# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2063 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.007 0.426 0.055 0.010 0.003 0.016 0.008 0.109 0.185 0.032 0.085 0.050 2 K 0.037 0.012 0.118 0.030 0.005 0.003 0.184 0.137 0.250 0.029 0.012 0.024 0.157 3 V 0.064 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.092 0.571 0.210 0.001 0.001 0.042 0.008 4 A 0.050 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.065 0.639 0.187 0.001 0.001 0.006 0.034 5 L 0.016 0.004 0.125 0.062 0.004 0.002 0.074 0.264 0.354 0.022 0.010 0.049 0.015 6 G 0.006 0.004 0.288 0.042 0.010 0.004 0.019 0.052 0.309 0.153 0.073 0.010 0.030 7 G 0.005 0.007 0.378 0.013 0.022 0.008 0.008 0.014 0.130 0.299 0.079 0.017 0.020 8 T 0.016 0.033 0.345 0.006 0.031 0.026 0.015 0.025 0.157 0.175 0.090 0.038 0.041 9 F 0.024 0.077 0.364 0.006 0.036 0.053 0.015 0.022 0.056 0.162 0.077 0.022 0.086 10 E 0.011 0.018 0.539 0.015 0.042 0.068 0.004 0.005 0.021 0.157 0.043 0.054 0.024 11 P 0.005 0.011 0.159 0.006 0.128 0.241 0.002 0.002 0.012 0.123 0.265 0.006 0.040 12 L 0.005 0.013 0.147 0.007 0.072 0.346 0.001 0.002 0.009 0.105 0.274 0.006 0.013 13 H 0.003 0.009 0.154 0.002 0.058 0.493 0.001 0.001 0.003 0.201 0.061 0.010 0.006 14 E 0.001 0.002 0.036 0.001 0.037 0.819 0.001 0.001 0.001 0.038 0.063 0.001 0.003 15 G 0.001 0.002 0.014 0.001 0.020 0.895 0.001 0.001 0.001 0.013 0.054 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.001 0.001 26 L 0.001 0.002 0.021 0.001 0.017 0.307 0.001 0.001 0.001 0.031 0.619 0.001 0.001 27 G 0.001 0.003 0.184 0.001 0.011 0.027 0.001 0.001 0.002 0.088 0.682 0.001 0.001 28 G 0.001 0.003 0.659 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.013 0.160 0.142 0.001 0.003 29 R 0.001 0.003 0.330 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.061 0.473 0.098 0.004 0.003 30 D 0.001 0.004 0.197 0.018 0.015 0.001 0.010 0.055 0.500 0.145 0.036 0.006 0.013 31 I 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.014 0.420 0.543 0.002 0.001 0.001 0.003 32 T 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.673 0.258 0.001 0.001 0.003 0.002 33 I 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.081 0.705 0.201 0.001 0.001 0.001 0.003 34 G 0.016 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.104 0.451 0.394 0.002 0.001 0.008 0.008 35 V 0.023 0.003 0.107 0.006 0.001 0.001 0.029 0.152 0.610 0.025 0.003 0.012 0.028 36 T 0.006 0.009 0.544 0.005 0.005 0.004 0.008 0.015 0.179 0.146 0.022 0.021 0.038 37 S 0.001 0.008 0.553 0.005 0.037 0.017 0.001 0.001 0.035 0.207 0.102 0.007 0.027 38 D 0.001 0.007 0.171 0.004 0.156 0.070 0.001 0.001 0.006 0.231 0.343 0.004 0.006 39 R 0.001 0.009 0.238 0.002 0.286 0.108 0.001 0.001 0.004 0.185 0.145 0.006 0.015 40 M 0.002 0.017 0.193 0.002 0.243 0.260 0.001 0.001 0.003 0.091 0.155 0.003 0.031 41 A 0.004 0.034 0.246 0.006 0.123 0.258 0.001 0.001 0.007 0.119 0.161 0.019 0.021 42 R 0.004 0.019 0.434 0.003 0.109 0.135 0.001 0.001 0.007 0.135 0.082 0.022 0.049 43 A 0.002 0.013 0.269 0.006 0.127 0.172 0.001 0.001 0.005 0.074 0.281 0.009 0.039 44 R 0.002 0.012 0.287 0.012 0.122 0.147 0.001 0.001 0.012 0.106 0.258 0.024 0.017 45 I 0.002 0.018 0.376 0.006 0.176 0.098 0.001 0.001 0.021 0.142 0.121 0.009 0.030 46 R 0.002 0.015 0.519 0.004 0.075 0.037 0.002 0.001 0.028 0.185 0.056 0.055 0.021 47 S 0.002 0.029 0.562 0.002 0.037 0.040 0.002 0.001 0.039 0.105 0.097 0.019 0.063 48 V 0.001 0.038 0.681 0.004 0.013 0.039 0.001 0.001 0.031 0.111 0.049 0.012 0.018 49 L 0.001 0.007 0.810 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.011 0.124 0.005 0.015 0.005 50 P 0.001 0.004 0.723 0.001 0.019 0.142 0.001 0.001 0.005 0.067 0.015 0.001 0.022 51 F 0.001 0.001 0.019 0.001 0.041 0.910 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.001 0.002 63 M 0.001 0.001 0.023 0.001 0.026 0.589 0.001 0.001 0.001 0.012 0.343 0.002 0.002 64 R 0.001 0.006 0.111 0.001 0.021 0.266 0.001 0.001 0.003 0.070 0.511 0.002 0.008 65 K 0.001 0.008 0.673 0.001 0.028 0.045 0.001 0.001 0.005 0.140 0.081 0.009 0.009 66 Y 0.001 0.005 0.204 0.011 0.038 0.037 0.001 0.001 0.023 0.204 0.467 0.004 0.005 67 G 0.001 0.007 0.192 0.010 0.046 0.012 0.001 0.002 0.041 0.193 0.476 0.012 0.009 68 F 0.005 0.013 0.556 0.008 0.009 0.004 0.007 0.020 0.192 0.090 0.010 0.017 0.069 69 E 0.020 0.013 0.216 0.004 0.003 0.002 0.016 0.041 0.494 0.023 0.002 0.121 0.046 70 P 0.014 0.010 0.261 0.019 0.006 0.002 0.029 0.059 0.386 0.016 0.007 0.014 0.177 71 E 0.008 0.004 0.326 0.107 0.010 0.004 0.036 0.027 0.200 0.055 0.014 0.184 0.024 72 I 0.026 0.010 0.167 0.016 0.014 0.004 0.031 0.038 0.389 0.051 0.016 0.014 0.224 73 V 0.021 0.012 0.400 0.009 0.015 0.007 0.017 0.015 0.210 0.066 0.014 0.160 0.054 74 K 0.026 0.019 0.417 0.012 0.026 0.013 0.016 0.012 0.142 0.060 0.039 0.049 0.169 75 I 0.011 0.035 0.380 0.019 0.043 0.026 0.009 0.004 0.044 0.142 0.134 0.063 0.091 76 T 0.006 0.016 0.528 0.012 0.018 0.019 0.002 0.001 0.023 0.230 0.084 0.032 0.030 77 N 0.002 0.016 0.610 0.002 0.018 0.013 0.001 0.001 0.011 0.224 0.029 0.037 0.037 78 P 0.002 0.020 0.527 0.004 0.043 0.092 0.001 0.001 0.008 0.100 0.119 0.010 0.075 79 Y 0.004 0.025 0.223 0.020 0.126 0.224 0.001 0.001 0.007 0.104 0.208 0.031 0.026 80 G 0.010 0.013 0.238 0.010 0.141 0.194 0.001 0.001 0.007 0.165 0.134 0.033 0.055 81 K 0.009 0.011 0.152 0.007 0.105 0.409 0.001 0.001 0.007 0.053 0.129 0.013 0.104 82 T 0.021 0.022 0.117 0.018 0.152 0.408 0.004 0.001 0.012 0.034 0.095 0.049 0.066 83 L 0.023 0.013 0.078 0.012 0.154 0.388 0.004 0.001 0.011 0.044 0.133 0.057 0.083 84 D 0.045 0.021 0.155 0.016 0.090 0.231 0.006 0.002 0.022 0.046 0.155 0.055 0.156 85 V 0.038 0.040 0.341 0.040 0.044 0.050 0.008 0.006 0.049 0.114 0.062 0.115 0.094 86 D 0.009 0.005 0.621 0.024 0.009 0.005 0.002 0.002 0.086 0.095 0.039 0.044 0.058 87 F 0.005 0.004 0.490 0.120 0.037 0.005 0.006 0.006 0.136 0.092 0.050 0.011 0.038 88 E 0.005 0.003 0.182 0.176 0.013 0.004 0.055 0.056 0.270 0.165 0.026 0.035 0.011 89 Y 0.014 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.048 0.516 0.392 0.004 0.001 0.002 0.008 90 L 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.781 0.180 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.040 0.703 0.240 0.001 0.001 0.002 0.002 92 V 0.003 0.002 0.056 0.002 0.001 0.001 0.023 0.351 0.541 0.008 0.002 0.003 0.006 93 S 0.001 0.003 0.730 0.004 0.002 0.002 0.002 0.009 0.137 0.091 0.006 0.005 0.008 94 P 0.001 0.003 0.336 0.007 0.077 0.116 0.001 0.001 0.035 0.230 0.186 0.002 0.007 95 E 0.001 0.006 0.091 0.002 0.207 0.238 0.001 0.001 0.006 0.153 0.292 0.002 0.003 96 T 0.001 0.008 0.147 0.001 0.239 0.439 0.001 0.001 0.003 0.063 0.082 0.002 0.015 97 Y 0.001 0.005 0.058 0.001 0.072 0.746 0.001 0.001 0.002 0.026 0.080 0.002 0.006 98 E 0.001 0.005 0.035 0.002 0.080 0.705 0.001 0.001 0.002 0.037 0.124 0.003 0.007 99 M 0.003 0.004 0.058 0.002 0.036 0.695 0.001 0.001 0.002 0.049 0.134 0.004 0.012 100 A 0.002 0.003 0.088 0.002 0.026 0.769 0.001 0.001 0.002 0.035 0.060 0.003 0.011 101 L 0.001 0.002 0.027 0.001 0.034 0.842 0.001 0.001 0.002 0.020 0.065 0.002 0.004 102 K 0.001 0.003 0.040 0.001 0.043 0.839 0.001 0.001 0.003 0.016 0.042 0.003 0.009 103 I 0.001 0.002 0.024 0.001 0.012 0.928 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.003 104 N 0.001 0.001 0.026 0.001 0.010 0.909 0.001 0.001 0.001 0.015 0.033 0.002 0.001 105 Q 0.001 0.001 0.028 0.001 0.009 0.921 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.001 0.003 106 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 107 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 109 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 0.928 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 110 L 0.001 0.002 0.011 0.001 0.059 0.711 0.001 0.001 0.001 0.008 0.198 0.002 0.005 111 G 0.001 0.001 0.026 0.002 0.028 0.231 0.001 0.001 0.001 0.020 0.684 0.003 0.002 112 K 0.004 0.008 0.389 0.005 0.043 0.114 0.001 0.001 0.005 0.105 0.285 0.010 0.032 113 R 0.003 0.011 0.399 0.015 0.014 0.025 0.001 0.001 0.023 0.310 0.149 0.029 0.020 114 K 0.005 0.005 0.518 0.016 0.015 0.006 0.002 0.003 0.066 0.155 0.121 0.030 0.059 115 I 0.016 0.006 0.406 0.052 0.010 0.004 0.015 0.033 0.252 0.084 0.018 0.031 0.073 116 T 0.068 0.003 0.085 0.019 0.004 0.002 0.063 0.109 0.445 0.020 0.006 0.126 0.050 117 I 0.117 0.002 0.026 0.009 0.002 0.001 0.133 0.228 0.276 0.003 0.001 0.013 0.190 118 V 0.154 0.001 0.021 0.016 0.001 0.001 0.096 0.131 0.319 0.003 0.001 0.242 0.016 119 K 0.163 0.003 0.041 0.006 0.001 0.001 0.074 0.062 0.211 0.005 0.002 0.015 0.418 120 V 0.070 0.005 0.237 0.043 0.002 0.002 0.030 0.015 0.191 0.029 0.004 0.312 0.061 121 D 0.031 0.006 0.342 0.019 0.007 0.006 0.015 0.004 0.121 0.055 0.021 0.055 0.316 122 W 0.044 0.019 0.238 0.039 0.068 0.030 0.012 0.002 0.047 0.107 0.098 0.108 0.186 123 M 0.043 0.023 0.302 0.029 0.051 0.035 0.006 0.002 0.032 0.120 0.087 0.147 0.123 124 M 0.034 0.034 0.250 0.013 0.075 0.030 0.003 0.001 0.015 0.104 0.072 0.077 0.292 125 A 0.010 0.037 0.465 0.011 0.045 0.031 0.002 0.001 0.010 0.098 0.125 0.063 0.103 126 E 0.005 0.019 0.251 0.016 0.065 0.041 0.001 0.001 0.007 0.153 0.363 0.037 0.042 127 D 0.002 0.011 0.125 0.006 0.025 0.018 0.001 0.001 0.004 0.209 0.561 0.026 0.013 128 G 0.002 0.024 0.270 0.005 0.019 0.011 0.001 0.001 0.003 0.312 0.321 0.009 0.024 129 K 0.004 0.023 0.533 0.007 0.008 0.011 0.001 0.001 0.008 0.190 0.035 0.151 0.029 130 P 0.012 0.053 0.397 0.005 0.014 0.029 0.003 0.001 0.019 0.061 0.039 0.029 0.339 131 I 0.029 0.046 0.374 0.037 0.021 0.065 0.007 0.002 0.020 0.055 0.037 0.173 0.133 132 S 0.035 0.013 0.350 0.043 0.021 0.120 0.006 0.001 0.023 0.073 0.049 0.142 0.122 133 S 0.037 0.010 0.173 0.018 0.062 0.264 0.004 0.001 0.010 0.085 0.112 0.035 0.190 134 T 0.047 0.011 0.146 0.029 0.060 0.351 0.004 0.001 0.013 0.052 0.071 0.100 0.115 135 R 0.075 0.015 0.063 0.009 0.068 0.423 0.006 0.001 0.009 0.024 0.047 0.072 0.189 136 I 0.115 0.041 0.092 0.014 0.044 0.288 0.006 0.002 0.009 0.025 0.040 0.066 0.259 137 K 0.063 0.010 0.150 0.025 0.030 0.287 0.002 0.001 0.006 0.042 0.049 0.264 0.072 138 R 0.006 0.001 0.025 0.010 0.021 0.248 0.001 0.001 0.002 0.020 0.608 0.004 0.055 139 G 0.012 0.003 0.053 0.018 0.024 0.230 0.001 0.001 0.002 0.077 0.548 0.021 0.012 140 E 0.051 0.014 0.227 0.006 0.029 0.195 0.002 0.001 0.006 0.113 0.030 0.183 0.144 141 I 0.032 0.021 0.102 0.009 0.021 0.195 0.004 0.001 0.009 0.017 0.029 0.020 0.542 142 D 0.031 0.015 0.125 0.043 0.063 0.246 0.004 0.001 0.014 0.019 0.051 0.336 0.050 143 R 0.029 0.013 0.092 0.015 0.101 0.301 0.008 0.003 0.017 0.040 0.139 0.038 0.203 144 Y 0.035 0.017 0.148 0.020 0.075 0.114 0.007 0.002 0.013 0.078 0.309 0.115 0.068 145 G 0.012 0.015 0.247 0.019 0.027 0.033 0.002 0.001 0.009 0.228 0.290 0.078 0.039 146 G 0.006 0.018 0.536 0.006 0.010 0.011 0.001 0.001 0.009 0.196 0.077 0.059 0.071 147 I 0.005 0.041 0.676 0.003 0.006 0.007 0.001 0.001 0.019 0.100 0.014 0.037 0.089 148 I 0.001 0.009 0.851 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.007 0.040 0.005 0.028 0.042