# TARGET T0507 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2063 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.204 0.020 0.009 0.494 0.010 0.015 0.021 0.012 0.015 0.025 2 K 0.218 0.103 0.012 0.003 0.590 0.005 0.009 0.013 0.007 0.008 0.031 3 V 0.222 0.088 0.008 0.001 0.647 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.020 4 A 0.459 0.057 0.011 0.007 0.332 0.010 0.014 0.011 0.006 0.014 0.078 5 L 0.104 0.186 0.085 0.054 0.283 0.075 0.048 0.025 0.020 0.039 0.080 6 G 0.093 0.043 0.029 0.171 0.070 0.080 0.047 0.036 0.048 0.272 0.111 7 G 0.059 0.241 0.167 0.086 0.187 0.038 0.021 0.030 0.041 0.086 0.046 8 T 0.196 0.117 0.035 0.015 0.265 0.018 0.054 0.078 0.087 0.089 0.047 9 F 0.093 0.115 0.091 0.082 0.130 0.045 0.061 0.076 0.092 0.152 0.064 10 E 0.061 0.288 0.241 0.060 0.192 0.016 0.014 0.041 0.031 0.026 0.031 11 P 0.066 0.098 0.031 0.006 0.119 0.009 0.031 0.316 0.242 0.061 0.022 12 L 0.048 0.068 0.040 0.016 0.055 0.023 0.070 0.298 0.140 0.207 0.036 13 H 0.034 0.207 0.126 0.030 0.082 0.016 0.028 0.348 0.058 0.044 0.029 14 E 0.007 0.022 0.017 0.013 0.011 0.024 0.038 0.698 0.108 0.049 0.012 15 G 0.011 0.070 0.055 0.012 0.017 0.008 0.006 0.555 0.131 0.119 0.015 16 H 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.920 0.057 0.006 0.001 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.049 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.977 0.010 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.023 0.008 0.001 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.018 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.075 0.005 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.748 0.230 0.012 0.001 25 K 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.137 0.766 0.054 0.030 0.001 26 L 0.031 0.341 0.245 0.023 0.058 0.017 0.132 0.083 0.027 0.037 0.007 27 G 0.084 0.064 0.103 0.108 0.041 0.028 0.020 0.031 0.043 0.257 0.220 28 G 0.083 0.039 0.079 0.104 0.035 0.084 0.101 0.123 0.127 0.145 0.079 29 R 0.027 0.066 0.062 0.046 0.036 0.116 0.324 0.067 0.075 0.141 0.040 30 D 0.239 0.133 0.021 0.009 0.335 0.018 0.027 0.011 0.011 0.101 0.095 31 I 0.108 0.122 0.001 0.001 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 32 T 0.212 0.029 0.002 0.001 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 I 0.400 0.037 0.005 0.002 0.509 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.035 34 G 0.245 0.109 0.026 0.004 0.530 0.005 0.003 0.002 0.001 0.004 0.070 35 V 0.258 0.194 0.037 0.007 0.343 0.011 0.013 0.009 0.007 0.024 0.096 36 T 0.101 0.303 0.192 0.031 0.177 0.022 0.014 0.012 0.013 0.033 0.101 37 S 0.072 0.303 0.084 0.057 0.158 0.047 0.053 0.095 0.070 0.036 0.025 38 D 0.041 0.054 0.044 0.039 0.049 0.056 0.085 0.198 0.233 0.168 0.033 39 R 0.069 0.149 0.063 0.023 0.148 0.020 0.056 0.156 0.133 0.143 0.040 40 M 0.118 0.169 0.077 0.017 0.176 0.014 0.030 0.164 0.099 0.089 0.048 41 A 0.059 0.142 0.068 0.043 0.096 0.051 0.074 0.181 0.121 0.121 0.044 42 R 0.074 0.232 0.149 0.043 0.155 0.024 0.042 0.116 0.062 0.068 0.036 43 A 0.061 0.109 0.057 0.027 0.094 0.030 0.056 0.250 0.164 0.115 0.038 44 R 0.055 0.129 0.065 0.021 0.109 0.028 0.080 0.211 0.126 0.138 0.037 45 I 0.160 0.149 0.042 0.018 0.199 0.014 0.029 0.091 0.076 0.157 0.066 46 R 0.082 0.299 0.091 0.029 0.232 0.024 0.031 0.080 0.061 0.036 0.035 47 S 0.109 0.177 0.057 0.012 0.265 0.018 0.046 0.143 0.080 0.049 0.043 48 V 0.146 0.109 0.034 0.009 0.175 0.012 0.051 0.132 0.068 0.191 0.072 49 L 0.029 0.369 0.273 0.019 0.114 0.018 0.021 0.066 0.022 0.033 0.036 50 P 0.069 0.428 0.114 0.006 0.159 0.003 0.003 0.165 0.026 0.011 0.016 51 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.243 0.004 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.008 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 0.001 57 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.004 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.068 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.957 0.029 0.002 0.001 61 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.873 0.081 0.027 0.001 62 V 0.005 0.006 0.001 0.001 0.008 0.004 0.017 0.692 0.235 0.027 0.004 63 M 0.003 0.010 0.006 0.003 0.009 0.014 0.080 0.613 0.203 0.057 0.003 64 R 0.054 0.035 0.049 0.006 0.060 0.013 0.104 0.267 0.107 0.282 0.023 65 K 0.155 0.157 0.063 0.020 0.166 0.027 0.059 0.114 0.103 0.084 0.051 66 Y 0.036 0.115 0.083 0.100 0.054 0.146 0.182 0.096 0.082 0.079 0.027 67 G 0.206 0.044 0.034 0.031 0.151 0.018 0.024 0.040 0.040 0.293 0.118 68 F 0.214 0.211 0.030 0.009 0.412 0.013 0.021 0.014 0.013 0.025 0.038 69 E 0.096 0.311 0.089 0.003 0.443 0.005 0.007 0.004 0.003 0.003 0.035 70 P 0.341 0.154 0.020 0.006 0.365 0.006 0.006 0.009 0.011 0.019 0.064 71 E 0.097 0.349 0.056 0.008 0.400 0.015 0.025 0.013 0.010 0.007 0.020 72 I 0.308 0.122 0.034 0.004 0.384 0.006 0.011 0.012 0.011 0.028 0.080 73 V 0.147 0.292 0.038 0.011 0.406 0.011 0.012 0.017 0.015 0.015 0.037 74 K 0.177 0.151 0.068 0.021 0.332 0.033 0.032 0.039 0.036 0.038 0.073 75 I 0.187 0.151 0.032 0.011 0.315 0.015 0.035 0.069 0.068 0.064 0.053 76 T 0.115 0.131 0.053 0.043 0.195 0.048 0.069 0.082 0.064 0.131 0.070 77 N 0.088 0.267 0.213 0.028 0.241 0.010 0.011 0.039 0.022 0.028 0.052 78 P 0.110 0.129 0.043 0.016 0.135 0.021 0.049 0.223 0.131 0.094 0.048 79 Y 0.038 0.174 0.085 0.051 0.074 0.057 0.077 0.206 0.112 0.097 0.029 80 G 0.049 0.107 0.115 0.101 0.069 0.041 0.033 0.215 0.089 0.133 0.050 81 K 0.064 0.098 0.028 0.008 0.106 0.011 0.032 0.334 0.191 0.101 0.027 82 T 0.080 0.051 0.015 0.009 0.105 0.013 0.019 0.328 0.291 0.063 0.027 83 L 0.023 0.074 0.038 0.023 0.062 0.054 0.185 0.320 0.159 0.047 0.016 84 D 0.174 0.033 0.013 0.006 0.125 0.008 0.039 0.067 0.044 0.392 0.098 85 V 0.054 0.422 0.027 0.007 0.378 0.014 0.024 0.022 0.018 0.019 0.013 86 D 0.380 0.055 0.024 0.003 0.458 0.002 0.002 0.006 0.006 0.009 0.054 87 F 0.145 0.072 0.015 0.012 0.177 0.021 0.025 0.111 0.319 0.068 0.034 88 E 0.062 0.038 0.021 0.025 0.095 0.120 0.311 0.082 0.072 0.131 0.043 89 Y 0.244 0.100 0.004 0.001 0.589 0.001 0.002 0.006 0.004 0.017 0.033 90 L 0.133 0.096 0.003 0.001 0.745 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.012 91 V 0.387 0.045 0.008 0.001 0.490 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.063 92 V 0.097 0.099 0.038 0.109 0.158 0.155 0.059 0.032 0.022 0.141 0.089 93 S 0.046 0.252 0.431 0.072 0.160 0.006 0.002 0.005 0.003 0.006 0.017 94 P 0.011 0.029 0.005 0.003 0.020 0.008 0.017 0.374 0.475 0.050 0.008 95 E 0.007 0.047 0.030 0.008 0.014 0.019 0.057 0.481 0.217 0.109 0.011 96 T 0.031 0.043 0.013 0.004 0.035 0.005 0.019 0.556 0.142 0.131 0.021 97 Y 0.026 0.042 0.025 0.007 0.026 0.014 0.021 0.651 0.125 0.049 0.014 98 E 0.007 0.020 0.010 0.006 0.010 0.013 0.026 0.753 0.125 0.025 0.006 99 M 0.008 0.023 0.011 0.004 0.013 0.007 0.025 0.713 0.108 0.082 0.007 100 A 0.015 0.026 0.007 0.002 0.024 0.004 0.011 0.738 0.115 0.049 0.009 101 L 0.010 0.026 0.008 0.003 0.021 0.006 0.019 0.787 0.097 0.018 0.005 102 K 0.024 0.024 0.014 0.003 0.024 0.006 0.031 0.708 0.079 0.076 0.011 103 I 0.009 0.027 0.010 0.003 0.016 0.005 0.017 0.797 0.085 0.026 0.005 104 N 0.003 0.010 0.007 0.003 0.004 0.007 0.012 0.862 0.071 0.019 0.004 105 Q 0.004 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 0.005 0.883 0.060 0.021 0.003 106 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.913 0.068 0.007 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.048 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.956 0.026 0.003 0.001 109 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.903 0.038 0.018 0.001 110 L 0.016 0.093 0.029 0.012 0.038 0.014 0.034 0.592 0.127 0.036 0.009 111 G 0.010 0.018 0.018 0.017 0.013 0.029 0.058 0.483 0.195 0.126 0.033 112 K 0.073 0.078 0.065 0.014 0.074 0.017 0.105 0.221 0.114 0.197 0.042 113 R 0.072 0.397 0.080 0.028 0.160 0.032 0.062 0.047 0.036 0.050 0.036 114 K 0.242 0.095 0.036 0.029 0.218 0.029 0.047 0.038 0.037 0.104 0.126 115 I 0.211 0.167 0.012 0.004 0.523 0.008 0.009 0.011 0.010 0.017 0.029 116 T 0.152 0.161 0.017 0.003 0.616 0.008 0.013 0.005 0.003 0.004 0.019 117 I 0.388 0.056 0.006 0.001 0.491 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.044 118 V 0.137 0.208 0.014 0.002 0.601 0.004 0.005 0.003 0.002 0.002 0.021 119 K 0.298 0.125 0.037 0.002 0.435 0.003 0.004 0.004 0.003 0.007 0.082 120 V 0.176 0.284 0.043 0.012 0.362 0.014 0.012 0.014 0.015 0.016 0.052 121 D 0.156 0.176 0.089 0.034 0.273 0.039 0.048 0.051 0.048 0.037 0.050 122 W 0.177 0.125 0.043 0.016 0.213 0.022 0.049 0.090 0.094 0.110 0.060 123 M 0.090 0.267 0.108 0.027 0.235 0.022 0.039 0.068 0.044 0.054 0.046 124 M 0.084 0.240 0.099 0.045 0.184 0.027 0.037 0.095 0.061 0.073 0.055 125 A 0.093 0.211 0.209 0.036 0.164 0.017 0.030 0.100 0.060 0.041 0.039 126 E 0.061 0.066 0.045 0.033 0.075 0.064 0.106 0.285 0.155 0.079 0.033 127 D 0.034 0.301 0.143 0.074 0.080 0.055 0.110 0.071 0.051 0.061 0.020 128 G 0.067 0.047 0.057 0.115 0.051 0.028 0.025 0.041 0.051 0.374 0.145 129 K 0.040 0.433 0.215 0.037 0.152 0.013 0.018 0.023 0.020 0.025 0.022 130 P 0.205 0.219 0.042 0.005 0.382 0.006 0.014 0.024 0.019 0.025 0.058 131 I 0.164 0.265 0.053 0.012 0.335 0.022 0.027 0.033 0.024 0.024 0.041 132 S 0.161 0.205 0.088 0.017 0.322 0.027 0.026 0.056 0.025 0.028 0.044 133 S 0.245 0.094 0.023 0.010 0.272 0.012 0.013 0.137 0.092 0.057 0.045 134 T 0.099 0.198 0.040 0.008 0.321 0.014 0.025 0.194 0.050 0.024 0.027 135 R 0.143 0.116 0.022 0.002 0.468 0.003 0.012 0.157 0.020 0.015 0.043 136 I 0.270 0.072 0.038 0.009 0.148 0.008 0.040 0.318 0.031 0.020 0.046 137 K 0.019 0.020 0.022 0.053 0.019 0.118 0.100 0.541 0.051 0.040 0.017 138 R 0.009 0.602 0.119 0.069 0.037 0.035 0.028 0.072 0.015 0.010 0.004 139 G 0.018 0.010 0.017 0.047 0.008 0.023 0.007 0.113 0.037 0.499 0.222 140 E 0.037 0.355 0.096 0.005 0.154 0.007 0.015 0.236 0.041 0.027 0.027 141 I 0.125 0.131 0.011 0.003 0.226 0.004 0.014 0.409 0.044 0.012 0.020 142 D 0.097 0.043 0.034 0.011 0.089 0.018 0.075 0.493 0.095 0.019 0.027 143 R 0.024 0.015 0.013 0.012 0.024 0.026 0.072 0.718 0.050 0.037 0.010 144 Y 0.011 0.411 0.157 0.104 0.042 0.064 0.059 0.085 0.027 0.030 0.012 145 G 0.012 0.102 0.125 0.310 0.019 0.037 0.021 0.028 0.026 0.207 0.113 146 G 0.055 0.078 0.187 0.088 0.034 0.016 0.012 0.028 0.031 0.326 0.145 147 I 0.109 0.336 0.110 0.010 0.233 0.013 0.024 0.039 0.044 0.035 0.047 148 I 0.102 0.270 0.091 0.030 0.175 0.049 0.060 0.076 0.059 0.046 0.042