# TARGET T0507 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2067 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.005 0.730 0.008 0.001 0.001 0.006 0.006 0.110 0.075 0.001 0.032 0.020 2 K 0.015 0.005 0.096 0.019 0.001 0.001 0.047 0.229 0.478 0.048 0.001 0.021 0.041 3 V 0.018 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.084 0.738 0.134 0.001 0.001 0.006 0.008 4 A 0.023 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.111 0.735 0.112 0.001 0.001 0.006 0.005 5 L 0.018 0.001 0.045 0.014 0.001 0.001 0.094 0.512 0.275 0.004 0.002 0.023 0.011 6 G 0.013 0.004 0.355 0.059 0.002 0.001 0.023 0.106 0.273 0.062 0.046 0.018 0.037 7 G 0.004 0.009 0.477 0.015 0.004 0.001 0.005 0.016 0.172 0.198 0.051 0.022 0.025 8 T 0.002 0.030 0.428 0.008 0.013 0.005 0.003 0.003 0.114 0.293 0.060 0.010 0.032 9 F 0.002 0.057 0.436 0.002 0.018 0.020 0.002 0.010 0.062 0.286 0.072 0.007 0.026 10 E 0.001 0.023 0.494 0.001 0.016 0.049 0.001 0.001 0.011 0.361 0.030 0.007 0.006 11 P 0.001 0.009 0.186 0.001 0.089 0.339 0.001 0.001 0.002 0.088 0.282 0.001 0.003 12 L 0.001 0.019 0.172 0.001 0.063 0.407 0.001 0.001 0.002 0.107 0.225 0.001 0.002 13 H 0.001 0.002 0.089 0.001 0.016 0.797 0.001 0.001 0.001 0.058 0.036 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 15 G 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 16 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.671 0.001 0.001 0.001 0.002 0.316 0.001 0.001 27 G 0.001 0.005 0.158 0.001 0.026 0.272 0.001 0.001 0.001 0.051 0.488 0.001 0.001 28 G 0.001 0.006 0.350 0.001 0.141 0.046 0.001 0.001 0.002 0.102 0.352 0.001 0.001 29 R 0.001 0.003 0.206 0.002 0.083 0.008 0.001 0.001 0.009 0.290 0.396 0.001 0.001 30 D 0.001 0.003 0.363 0.009 0.027 0.001 0.002 0.009 0.099 0.251 0.222 0.003 0.010 31 I 0.002 0.004 0.180 0.008 0.002 0.001 0.018 0.071 0.604 0.079 0.004 0.012 0.016 32 T 0.003 0.001 0.031 0.007 0.001 0.001 0.034 0.330 0.579 0.005 0.001 0.004 0.006 33 I 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.064 0.751 0.171 0.001 0.001 0.003 0.001 34 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.866 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 35 V 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.049 0.725 0.206 0.001 0.001 0.006 0.001 36 T 0.004 0.003 0.237 0.006 0.001 0.001 0.016 0.171 0.511 0.022 0.002 0.006 0.022 37 S 0.001 0.007 0.544 0.012 0.009 0.007 0.001 0.011 0.102 0.240 0.050 0.006 0.010 38 D 0.001 0.007 0.350 0.004 0.051 0.057 0.001 0.001 0.012 0.385 0.126 0.001 0.006 39 R 0.001 0.010 0.234 0.001 0.095 0.320 0.001 0.001 0.003 0.251 0.082 0.002 0.003 40 M 0.001 0.009 0.286 0.001 0.090 0.499 0.001 0.001 0.001 0.062 0.046 0.001 0.003 41 A 0.001 0.009 0.075 0.001 0.130 0.650 0.001 0.001 0.001 0.029 0.096 0.002 0.006 42 R 0.005 0.005 0.053 0.001 0.116 0.590 0.001 0.001 0.001 0.043 0.171 0.007 0.007 43 A 0.007 0.007 0.062 0.002 0.090 0.516 0.001 0.001 0.002 0.050 0.242 0.009 0.012 44 R 0.006 0.016 0.135 0.001 0.050 0.435 0.002 0.001 0.004 0.083 0.233 0.015 0.021 45 I 0.005 0.030 0.413 0.005 0.029 0.167 0.001 0.001 0.006 0.192 0.094 0.013 0.043 46 R 0.001 0.015 0.546 0.006 0.027 0.055 0.001 0.001 0.008 0.211 0.090 0.030 0.012 47 S 0.001 0.010 0.394 0.005 0.054 0.031 0.001 0.001 0.010 0.137 0.328 0.002 0.028 48 V 0.001 0.035 0.495 0.002 0.027 0.022 0.001 0.001 0.022 0.178 0.190 0.013 0.013 49 L 0.001 0.051 0.688 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 0.204 0.005 0.021 0.004 50 P 0.001 0.016 0.916 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.005 0.025 0.002 0.001 0.021 51 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.881 0.001 0.001 0.001 0.007 0.089 0.001 0.001 63 M 0.001 0.004 0.019 0.001 0.044 0.590 0.001 0.001 0.001 0.030 0.309 0.002 0.001 64 R 0.001 0.007 0.128 0.001 0.056 0.252 0.001 0.001 0.006 0.102 0.442 0.001 0.004 65 K 0.001 0.011 0.674 0.001 0.031 0.034 0.001 0.001 0.008 0.154 0.076 0.006 0.005 66 Y 0.001 0.009 0.250 0.030 0.069 0.014 0.001 0.001 0.014 0.201 0.404 0.003 0.006 67 G 0.001 0.004 0.160 0.070 0.049 0.005 0.001 0.002 0.034 0.204 0.433 0.024 0.013 68 F 0.021 0.024 0.369 0.014 0.006 0.001 0.025 0.013 0.171 0.050 0.007 0.022 0.277 69 E 0.013 0.010 0.109 0.003 0.001 0.001 0.018 0.006 0.290 0.012 0.001 0.514 0.024 70 P 0.010 0.008 0.106 0.005 0.001 0.001 0.023 0.011 0.350 0.003 0.001 0.004 0.478 71 E 0.005 0.003 0.115 0.183 0.002 0.001 0.012 0.007 0.317 0.031 0.004 0.312 0.009 72 I 0.012 0.009 0.158 0.016 0.003 0.001 0.020 0.005 0.241 0.037 0.008 0.017 0.473 73 V 0.011 0.026 0.319 0.009 0.004 0.003 0.019 0.007 0.214 0.037 0.008 0.249 0.095 74 K 0.008 0.029 0.490 0.028 0.007 0.006 0.013 0.005 0.109 0.047 0.029 0.038 0.192 75 I 0.004 0.017 0.545 0.015 0.017 0.009 0.005 0.004 0.030 0.122 0.134 0.044 0.053 76 T 0.004 0.018 0.454 0.008 0.012 0.014 0.003 0.001 0.012 0.286 0.119 0.020 0.049 77 N 0.001 0.010 0.561 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.003 0.362 0.017 0.021 0.010 78 P 0.001 0.011 0.453 0.002 0.041 0.156 0.001 0.001 0.003 0.108 0.181 0.004 0.038 79 Y 0.008 0.033 0.162 0.007 0.090 0.282 0.002 0.001 0.004 0.090 0.272 0.023 0.025 80 G 0.021 0.018 0.165 0.006 0.115 0.314 0.002 0.001 0.004 0.121 0.145 0.047 0.042 81 K 0.018 0.022 0.233 0.013 0.081 0.352 0.004 0.002 0.008 0.057 0.093 0.023 0.095 82 T 0.028 0.028 0.165 0.012 0.136 0.326 0.004 0.002 0.004 0.063 0.112 0.053 0.067 83 L 0.032 0.019 0.176 0.028 0.166 0.216 0.003 0.002 0.004 0.079 0.167 0.045 0.061 84 D 0.026 0.014 0.254 0.008 0.132 0.196 0.003 0.002 0.004 0.067 0.185 0.038 0.072 85 V 0.012 0.014 0.294 0.022 0.047 0.049 0.004 0.003 0.006 0.218 0.268 0.031 0.031 86 D 0.009 0.011 0.611 0.019 0.019 0.004 0.005 0.002 0.012 0.089 0.160 0.021 0.039 87 F 0.007 0.003 0.756 0.010 0.009 0.002 0.007 0.003 0.066 0.056 0.004 0.015 0.063 88 E 0.013 0.001 0.135 0.391 0.009 0.001 0.018 0.015 0.135 0.227 0.003 0.039 0.014 89 Y 0.029 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.108 0.410 0.393 0.004 0.001 0.018 0.025 90 L 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.727 0.115 0.001 0.001 0.002 0.005 91 V 0.045 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.153 0.570 0.205 0.001 0.001 0.013 0.005 92 V 0.011 0.001 0.065 0.004 0.001 0.001 0.022 0.304 0.556 0.008 0.001 0.011 0.018 93 S 0.002 0.006 0.662 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.132 0.133 0.010 0.012 0.027 94 P 0.001 0.003 0.105 0.003 0.095 0.109 0.001 0.001 0.004 0.147 0.529 0.001 0.002 95 E 0.001 0.006 0.081 0.001 0.111 0.133 0.001 0.001 0.003 0.122 0.540 0.001 0.001 96 T 0.001 0.022 0.193 0.002 0.153 0.277 0.001 0.001 0.004 0.100 0.237 0.002 0.006 97 Y 0.002 0.015 0.201 0.001 0.106 0.427 0.001 0.001 0.003 0.119 0.111 0.007 0.007 98 E 0.004 0.009 0.085 0.001 0.119 0.560 0.001 0.001 0.002 0.057 0.142 0.005 0.014 99 M 0.008 0.009 0.078 0.002 0.060 0.687 0.001 0.001 0.002 0.036 0.083 0.008 0.025 100 A 0.004 0.005 0.053 0.002 0.029 0.818 0.001 0.001 0.002 0.024 0.049 0.005 0.008 101 L 0.002 0.003 0.035 0.001 0.023 0.861 0.001 0.001 0.001 0.019 0.045 0.004 0.005 102 K 0.003 0.003 0.032 0.001 0.020 0.879 0.001 0.001 0.001 0.014 0.036 0.005 0.006 103 I 0.001 0.003 0.031 0.001 0.012 0.856 0.001 0.001 0.001 0.015 0.074 0.002 0.004 104 N 0.001 0.002 0.063 0.001 0.010 0.754 0.001 0.001 0.001 0.039 0.128 0.002 0.001 105 Q 0.001 0.002 0.078 0.001 0.006 0.845 0.001 0.001 0.001 0.029 0.034 0.001 0.003 106 K 0.001 0.002 0.025 0.001 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.002 107 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 109 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.014 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.002 110 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.866 0.001 0.001 0.001 0.006 0.099 0.001 0.001 111 G 0.001 0.002 0.036 0.001 0.023 0.552 0.001 0.001 0.001 0.020 0.360 0.002 0.002 112 K 0.002 0.005 0.187 0.001 0.039 0.326 0.001 0.001 0.001 0.066 0.362 0.004 0.007 113 R 0.001 0.013 0.255 0.004 0.053 0.121 0.001 0.001 0.004 0.184 0.342 0.009 0.012 114 K 0.002 0.004 0.419 0.018 0.044 0.028 0.001 0.001 0.010 0.205 0.238 0.013 0.019 115 I 0.008 0.008 0.510 0.027 0.015 0.014 0.006 0.003 0.112 0.162 0.018 0.040 0.077 116 T 0.027 0.012 0.140 0.021 0.006 0.010 0.034 0.019 0.463 0.040 0.007 0.120 0.101 117 I 0.040 0.008 0.041 0.015 0.002 0.007 0.097 0.067 0.555 0.005 0.002 0.022 0.140 118 V 0.042 0.003 0.027 0.010 0.001 0.004 0.067 0.048 0.509 0.005 0.001 0.265 0.019 119 K 0.036 0.004 0.065 0.005 0.001 0.003 0.043 0.049 0.492 0.006 0.001 0.014 0.283 120 V 0.032 0.010 0.163 0.022 0.001 0.005 0.020 0.011 0.291 0.026 0.005 0.358 0.056 121 D 0.018 0.010 0.365 0.040 0.010 0.016 0.008 0.005 0.116 0.084 0.049 0.037 0.242 122 W 0.036 0.019 0.294 0.027 0.052 0.039 0.013 0.005 0.050 0.101 0.138 0.087 0.138 123 M 0.039 0.036 0.313 0.013 0.042 0.049 0.010 0.003 0.017 0.135 0.088 0.123 0.132 124 M 0.020 0.057 0.367 0.007 0.052 0.057 0.006 0.001 0.011 0.136 0.073 0.049 0.163 125 A 0.005 0.013 0.512 0.009 0.055 0.049 0.001 0.001 0.004 0.110 0.154 0.039 0.049 126 E 0.004 0.010 0.201 0.003 0.061 0.025 0.001 0.001 0.001 0.149 0.491 0.014 0.041 127 D 0.002 0.008 0.146 0.004 0.043 0.026 0.001 0.001 0.001 0.127 0.613 0.019 0.012 128 G 0.001 0.009 0.399 0.004 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.430 0.109 0.006 0.017 129 K 0.001 0.007 0.595 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.318 0.029 0.023 0.012 130 P 0.005 0.056 0.485 0.004 0.014 0.019 0.002 0.001 0.005 0.105 0.081 0.021 0.201 131 I 0.029 0.109 0.440 0.011 0.016 0.047 0.009 0.002 0.016 0.079 0.049 0.082 0.110 132 S 0.028 0.051 0.420 0.004 0.012 0.080 0.005 0.001 0.018 0.104 0.026 0.134 0.117 133 S 0.013 0.004 0.078 0.002 0.014 0.725 0.002 0.001 0.004 0.048 0.030 0.009 0.072 134 T 0.002 0.001 0.013 0.001 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.005 0.002 135 R 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 136 I 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 137 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 139 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 140 E 0.002 0.001 0.010 0.001 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.002 141 I 0.001 0.002 0.007 0.001 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.002 142 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.013 0.695 0.001 0.001 0.001 0.009 0.265 0.002 0.001 143 R 0.001 0.002 0.062 0.001 0.019 0.173 0.001 0.001 0.001 0.051 0.687 0.001 0.003 144 Y 0.001 0.011 0.555 0.001 0.017 0.049 0.001 0.001 0.002 0.240 0.113 0.006 0.006 145 G 0.001 0.009 0.474 0.004 0.028 0.015 0.001 0.001 0.002 0.233 0.223 0.005 0.007 146 G 0.001 0.011 0.479 0.003 0.021 0.008 0.001 0.001 0.008 0.241 0.200 0.009 0.018 147 I 0.001 0.034 0.791 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.013 0.102 0.010 0.020 0.021 148 I 0.001 0.016 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.002 0.010