# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2063 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.001 0.007 0.221 0.090 0.103 0.068 0.001 0.001 0.003 0.352 2 K 0.004 0.001 0.001 0.358 0.027 0.033 0.054 0.001 0.001 0.001 0.524 3 V 0.006 0.001 0.001 0.671 0.078 0.092 0.016 0.001 0.001 0.001 0.137 4 A 0.001 0.001 0.001 0.840 0.030 0.039 0.015 0.001 0.001 0.001 0.075 5 L 0.001 0.001 0.001 0.717 0.063 0.110 0.019 0.001 0.001 0.001 0.090 6 G 0.001 0.001 0.001 0.746 0.024 0.056 0.032 0.001 0.001 0.001 0.139 7 G 0.006 0.001 0.001 0.515 0.045 0.074 0.087 0.001 0.001 0.007 0.265 8 T 0.009 0.001 0.001 0.227 0.025 0.035 0.124 0.001 0.001 0.004 0.575 9 F 0.007 0.002 0.001 0.140 0.029 0.062 0.143 0.001 0.001 0.006 0.611 10 E 0.026 0.004 0.003 0.065 0.090 0.111 0.282 0.001 0.001 0.033 0.384 11 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.971 12 L 0.022 0.009 0.002 0.025 0.020 0.058 0.283 0.001 0.001 0.005 0.576 13 H 0.175 0.024 0.002 0.011 0.016 0.019 0.224 0.001 0.001 0.018 0.510 14 E 0.066 0.122 0.004 0.007 0.007 0.010 0.074 0.001 0.001 0.004 0.706 15 G 0.039 0.082 0.005 0.007 0.009 0.020 0.243 0.001 0.001 0.004 0.588 16 H 0.154 0.228 0.007 0.005 0.007 0.009 0.270 0.002 0.001 0.004 0.315 17 K 0.020 0.583 0.002 0.004 0.009 0.015 0.054 0.001 0.001 0.001 0.312 18 K 0.008 0.688 0.003 0.002 0.006 0.013 0.083 0.001 0.001 0.001 0.195 19 L 0.005 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.047 20 I 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 21 D 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 22 V 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 23 A 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 24 I 0.001 0.990 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 25 K 0.014 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.007 26 L 0.176 0.620 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.001 0.001 0.014 27 G 0.444 0.214 0.040 0.001 0.002 0.002 0.004 0.191 0.001 0.001 0.101 28 G 0.032 0.010 0.835 0.008 0.001 0.002 0.013 0.006 0.001 0.001 0.092 29 R 0.120 0.005 0.033 0.117 0.029 0.031 0.118 0.004 0.001 0.004 0.539 30 D 0.026 0.001 0.004 0.168 0.011 0.008 0.099 0.001 0.001 0.002 0.681 31 I 0.028 0.001 0.003 0.771 0.029 0.040 0.023 0.001 0.001 0.001 0.105 32 T 0.001 0.001 0.001 0.841 0.032 0.050 0.024 0.001 0.001 0.001 0.051 33 I 0.001 0.001 0.001 0.849 0.038 0.061 0.007 0.001 0.001 0.001 0.043 34 G 0.001 0.001 0.001 0.897 0.025 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 0.037 35 V 0.001 0.001 0.001 0.500 0.069 0.112 0.063 0.001 0.001 0.002 0.252 36 T 0.002 0.001 0.001 0.367 0.076 0.104 0.160 0.001 0.001 0.002 0.287 37 S 0.002 0.001 0.001 0.081 0.030 0.052 0.184 0.001 0.001 0.003 0.646 38 D 0.005 0.002 0.001 0.016 0.005 0.011 0.211 0.001 0.001 0.006 0.744 39 R 0.052 0.010 0.001 0.010 0.007 0.013 0.445 0.001 0.001 0.027 0.435 40 M 0.077 0.032 0.002 0.005 0.004 0.006 0.311 0.001 0.001 0.012 0.550 41 A 0.087 0.268 0.007 0.007 0.015 0.027 0.186 0.004 0.001 0.009 0.390 42 R 0.114 0.365 0.010 0.010 0.026 0.039 0.083 0.010 0.001 0.007 0.334 43 A 0.097 0.281 0.006 0.006 0.015 0.019 0.026 0.008 0.001 0.002 0.540 44 R 0.104 0.143 0.008 0.009 0.022 0.031 0.087 0.009 0.001 0.003 0.584 45 I 0.265 0.103 0.036 0.016 0.026 0.038 0.064 0.011 0.001 0.006 0.435 46 R 0.146 0.126 0.039 0.021 0.064 0.069 0.082 0.010 0.001 0.005 0.439 47 S 0.031 0.011 0.005 0.009 0.014 0.017 0.047 0.002 0.001 0.001 0.864 48 V 0.112 0.023 0.026 0.028 0.026 0.069 0.031 0.003 0.001 0.003 0.678 49 L 0.083 0.033 0.012 0.030 0.048 0.059 0.221 0.002 0.001 0.005 0.506 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.990 51 F 0.007 0.008 0.001 0.008 0.007 0.027 0.059 0.001 0.001 0.001 0.883 52 A 0.053 0.078 0.001 0.005 0.005 0.014 0.248 0.001 0.001 0.004 0.593 53 I 0.070 0.350 0.001 0.004 0.002 0.005 0.157 0.001 0.001 0.002 0.409 54 R 0.027 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.049 55 A 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 56 E 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.039 57 N 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.035 58 V 0.005 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 59 K 0.001 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 60 R 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 61 Y 0.021 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.014 62 V 0.024 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.011 63 M 0.036 0.839 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.055 64 R 0.144 0.634 0.032 0.002 0.001 0.002 0.006 0.096 0.001 0.001 0.082 65 K 0.311 0.431 0.068 0.005 0.006 0.006 0.004 0.049 0.001 0.001 0.120 66 Y 0.039 0.104 0.032 0.025 0.024 0.018 0.047 0.024 0.001 0.001 0.686 67 G 0.117 0.022 0.081 0.042 0.033 0.051 0.072 0.014 0.001 0.016 0.551 68 F 0.276 0.011 0.120 0.181 0.021 0.027 0.074 0.003 0.001 0.011 0.275 69 E 0.011 0.002 0.002 0.256 0.118 0.044 0.166 0.001 0.001 0.001 0.401 70 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 71 E 0.001 0.001 0.001 0.362 0.131 0.340 0.054 0.001 0.001 0.001 0.110 72 I 0.011 0.001 0.001 0.034 0.015 0.053 0.052 0.001 0.001 0.005 0.829 73 V 0.052 0.008 0.001 0.268 0.147 0.219 0.064 0.001 0.001 0.003 0.237 74 K 0.012 0.003 0.001 0.049 0.039 0.055 0.124 0.001 0.001 0.003 0.714 75 I 0.055 0.008 0.003 0.053 0.077 0.110 0.053 0.001 0.001 0.005 0.635 76 T 0.035 0.008 0.003 0.044 0.031 0.068 0.168 0.001 0.001 0.007 0.635 77 N 0.097 0.008 0.006 0.030 0.072 0.055 0.153 0.002 0.001 0.011 0.566 78 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.981 79 Y 0.014 0.007 0.002 0.030 0.036 0.116 0.215 0.001 0.001 0.004 0.575 80 G 0.158 0.020 0.001 0.016 0.023 0.040 0.199 0.001 0.001 0.022 0.521 81 K 0.157 0.099 0.004 0.024 0.028 0.040 0.147 0.001 0.001 0.006 0.492 82 T 0.149 0.190 0.011 0.044 0.054 0.118 0.069 0.004 0.001 0.006 0.356 83 L 0.112 0.217 0.005 0.044 0.068 0.150 0.069 0.008 0.001 0.004 0.322 84 D 0.183 0.161 0.005 0.053 0.045 0.078 0.045 0.019 0.001 0.004 0.408 85 V 0.311 0.123 0.028 0.061 0.061 0.102 0.041 0.026 0.001 0.005 0.241 86 D 0.126 0.026 0.010 0.061 0.081 0.084 0.190 0.014 0.001 0.005 0.403 87 F 0.042 0.005 0.023 0.075 0.018 0.022 0.039 0.001 0.001 0.003 0.773 88 E 0.007 0.002 0.003 0.404 0.078 0.143 0.212 0.001 0.001 0.012 0.138 89 Y 0.134 0.002 0.005 0.224 0.054 0.051 0.221 0.001 0.001 0.012 0.296 90 L 0.014 0.003 0.002 0.854 0.032 0.037 0.016 0.001 0.001 0.001 0.041 91 V 0.001 0.001 0.001 0.731 0.049 0.116 0.020 0.001 0.001 0.001 0.081 92 V 0.004 0.003 0.001 0.803 0.029 0.054 0.035 0.001 0.001 0.001 0.069 93 S 0.007 0.002 0.001 0.504 0.074 0.075 0.150 0.001 0.001 0.005 0.182 94 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.971 95 E 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.867 0.001 0.001 0.001 0.124 96 T 0.398 0.007 0.001 0.003 0.002 0.002 0.344 0.001 0.001 0.049 0.195 97 Y 0.103 0.580 0.006 0.003 0.002 0.003 0.098 0.002 0.001 0.004 0.200 98 E 0.021 0.645 0.005 0.003 0.004 0.008 0.108 0.002 0.001 0.002 0.201 99 M 0.065 0.543 0.001 0.004 0.004 0.008 0.074 0.005 0.001 0.002 0.294 100 A 0.064 0.821 0.002 0.001 0.004 0.005 0.018 0.007 0.001 0.001 0.077 101 L 0.028 0.824 0.011 0.002 0.003 0.006 0.030 0.008 0.001 0.001 0.088 102 K 0.038 0.823 0.014 0.001 0.002 0.003 0.025 0.010 0.001 0.001 0.083 103 I 0.046 0.841 0.008 0.001 0.002 0.003 0.011 0.008 0.001 0.001 0.079 104 N 0.038 0.781 0.006 0.001 0.002 0.004 0.033 0.008 0.001 0.001 0.124 105 Q 0.043 0.695 0.010 0.001 0.001 0.002 0.057 0.008 0.001 0.001 0.182 106 K 0.028 0.790 0.007 0.001 0.001 0.002 0.031 0.005 0.001 0.001 0.134 107 R 0.017 0.842 0.005 0.001 0.001 0.003 0.032 0.005 0.001 0.001 0.093 108 E 0.019 0.913 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.044 109 E 0.020 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.019 110 L 0.039 0.911 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.024 111 G 0.128 0.676 0.016 0.002 0.003 0.005 0.006 0.074 0.001 0.001 0.090 112 K 0.210 0.504 0.112 0.004 0.005 0.006 0.009 0.055 0.001 0.001 0.094 113 R 0.165 0.272 0.070 0.017 0.019 0.020 0.033 0.041 0.001 0.002 0.360 114 K 0.139 0.054 0.045 0.033 0.066 0.070 0.056 0.017 0.001 0.005 0.514 115 I 0.091 0.017 0.047 0.080 0.058 0.077 0.040 0.003 0.001 0.004 0.582 116 T 0.026 0.007 0.008 0.222 0.215 0.221 0.080 0.001 0.001 0.002 0.219 117 I 0.014 0.004 0.006 0.178 0.115 0.188 0.046 0.001 0.001 0.002 0.446 118 V 0.006 0.003 0.002 0.381 0.264 0.248 0.022 0.001 0.001 0.001 0.073 119 K 0.002 0.001 0.001 0.148 0.088 0.149 0.040 0.001 0.001 0.001 0.570 120 V 0.004 0.001 0.001 0.215 0.259 0.325 0.029 0.001 0.001 0.001 0.162 121 D 0.002 0.001 0.001 0.100 0.091 0.132 0.088 0.001 0.001 0.002 0.586 122 W 0.009 0.001 0.001 0.053 0.054 0.129 0.078 0.001 0.001 0.004 0.672 123 M 0.030 0.007 0.002 0.095 0.087 0.151 0.237 0.001 0.001 0.013 0.378 124 M 0.029 0.008 0.002 0.022 0.051 0.085 0.146 0.001 0.001 0.010 0.647 125 A 0.044 0.018 0.006 0.045 0.109 0.219 0.081 0.002 0.001 0.008 0.468 126 E 0.050 0.014 0.003 0.028 0.063 0.099 0.107 0.002 0.001 0.005 0.629 127 D 0.074 0.011 0.004 0.019 0.020 0.024 0.097 0.001 0.001 0.006 0.743 128 G 0.222 0.009 0.020 0.033 0.021 0.036 0.074 0.002 0.001 0.024 0.557 129 K 0.283 0.007 0.018 0.025 0.070 0.039 0.158 0.001 0.001 0.013 0.386 130 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 131 I 0.009 0.003 0.002 0.037 0.173 0.454 0.045 0.001 0.001 0.001 0.276 132 S 0.024 0.016 0.001 0.058 0.088 0.185 0.162 0.001 0.001 0.004 0.462 133 S 0.045 0.050 0.002 0.074 0.088 0.202 0.079 0.001 0.001 0.003 0.456 134 T 0.028 0.065 0.003 0.072 0.113 0.171 0.141 0.001 0.001 0.005 0.401 135 R 0.052 0.117 0.003 0.023 0.095 0.147 0.172 0.002 0.001 0.005 0.385 136 I 0.038 0.307 0.008 0.034 0.108 0.203 0.067 0.004 0.001 0.003 0.228 137 K 0.024 0.506 0.007 0.016 0.086 0.128 0.041 0.008 0.001 0.002 0.184 138 R 0.074 0.604 0.007 0.012 0.020 0.032 0.027 0.009 0.001 0.002 0.214 139 G 0.198 0.236 0.008 0.018 0.025 0.045 0.049 0.013 0.001 0.005 0.404 140 E 0.214 0.198 0.037 0.017 0.045 0.050 0.127 0.010 0.001 0.004 0.300 141 I 0.033 0.124 0.014 0.029 0.050 0.091 0.058 0.005 0.001 0.002 0.594 142 D 0.037 0.125 0.017 0.034 0.162 0.325 0.045 0.007 0.001 0.003 0.244 143 R 0.097 0.258 0.015 0.043 0.072 0.122 0.044 0.011 0.001 0.004 0.334 144 Y 0.231 0.203 0.022 0.041 0.066 0.126 0.040 0.013 0.001 0.007 0.250 145 G 0.257 0.036 0.016 0.045 0.033 0.054 0.052 0.009 0.001 0.007 0.492 146 G 0.143 0.006 0.017 0.031 0.024 0.026 0.042 0.002 0.001 0.004 0.706 147 I 0.039 0.002 0.005 0.034 0.036 0.033 0.042 0.001 0.001 0.001 0.808 148 I 0.007 0.001 0.001 0.022 0.052 0.094 0.027 0.001 0.001 0.001 0.795