# TARGET T0506 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0506.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1355 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.024 0.051 0.035 0.242 0.567 2 L 0.142 0.028 0.089 0.045 0.242 0.454 3 D 0.128 0.026 0.084 0.037 0.351 0.374 4 V 0.100 0.042 0.051 0.032 0.341 0.433 5 A 0.074 0.033 0.018 0.015 0.289 0.571 6 P 0.048 0.015 0.044 0.017 0.454 0.423 7 P 0.043 0.019 0.105 0.023 0.476 0.335 8 V 0.065 0.062 0.092 0.023 0.392 0.366 9 I 0.078 0.092 0.050 0.019 0.317 0.443 10 T 0.035 0.031 0.021 0.013 0.382 0.517 11 P 0.005 0.008 0.317 0.042 0.548 0.079 12 R 0.005 0.006 0.313 0.048 0.564 0.065 13 G 0.004 0.004 0.274 0.022 0.619 0.076 14 T 0.016 0.034 0.039 0.014 0.502 0.394 15 K 0.021 0.048 0.017 0.015 0.239 0.660 16 I 0.028 0.084 0.021 0.021 0.268 0.579 17 E 0.022 0.025 0.015 0.009 0.365 0.564 18 P 0.009 0.010 0.197 0.035 0.433 0.315 19 S 0.011 0.011 0.197 0.034 0.470 0.277 20 A 0.010 0.013 0.174 0.044 0.482 0.277 21 G 0.009 0.015 0.029 0.041 0.252 0.654 22 A 0.008 0.020 0.010 0.036 0.214 0.712 23 P 0.007 0.013 0.020 0.115 0.228 0.618 24 F 0.005 0.006 0.084 0.500 0.180 0.225 25 E 0.006 0.005 0.062 0.716 0.107 0.105 26 A 0.004 0.002 0.019 0.909 0.030 0.036 27 V 0.003 0.001 0.004 0.965 0.011 0.016 28 R 0.002 0.001 0.003 0.984 0.006 0.004 29 V 0.002 0.001 0.004 0.983 0.006 0.004 30 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.003 31 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 32 D 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.006 33 V 0.001 0.001 0.009 0.962 0.015 0.013 34 L 0.003 0.002 0.014 0.915 0.036 0.029 35 H 0.005 0.002 0.028 0.835 0.078 0.052 36 T 0.016 0.005 0.049 0.483 0.230 0.217 37 S 0.017 0.003 0.041 0.123 0.438 0.379 38 R 0.068 0.003 0.034 0.021 0.481 0.394 39 T 0.705 0.006 0.011 0.014 0.134 0.130 40 A 0.975 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 41 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 42 L 0.985 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 43 A 0.904 0.001 0.001 0.003 0.016 0.076 44 T 0.819 0.003 0.002 0.002 0.046 0.129 45 L 0.691 0.018 0.003 0.002 0.078 0.208 46 D 0.407 0.038 0.004 0.002 0.294 0.255 47 P 0.083 0.015 0.016 0.003 0.853 0.030 48 V 0.035 0.005 0.023 0.002 0.911 0.024 49 S 0.010 0.003 0.023 0.003 0.941 0.021 50 G 0.043 0.017 0.009 0.002 0.835 0.094 51 Y 0.253 0.088 0.007 0.005 0.230 0.417 52 P 0.520 0.069 0.012 0.005 0.166 0.227 53 Y 0.575 0.021 0.014 0.005 0.155 0.230 54 T 0.629 0.013 0.010 0.004 0.130 0.215 55 T 0.609 0.010 0.007 0.003 0.153 0.218 56 A 0.675 0.009 0.009 0.004 0.128 0.174 57 T 0.755 0.012 0.008 0.004 0.079 0.142 58 N 0.737 0.008 0.010 0.005 0.093 0.147 59 I 0.728 0.014 0.011 0.004 0.075 0.168 60 G 0.821 0.008 0.006 0.002 0.053 0.110 61 I 0.789 0.055 0.003 0.001 0.038 0.114 62 E 0.243 0.021 0.003 0.001 0.722 0.011 63 P 0.015 0.001 0.011 0.001 0.970 0.004 64 D 0.002 0.001 0.011 0.001 0.982 0.004 65 G 0.029 0.012 0.004 0.001 0.945 0.009 66 T 0.178 0.014 0.001 0.001 0.191 0.617 67 P 0.694 0.024 0.001 0.001 0.046 0.235 68 F 0.970 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 69 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 71 A 0.859 0.003 0.001 0.003 0.031 0.103 72 A 0.221 0.003 0.005 0.009 0.320 0.441 73 G 0.031 0.005 0.077 0.053 0.525 0.309 74 L 0.022 0.010 0.128 0.122 0.530 0.187 75 T 0.034 0.011 0.089 0.227 0.461 0.178 76 L 0.040 0.015 0.059 0.523 0.202 0.161 77 H 0.071 0.012 0.045 0.563 0.155 0.154 78 A 0.068 0.009 0.038 0.679 0.116 0.090 79 R 0.090 0.009 0.037 0.696 0.088 0.080 80 N 0.071 0.011 0.058 0.681 0.081 0.098 81 M 0.055 0.005 0.116 0.601 0.146 0.076 82 E 0.051 0.008 0.093 0.516 0.204 0.128 83 T 0.048 0.012 0.076 0.467 0.237 0.161 84 D 0.043 0.016 0.015 0.026 0.541 0.359 85 A 0.031 0.004 0.114 0.063 0.653 0.136 86 R 0.179 0.004 0.079 0.016 0.568 0.155 87 I 0.629 0.006 0.039 0.011 0.246 0.070 88 S 0.853 0.003 0.003 0.006 0.057 0.079 89 V 0.963 0.004 0.001 0.002 0.008 0.022 90 T 0.958 0.004 0.001 0.003 0.010 0.026 91 L 0.867 0.005 0.001 0.003 0.025 0.099 92 A 0.660 0.008 0.004 0.003 0.094 0.232 93 P 0.329 0.010 0.010 0.002 0.248 0.400 94 F 0.123 0.022 0.023 0.004 0.405 0.423 95 G 0.051 0.027 0.027 0.005 0.530 0.360 96 K 0.031 0.023 0.073 0.018 0.548 0.307 97 G 0.035 0.026 0.069 0.021 0.516 0.334 98 D 0.034 0.015 0.077 0.032 0.626 0.215 99 A 0.016 0.011 0.247 0.057 0.515 0.154 100 L 0.034 0.019 0.186 0.047 0.522 0.190 101 T 0.066 0.026 0.188 0.033 0.472 0.215 102 L 0.090 0.013 0.081 0.012 0.466 0.338 103 P 0.226 0.008 0.045 0.005 0.352 0.364 104 R 0.761 0.006 0.016 0.002 0.094 0.119 105 L 0.973 0.002 0.001 0.001 0.008 0.016 106 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 107 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 108 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 109 G 0.937 0.001 0.001 0.001 0.010 0.052 110 R 0.890 0.001 0.001 0.001 0.022 0.086 111 A 0.893 0.002 0.002 0.002 0.029 0.071 112 D 0.893 0.003 0.004 0.003 0.030 0.067 113 R 0.824 0.007 0.004 0.005 0.052 0.109 114 I 0.394 0.027 0.003 0.008 0.124 0.444 115 G 0.100 0.010 0.002 0.005 0.275 0.607 116 P 0.015 0.005 0.071 0.207 0.401 0.301 117 D 0.003 0.001 0.090 0.761 0.113 0.032 118 E 0.004 0.002 0.099 0.791 0.086 0.018 119 V 0.003 0.001 0.008 0.935 0.022 0.030 120 P 0.002 0.001 0.004 0.980 0.007 0.008 121 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 122 A 0.002 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 123 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 124 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 125 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 126 Y 0.001 0.001 0.006 0.984 0.004 0.005 127 I 0.001 0.001 0.021 0.964 0.010 0.004 128 A 0.001 0.001 0.011 0.969 0.011 0.008 129 R 0.001 0.001 0.010 0.896 0.021 0.070 130 Y 0.002 0.005 0.010 0.126 0.222 0.635 131 P 0.002 0.003 0.120 0.170 0.407 0.298 132 K 0.010 0.005 0.267 0.110 0.457 0.149 133 A 0.016 0.005 0.525 0.110 0.277 0.068 134 K 0.038 0.006 0.395 0.230 0.203 0.127 135 L 0.108 0.017 0.294 0.260 0.179 0.141 136 Y 0.226 0.029 0.109 0.172 0.223 0.241 137 L 0.306 0.033 0.049 0.082 0.189 0.341 138 S 0.188 0.036 0.028 0.043 0.230 0.475 139 L 0.084 0.031 0.016 0.006 0.686 0.176 140 P 0.024 0.005 0.025 0.002 0.833 0.110 141 D 0.026 0.003 0.023 0.001 0.847 0.101 142 T 0.347 0.013 0.009 0.001 0.526 0.106 143 R 0.776 0.005 0.001 0.001 0.056 0.162 144 L 0.981 0.003 0.001 0.001 0.003 0.013 145 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 146 R 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 147 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 148 R 0.933 0.001 0.001 0.001 0.012 0.053 149 T 0.735 0.002 0.005 0.002 0.112 0.143 150 E 0.483 0.002 0.023 0.003 0.295 0.193 151 G 0.584 0.003 0.025 0.007 0.289 0.092 152 V 0.873 0.005 0.003 0.005 0.063 0.050 153 Q 0.956 0.005 0.001 0.003 0.016 0.019 154 I 0.921 0.009 0.001 0.003 0.049 0.017 155 N 0.688 0.010 0.003 0.004 0.219 0.076 156 G 0.208 0.007 0.007 0.004 0.572 0.202 157 G 0.166 0.019 0.012 0.005 0.628 0.170 158 P 0.169 0.037 0.030 0.014 0.432 0.319 159 A 0.110 0.037 0.132 0.051 0.504 0.166 160 R 0.127 0.018 0.129 0.062 0.450 0.213 161 N 0.193 0.028 0.195 0.061 0.247 0.276 162 A 0.084 0.021 0.461 0.095 0.238 0.101 163 S 0.145 0.014 0.305 0.084 0.275 0.178 164 N 0.105 0.015 0.087 0.019 0.362 0.411 165 I 0.143 0.090 0.003 0.006 0.191 0.567 166 T 0.050 0.016 0.001 0.005 0.057 0.872 167 P 0.002 0.001 0.176 0.795 0.018 0.009 168 A 0.002 0.001 0.205 0.778 0.012 0.003 169 D 0.002 0.001 0.350 0.628 0.017 0.002 170 L 0.008 0.003 0.036 0.915 0.022 0.016 171 R 0.005 0.002 0.021 0.935 0.020 0.018 172 T 0.004 0.001 0.013 0.927 0.026 0.029 173 D 0.004 0.001 0.012 0.829 0.057 0.098 174 L 0.003 0.003 0.023 0.853 0.061 0.056 175 S 0.005 0.003 0.024 0.784 0.101 0.083 176 G 0.009 0.004 0.021 0.488 0.206 0.273 177 A 0.006 0.002 0.022 0.561 0.109 0.298 178 E 0.015 0.003 0.029 0.639 0.117 0.196 179 E 0.003 0.001 0.021 0.941 0.022 0.013 180 L 0.003 0.001 0.011 0.958 0.015 0.012 181 M 0.004 0.001 0.010 0.955 0.015 0.015 182 A 0.006 0.001 0.022 0.882 0.038 0.051 183 A 0.003 0.001 0.019 0.861 0.039 0.077 184 A 0.002 0.001 0.010 0.936 0.017 0.034 185 E 0.004 0.001 0.012 0.917 0.030 0.037 186 S 0.004 0.001 0.015 0.885 0.047 0.049 187 E 0.008 0.002 0.022 0.873 0.051 0.044 188 A 0.014 0.003 0.037 0.836 0.060 0.050 189 T 0.009 0.001 0.055 0.821 0.067 0.047 190 R 0.016 0.002 0.041 0.796 0.057 0.086 191 L 0.014 0.006 0.015 0.781 0.053 0.130 192 N 0.014 0.005 0.008 0.487 0.100 0.385 193 A 0.001 0.001 0.013 0.932 0.022 0.032 194 I 0.002 0.001 0.020 0.908 0.031 0.037 195 K 0.001 0.001 0.016 0.938 0.020 0.024 196 G 0.002 0.001 0.010 0.917 0.023 0.048 197 E 0.001 0.001 0.007 0.969 0.011 0.011 198 A 0.001 0.001 0.007 0.982 0.006 0.004 199 S 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 200 R 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 201 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 202 A 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.006 203 V 0.002 0.001 0.011 0.960 0.012 0.014 204 L 0.004 0.002 0.012 0.922 0.038 0.023 205 A 0.004 0.002 0.013 0.828 0.064 0.089 206 G 0.006 0.004 0.011 0.069 0.184 0.726 207 A 0.027 0.024 0.036 0.043 0.295 0.576 208 K 0.091 0.016 0.050 0.036 0.309 0.498 209 T 0.130 0.020 0.118 0.042 0.386 0.303 210 G 0.096 0.007 0.081 0.016 0.465 0.334 211 R 0.252 0.009 0.043 0.010 0.345 0.340 212 W 0.555 0.016 0.008 0.004 0.139 0.278 213 K 0.735 0.006 0.003 0.002 0.067 0.187 214 I 0.937 0.004 0.002 0.002 0.014 0.041 215 T 0.967 0.002 0.001 0.002 0.008 0.020 216 S 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 217 I 0.913 0.008 0.001 0.001 0.015 0.063 218 D 0.493 0.017 0.002 0.001 0.450 0.037 219 P 0.031 0.002 0.011 0.002 0.933 0.022 220 D 0.008 0.001 0.017 0.001 0.959 0.014 221 G 0.214 0.012 0.023 0.003 0.729 0.019 222 I 0.659 0.019 0.006 0.008 0.115 0.192 223 D 0.874 0.021 0.002 0.005 0.031 0.066 224 L 0.848 0.010 0.004 0.009 0.034 0.095 225 A 0.774 0.010 0.004 0.008 0.083 0.122 226 S 0.585 0.008 0.018 0.013 0.235 0.141 227 A 0.370 0.011 0.024 0.011 0.418 0.166 228 S 0.291 0.007 0.032 0.014 0.519 0.137 229 D 0.365 0.006 0.030 0.011 0.360 0.229 230 L 0.807 0.011 0.011 0.010 0.066 0.096 231 A 0.911 0.008 0.003 0.008 0.021 0.048 232 R 0.913 0.006 0.003 0.009 0.016 0.053 233 L 0.655 0.009 0.006 0.027 0.054 0.250 234 W 0.373 0.008 0.011 0.029 0.142 0.436 235 F 0.233 0.008 0.022 0.039 0.202 0.496 236 A 0.149 0.012 0.048 0.119 0.275 0.396 237 E 0.161 0.028 0.089 0.125 0.279 0.317 238 R 0.130 0.013 0.107 0.094 0.368 0.288 239 V 0.112 0.017 0.078 0.082 0.336 0.375 240 E 0.086 0.031 0.023 0.057 0.258 0.545 241 T 0.031 0.009 0.004 0.049 0.101 0.806 242 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.004 0.005 243 K 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 244 Q 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 245 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 246 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 247 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 248 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 250 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 251 Q 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.002 252 L 0.001 0.001 0.006 0.951 0.011 0.031 253 L 0.002 0.002 0.009 0.783 0.037 0.167 254 K 0.005 0.004 0.009 0.510 0.089 0.384