0.163 0.120 0.070 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 145 G 0.315 0.183 0.156 0.123 0.096 0.060 0.035 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 146 G 0.435 0.197 0.140 0.093 0.063 0.033 0.019 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 147 I 0.130 0.077 0.097 0.140 0.165 0.157 0.111 0.061 0.032 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 148 I 0.123 0.095 0.128 0.143 0.165 0.136 0.099 0.054 0.030 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001