# TARGET T0507 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0507.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2067 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.228 0.216 0.214 0.157 0.073 0.012 2 K 0.011 0.034 0.114 0.297 0.351 0.169 0.024 3 V 0.004 0.006 0.012 0.034 0.126 0.525 0.293 4 A 0.001 0.002 0.002 0.006 0.042 0.334 0.614 5 L 0.001 0.001 0.005 0.021 0.071 0.224 0.678 6 G 0.001 0.002 0.004 0.011 0.045 0.219 0.718 7 G 0.001 0.001 0.004 0.016 0.074 0.315 0.590 8 T 0.001 0.002 0.009 0.034 0.103 0.320 0.532 9 F 0.001 0.001 0.003 0.012 0.061 0.322 0.599 10 E 0.003 0.008 0.019 0.061 0.171 0.365 0.372 11 P 0.001 0.004 0.010 0.028 0.091 0.347 0.518 12 L 0.002 0.006 0.011 0.033 0.105 0.372 0.470 13 H 0.004 0.025 0.057 0.128 0.238 0.372 0.175 14 E 0.016 0.082 0.149 0.213 0.263 0.194 0.082 15 G 0.003 0.024 0.074 0.186 0.292 0.313 0.107 16 H 0.001 0.003 0.008 0.045 0.207 0.554 0.183 17 K 0.006 0.068 0.238 0.359 0.238 0.084 0.007 18 K 0.008 0.080 0.279 0.357 0.212 0.058 0.005 19 L 0.001 0.002 0.004 0.014 0.116 0.657 0.206 20 I 0.001 0.003 0.012 0.100 0.355 0.477 0.053 21 D 0.011 0.236 0.440 0.245 0.057 0.010 0.001 22 V 0.002 0.018 0.130 0.458 0.338 0.053 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.020 0.188 0.690 0.098 24 I 0.003 0.050 0.214 0.409 0.268 0.054 0.002 25 K 0.072 0.503 0.285 0.102 0.029 0.007 0.001 26 L 0.008 0.064 0.206 0.394 0.250 0.072 0.006 27 G 0.017 0.063 0.139 0.299 0.340 0.133 0.009 28 G 0.213 0.405 0.211 0.107 0.049 0.013 0.001 29 R 0.102 0.302 0.277 0.208 0.089 0.020 0.003 30 D 0.016 0.159 0.234 0.299 0.199 0.081 0.012 31 I 0.001 0.003 0.028 0.187 0.420 0.306 0.055 32 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.445 0.496 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.257 0.721 34 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.082 0.914 35 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.926 36 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.240 0.726 37 S 0.001 0.002 0.010 0.053 0.189 0.389 0.358 38 D 0.004 0.037 0.101 0.213 0.264 0.261 0.119 39 R 0.041 0.128 0.167 0.209 0.213 0.186 0.056 40 M 0.049 0.074 0.118 0.198 0.254 0.235 0.071 41 A 0.091 0.098 0.133 0.201 0.226 0.187 0.064 42 R 0.177 0.194 0.200 0.192 0.124 0.084 0.030 43 A 0.264 0.249 0.173 0.146 0.093 0.058 0.017 44 R 0.217 0.236 0.200 0.159 0.103 0.064 0.022 45 I 0.136 0.160 0.184 0.216 0.181 0.103 0.021 46 R 0.319 0.276 0.176 0.115 0.064 0.036 0.014 47 S 0.133 0.192 0.180 0.194 0.154 0.113 0.033 48 V 0.038 0.061 0.096 0.167 0.234 0.299 0.105 49 L 0.050 0.079 0.121 0.198 0.229 0.225 0.098 50 P 0.114 0.246 0.222 0.168 0.123 0.089 0.039 51 F 0.047 0.097 0.155 0.260 0.263 0.143 0.034 52 A 0.245 0.345 0.227 0.101 0.049 0.024 0.009 53 I 0.043 0.194 0.285 0.265 0.149 0.054 0.010 54 R 0.005 0.017 0.038 0.124 0.321 0.396 0.100 55 A 0.003 0.027 0.084 0.280 0.366 0.213 0.025 56 E 0.031 0.227 0.360 0.271 0.085 0.024 0.002 57 N 0.004 0.017 0.071 0.200 0.370 0.309 0.030 58 V 0.002 0.002 0.003 0.012 0.103 0.573 0.305 59 K 0.009 0.046 0.167 0.365 0.273 0.124 0.015 60 R 0.025 0.222 0.318 0.288 0.113 0.030 0.004 61 Y 0.006 0.019 0.058 0.219 0.366 0.290 0.044 62 V 0.008 0.026 0.071 0.205 0.367 0.261 0.063 63 M 0.139 0.312 0.228 0.148 0.099 0.058 0.017 64 R 0.166 0.291 0.238 0.178 0.088 0.031 0.009 65 K 0.052 0.142 0.194 0.248 0.211 0.123 0.030 66 Y 0.059 0.128 0.204 0.252 0.200 0.121 0.036 67 G 0.070 0.164 0.200 0.218 0.184 0.123 0.041 68 F 0.017 0.021 0.041 0.120 0.276 0.400 0.126 69 E 0.035 0.097 0.162 0.253 0.242 0.170 0.041 70 P 0.021 0.034 0.070 0.152 0.271 0.345 0.106 71 E 0.091 0.217 0.229 0.223 0.145 0.075 0.020 72 I 0.109 0.197 0.212 0.205 0.158 0.098 0.022 73 V 0.061 0.100 0.147 0.232 0.273 0.163 0.025 74 K 0.273 0.301 0.218 0.126 0.057 0.021 0.004 75 I 0.096 0.180 0.256 0.247 0.151 0.061 0.009 76 T 0.262 0.246 0.198 0.155 0.097 0.037 0.005 77 N 0.117 0.212 0.259 0.221 0.133 0.050 0.009 78 P 0.093 0.159 0.195 0.247 0.196 0.097 0.012 79 Y 0.026 0.080 0.188 0.315 0.272 0.110 0.009 80 G 0.201 0.403 0.242 0.110 0.035 0.009 0.001 81 K 0.024 0.137 0.304 0.321 0.164 0.048 0.003 82 T 0.007 0.012 0.035 0.169 0.464 0.299 0.014 83 L 0.055 0.328 0.370 0.189 0.050 0.009 0.001 84 D 0.178 0.405 0.255 0.125 0.032 0.005 0.001 85 V 0.008 0.066 0.227 0.386 0.267 0.045 0.001 86 D 0.160 0.532 0.236 0.061 0.010 0.001 0.001 87 F 0.001 0.006 0.050 0.272 0.469 0.194 0.008 88 E 0.015 0.116 0.251 0.301 0.221 0.089 0.008 89 Y 0.001 0.001 0.010 0.059 0.252 0.584 0.094 90 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.043 0.448 0.501 91 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.055 0.311 0.623 92 V 0.001 0.002 0.006 0.030 0.122 0.360 0.480 93 S 0.001 0.007 0.021 0.073 0.209 0.425 0.264 94 P 0.023 0.104 0.172 0.226 0.207 0.193 0.075 95 E 0.032 0.109 0.184 0.249 0.232 0.159 0.035 96 T 0.071 0.062 0.084 0.170 0.277 0.274 0.063 97 Y 0.102 0.122 0.182 0.249 0.205 0.118 0.023 98 E 0.265 0.259 0.191 0.133 0.078 0.057 0.018 99 M 0.183 0.184 0.179 0.182 0.140 0.102 0.030 100 A 0.126 0.133 0.161 0.206 0.204 0.144 0.027 101 L 0.276 0.210 0.162 0.148 0.111 0.074 0.020 102 K 0.203 0.218 0.200 0.174 0.123 0.069 0.013 103 I 0.107 0.134 0.174 0.233 0.218 0.119 0.014 104 N 0.261 0.266 0.203 0.149 0.079 0.036 0.006 105 Q 0.189 0.246 0.236 0.184 0.103 0.039 0.004 106 K 0.155 0.159 0.178 0.228 0.190 0.083 0.007 107 R 0.213 0.241 0.226 0.192 0.097 0.028 0.002 108 E 0.271 0.326 0.230 0.122 0.040 0.010 0.001 109 E 0.165 0.224 0.242 0.227 0.111 0.030 0.002 110 L 0.165 0.226 0.245 0.223 0.111 0.029 0.002 111 G 0.552 0.290 0.104 0.039 0.012 0.003 0.001 112 K 0.389 0.286 0.179 0.101 0.036 0.009 0.001 113 R 0.114 0.170 0.241 0.262 0.158 0.052 0.003 114 K 0.321 0.375 0.190 0.078 0.026 0.009 0.001 115 I 0.073 0.138 0.222 0.278 0.206 0.075 0.008 116 T 0.060 0.138 0.200 0.240 0.213 0.130 0.019 117 I 0.027 0.063 0.118 0.217 0.281 0.250 0.045 118 V 0.021 0.042 0.093 0.200 0.308 0.284 0.052 119 K 0.057 0.186 0.247 0.227 0.163 0.101 0.018 120 V 0.025 0.041 0.093 0.227 0.342 0.237 0.035 121 D 0.233 0.296 0.219 0.140 0.072 0.034 0.007 122 W 0.093 0.142 0.192 0.245 0.210 0.105 0.013 123 M 0.123 0.154 0.196 0.249 0.191 0.078 0.008 124 M 0.324 0.324 0.201 0.104 0.037 0.010 0.001 125 A 0.513 0.261 0.124 0.071 0.026 0.006 0.001 126 E 0.754 0.166 0.048 0.022 0.008 0.002 0.001 127 D 0.700 0.207 0.067 0.021 0.004 0.001 0.001 128 G 0.388 0.291 0.189 0.101 0.027 0.004 0.001 129 K 0.387 0.326 0.179 0.078 0.024 0.004 0.001 130 P 0.213 0.315 0.253 0.148 0.057 0.013 0.001 131 I 0.024 0.045 0.105 0.240 0.333 0.224 0.029 132 S 0.024 0.068 0.124 0.213 0.261 0.257 0.053 133 S 0.017 0.043 0.087 0.170 0.250 0.319 0.114 134 T 0.030 0.066 0.115 0.210 0.262 0.239 0.077 135 R 0.072 0.195 0.241 0.223 0.145 0.097 0.029 136 I 0.038 0.055 0.092 0.213 0.297 0.254 0.051 137 K 0.150 0.233 0.241 0.204 0.122 0.045 0.006 138 R 0.274 0.315 0.226 0.122 0.050 0.013 0.002 139 G 0.262 0.292 0.241 0.143 0.051 0.011 0.001 140 E 0.279 0.247 0.224 0.165 0.069 0.015 0.001 141 I 0.491 0.258 0.135 0.082 0.029 0.005 0.001 142 D 0.708 0.194 0.066 0.025 0.006 0.001 0.001 143 R 0.818 0.137 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 144 Y 0.734 0.176 0.060 0.024 0.006 0.001 0.001 145 G 0.800 0.142 0.040 0.014 0.003 0.001 0.001 146 G 0.720 0.201 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 147 I 0.378 0.266 0.191 0.120 0.039 0.006 0.001 148 I 0.363 0.246 0.184 0.137 0.058 0.012 0.001