# TARGET T0506 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0506.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 157 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.121 0.021 0.020 0.036 0.187 0.614 2 L 0.104 0.026 0.018 0.030 0.253 0.568 3 D 0.094 0.033 0.030 0.028 0.281 0.534 4 V 0.058 0.023 0.036 0.028 0.364 0.491 5 A 0.041 0.022 0.085 0.037 0.449 0.366 6 P 0.042 0.030 0.063 0.026 0.417 0.421 7 P 0.049 0.034 0.083 0.036 0.410 0.389 8 V 0.055 0.028 0.043 0.037 0.356 0.480 9 I 0.075 0.035 0.050 0.044 0.321 0.475 10 T 0.063 0.040 0.052 0.059 0.349 0.437 11 P 0.045 0.021 0.072 0.086 0.361 0.415 12 R 0.042 0.020 0.072 0.087 0.381 0.398 13 G 0.045 0.017 0.081 0.108 0.377 0.371 14 T 0.064 0.033 0.076 0.102 0.354 0.371 15 K 0.080 0.029 0.064 0.087 0.340 0.401 16 I 0.084 0.021 0.059 0.080 0.350 0.406 17 E 0.080 0.032 0.047 0.056 0.363 0.422 18 P 0.054 0.016 0.050 0.058 0.366 0.455 19 S 0.042 0.021 0.052 0.060 0.351 0.475 20 A 0.032 0.017 0.028 0.048 0.331 0.544 21 G 0.020 0.012 0.013 0.037 0.225 0.693 22 A 0.008 0.010 0.007 0.028 0.183 0.764 23 P 0.005 0.005 0.012 0.072 0.197 0.708 24 F 0.003 0.002 0.044 0.511 0.190 0.250 25 E 0.003 0.004 0.049 0.582 0.166 0.195 26 A 0.002 0.002 0.034 0.812 0.077 0.074 27 V 0.001 0.001 0.010 0.925 0.027 0.036 28 R 0.001 0.001 0.007 0.947 0.019 0.026 29 V 0.001 0.001 0.006 0.985 0.004 0.004 30 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 31 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 32 D 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 33 V 0.001 0.001 0.002 0.982 0.007 0.008 34 L 0.001 0.001 0.009 0.969 0.013 0.008 35 H 0.001 0.001 0.014 0.938 0.029 0.017 36 T 0.002 0.001 0.017 0.913 0.035 0.033 37 S 0.006 0.003 0.019 0.790 0.072 0.111 38 R 0.018 0.004 0.025 0.490 0.155 0.307 39 T 0.065 0.006 0.063 0.388 0.215 0.264 40 A 0.176 0.014 0.121 0.212 0.253 0.224 41 A 0.384 0.019 0.109 0.120 0.178 0.191 42 L 0.544 0.006 0.075 0.081 0.121 0.173 43 A 0.540 0.005 0.040 0.056 0.102 0.256 44 T 0.672 0.018 0.017 0.032 0.082 0.178 45 L 0.671 0.027 0.013 0.026 0.083 0.180 46 D 0.520 0.027 0.013 0.017 0.150 0.274 47 P 0.149 0.017 0.087 0.033 0.513 0.202 48 V 0.019 0.009 0.142 0.024 0.732 0.074 49 S 0.023 0.006 0.053 0.010 0.805 0.103 50 G 0.031 0.021 0.019 0.004 0.743 0.183 51 Y 0.128 0.115 0.004 0.001 0.512 0.241 52 P 0.259 0.048 0.006 0.002 0.403 0.282 53 Y 0.268 0.019 0.016 0.005 0.443 0.250 54 T 0.407 0.019 0.009 0.003 0.279 0.283 55 T 0.588 0.021 0.007 0.006 0.108 0.270 56 A 0.750 0.019 0.008 0.007 0.063 0.153 57 T 0.781 0.010 0.009 0.007 0.063 0.130 58 N 0.759 0.016 0.016 0.007 0.071 0.130 59 I 0.642 0.014 0.017 0.006 0.110 0.211 60 G 0.447 0.027 0.031 0.007 0.224 0.264 61 I 0.407 0.147 0.013 0.004 0.179 0.250 62 E 0.054 0.046 0.008 0.004 0.866 0.023 63 P 0.005 0.001 0.020 0.008 0.959 0.008 64 D 0.003 0.001 0.004 0.002 0.983 0.008 65 G 0.028 0.016 0.004 0.004 0.929 0.019 66 T 0.272 0.021 0.001 0.004 0.186 0.516 67 P 0.775 0.037 0.002 0.009 0.051 0.126 68 F 0.966 0.003 0.002 0.004 0.012 0.014 69 F 0.974 0.003 0.001 0.005 0.007 0.011 70 F 0.917 0.008 0.005 0.022 0.017 0.032 71 A 0.701 0.007 0.026 0.076 0.060 0.130 72 A 0.258 0.007 0.086 0.151 0.190 0.308 73 G 0.053 0.003 0.254 0.349 0.210 0.129 74 L 0.025 0.005 0.187 0.479 0.212 0.092 75 T 0.020 0.008 0.107 0.628 0.173 0.065 76 L 0.017 0.003 0.064 0.751 0.121 0.044 77 H 0.023 0.005 0.041 0.674 0.158 0.098 78 A 0.012 0.003 0.032 0.868 0.062 0.023 79 R 0.010 0.002 0.029 0.883 0.054 0.021 80 N 0.008 0.003 0.060 0.806 0.088 0.035 81 M 0.009 0.003 0.102 0.724 0.123 0.039 82 E 0.020 0.015 0.070 0.624 0.204 0.068 83 T 0.031 0.035 0.064 0.466 0.259 0.145 84 D 0.017 0.007 0.014 0.037 0.703 0.223 85 A 0.013 0.002 0.056 0.018 0.681 0.231 86 R 0.133 0.025 0.049 0.009 0.587 0.196 87 I 0.447 0.015 0.031 0.006 0.338 0.163 88 S 0.739 0.005 0.007 0.003 0.064 0.183 89 V 0.950 0.009 0.002 0.001 0.011 0.027 90 T 0.961 0.002 0.001 0.001 0.010 0.025 91 L 0.929 0.002 0.001 0.002 0.015 0.051 92 A 0.771 0.006 0.002 0.003 0.057 0.160 93 P 0.468 0.023 0.005 0.005 0.163 0.335 94 F 0.126 0.018 0.014 0.009 0.369 0.464 95 G 0.035 0.022 0.017 0.006 0.732 0.188 96 K 0.014 0.009 0.025 0.009 0.785 0.158 97 G 0.009 0.014 0.027 0.009 0.780 0.162 98 D 0.017 0.023 0.025 0.007 0.766 0.163 99 A 0.016 0.017 0.191 0.016 0.612 0.148 100 L 0.023 0.011 0.256 0.011 0.580 0.120 101 T 0.074 0.012 0.221 0.007 0.538 0.148 102 L 0.245 0.013 0.023 0.003 0.389 0.327 103 P 0.413 0.011 0.008 0.001 0.196 0.371 104 R 0.833 0.011 0.002 0.001 0.047 0.107 105 L 0.930 0.002 0.001 0.001 0.018 0.049 106 T 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 107 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 108 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 109 G 0.964 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 110 R 0.964 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 111 A 0.944 0.004 0.001 0.001 0.009 0.043 112 D 0.905 0.003 0.001 0.001 0.019 0.072 113 R 0.716 0.015 0.002 0.001 0.047 0.219 114 I 0.128 0.012 0.002 0.001 0.121 0.735 115 G 0.020 0.006 0.008 0.005 0.390 0.571 116 P 0.002 0.001 0.178 0.068 0.605 0.145 117 D 0.002 0.003 0.268 0.118 0.524 0.086 118 E 0.002 0.004 0.255 0.223 0.414 0.102 119 V 0.004 0.002 0.057 0.463 0.223 0.251 120 P 0.004 0.002 0.025 0.670 0.162 0.136 121 L 0.002 0.003 0.039 0.843 0.074 0.039 122 A 0.005 0.003 0.042 0.872 0.053 0.026 123 I 0.003 0.001 0.021 0.941 0.021 0.013 124 A 0.001 0.001 0.006 0.974 0.012 0.007 125 R 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.005 126 Y 0.001 0.001 0.005 0.981 0.008 0.004 127 I 0.001 0.001 0.016 0.970 0.010 0.004 128 A 0.001 0.001 0.017 0.955 0.017 0.008 129 R 0.001 0.002 0.013 0.907 0.028 0.049 130 Y 0.003 0.003 0.024 0.239 0.252 0.478 131 P 0.002 0.002 0.250 0.130 0.395 0.221 132 K 0.002 0.002 0.553 0.095 0.308 0.039 133 A 0.010 0.005 0.478 0.061 0.414 0.032 134 K 0.037 0.008 0.273 0.094 0.455 0.134 135 L 0.092 0.020 0.156 0.100 0.384 0.248 136 Y 0.107 0.040 0.160 0.077 0.426 0.190 137 L 0.134 0.028 0.114 0.061 0.386 0.276 138 S 0.142 0.022 0.073 0.041 0.431 0.291 139 L 0.070 0.017 0.115 0.043 0.641 0.114 140 P 0.038 0.003 0.062 0.018 0.733 0.147 141 D 0.093 0.007 0.089 0.013 0.657 0.142 142 T 0.411 0.008 0.025 0.008 0.381 0.167 143 R 0.761 0.006 0.007 0.006 0.073 0.147 144 L 0.964 0.003 0.001 0.001 0.008 0.023 145 Y 0.975 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 146 R 0.980 0.002 0.001 0.001 0.005 0.012 147 L 0.943 0.001 0.001 0.001 0.011 0.044 148 R 0.880 0.004 0.001 0.001 0.024 0.089 149 T 0.767 0.005 0.009 0.011 0.061 0.147 150 E 0.843 0.003 0.011 0.012 0.052 0.080 151 G 0.944 0.003 0.004 0.007 0.016 0.026 152 V 0.962 0.002 0.002 0.005 0.011 0.018 153 Q 0.966 0.002 0.001 0.006 0.009 0.016 154 I 0.954 0.004 0.002 0.006 0.014 0.020 155 N 0.742 0.009 0.007 0.032 0.103 0.107 156 G 0.148 0.008 0.034 0.069 0.513 0.229 157 G 0.065 0.005 0.038 0.029 0.717 0.146 158 P 0.145 0.025 0.052 0.034 0.606 0.138 159 A 0.265 0.020 0.042 0.034 0.443 0.196 160 R 0.622 0.012 0.033 0.023 0.190 0.120 161 N 0.714 0.016 0.041 0.018 0.100 0.112 162 A 0.810 0.007 0.025 0.013 0.080 0.066 163 S 0.836 0.011 0.022 0.014 0.063 0.054 164 N 0.545 0.034 0.008 0.017 0.111 0.285 165 I 0.119 0.012 0.005 0.042 0.257 0.566 166 T 0.005 0.001 0.163 0.550 0.217 0.064 167 P 0.005 0.002 0.177 0.586 0.206 0.024 168 A 0.002 0.001 0.217 0.638 0.130 0.012 169 D 0.009 0.003 0.103 0.692 0.132 0.061 170 L 0.009 0.003 0.068 0.784 0.097 0.039 171 R 0.014 0.004 0.049 0.566 0.220 0.147 172 T 0.013 0.006 0.043 0.273 0.284 0.381 173 D 0.008 0.007 0.039 0.133 0.341 0.473 174 L 0.010 0.004 0.142 0.260 0.348 0.236 175 S 0.012 0.008 0.129 0.277 0.346 0.228 176 G 0.016 0.005 0.088 0.420 0.239 0.232 177 A 0.012 0.002 0.050 0.654 0.121 0.160 178 E 0.009 0.003 0.035 0.729 0.094 0.131 179 E 0.005 0.002 0.053 0.806 0.083 0.052 180 L 0.006 0.002 0.045 0.786 0.087 0.075 181 M 0.004 0.002 0.040 0.757 0.103 0.094 182 A 0.002 0.001 0.031 0.810 0.070 0.085 183 A 0.002 0.002 0.020 0.782 0.059 0.134 184 A 0.001 0.001 0.009 0.893 0.032 0.063 185 E 0.001 0.001 0.005 0.935 0.026 0.032 186 S 0.001 0.001 0.009 0.927 0.033 0.029 187 E 0.001 0.001 0.016 0.956 0.020 0.008 188 A 0.001 0.001 0.031 0.928 0.027 0.011 189 T 0.001 0.001 0.040 0.897 0.043 0.018 190 R 0.002 0.001 0.038 0.812 0.090 0.057 191 L 0.005 0.010 0.033 0.557 0.211 0.184 192 N 0.007 0.019 0.020 0.240 0.469 0.244 193 A 0.005 0.004 0.037 0.341 0.506 0.108 194 I 0.003 0.005 0.048 0.391 0.380 0.173 195 K 0.003 0.005 0.021 0.488 0.182 0.300 196 G 0.001 0.001 0.005 0.906 0.030 0.059 197 E 0.001 0.001 0.002 0.973 0.011 0.013 198 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.003 199 S 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 200 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.007 0.003 201 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 202 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 203 V 0.001 0.001 0.006 0.975 0.012 0.006 204 L 0.001 0.001 0.010 0.950 0.026 0.013 205 A 0.001 0.001 0.016 0.895 0.046 0.041 206 G 0.003 0.003 0.019 0.625 0.180 0.170 207 A 0.010 0.007 0.037 0.277 0.316 0.352 208 K 0.021 0.011 0.021 0.048 0.496 0.403 209 T 0.037 0.007 0.042 0.021 0.660 0.234 210 G 0.058 0.003 0.039 0.011 0.575 0.314 211 R 0.474 0.010 0.035 0.006 0.299 0.176 212 W 0.851 0.010 0.008 0.002 0.057 0.072 213 K 0.916 0.003 0.005 0.001 0.023 0.052 214 I 0.964 0.002 0.002 0.001 0.009 0.022 215 T 0.941 0.002 0.001 0.001 0.014 0.042 216 S 0.873 0.005 0.001 0.001 0.040 0.080 217 I 0.693 0.063 0.002 0.001 0.070 0.171 218 D 0.272 0.042 0.005 0.003 0.561 0.117 219 P 0.025 0.002 0.056 0.008 0.880 0.030 220 D 0.021 0.002 0.042 0.004 0.905 0.027 221 G 0.095 0.020 0.063 0.005 0.778 0.038 222 I 0.421 0.027 0.012 0.006 0.194 0.340 223 D 0.760 0.052 0.013 0.004 0.067 0.104 224 L 0.848 0.024 0.013 0.004 0.051 0.060 225 A 0.865 0.012 0.007 0.004 0.081 0.031 226 S 0.640 0.009 0.016 0.014 0.254 0.067 227 A 0.240 0.004 0.014 0.014 0.619 0.109 228 S 0.155 0.010 0.013 0.015 0.698 0.109 229 D 0.270 0.022 0.024 0.041 0.426 0.218 230 L 0.368 0.030 0.030 0.043 0.289 0.241 231 A 0.515 0.017 0.024 0.034 0.172 0.236 232 R 0.617 0.016 0.016 0.029 0.107 0.215 233 L 0.654 0.023 0.012 0.022 0.095 0.194 234 W 0.499 0.012 0.017 0.027 0.120 0.325 235 F 0.402 0.010 0.010 0.023 0.112 0.443 236 A 0.294 0.016 0.013 0.022 0.136 0.520 237 E 0.122 0.018 0.009 0.023 0.151 0.677 238 R 0.061 0.007 0.012 0.024 0.141 0.756 239 V 0.032 0.010 0.009 0.035 0.166 0.747 240 E 0.017 0.010 0.013 0.083 0.177 0.700 241 T 0.011 0.006 0.008 0.077 0.122 0.776 242 L 0.003 0.001 0.015 0.875 0.039 0.069 243 K 0.002 0.001 0.010 0.925 0.036 0.026 244 Q 0.001 0.001 0.007 0.962 0.019 0.011 245 F 0.001 0.001 0.003 0.974 0.010 0.011 246 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 247 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 248 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 249 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.002 250 A 0.001 0.001 0.016 0.967 0.013 0.003 251 Q 0.001 0.001 0.023 0.908 0.047 0.022 252 L 0.001 0.001 0.023 0.805 0.064 0.107 253 L 0.004 0.008 0.019 0.440 0.087 0.443 254 K 0.001 0.002 0.003 0.050 0.062 0.882