# TARGET T0507 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2067 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.106 0.055 0.103 0.082 0.076 0.096 0.095 0.094 0.075 0.062 2 K 0.050 0.073 0.042 0.147 0.165 0.153 0.150 0.093 0.064 0.040 0.023 3 V 0.008 0.010 0.005 0.028 0.045 0.071 0.152 0.193 0.197 0.159 0.132 4 A 0.009 0.008 0.006 0.028 0.037 0.054 0.135 0.185 0.217 0.180 0.141 5 L 0.006 0.007 0.007 0.024 0.029 0.044 0.108 0.146 0.211 0.196 0.222 6 G 0.036 0.047 0.023 0.115 0.080 0.085 0.120 0.132 0.136 0.120 0.106 7 G 0.027 0.018 0.008 0.038 0.057 0.086 0.170 0.193 0.183 0.135 0.085 8 T 0.070 0.127 0.053 0.171 0.159 0.117 0.136 0.071 0.049 0.027 0.020 9 F 0.004 0.004 0.002 0.012 0.016 0.024 0.063 0.115 0.207 0.251 0.303 10 E 0.028 0.076 0.041 0.187 0.198 0.177 0.146 0.066 0.046 0.021 0.014 11 P 0.019 0.020 0.014 0.041 0.049 0.069 0.154 0.181 0.187 0.159 0.108 12 L 0.002 0.005 0.003 0.010 0.014 0.029 0.083 0.137 0.224 0.239 0.255 13 H 0.005 0.015 0.012 0.050 0.076 0.119 0.228 0.167 0.162 0.098 0.067 14 E 0.171 0.120 0.097 0.204 0.142 0.090 0.079 0.043 0.029 0.016 0.009 15 G 0.003 0.017 0.017 0.071 0.090 0.114 0.201 0.177 0.150 0.093 0.067 16 H 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.014 0.072 0.140 0.249 0.265 0.246 17 K 0.004 0.007 0.035 0.114 0.193 0.274 0.254 0.072 0.031 0.012 0.004 18 K 0.006 0.027 0.245 0.342 0.208 0.102 0.050 0.013 0.004 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.063 0.120 0.231 0.305 0.269 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.074 0.136 0.230 0.269 0.280 21 D 0.002 0.008 0.426 0.313 0.159 0.063 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.009 0.041 0.143 0.335 0.363 0.078 0.021 0.007 0.002 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.196 0.352 0.396 24 I 0.001 0.001 0.004 0.024 0.081 0.188 0.399 0.178 0.083 0.032 0.011 25 K 0.007 0.029 0.697 0.180 0.056 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.004 0.005 0.015 0.040 0.163 0.416 0.187 0.096 0.054 0.020 27 G 0.032 0.016 0.007 0.014 0.011 0.017 0.067 0.127 0.212 0.245 0.253 28 G 0.224 0.217 0.104 0.141 0.105 0.070 0.060 0.030 0.022 0.015 0.011 29 R 0.124 0.120 0.093 0.201 0.148 0.114 0.096 0.046 0.031 0.018 0.009 30 D 0.061 0.065 0.038 0.100 0.114 0.114 0.157 0.131 0.100 0.072 0.046 31 I 0.010 0.021 0.021 0.087 0.130 0.166 0.217 0.152 0.103 0.055 0.037 32 T 0.001 0.002 0.002 0.006 0.011 0.026 0.093 0.180 0.251 0.241 0.187 33 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.033 0.128 0.207 0.244 0.208 0.158 34 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.051 0.114 0.208 0.284 0.324 35 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.042 0.099 0.206 0.294 0.340 36 T 0.002 0.004 0.004 0.015 0.024 0.041 0.116 0.189 0.211 0.220 0.174 37 S 0.009 0.031 0.014 0.061 0.081 0.092 0.160 0.161 0.159 0.139 0.091 38 D 0.049 0.073 0.042 0.165 0.184 0.151 0.144 0.086 0.058 0.032 0.015 39 R 0.376 0.133 0.070 0.183 0.099 0.053 0.039 0.018 0.014 0.009 0.005 40 M 0.147 0.090 0.044 0.100 0.084 0.093 0.126 0.087 0.101 0.072 0.057 41 A 0.040 0.017 0.012 0.027 0.029 0.067 0.150 0.156 0.202 0.166 0.133 42 R 0.051 0.072 0.075 0.149 0.139 0.163 0.165 0.083 0.057 0.030 0.014 43 A 0.074 0.096 0.310 0.157 0.100 0.068 0.064 0.042 0.038 0.028 0.024 44 R 0.077 0.064 0.069 0.165 0.162 0.147 0.151 0.074 0.051 0.027 0.013 45 I 0.038 0.030 0.042 0.068 0.078 0.110 0.176 0.146 0.140 0.104 0.068 46 R 0.098 0.155 0.140 0.188 0.162 0.106 0.080 0.036 0.022 0.010 0.003 47 S 0.191 0.099 0.067 0.122 0.109 0.102 0.122 0.078 0.059 0.036 0.016 48 V 0.055 0.031 0.014 0.048 0.061 0.073 0.184 0.161 0.170 0.126 0.076 49 L 0.019 0.035 0.017 0.054 0.077 0.108 0.162 0.158 0.164 0.124 0.081 50 P 0.044 0.296 0.060 0.149 0.109 0.091 0.083 0.060 0.050 0.036 0.022 51 F 0.077 0.036 0.022 0.088 0.138 0.187 0.202 0.113 0.079 0.042 0.018 52 A 0.654 0.128 0.059 0.068 0.039 0.020 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 53 I 0.014 0.041 0.070 0.297 0.194 0.144 0.126 0.060 0.032 0.013 0.007 54 R 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.017 0.082 0.147 0.232 0.282 0.223 55 A 0.001 0.002 0.034 0.061 0.116 0.236 0.314 0.124 0.066 0.030 0.014 56 E 0.010 0.038 0.563 0.230 0.093 0.039 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 57 N 0.001 0.002 0.007 0.030 0.058 0.137 0.317 0.188 0.129 0.087 0.045 58 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.028 0.088 0.256 0.349 0.273 59 K 0.001 0.002 0.057 0.150 0.270 0.270 0.175 0.047 0.020 0.007 0.002 60 R 0.005 0.028 0.556 0.190 0.104 0.070 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.082 0.340 0.247 0.178 0.094 0.032 62 V 0.002 0.002 0.003 0.004 0.005 0.011 0.067 0.142 0.239 0.286 0.240 63 M 0.008 0.041 0.176 0.219 0.223 0.144 0.101 0.047 0.025 0.011 0.005 64 R 0.070 0.117 0.193 0.230 0.161 0.116 0.068 0.024 0.013 0.006 0.002 65 K 0.045 0.060 0.038 0.111 0.118 0.119 0.182 0.142 0.097 0.061 0.026 66 Y 0.207 0.117 0.038 0.124 0.118 0.128 0.125 0.068 0.043 0.021 0.011 67 G 0.280 0.178 0.068 0.175 0.127 0.072 0.053 0.022 0.013 0.006 0.003 68 F 0.006 0.005 0.002 0.010 0.015 0.028 0.095 0.160 0.238 0.255 0.186 69 E 0.056 0.201 0.090 0.276 0.178 0.096 0.060 0.020 0.012 0.006 0.004 70 P 0.006 0.007 0.004 0.017 0.025 0.042 0.101 0.162 0.232 0.219 0.186 71 E 0.148 0.159 0.067 0.175 0.144 0.108 0.097 0.047 0.027 0.016 0.012 72 I 0.054 0.101 0.049 0.183 0.159 0.126 0.142 0.080 0.057 0.032 0.017 73 V 0.006 0.005 0.003 0.015 0.026 0.045 0.103 0.134 0.198 0.221 0.243 74 K 0.160 0.240 0.124 0.249 0.123 0.049 0.031 0.011 0.006 0.003 0.002 75 I 0.047 0.043 0.032 0.093 0.103 0.126 0.212 0.132 0.104 0.072 0.037 76 T 0.211 0.170 0.076 0.185 0.116 0.079 0.065 0.036 0.027 0.019 0.015 77 N 0.078 0.091 0.029 0.112 0.112 0.111 0.155 0.106 0.096 0.070 0.040 78 P 0.137 0.128 0.052 0.112 0.093 0.086 0.106 0.083 0.084 0.068 0.051 79 Y 0.073 0.050 0.021 0.088 0.118 0.142 0.180 0.113 0.101 0.067 0.046 80 G 0.298 0.171 0.075 0.145 0.088 0.065 0.054 0.036 0.033 0.022 0.013 81 K 0.049 0.064 0.044 0.185 0.179 0.159 0.149 0.075 0.053 0.028 0.016 82 T 0.016 0.006 0.008 0.013 0.012 0.020 0.054 0.103 0.199 0.264 0.306 83 L 0.014 0.025 0.038 0.159 0.177 0.193 0.185 0.100 0.057 0.034 0.019 84 D 0.071 0.139 0.262 0.216 0.119 0.082 0.061 0.024 0.014 0.006 0.005 85 V 0.002 0.003 0.004 0.014 0.025 0.054 0.157 0.167 0.175 0.190 0.208 86 D 0.213 0.375 0.090 0.199 0.080 0.026 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 87 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.052 0.108 0.242 0.255 0.324 88 E 0.198 0.239 0.140 0.279 0.098 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 89 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.071 0.247 0.279 0.225 0.110 0.044 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.045 0.116 0.191 0.247 0.385 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.039 0.097 0.212 0.308 0.337 92 V 0.001 0.002 0.003 0.014 0.017 0.026 0.093 0.163 0.246 0.241 0.195 93 S 0.003 0.007 0.003 0.021 0.027 0.051 0.143 0.189 0.216 0.198 0.143 94 P 0.049 0.040 0.027 0.128 0.142 0.148 0.175 0.130 0.087 0.051 0.023 95 E 0.128 0.140 0.060 0.187 0.162 0.101 0.098 0.057 0.038 0.020 0.009 96 T 0.025 0.044 0.013 0.051 0.052 0.071 0.126 0.144 0.182 0.165 0.128 97 Y 0.021 0.022 0.016 0.063 0.099 0.151 0.196 0.140 0.141 0.091 0.062 98 E 0.159 0.129 0.087 0.155 0.115 0.101 0.109 0.060 0.046 0.027 0.014 99 M 0.027 0.048 0.053 0.134 0.120 0.139 0.179 0.121 0.097 0.056 0.025 100 A 0.028 0.014 0.023 0.039 0.041 0.056 0.128 0.143 0.202 0.190 0.136 101 L 0.053 0.042 0.124 0.173 0.130 0.125 0.139 0.087 0.066 0.041 0.020 102 K 0.011 0.045 0.235 0.191 0.154 0.134 0.120 0.053 0.036 0.015 0.005 103 I 0.006 0.009 0.022 0.031 0.041 0.089 0.213 0.184 0.185 0.144 0.077 104 N 0.061 0.058 0.099 0.144 0.130 0.129 0.169 0.097 0.068 0.033 0.010 105 Q 0.030 0.063 0.286 0.166 0.127 0.111 0.098 0.050 0.039 0.021 0.010 106 K 0.025 0.034 0.097 0.109 0.099 0.133 0.203 0.116 0.100 0.059 0.025 107 R 0.033 0.026 0.103 0.131 0.117 0.134 0.182 0.115 0.095 0.047 0.017 108 E 0.033 0.040 0.458 0.151 0.097 0.081 0.072 0.032 0.022 0.010 0.005 109 E 0.013 0.025 0.209 0.116 0.099 0.140 0.188 0.093 0.066 0.034 0.016 110 L 0.007 0.012 0.061 0.050 0.062 0.109 0.219 0.173 0.155 0.107 0.045 111 G 0.083 0.110 0.376 0.182 0.107 0.066 0.043 0.016 0.010 0.005 0.002 112 K 0.090 0.106 0.242 0.166 0.125 0.095 0.087 0.038 0.028 0.015 0.007 113 R 0.054 0.046 0.039 0.085 0.103 0.141 0.207 0.126 0.102 0.065 0.032 114 K 0.197 0.201 0.116 0.216 0.123 0.076 0.044 0.014 0.008 0.004 0.002 115 I 0.020 0.027 0.039 0.064 0.078 0.103 0.168 0.152 0.161 0.119 0.069 116 T 0.063 0.130 0.084 0.212 0.170 0.124 0.108 0.050 0.033 0.017 0.009 117 I 0.007 0.010 0.009 0.033 0.048 0.068 0.159 0.181 0.208 0.165 0.111 118 V 0.011 0.022 0.029 0.091 0.123 0.150 0.203 0.145 0.114 0.069 0.044 119 K 0.038 0.091 0.075 0.233 0.187 0.130 0.118 0.061 0.039 0.019 0.009 120 V 0.009 0.010 0.008 0.032 0.045 0.069 0.156 0.176 0.205 0.177 0.113 121 D 0.235 0.222 0.107 0.204 0.109 0.055 0.036 0.014 0.009 0.005 0.002 122 W 0.043 0.042 0.028 0.087 0.088 0.099 0.184 0.144 0.134 0.096 0.055 123 M 0.042 0.066 0.038 0.100 0.095 0.101 0.159 0.124 0.120 0.093 0.063 124 M 0.108 0.189 0.104 0.189 0.129 0.095 0.087 0.042 0.030 0.017 0.010 125 A 0.143 0.097 0.058 0.140 0.118 0.113 0.130 0.080 0.061 0.038 0.023 126 E 0.530 0.177 0.074 0.092 0.050 0.030 0.021 0.010 0.008 0.005 0.004 127 D 0.328 0.209 0.077 0.159 0.091 0.055 0.046 0.017 0.011 0.005 0.003 128 G 0.291 0.126 0.040 0.098 0.112 0.090 0.090 0.058 0.046 0.030 0.020 129 K 0.153 0.241 0.091 0.202 0.138 0.081 0.056 0.022 0.010 0.005 0.002 130 P 0.087 0.082 0.046 0.208 0.212 0.167 0.125 0.040 0.020 0.008 0.003 131 I 0.004 0.005 0.003 0.015 0.026 0.047 0.140 0.206 0.227 0.194 0.134 132 S 0.013 0.063 0.030 0.126 0.135 0.137 0.175 0.126 0.091 0.066 0.038 133 S 0.010 0.015 0.013 0.039 0.059 0.092 0.163 0.181 0.195 0.140 0.095 134 T 0.205 0.109 0.055 0.139 0.111 0.100 0.120 0.069 0.048 0.029 0.015 135 R 0.022 0.060 0.053 0.216 0.225 0.150 0.147 0.069 0.034 0.016 0.007 136 I 0.007 0.008 0.014 0.019 0.017 0.020 0.058 0.089 0.186 0.284 0.297 137 K 0.012 0.020 0.096 0.144 0.160 0.191 0.207 0.082 0.054 0.024 0.010 138 R 0.026 0.072 0.313 0.308 0.135 0.069 0.046 0.017 0.009 0.004 0.001 139 G 0.038 0.048 0.094 0.073 0.084 0.132 0.218 0.128 0.095 0.058 0.032 140 E 0.066 0.067 0.124 0.145 0.113 0.104 0.149 0.086 0.077 0.046 0.023 141 I 0.045 0.075 0.139 0.104 0.114 0.108 0.170 0.100 0.075 0.045 0.024 142 D 0.153 0.198 0.202 0.196 0.115 0.061 0.042 0.017 0.010 0.004 0.001 143 R 0.695 0.124 0.049 0.050 0.032 0.019 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 144 Y 0.168 0.177 0.042 0.121 0.109 0.099 0.122 0.071 0.048 0.030 0.012 145 G 0.525 0.173 0.040 0.082 0.058 0.039 0.032 0.021 0.016 0.009 0.004 146 G 0.601 0.132 0.035 0.086 0.054 0.036 0.029 0.013 0.008 0.004 0.002 147 I 0.141 0.135 0.065 0.121 0.107 0.097 0.116 0.088 0.065 0.043 0.021 148 I 0.205 0.184 0.048 0.146 0.126 0.083 0.070 0.055 0.042 0.027 0.015