# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2063 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.499 0.141 0.008 0.311 0.008 0.006 0.002 0.011 0.001 0.001 2 K 0.022 0.778 0.124 0.003 0.026 0.030 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 3 V 0.010 0.717 0.196 0.003 0.031 0.025 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 4 A 0.090 0.640 0.129 0.017 0.018 0.069 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 5 L 0.058 0.477 0.205 0.080 0.060 0.022 0.033 0.001 0.062 0.001 0.001 6 G 0.021 0.020 0.082 0.031 0.206 0.014 0.101 0.172 0.008 0.340 0.004 7 G 0.094 0.071 0.169 0.083 0.255 0.017 0.032 0.151 0.010 0.115 0.004 8 T 0.153 0.336 0.226 0.131 0.053 0.042 0.027 0.002 0.023 0.002 0.004 9 F 0.181 0.268 0.270 0.105 0.095 0.034 0.011 0.003 0.027 0.003 0.003 10 E 0.042 0.166 0.436 0.008 0.024 0.051 0.019 0.001 0.248 0.004 0.001 11 P 0.719 0.003 0.233 0.013 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 12 L 0.638 0.060 0.128 0.136 0.007 0.014 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 13 H 0.565 0.036 0.154 0.101 0.037 0.030 0.026 0.007 0.029 0.013 0.001 14 E 0.805 0.006 0.062 0.089 0.006 0.004 0.015 0.003 0.002 0.006 0.001 15 G 0.718 0.002 0.013 0.049 0.043 0.005 0.006 0.085 0.001 0.078 0.001 16 H 0.964 0.002 0.007 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.975 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.469 0.008 0.022 0.485 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 27 G 0.042 0.004 0.028 0.051 0.020 0.003 0.574 0.219 0.008 0.051 0.001 28 G 0.102 0.013 0.230 0.054 0.052 0.013 0.051 0.214 0.003 0.263 0.003 29 R 0.174 0.102 0.187 0.482 0.015 0.015 0.013 0.005 0.005 0.001 0.002 30 D 0.026 0.532 0.203 0.085 0.096 0.019 0.022 0.002 0.015 0.001 0.001 31 I 0.009 0.783 0.143 0.006 0.035 0.015 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 32 T 0.003 0.719 0.209 0.004 0.029 0.026 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 33 I 0.004 0.828 0.091 0.005 0.034 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 34 G 0.009 0.504 0.186 0.007 0.203 0.063 0.006 0.001 0.017 0.002 0.001 35 V 0.023 0.715 0.137 0.010 0.054 0.036 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 36 T 0.055 0.337 0.329 0.033 0.084 0.083 0.017 0.001 0.053 0.004 0.002 37 S 0.327 0.135 0.182 0.141 0.098 0.033 0.019 0.012 0.023 0.025 0.004 38 D 0.217 0.046 0.063 0.538 0.033 0.028 0.051 0.009 0.010 0.004 0.002 39 R 0.287 0.154 0.150 0.221 0.044 0.028 0.066 0.008 0.038 0.003 0.001 40 M 0.299 0.145 0.385 0.058 0.016 0.022 0.031 0.002 0.035 0.003 0.003 41 A 0.528 0.060 0.273 0.065 0.016 0.019 0.015 0.004 0.009 0.006 0.006 42 R 0.278 0.145 0.291 0.115 0.054 0.035 0.029 0.010 0.034 0.007 0.003 43 A 0.428 0.086 0.304 0.079 0.028 0.021 0.018 0.007 0.016 0.009 0.005 44 R 0.383 0.093 0.227 0.142 0.028 0.038 0.049 0.011 0.017 0.006 0.004 45 I 0.250 0.176 0.249 0.205 0.031 0.032 0.033 0.005 0.016 0.002 0.002 46 R 0.106 0.266 0.417 0.059 0.048 0.035 0.023 0.004 0.037 0.004 0.001 47 S 0.190 0.089 0.558 0.042 0.024 0.064 0.012 0.002 0.008 0.004 0.005 48 V 0.273 0.200 0.235 0.199 0.016 0.057 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 49 L 0.084 0.276 0.374 0.014 0.098 0.039 0.006 0.001 0.105 0.004 0.001 50 P 0.592 0.006 0.343 0.010 0.004 0.035 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 51 F 0.952 0.006 0.012 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.988 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 I 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 N 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.987 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.946 0.006 0.004 0.039 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 63 M 0.908 0.011 0.013 0.046 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 64 R 0.495 0.023 0.036 0.375 0.016 0.014 0.026 0.007 0.006 0.001 0.001 65 K 0.482 0.126 0.166 0.151 0.011 0.020 0.015 0.001 0.028 0.001 0.001 66 Y 0.259 0.074 0.161 0.425 0.008 0.015 0.039 0.001 0.015 0.001 0.002 67 G 0.102 0.031 0.068 0.084 0.109 0.017 0.292 0.226 0.008 0.058 0.004 68 F 0.026 0.503 0.309 0.054 0.049 0.021 0.017 0.002 0.017 0.001 0.001 69 E 0.003 0.421 0.398 0.001 0.037 0.026 0.002 0.001 0.108 0.001 0.001 70 P 0.019 0.005 0.859 0.003 0.002 0.079 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 71 E 0.092 0.506 0.250 0.025 0.062 0.030 0.005 0.002 0.026 0.001 0.001 72 I 0.072 0.264 0.468 0.034 0.022 0.105 0.012 0.001 0.018 0.001 0.003 73 V 0.045 0.633 0.168 0.018 0.084 0.023 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 74 K 0.118 0.244 0.453 0.031 0.025 0.085 0.013 0.001 0.021 0.002 0.006 75 I 0.166 0.387 0.198 0.103 0.060 0.050 0.010 0.002 0.022 0.001 0.001 76 T 0.195 0.271 0.220 0.216 0.025 0.033 0.013 0.002 0.022 0.001 0.002 77 N 0.019 0.199 0.413 0.009 0.097 0.023 0.018 0.001 0.213 0.007 0.001 78 P 0.442 0.009 0.459 0.021 0.005 0.022 0.002 0.001 0.002 0.005 0.032 79 Y 0.315 0.204 0.171 0.243 0.024 0.010 0.014 0.002 0.015 0.001 0.001 80 G 0.211 0.051 0.185 0.052 0.106 0.046 0.101 0.166 0.014 0.066 0.003 81 K 0.334 0.249 0.200 0.119 0.041 0.029 0.008 0.002 0.017 0.001 0.001 82 T 0.430 0.264 0.184 0.062 0.012 0.026 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 83 L 0.513 0.216 0.104 0.109 0.020 0.012 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 84 D 0.128 0.262 0.140 0.153 0.086 0.042 0.148 0.019 0.018 0.003 0.002 85 V 0.048 0.507 0.274 0.059 0.070 0.016 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 86 D 0.019 0.200 0.375 0.032 0.029 0.129 0.154 0.005 0.051 0.004 0.002 87 F 0.045 0.243 0.601 0.022 0.040 0.038 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 88 E 0.224 0.291 0.188 0.205 0.034 0.027 0.016 0.002 0.010 0.001 0.002 89 Y 0.003 0.694 0.077 0.008 0.197 0.004 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 90 L 0.007 0.795 0.125 0.002 0.021 0.041 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 91 V 0.006 0.574 0.301 0.008 0.021 0.074 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 92 V 0.039 0.569 0.216 0.045 0.028 0.067 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 93 S 0.006 0.152 0.378 0.003 0.139 0.053 0.008 0.001 0.241 0.019 0.001 94 P 0.613 0.003 0.329 0.021 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 95 E 0.755 0.045 0.062 0.093 0.009 0.007 0.016 0.006 0.005 0.001 0.001 96 T 0.516 0.099 0.100 0.202 0.039 0.020 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 97 Y 0.727 0.069 0.082 0.087 0.009 0.010 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 98 E 0.872 0.034 0.044 0.032 0.002 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 99 M 0.607 0.026 0.029 0.265 0.023 0.012 0.025 0.006 0.005 0.001 0.001 100 A 0.755 0.035 0.107 0.066 0.009 0.010 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 101 L 0.808 0.045 0.074 0.052 0.002 0.009 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 102 K 0.696 0.091 0.069 0.079 0.028 0.019 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 103 I 0.822 0.026 0.047 0.092 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 104 N 0.624 0.024 0.053 0.165 0.020 0.012 0.057 0.034 0.005 0.006 0.001 105 Q 0.701 0.040 0.106 0.068 0.021 0.027 0.017 0.004 0.012 0.003 0.001 106 K 0.964 0.004 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.978 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.981 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 E 0.969 0.002 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.873 0.007 0.021 0.087 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 111 G 0.597 0.006 0.017 0.054 0.025 0.003 0.098 0.158 0.002 0.041 0.001 112 K 0.378 0.039 0.081 0.458 0.004 0.012 0.020 0.003 0.004 0.001 0.001 113 R 0.210 0.148 0.257 0.259 0.026 0.019 0.052 0.006 0.021 0.002 0.001 114 K 0.149 0.159 0.250 0.101 0.031 0.037 0.244 0.013 0.013 0.004 0.002 115 I 0.021 0.440 0.413 0.030 0.048 0.035 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 116 T 0.038 0.557 0.278 0.033 0.031 0.046 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 117 I 0.010 0.707 0.188 0.008 0.019 0.051 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 118 V 0.027 0.774 0.100 0.006 0.041 0.042 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 119 K 0.018 0.492 0.274 0.012 0.075 0.100 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 120 V 0.023 0.695 0.151 0.009 0.032 0.055 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 121 D 0.091 0.240 0.392 0.048 0.077 0.088 0.017 0.003 0.027 0.012 0.003 122 W 0.250 0.238 0.183 0.118 0.102 0.040 0.025 0.007 0.026 0.007 0.002 123 M 0.223 0.371 0.206 0.071 0.058 0.025 0.010 0.001 0.031 0.001 0.001 124 M 0.288 0.199 0.297 0.080 0.034 0.048 0.018 0.002 0.028 0.003 0.004 125 A 0.320 0.132 0.318 0.060 0.061 0.030 0.019 0.008 0.033 0.014 0.006 126 E 0.580 0.102 0.155 0.108 0.012 0.010 0.006 0.002 0.017 0.003 0.005 127 D 0.111 0.053 0.116 0.378 0.026 0.014 0.258 0.014 0.021 0.005 0.005 128 G 0.006 0.004 0.022 0.010 0.024 0.006 0.193 0.672 0.002 0.060 0.001 129 K 0.010 0.344 0.532 0.004 0.059 0.010 0.002 0.001 0.032 0.006 0.001 130 P 0.024 0.008 0.831 0.005 0.002 0.089 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 131 I 0.084 0.570 0.179 0.065 0.038 0.035 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 132 S 0.118 0.322 0.264 0.079 0.107 0.044 0.021 0.006 0.030 0.008 0.002 133 S 0.155 0.281 0.216 0.077 0.185 0.029 0.018 0.011 0.018 0.007 0.002 134 T 0.166 0.434 0.153 0.087 0.115 0.015 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 135 R 0.121 0.515 0.209 0.043 0.038 0.042 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 136 I 0.169 0.497 0.221 0.035 0.019 0.031 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 137 K 0.239 0.387 0.211 0.039 0.060 0.024 0.007 0.001 0.026 0.006 0.001 138 R 0.191 0.109 0.285 0.218 0.021 0.031 0.113 0.005 0.020 0.004 0.005 139 G 0.030 0.005 0.019 0.008 0.073 0.003 0.044 0.672 0.001 0.144 0.001 140 E 0.385 0.230 0.239 0.066 0.015 0.042 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 141 I 0.524 0.278 0.114 0.042 0.014 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 142 D 0.621 0.146 0.150 0.029 0.011 0.026 0.004 0.001 0.007 0.001 0.003 143 R 0.787 0.074 0.030 0.064 0.027 0.005 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 144 Y 0.190 0.055 0.063 0.635 0.006 0.007 0.029 0.001 0.014 0.001 0.001 145 G 0.004 0.001 0.007 0.008 0.026 0.001 0.210 0.611 0.002 0.131 0.001 146 G 0.018 0.012 0.105 0.025 0.056 0.009 0.175 0.391 0.002 0.204 0.003 147 I 0.035 0.332 0.520 0.042 0.018 0.036 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 148 I 0.095 0.230 0.526 0.049 0.021 0.053 0.004 0.001 0.015 0.002 0.003