# TARGET T0507 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 641 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.019 0.025 0.070 0.089 0.107 0.186 0.190 0.158 0.097 0.053 2 K 0.004 0.020 0.030 0.120 0.200 0.252 0.191 0.095 0.050 0.024 0.014 3 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.054 0.151 0.238 0.256 0.284 4 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.022 0.107 0.212 0.259 0.221 0.162 5 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.043 0.100 0.232 0.261 0.345 6 G 0.005 0.006 0.004 0.028 0.025 0.043 0.101 0.146 0.194 0.219 0.229 7 G 0.004 0.005 0.003 0.021 0.038 0.064 0.160 0.212 0.208 0.169 0.115 8 T 0.028 0.073 0.038 0.130 0.139 0.113 0.165 0.118 0.096 0.059 0.043 9 F 0.004 0.004 0.002 0.015 0.024 0.035 0.082 0.132 0.208 0.222 0.271 10 E 0.034 0.077 0.039 0.181 0.206 0.180 0.140 0.064 0.043 0.022 0.013 11 P 0.040 0.042 0.025 0.093 0.115 0.126 0.182 0.142 0.113 0.078 0.045 12 L 0.002 0.005 0.003 0.009 0.011 0.021 0.065 0.115 0.220 0.250 0.300 13 H 0.004 0.012 0.010 0.046 0.078 0.127 0.244 0.166 0.156 0.092 0.062 14 E 0.206 0.150 0.119 0.204 0.122 0.075 0.060 0.028 0.019 0.010 0.006 15 G 0.002 0.016 0.016 0.067 0.088 0.115 0.209 0.179 0.147 0.093 0.067 16 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.059 0.129 0.247 0.276 0.270 17 K 0.002 0.005 0.023 0.087 0.169 0.277 0.277 0.087 0.044 0.020 0.008 18 K 0.003 0.020 0.210 0.330 0.230 0.120 0.061 0.018 0.006 0.002 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.054 0.118 0.227 0.308 0.285 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.057 0.120 0.230 0.282 0.302 21 D 0.004 0.013 0.398 0.321 0.168 0.067 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.006 0.035 0.115 0.304 0.407 0.094 0.026 0.009 0.003 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.042 0.182 0.353 0.414 24 I 0.001 0.001 0.003 0.022 0.072 0.194 0.366 0.185 0.098 0.042 0.018 25 K 0.007 0.032 0.618 0.216 0.076 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.002 0.002 0.008 0.024 0.115 0.388 0.215 0.129 0.078 0.038 27 G 0.017 0.009 0.004 0.010 0.008 0.015 0.062 0.119 0.204 0.250 0.302 28 G 0.252 0.241 0.119 0.165 0.101 0.056 0.035 0.014 0.009 0.006 0.004 29 R 0.067 0.082 0.084 0.180 0.149 0.120 0.127 0.079 0.059 0.035 0.019 30 D 0.033 0.066 0.042 0.136 0.165 0.155 0.175 0.112 0.063 0.035 0.018 31 I 0.001 0.003 0.004 0.024 0.058 0.137 0.253 0.207 0.158 0.089 0.065 32 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.053 0.137 0.235 0.283 0.276 33 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.088 0.172 0.245 0.256 0.213 34 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.037 0.094 0.207 0.300 0.348 35 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.064 0.133 0.212 0.292 0.272 36 T 0.006 0.032 0.016 0.064 0.084 0.099 0.168 0.175 0.153 0.123 0.079 37 S 0.019 0.045 0.023 0.101 0.142 0.135 0.173 0.139 0.115 0.075 0.033 38 D 0.488 0.139 0.069 0.144 0.077 0.037 0.024 0.010 0.007 0.004 0.002 39 R 0.206 0.124 0.077 0.182 0.120 0.093 0.089 0.041 0.036 0.019 0.012 40 M 0.025 0.013 0.011 0.025 0.029 0.064 0.143 0.159 0.219 0.177 0.136 41 A 0.060 0.052 0.074 0.097 0.085 0.137 0.196 0.115 0.095 0.057 0.033 42 R 0.066 0.104 0.371 0.170 0.098 0.070 0.056 0.028 0.020 0.012 0.006 43 A 0.058 0.058 0.095 0.112 0.115 0.122 0.149 0.099 0.087 0.063 0.042 44 R 0.112 0.081 0.076 0.126 0.112 0.116 0.142 0.086 0.074 0.047 0.027 45 I 0.125 0.088 0.110 0.128 0.123 0.118 0.129 0.072 0.056 0.033 0.018 46 R 0.094 0.121 0.103 0.167 0.158 0.122 0.113 0.059 0.038 0.018 0.007 47 S 0.246 0.109 0.054 0.115 0.102 0.089 0.115 0.069 0.054 0.033 0.015 48 V 0.054 0.026 0.017 0.045 0.053 0.073 0.174 0.159 0.178 0.133 0.088 49 L 0.029 0.078 0.039 0.111 0.135 0.137 0.160 0.123 0.097 0.060 0.030 50 P 0.033 0.230 0.048 0.126 0.097 0.099 0.105 0.090 0.079 0.057 0.036 51 F 0.041 0.026 0.017 0.078 0.151 0.206 0.234 0.119 0.077 0.036 0.016 52 A 0.611 0.127 0.077 0.083 0.043 0.022 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 53 I 0.006 0.029 0.059 0.316 0.222 0.154 0.119 0.054 0.026 0.010 0.005 54 R 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.012 0.065 0.140 0.238 0.291 0.243 55 A 0.001 0.002 0.032 0.075 0.150 0.268 0.290 0.104 0.050 0.021 0.009 56 E 0.008 0.034 0.551 0.243 0.100 0.041 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 57 N 0.001 0.001 0.004 0.018 0.037 0.110 0.332 0.209 0.145 0.095 0.048 58 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.027 0.085 0.228 0.337 0.317 59 K 0.001 0.004 0.134 0.211 0.268 0.208 0.120 0.035 0.013 0.005 0.002 60 R 0.003 0.024 0.479 0.197 0.138 0.097 0.044 0.011 0.005 0.002 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.046 0.228 0.222 0.232 0.174 0.080 62 V 0.009 0.013 0.012 0.034 0.044 0.066 0.195 0.208 0.196 0.142 0.081 63 M 0.018 0.056 0.176 0.155 0.149 0.120 0.124 0.081 0.060 0.038 0.023 64 R 0.055 0.104 0.142 0.205 0.171 0.137 0.113 0.041 0.020 0.009 0.004 65 K 0.241 0.177 0.081 0.158 0.108 0.074 0.075 0.040 0.025 0.015 0.006 66 Y 0.204 0.116 0.048 0.122 0.109 0.105 0.118 0.071 0.054 0.035 0.017 67 G 0.354 0.167 0.060 0.118 0.081 0.058 0.068 0.037 0.030 0.017 0.009 68 F 0.051 0.041 0.018 0.048 0.058 0.085 0.163 0.155 0.161 0.132 0.088 69 E 0.169 0.292 0.087 0.193 0.106 0.059 0.042 0.021 0.015 0.009 0.005 70 P 0.229 0.105 0.049 0.131 0.121 0.106 0.100 0.064 0.051 0.029 0.015 71 E 0.337 0.170 0.065 0.132 0.093 0.064 0.063 0.033 0.023 0.013 0.007 72 I 0.047 0.065 0.055 0.137 0.126 0.126 0.162 0.109 0.091 0.055 0.028 73 V 0.033 0.035 0.032 0.081 0.101 0.126 0.178 0.145 0.127 0.089 0.053 74 K 0.150 0.214 0.204 0.210 0.109 0.051 0.035 0.014 0.007 0.003 0.002 75 I 0.036 0.041 0.045 0.083 0.097 0.121 0.216 0.145 0.110 0.072 0.035 76 T 0.214 0.178 0.083 0.174 0.121 0.079 0.062 0.033 0.025 0.017 0.012 77 N 0.100 0.135 0.062 0.154 0.137 0.111 0.125 0.076 0.053 0.032 0.015 78 P 0.278 0.123 0.064 0.126 0.104 0.081 0.089 0.052 0.040 0.027 0.017 79 Y 0.125 0.086 0.035 0.109 0.111 0.112 0.168 0.100 0.074 0.049 0.030 80 G 0.313 0.160 0.053 0.131 0.087 0.070 0.065 0.042 0.037 0.026 0.016 81 K 0.198 0.155 0.075 0.199 0.134 0.096 0.068 0.031 0.021 0.013 0.009 82 T 0.025 0.017 0.011 0.028 0.030 0.045 0.102 0.139 0.213 0.213 0.177 83 L 0.054 0.082 0.057 0.210 0.186 0.159 0.130 0.061 0.033 0.017 0.011 84 D 0.231 0.245 0.134 0.202 0.096 0.046 0.026 0.010 0.005 0.002 0.002 85 V 0.013 0.018 0.019 0.065 0.079 0.121 0.198 0.154 0.132 0.106 0.093 86 D 0.168 0.349 0.107 0.244 0.095 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.039 0.110 0.255 0.279 0.308 88 E 0.028 0.128 0.122 0.341 0.210 0.111 0.044 0.009 0.003 0.001 0.001 89 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.048 0.192 0.248 0.248 0.164 0.081 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.047 0.121 0.200 0.275 0.344 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.056 0.125 0.244 0.293 0.268 92 V 0.001 0.003 0.005 0.026 0.034 0.048 0.128 0.168 0.227 0.206 0.156 93 S 0.003 0.020 0.007 0.054 0.077 0.111 0.219 0.199 0.152 0.103 0.053 94 P 0.409 0.139 0.061 0.179 0.114 0.051 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 95 E 0.281 0.150 0.054 0.152 0.124 0.080 0.078 0.039 0.024 0.012 0.007 96 T 0.014 0.055 0.021 0.073 0.070 0.101 0.165 0.147 0.159 0.114 0.079 97 Y 0.024 0.032 0.027 0.092 0.141 0.201 0.224 0.117 0.082 0.039 0.020 98 E 0.339 0.176 0.245 0.131 0.053 0.027 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 99 M 0.023 0.061 0.076 0.169 0.147 0.177 0.181 0.083 0.049 0.024 0.009 100 A 0.005 0.005 0.010 0.014 0.018 0.038 0.134 0.155 0.230 0.222 0.169 101 L 0.041 0.033 0.214 0.219 0.149 0.138 0.121 0.045 0.024 0.011 0.005 102 K 0.004 0.028 0.471 0.205 0.143 0.076 0.046 0.015 0.007 0.003 0.001 103 I 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.035 0.174 0.200 0.238 0.202 0.132 104 N 0.001 0.002 0.023 0.057 0.106 0.170 0.291 0.158 0.116 0.059 0.018 105 Q 0.014 0.031 0.761 0.111 0.046 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 106 K 0.001 0.008 0.079 0.137 0.159 0.218 0.252 0.085 0.040 0.015 0.004 107 R 0.001 0.001 0.011 0.004 0.005 0.012 0.087 0.163 0.276 0.279 0.161 108 E 0.004 0.012 0.291 0.285 0.214 0.121 0.054 0.013 0.005 0.001 0.001 109 E 0.007 0.031 0.712 0.111 0.075 0.039 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 110 L 0.003 0.007 0.008 0.028 0.056 0.153 0.344 0.194 0.120 0.066 0.020 111 G 0.607 0.150 0.047 0.054 0.032 0.028 0.036 0.019 0.014 0.008 0.005 112 K 0.048 0.086 0.141 0.182 0.157 0.116 0.117 0.069 0.042 0.027 0.014 113 R 0.192 0.183 0.115 0.184 0.124 0.087 0.061 0.025 0.016 0.009 0.005 114 K 0.144 0.160 0.108 0.232 0.152 0.096 0.063 0.023 0.013 0.006 0.004 115 I 0.017 0.013 0.009 0.028 0.041 0.076 0.180 0.191 0.209 0.157 0.077 116 T 0.070 0.204 0.143 0.323 0.164 0.063 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 117 I 0.002 0.003 0.002 0.008 0.010 0.017 0.070 0.135 0.241 0.269 0.243 118 V 0.008 0.030 0.040 0.169 0.220 0.213 0.180 0.075 0.037 0.018 0.011 119 K 0.014 0.088 0.053 0.217 0.170 0.123 0.154 0.081 0.057 0.029 0.014 120 V 0.003 0.004 0.004 0.021 0.036 0.061 0.135 0.165 0.229 0.191 0.149 121 D 0.209 0.230 0.121 0.259 0.113 0.041 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 122 W 0.009 0.020 0.014 0.062 0.080 0.093 0.202 0.174 0.175 0.114 0.056 123 M 0.010 0.025 0.022 0.070 0.089 0.113 0.189 0.154 0.145 0.106 0.076 124 M 0.044 0.147 0.077 0.203 0.183 0.136 0.121 0.046 0.027 0.011 0.005 125 A 0.050 0.066 0.061 0.138 0.132 0.129 0.155 0.108 0.082 0.051 0.029 126 E 0.566 0.191 0.064 0.090 0.045 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 127 D 0.347 0.203 0.064 0.143 0.092 0.056 0.056 0.021 0.011 0.005 0.002 128 G 0.575 0.145 0.033 0.076 0.060 0.040 0.031 0.017 0.012 0.007 0.004 129 K 0.175 0.282 0.075 0.190 0.117 0.074 0.052 0.019 0.010 0.005 0.002 130 P 0.268 0.160 0.066 0.190 0.130 0.083 0.064 0.022 0.011 0.005 0.002 131 I 0.036 0.024 0.012 0.042 0.061 0.111 0.204 0.175 0.155 0.114 0.068 132 S 0.063 0.220 0.121 0.263 0.147 0.077 0.057 0.025 0.015 0.008 0.004 133 S 0.085 0.055 0.055 0.123 0.128 0.135 0.157 0.114 0.084 0.044 0.021 134 T 0.232 0.183 0.143 0.208 0.113 0.059 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 135 R 0.037 0.076 0.090 0.216 0.197 0.146 0.141 0.056 0.026 0.011 0.004 136 I 0.019 0.014 0.032 0.042 0.057 0.070 0.148 0.140 0.172 0.172 0.134 137 K 0.038 0.144 0.289 0.226 0.131 0.080 0.064 0.018 0.008 0.003 0.001 138 R 0.086 0.162 0.178 0.301 0.148 0.070 0.036 0.011 0.005 0.002 0.001 139 G 0.497 0.168 0.116 0.085 0.050 0.033 0.027 0.011 0.007 0.004 0.003 140 E 0.056 0.121 0.162 0.215 0.157 0.108 0.113 0.035 0.020 0.009 0.004 141 I 0.031 0.035 0.063 0.054 0.057 0.068 0.157 0.152 0.162 0.134 0.088 142 D 0.035 0.079 0.117 0.291 0.228 0.125 0.070 0.030 0.015 0.007 0.004 143 R 0.135 0.159 0.269 0.162 0.114 0.073 0.051 0.019 0.011 0.005 0.003 144 Y 0.070 0.090 0.060 0.191 0.167 0.142 0.138 0.065 0.039 0.024 0.012 145 G 0.189 0.096 0.045 0.082 0.085 0.097 0.142 0.094 0.080 0.055 0.034 146 G 0.115 0.181 0.130 0.249 0.144 0.083 0.055 0.021 0.012 0.007 0.003 147 I 0.041 0.046 0.048 0.071 0.073 0.083 0.153 0.124 0.143 0.123 0.095 148 I 0.043 0.053 0.043 0.102 0.101 0.101 0.136 0.119 0.132 0.094 0.075