# TARGET T0507 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 641 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.033 0.111 0.301 0.371 0.170 0.010 2 K 0.001 0.005 0.026 0.132 0.409 0.382 0.046 3 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.352 0.599 4 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.179 0.806 5 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.086 0.907 6 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.114 0.870 7 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.048 0.294 0.647 8 T 0.001 0.002 0.008 0.032 0.135 0.335 0.489 9 F 0.001 0.002 0.009 0.029 0.077 0.335 0.547 10 E 0.002 0.009 0.022 0.065 0.223 0.463 0.217 11 P 0.004 0.010 0.030 0.118 0.252 0.388 0.199 12 L 0.002 0.008 0.019 0.051 0.148 0.461 0.311 13 H 0.001 0.011 0.033 0.107 0.280 0.413 0.154 14 E 0.004 0.045 0.129 0.289 0.281 0.200 0.051 15 G 0.001 0.004 0.026 0.143 0.337 0.370 0.119 16 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.425 0.526 17 K 0.001 0.008 0.051 0.237 0.395 0.264 0.045 18 K 0.001 0.039 0.223 0.413 0.232 0.084 0.008 19 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.106 0.613 0.272 20 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.129 0.656 0.205 21 D 0.001 0.055 0.310 0.421 0.172 0.039 0.002 22 V 0.001 0.012 0.109 0.431 0.357 0.086 0.004 23 A 0.001 0.001 0.001 0.009 0.130 0.690 0.169 24 I 0.001 0.022 0.135 0.412 0.329 0.095 0.006 25 K 0.059 0.415 0.313 0.161 0.043 0.009 0.001 26 L 0.013 0.074 0.146 0.317 0.326 0.115 0.009 27 G 0.007 0.030 0.095 0.290 0.430 0.144 0.005 28 G 0.089 0.395 0.317 0.148 0.043 0.008 0.001 29 R 0.013 0.137 0.271 0.375 0.170 0.031 0.002 30 D 0.001 0.018 0.083 0.257 0.397 0.231 0.013 31 I 0.001 0.004 0.019 0.087 0.314 0.504 0.073 32 T 0.001 0.001 0.001 0.007 0.050 0.417 0.526 33 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.304 0.660 34 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.259 0.713 35 V 0.001 0.003 0.014 0.057 0.196 0.477 0.252 36 T 0.004 0.035 0.112 0.243 0.328 0.224 0.054 37 S 0.059 0.172 0.221 0.234 0.188 0.106 0.020 38 D 0.201 0.274 0.226 0.159 0.096 0.040 0.005 39 R 0.164 0.225 0.219 0.197 0.133 0.057 0.005 40 M 0.128 0.144 0.213 0.251 0.182 0.077 0.005 41 A 0.289 0.289 0.210 0.142 0.056 0.013 0.001 42 R 0.347 0.295 0.194 0.113 0.041 0.009 0.001 43 A 0.452 0.233 0.158 0.106 0.042 0.009 0.001 44 R 0.616 0.229 0.093 0.045 0.014 0.003 0.001 45 I 0.546 0.264 0.108 0.056 0.020 0.005 0.001 46 R 0.380 0.307 0.177 0.095 0.033 0.008 0.001 47 S 0.154 0.259 0.242 0.219 0.099 0.026 0.002 48 V 0.096 0.129 0.166 0.243 0.240 0.116 0.009 49 L 0.133 0.209 0.215 0.222 0.157 0.059 0.006 50 P 0.100 0.275 0.248 0.233 0.108 0.033 0.004 51 F 0.015 0.091 0.198 0.299 0.286 0.101 0.010 52 A 0.214 0.407 0.226 0.104 0.036 0.011 0.002 53 I 0.030 0.197 0.325 0.277 0.123 0.039 0.009 54 R 0.001 0.005 0.014 0.073 0.333 0.500 0.073 55 A 0.002 0.044 0.191 0.357 0.289 0.107 0.009 56 E 0.020 0.259 0.374 0.252 0.071 0.022 0.002 57 N 0.001 0.008 0.029 0.122 0.378 0.416 0.046 58 V 0.001 0.001 0.004 0.035 0.244 0.620 0.095 59 K 0.009 0.150 0.367 0.324 0.117 0.031 0.004 60 R 0.041 0.202 0.315 0.281 0.128 0.031 0.001 61 Y 0.003 0.014 0.033 0.121 0.364 0.430 0.036 62 V 0.024 0.091 0.217 0.356 0.242 0.066 0.003 63 M 0.250 0.374 0.205 0.113 0.044 0.013 0.001 64 R 0.186 0.306 0.256 0.179 0.060 0.012 0.001 65 K 0.267 0.269 0.226 0.158 0.064 0.015 0.001 66 Y 0.446 0.278 0.141 0.081 0.038 0.013 0.001 67 G 0.282 0.252 0.182 0.169 0.086 0.027 0.003 68 F 0.128 0.149 0.191 0.234 0.202 0.086 0.010 69 E 0.188 0.242 0.214 0.180 0.117 0.051 0.007 70 P 0.115 0.123 0.151 0.229 0.217 0.138 0.026 71 E 0.192 0.204 0.186 0.191 0.143 0.074 0.010 72 I 0.161 0.233 0.216 0.183 0.125 0.070 0.011 73 V 0.163 0.163 0.162 0.202 0.184 0.111 0.015 74 K 0.274 0.253 0.181 0.149 0.091 0.045 0.008 75 I 0.227 0.202 0.187 0.187 0.129 0.060 0.008 76 T 0.322 0.271 0.174 0.132 0.071 0.027 0.004 77 N 0.282 0.245 0.200 0.153 0.085 0.031 0.004 78 P 0.251 0.233 0.187 0.173 0.106 0.044 0.005 79 Y 0.168 0.185 0.203 0.223 0.152 0.062 0.007 80 G 0.208 0.284 0.208 0.168 0.088 0.038 0.005 81 K 0.103 0.188 0.217 0.240 0.174 0.073 0.007 82 T 0.067 0.081 0.115 0.238 0.313 0.171 0.015 83 L 0.180 0.327 0.269 0.168 0.047 0.008 0.001 84 D 0.194 0.324 0.244 0.164 0.064 0.010 0.001 85 V 0.050 0.178 0.231 0.301 0.195 0.045 0.001 86 D 0.029 0.264 0.388 0.244 0.063 0.012 0.001 87 F 0.002 0.007 0.027 0.124 0.392 0.411 0.037 88 E 0.001 0.021 0.102 0.277 0.356 0.226 0.017 89 Y 0.001 0.001 0.004 0.021 0.103 0.623 0.248 90 L 0.001 0.001 0.002 0.014 0.082 0.536 0.365 91 V 0.001 0.001 0.004 0.019 0.108 0.507 0.362 92 V 0.001 0.015 0.092 0.239 0.333 0.260 0.061 93 S 0.013 0.072 0.128 0.213 0.310 0.225 0.039 94 P 0.078 0.236 0.268 0.239 0.122 0.051 0.006 95 E 0.183 0.256 0.216 0.190 0.113 0.040 0.003 96 T 0.172 0.201 0.229 0.206 0.138 0.051 0.003 97 Y 0.296 0.258 0.188 0.157 0.076 0.023 0.002 98 E 0.499 0.253 0.136 0.071 0.031 0.009 0.001 99 M 0.495 0.296 0.124 0.057 0.021 0.006 0.001 100 A 0.188 0.205 0.205 0.227 0.129 0.042 0.005 101 L 0.360 0.325 0.183 0.086 0.033 0.011 0.001 102 K 0.217 0.291 0.227 0.162 0.078 0.023 0.002 103 I 0.124 0.156 0.175 0.235 0.212 0.091 0.007 104 N 0.166 0.247 0.245 0.220 0.098 0.023 0.001 105 Q 0.397 0.406 0.136 0.045 0.012 0.003 0.001 106 K 0.093 0.218 0.275 0.259 0.125 0.028 0.001 107 R 0.064 0.101 0.179 0.322 0.256 0.076 0.003 108 E 0.382 0.360 0.159 0.073 0.021 0.004 0.001 109 E 0.550 0.298 0.098 0.040 0.011 0.003 0.001 110 L 0.308 0.287 0.212 0.135 0.046 0.010 0.001 111 G 0.473 0.277 0.136 0.075 0.031 0.007 0.001 112 K 0.180 0.187 0.215 0.255 0.136 0.026 0.001 113 R 0.406 0.351 0.160 0.063 0.016 0.003 0.001 114 K 0.189 0.304 0.232 0.182 0.077 0.015 0.001 115 I 0.047 0.094 0.158 0.299 0.284 0.112 0.007 116 T 0.080 0.253 0.277 0.237 0.116 0.034 0.003 117 I 0.011 0.021 0.059 0.180 0.340 0.337 0.052 118 V 0.033 0.120 0.206 0.293 0.242 0.098 0.009 119 K 0.037 0.109 0.174 0.250 0.248 0.162 0.020 120 V 0.020 0.045 0.091 0.220 0.345 0.251 0.027 121 D 0.078 0.219 0.255 0.238 0.147 0.059 0.005 122 W 0.041 0.109 0.186 0.267 0.258 0.127 0.011 123 M 0.071 0.110 0.156 0.265 0.270 0.122 0.006 124 M 0.270 0.337 0.211 0.132 0.042 0.008 0.001 125 A 0.517 0.295 0.126 0.049 0.011 0.002 0.001 126 E 0.701 0.205 0.064 0.023 0.005 0.001 0.001 127 D 0.728 0.188 0.057 0.020 0.006 0.001 0.001 128 G 0.596 0.244 0.102 0.045 0.012 0.002 0.001 129 K 0.491 0.297 0.132 0.060 0.017 0.003 0.001 130 P 0.291 0.334 0.208 0.120 0.039 0.007 0.001 131 I 0.127 0.166 0.225 0.272 0.169 0.039 0.002 132 S 0.250 0.287 0.213 0.160 0.072 0.018 0.001 133 S 0.161 0.202 0.195 0.221 0.152 0.061 0.007 134 T 0.187 0.246 0.208 0.188 0.112 0.051 0.007 135 R 0.119 0.204 0.229 0.235 0.146 0.061 0.006 136 I 0.058 0.087 0.141 0.251 0.292 0.156 0.014 137 K 0.247 0.259 0.211 0.180 0.081 0.020 0.001 138 R 0.555 0.300 0.103 0.033 0.008 0.001 0.001 139 G 0.684 0.220 0.067 0.023 0.005 0.001 0.001 140 E 0.549 0.267 0.119 0.049 0.013 0.002 0.001 141 I 0.337 0.178 0.172 0.202 0.096 0.016 0.001 142 D 0.574 0.255 0.117 0.041 0.012 0.002 0.001 143 R 0.730 0.167 0.067 0.027 0.007 0.001 0.001 144 Y 0.728 0.170 0.056 0.029 0.013 0.004 0.001 145 G 0.686 0.171 0.089 0.040 0.012 0.002 0.001 146 G 0.762 0.169 0.045 0.018 0.004 0.001 0.001 147 I 0.709 0.175 0.068 0.035 0.011 0.002 0.001 148 I 0.726 0.140 0.066 0.044 0.019 0.005 0.001