# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2063 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.205 0.105 0.069 0.098 0.074 0.064 0.101 0.085 0.089 0.066 0.043 2 K 0.071 0.102 0.064 0.157 0.127 0.112 0.126 0.081 0.080 0.047 0.034 3 V 0.015 0.018 0.021 0.044 0.061 0.063 0.127 0.185 0.168 0.136 0.160 4 A 0.011 0.015 0.029 0.053 0.078 0.062 0.122 0.186 0.164 0.140 0.141 5 L 0.005 0.007 0.021 0.032 0.046 0.049 0.126 0.173 0.209 0.187 0.143 6 G 0.011 0.015 0.035 0.077 0.086 0.080 0.144 0.141 0.176 0.138 0.098 7 G 0.007 0.011 0.021 0.034 0.040 0.057 0.130 0.128 0.227 0.203 0.141 8 T 0.005 0.011 0.021 0.045 0.063 0.059 0.134 0.175 0.187 0.165 0.135 9 F 0.002 0.004 0.010 0.013 0.019 0.030 0.073 0.129 0.220 0.278 0.223 10 E 0.012 0.018 0.037 0.082 0.105 0.102 0.177 0.166 0.132 0.100 0.069 11 P 0.007 0.010 0.025 0.037 0.049 0.058 0.131 0.176 0.196 0.183 0.129 12 L 0.002 0.005 0.011 0.019 0.027 0.041 0.095 0.122 0.235 0.230 0.215 13 H 0.012 0.016 0.027 0.047 0.065 0.086 0.171 0.142 0.178 0.137 0.118 14 E 0.059 0.048 0.080 0.158 0.171 0.130 0.162 0.087 0.052 0.031 0.022 15 G 0.021 0.035 0.038 0.064 0.093 0.077 0.159 0.159 0.134 0.122 0.099 16 H 0.002 0.005 0.008 0.022 0.043 0.058 0.143 0.171 0.204 0.206 0.139 17 K 0.038 0.027 0.075 0.127 0.146 0.188 0.203 0.081 0.062 0.036 0.016 18 K 0.031 0.065 0.190 0.282 0.191 0.110 0.086 0.027 0.011 0.005 0.003 19 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.012 0.049 0.086 0.215 0.294 0.330 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.081 0.082 0.244 0.287 0.273 21 D 0.008 0.019 0.661 0.186 0.087 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 22 V 0.001 0.004 0.054 0.074 0.106 0.320 0.335 0.064 0.025 0.012 0.003 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.156 0.309 0.511 24 I 0.001 0.002 0.008 0.022 0.068 0.160 0.375 0.177 0.098 0.068 0.021 25 K 0.001 0.020 0.796 0.129 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.002 0.002 0.009 0.009 0.024 0.142 0.290 0.180 0.139 0.125 0.079 27 G 0.125 0.109 0.027 0.078 0.065 0.076 0.142 0.135 0.114 0.080 0.049 28 G 0.103 0.067 0.068 0.119 0.121 0.121 0.166 0.099 0.063 0.042 0.033 29 R 0.054 0.058 0.126 0.166 0.165 0.136 0.149 0.065 0.041 0.025 0.016 30 D 0.029 0.074 0.065 0.140 0.137 0.146 0.218 0.090 0.057 0.027 0.016 31 I 0.001 0.002 0.004 0.006 0.011 0.021 0.054 0.089 0.207 0.255 0.348 32 T 0.001 0.004 0.006 0.017 0.030 0.050 0.110 0.131 0.226 0.234 0.192 33 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.013 0.040 0.107 0.201 0.274 0.345 34 G 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.020 0.058 0.159 0.189 0.257 0.286 35 V 0.001 0.001 0.004 0.008 0.013 0.019 0.054 0.132 0.226 0.288 0.255 36 T 0.001 0.002 0.005 0.010 0.020 0.033 0.079 0.148 0.248 0.237 0.219 37 S 0.012 0.033 0.042 0.114 0.133 0.137 0.188 0.125 0.112 0.065 0.039 38 D 0.068 0.062 0.068 0.144 0.137 0.147 0.183 0.085 0.058 0.030 0.019 39 R 0.222 0.137 0.070 0.155 0.114 0.096 0.110 0.047 0.026 0.014 0.009 40 M 0.110 0.095 0.047 0.099 0.093 0.093 0.139 0.096 0.091 0.073 0.062 41 A 0.077 0.079 0.040 0.083 0.097 0.107 0.157 0.105 0.100 0.085 0.070 42 R 0.165 0.229 0.115 0.187 0.115 0.072 0.055 0.025 0.017 0.012 0.006 43 A 0.263 0.185 0.076 0.164 0.103 0.073 0.061 0.033 0.020 0.013 0.007 44 R 0.325 0.188 0.048 0.156 0.093 0.058 0.050 0.036 0.022 0.015 0.008 45 I 0.068 0.063 0.033 0.088 0.089 0.121 0.165 0.128 0.111 0.090 0.044 46 R 0.064 0.144 0.103 0.220 0.166 0.128 0.079 0.044 0.027 0.017 0.008 47 S 0.114 0.081 0.058 0.110 0.105 0.123 0.160 0.105 0.073 0.047 0.024 48 V 0.055 0.053 0.037 0.075 0.076 0.114 0.179 0.121 0.130 0.102 0.059 49 L 0.044 0.027 0.025 0.068 0.093 0.112 0.187 0.155 0.136 0.092 0.062 50 P 0.106 0.373 0.127 0.174 0.092 0.049 0.038 0.019 0.011 0.007 0.003 51 F 0.018 0.024 0.019 0.066 0.119 0.157 0.259 0.152 0.104 0.052 0.031 52 A 0.793 0.056 0.044 0.054 0.025 0.011 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 53 I 0.024 0.074 0.135 0.291 0.210 0.122 0.092 0.032 0.012 0.006 0.003 54 R 0.001 0.002 0.006 0.006 0.016 0.036 0.103 0.147 0.246 0.286 0.153 55 A 0.002 0.003 0.021 0.042 0.097 0.239 0.339 0.126 0.075 0.044 0.012 56 E 0.003 0.016 0.839 0.109 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 N 0.001 0.002 0.020 0.033 0.080 0.137 0.323 0.198 0.102 0.065 0.038 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.176 0.314 0.471 59 K 0.004 0.015 0.272 0.205 0.265 0.126 0.076 0.023 0.009 0.004 0.002 60 R 0.002 0.008 0.554 0.143 0.107 0.088 0.062 0.021 0.008 0.005 0.002 61 Y 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.045 0.145 0.121 0.255 0.241 0.175 62 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.017 0.075 0.096 0.257 0.308 0.235 63 M 0.010 0.044 0.349 0.233 0.167 0.094 0.050 0.022 0.015 0.010 0.005 64 R 0.038 0.062 0.163 0.145 0.145 0.152 0.166 0.070 0.031 0.018 0.009 65 K 0.085 0.067 0.030 0.073 0.082 0.119 0.173 0.142 0.100 0.078 0.052 66 Y 0.142 0.097 0.035 0.101 0.098 0.109 0.158 0.121 0.070 0.044 0.025 67 G 0.167 0.158 0.090 0.227 0.144 0.084 0.062 0.032 0.018 0.011 0.008 68 F 0.015 0.009 0.009 0.010 0.017 0.033 0.081 0.104 0.210 0.222 0.291 69 E 0.100 0.232 0.062 0.257 0.173 0.071 0.053 0.027 0.014 0.007 0.005 70 P 0.026 0.015 0.015 0.025 0.036 0.052 0.089 0.111 0.196 0.211 0.225 71 E 0.197 0.135 0.050 0.189 0.163 0.096 0.077 0.046 0.025 0.013 0.009 72 I 0.067 0.096 0.045 0.138 0.105 0.107 0.140 0.101 0.094 0.070 0.037 73 V 0.021 0.017 0.012 0.042 0.062 0.096 0.156 0.149 0.171 0.142 0.132 74 K 0.265 0.286 0.084 0.184 0.082 0.037 0.027 0.015 0.010 0.006 0.003 75 I 0.039 0.026 0.027 0.076 0.088 0.128 0.171 0.131 0.135 0.109 0.071 76 T 0.147 0.144 0.064 0.159 0.122 0.105 0.103 0.061 0.045 0.032 0.019 77 N 0.068 0.067 0.037 0.113 0.115 0.126 0.157 0.117 0.096 0.065 0.039 78 P 0.090 0.092 0.045 0.088 0.091 0.093 0.132 0.114 0.103 0.088 0.064 79 Y 0.065 0.051 0.030 0.120 0.132 0.136 0.173 0.113 0.090 0.059 0.032 80 G 0.260 0.128 0.096 0.158 0.109 0.077 0.073 0.045 0.028 0.017 0.009 81 K 0.044 0.064 0.036 0.169 0.169 0.141 0.173 0.099 0.055 0.031 0.019 82 T 0.005 0.005 0.005 0.009 0.014 0.022 0.052 0.088 0.202 0.306 0.292 83 L 0.028 0.046 0.049 0.163 0.196 0.182 0.170 0.078 0.048 0.027 0.011 84 D 0.062 0.168 0.214 0.235 0.119 0.083 0.054 0.025 0.018 0.015 0.007 85 V 0.009 0.007 0.006 0.018 0.033 0.101 0.178 0.142 0.202 0.176 0.127 86 D 0.278 0.344 0.043 0.158 0.071 0.034 0.032 0.019 0.011 0.007 0.003 87 F 0.006 0.006 0.008 0.022 0.039 0.077 0.139 0.136 0.208 0.187 0.172 88 E 0.156 0.194 0.107 0.237 0.152 0.068 0.043 0.022 0.012 0.006 0.004 89 Y 0.003 0.006 0.009 0.028 0.039 0.088 0.174 0.159 0.219 0.169 0.107 90 L 0.002 0.004 0.005 0.013 0.022 0.039 0.072 0.093 0.190 0.212 0.346 91 V 0.002 0.003 0.007 0.014 0.024 0.033 0.072 0.113 0.210 0.264 0.258 92 V 0.006 0.015 0.026 0.066 0.098 0.157 0.192 0.146 0.133 0.107 0.052 93 S 0.009 0.015 0.015 0.046 0.058 0.076 0.151 0.167 0.190 0.159 0.115 94 P 0.083 0.050 0.032 0.116 0.111 0.127 0.174 0.120 0.093 0.059 0.035 95 E 0.146 0.127 0.069 0.181 0.129 0.103 0.108 0.057 0.041 0.024 0.015 96 T 0.018 0.024 0.019 0.040 0.052 0.086 0.136 0.127 0.179 0.172 0.146 97 Y 0.044 0.051 0.034 0.095 0.118 0.131 0.185 0.118 0.100 0.075 0.049 98 E 0.129 0.103 0.110 0.163 0.127 0.116 0.116 0.058 0.040 0.026 0.013 99 M 0.063 0.092 0.078 0.159 0.135 0.135 0.145 0.078 0.058 0.037 0.021 100 A 0.037 0.028 0.027 0.071 0.086 0.113 0.200 0.151 0.132 0.100 0.055 101 L 0.100 0.081 0.121 0.164 0.134 0.125 0.128 0.066 0.042 0.027 0.012 102 K 0.031 0.082 0.163 0.186 0.148 0.146 0.120 0.055 0.036 0.022 0.010 103 I 0.024 0.026 0.042 0.061 0.079 0.118 0.214 0.156 0.131 0.099 0.051 104 N 0.096 0.082 0.128 0.153 0.128 0.123 0.147 0.068 0.041 0.024 0.009 105 Q 0.069 0.112 0.294 0.223 0.131 0.072 0.051 0.025 0.012 0.007 0.003 106 K 0.052 0.045 0.091 0.112 0.124 0.137 0.196 0.117 0.065 0.042 0.018 107 R 0.043 0.050 0.099 0.112 0.115 0.145 0.201 0.108 0.068 0.043 0.017 108 E 0.055 0.082 0.312 0.204 0.142 0.086 0.065 0.030 0.013 0.007 0.003 109 E 0.061 0.065 0.192 0.162 0.136 0.109 0.136 0.073 0.035 0.022 0.009 110 L 0.027 0.028 0.063 0.066 0.079 0.121 0.214 0.142 0.123 0.096 0.041 111 G 0.092 0.144 0.251 0.219 0.129 0.068 0.052 0.024 0.012 0.006 0.003 112 K 0.075 0.105 0.223 0.194 0.142 0.091 0.078 0.045 0.023 0.016 0.008 113 R 0.063 0.052 0.060 0.076 0.097 0.130 0.204 0.133 0.092 0.061 0.032 114 K 0.210 0.207 0.140 0.200 0.103 0.053 0.044 0.023 0.012 0.006 0.003 115 I 0.053 0.032 0.055 0.063 0.076 0.132 0.193 0.127 0.123 0.096 0.052 116 T 0.156 0.220 0.116 0.217 0.123 0.063 0.055 0.025 0.014 0.007 0.004 117 I 0.038 0.027 0.034 0.054 0.067 0.092 0.162 0.146 0.158 0.134 0.087 118 V 0.066 0.068 0.071 0.140 0.146 0.147 0.148 0.093 0.062 0.040 0.020 119 K 0.058 0.185 0.134 0.216 0.125 0.095 0.084 0.046 0.030 0.019 0.008 120 V 0.026 0.019 0.020 0.053 0.080 0.143 0.208 0.158 0.136 0.098 0.059 121 D 0.451 0.198 0.083 0.124 0.056 0.030 0.028 0.015 0.008 0.005 0.002 122 W 0.043 0.037 0.047 0.111 0.115 0.140 0.187 0.122 0.097 0.066 0.035 123 M 0.065 0.059 0.042 0.076 0.084 0.107 0.162 0.127 0.118 0.102 0.059 124 M 0.106 0.167 0.100 0.201 0.142 0.098 0.089 0.047 0.028 0.015 0.007 125 A 0.216 0.150 0.113 0.158 0.114 0.076 0.073 0.047 0.026 0.017 0.011 126 E 0.290 0.153 0.058 0.131 0.096 0.074 0.083 0.050 0.032 0.022 0.012 127 D 0.296 0.296 0.053 0.154 0.085 0.041 0.034 0.021 0.011 0.006 0.004 128 G 0.271 0.116 0.039 0.090 0.087 0.071 0.091 0.082 0.066 0.052 0.036 129 K 0.230 0.150 0.068 0.159 0.115 0.090 0.085 0.047 0.030 0.017 0.009 130 P 0.152 0.179 0.098 0.223 0.137 0.088 0.064 0.030 0.016 0.008 0.005 131 I 0.031 0.027 0.019 0.033 0.048 0.078 0.131 0.138 0.185 0.167 0.143 132 S 0.060 0.117 0.050 0.157 0.140 0.104 0.134 0.097 0.072 0.046 0.024 133 S 0.079 0.065 0.067 0.135 0.121 0.124 0.131 0.094 0.088 0.064 0.032 134 T 0.179 0.134 0.110 0.204 0.135 0.088 0.072 0.040 0.022 0.011 0.006 135 R 0.052 0.051 0.044 0.158 0.158 0.127 0.171 0.120 0.065 0.034 0.021 136 I 0.004 0.003 0.008 0.011 0.019 0.026 0.074 0.130 0.195 0.234 0.295 137 K 0.017 0.072 0.132 0.188 0.185 0.131 0.115 0.063 0.048 0.033 0.016 138 R 0.052 0.071 0.138 0.193 0.162 0.124 0.116 0.064 0.042 0.025 0.013 139 G 0.216 0.080 0.080 0.136 0.112 0.101 0.123 0.069 0.043 0.026 0.014 140 E 0.104 0.088 0.071 0.160 0.121 0.109 0.150 0.086 0.059 0.034 0.017 141 I 0.022 0.023 0.036 0.057 0.070 0.100 0.153 0.135 0.161 0.141 0.104 142 D 0.034 0.038 0.066 0.091 0.110 0.125 0.180 0.120 0.109 0.077 0.050 143 R 0.053 0.101 0.150 0.176 0.137 0.114 0.115 0.064 0.045 0.029 0.016 144 Y 0.065 0.093 0.067 0.123 0.115 0.124 0.149 0.097 0.077 0.054 0.036 145 G 0.402 0.151 0.045 0.111 0.079 0.054 0.062 0.042 0.027 0.015 0.010 146 G 0.489 0.173 0.054 0.101 0.058 0.035 0.036 0.023 0.015 0.009 0.006 147 I 0.138 0.123 0.054 0.126 0.119 0.109 0.126 0.080 0.060 0.039 0.025 148 I 0.207 0.172 0.063 0.137 0.112 0.086 0.092 0.058 0.038 0.021 0.013