# TARGET T0507 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2067 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.942 2 K 0.898 0.013 0.001 0.001 0.008 0.003 0.077 3 V 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 4 A 0.973 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 5 L 0.906 0.010 0.003 0.002 0.005 0.008 0.066 6 G 0.612 0.006 0.003 0.001 0.084 0.067 0.227 7 G 0.247 0.007 0.008 0.001 0.274 0.127 0.336 8 T 0.168 0.050 0.014 0.004 0.288 0.109 0.367 9 F 0.104 0.044 0.028 0.015 0.301 0.127 0.381 10 E 0.039 0.021 0.039 0.022 0.313 0.093 0.473 11 P 0.014 0.017 0.170 0.129 0.132 0.375 0.163 12 L 0.007 0.014 0.102 0.200 0.103 0.302 0.272 13 H 0.003 0.016 0.052 0.513 0.075 0.068 0.273 14 E 0.001 0.001 0.016 0.922 0.009 0.047 0.005 15 G 0.001 0.001 0.013 0.921 0.005 0.047 0.013 16 H 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 17 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 20 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 25 K 0.001 0.001 0.002 0.937 0.001 0.060 0.001 26 L 0.001 0.001 0.004 0.737 0.006 0.240 0.013 27 G 0.001 0.001 0.009 0.203 0.022 0.668 0.098 28 G 0.001 0.003 0.016 0.008 0.072 0.530 0.370 29 R 0.011 0.002 0.018 0.001 0.204 0.064 0.700 30 D 0.034 0.001 0.008 0.001 0.468 0.037 0.451 31 I 0.767 0.005 0.009 0.001 0.038 0.014 0.166 32 T 0.966 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 33 I 0.988 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 34 G 0.956 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.037 35 V 0.825 0.004 0.002 0.002 0.020 0.007 0.140 36 T 0.492 0.014 0.004 0.002 0.085 0.029 0.374 37 S 0.134 0.019 0.011 0.006 0.266 0.071 0.493 38 D 0.072 0.010 0.020 0.046 0.379 0.047 0.426 39 R 0.018 0.005 0.069 0.427 0.179 0.117 0.185 40 M 0.009 0.006 0.087 0.602 0.055 0.109 0.132 41 A 0.016 0.007 0.093 0.706 0.025 0.087 0.065 42 R 0.027 0.008 0.060 0.724 0.025 0.080 0.076 43 A 0.029 0.006 0.063 0.642 0.058 0.109 0.093 44 R 0.027 0.005 0.038 0.515 0.056 0.269 0.090 45 I 0.040 0.016 0.030 0.214 0.142 0.295 0.264 46 R 0.038 0.013 0.015 0.017 0.245 0.053 0.618 47 S 0.045 0.011 0.028 0.014 0.165 0.157 0.581 48 V 0.061 0.055 0.023 0.016 0.165 0.140 0.540 49 L 0.042 0.036 0.001 0.008 0.310 0.005 0.598 50 P 0.014 0.018 0.001 0.009 0.040 0.002 0.916 51 F 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.004 0.002 52 A 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.007 0.992 0.001 0.001 0.001 54 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 57 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 62 V 0.001 0.001 0.009 0.939 0.003 0.044 0.004 63 M 0.002 0.002 0.042 0.726 0.014 0.205 0.008 64 R 0.003 0.001 0.036 0.522 0.025 0.396 0.018 65 K 0.014 0.002 0.034 0.207 0.264 0.196 0.283 66 Y 0.021 0.006 0.018 0.053 0.297 0.313 0.293 67 G 0.258 0.012 0.012 0.005 0.107 0.225 0.382 68 F 0.608 0.022 0.001 0.001 0.025 0.002 0.342 69 E 0.834 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.154 70 P 0.717 0.004 0.002 0.001 0.010 0.001 0.265 71 E 0.766 0.005 0.006 0.002 0.031 0.003 0.186 72 I 0.692 0.008 0.028 0.007 0.042 0.010 0.213 73 V 0.464 0.026 0.035 0.014 0.074 0.026 0.361 74 K 0.358 0.019 0.033 0.017 0.091 0.064 0.418 75 I 0.220 0.014 0.023 0.012 0.170 0.150 0.410 76 T 0.193 0.044 0.016 0.015 0.257 0.132 0.343 77 N 0.088 0.010 0.004 0.009 0.354 0.023 0.510 78 P 0.083 0.020 0.014 0.026 0.080 0.055 0.723 79 Y 0.096 0.023 0.113 0.245 0.089 0.215 0.220 80 G 0.085 0.007 0.123 0.224 0.195 0.185 0.181 81 K 0.124 0.019 0.096 0.404 0.075 0.069 0.215 82 T 0.245 0.026 0.061 0.421 0.047 0.034 0.165 83 L 0.245 0.010 0.068 0.418 0.066 0.081 0.114 84 D 0.319 0.013 0.061 0.237 0.066 0.173 0.132 85 V 0.215 0.017 0.020 0.121 0.199 0.171 0.257 86 D 0.129 0.014 0.006 0.004 0.057 0.088 0.702 87 F 0.111 0.007 0.043 0.005 0.083 0.159 0.592 88 E 0.190 0.001 0.036 0.003 0.569 0.108 0.093 89 Y 0.954 0.001 0.013 0.001 0.004 0.005 0.022 90 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 91 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 92 V 0.888 0.005 0.001 0.002 0.005 0.001 0.098 93 S 0.146 0.002 0.001 0.002 0.074 0.008 0.768 94 P 0.017 0.003 0.113 0.035 0.157 0.575 0.100 95 E 0.013 0.007 0.206 0.080 0.083 0.524 0.086 96 T 0.038 0.012 0.244 0.235 0.093 0.177 0.202 97 Y 0.050 0.015 0.057 0.524 0.106 0.086 0.162 98 E 0.029 0.005 0.045 0.647 0.056 0.107 0.110 99 M 0.011 0.004 0.018 0.817 0.034 0.048 0.068 100 A 0.007 0.001 0.010 0.920 0.011 0.021 0.030 101 L 0.007 0.001 0.012 0.925 0.008 0.024 0.023 102 K 0.005 0.001 0.005 0.943 0.006 0.019 0.020 103 I 0.003 0.001 0.002 0.950 0.005 0.032 0.007 104 N 0.003 0.001 0.001 0.869 0.007 0.110 0.009 105 Q 0.008 0.002 0.003 0.822 0.029 0.046 0.091 106 K 0.008 0.002 0.004 0.883 0.018 0.014 0.071 107 R 0.009 0.003 0.014 0.911 0.011 0.013 0.038 108 E 0.008 0.001 0.038 0.891 0.011 0.028 0.023 109 E 0.007 0.001 0.034 0.839 0.014 0.075 0.029 110 L 0.011 0.006 0.047 0.530 0.020 0.327 0.059 111 G 0.006 0.002 0.047 0.143 0.031 0.672 0.099 112 K 0.022 0.003 0.093 0.093 0.115 0.369 0.304 113 R 0.045 0.008 0.045 0.030 0.314 0.141 0.417 114 K 0.089 0.007 0.025 0.009 0.193 0.112 0.566 115 I 0.413 0.013 0.009 0.004 0.073 0.016 0.472 116 T 0.751 0.008 0.003 0.003 0.023 0.006 0.206 117 I 0.952 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.036 118 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 119 K 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 120 V 0.879 0.004 0.001 0.002 0.014 0.002 0.097 121 D 0.616 0.003 0.004 0.004 0.056 0.018 0.299 122 W 0.343 0.011 0.026 0.014 0.129 0.067 0.411 123 M 0.392 0.033 0.027 0.019 0.123 0.056 0.350 124 M 0.350 0.057 0.047 0.021 0.143 0.076 0.307 125 A 0.130 0.021 0.063 0.013 0.140 0.095 0.539 126 E 0.046 0.008 0.097 0.014 0.158 0.518 0.159 127 D 0.009 0.003 0.037 0.005 0.118 0.782 0.047 128 G 0.023 0.004 0.022 0.004 0.448 0.344 0.155 129 K 0.086 0.022 0.002 0.002 0.239 0.012 0.636 130 P 0.400 0.088 0.002 0.003 0.049 0.009 0.450 131 I 0.638 0.057 0.001 0.005 0.052 0.006 0.242 132 S 0.736 0.011 0.002 0.016 0.039 0.014 0.182 133 S 0.489 0.010 0.009 0.160 0.072 0.027 0.233 134 T 0.229 0.005 0.008 0.504 0.105 0.019 0.129 135 R 0.087 0.002 0.011 0.837 0.015 0.010 0.039 136 I 0.097 0.003 0.011 0.846 0.004 0.008 0.031 137 K 0.049 0.003 0.007 0.887 0.007 0.015 0.032 138 R 0.017 0.001 0.012 0.915 0.009 0.026 0.020 139 G 0.015 0.001 0.026 0.854 0.008 0.073 0.023 140 E 0.020 0.003 0.039 0.801 0.013 0.069 0.055 141 I 0.021 0.008 0.042 0.762 0.029 0.094 0.044 142 D 0.009 0.007 0.040 0.572 0.026 0.308 0.039 143 R 0.004 0.002 0.027 0.210 0.126 0.526 0.105 144 Y 0.005 0.003 0.026 0.053 0.257 0.158 0.498 145 G 0.004 0.004 0.051 0.027 0.165 0.605 0.144 146 G 0.016 0.015 0.049 0.015 0.199 0.473 0.235 147 I 0.038 0.037 0.011 0.013 0.130 0.018 0.752 148 I 0.026 0.015 0.003 0.006 0.018 0.006 0.925