# TARGET T0506 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0506.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1355 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.010 0.048 0.142 0.042 0.065 0.626 2 L 0.127 0.036 0.081 0.156 0.029 0.102 0.469 3 D 0.123 0.018 0.087 0.091 0.108 0.119 0.454 4 V 0.079 0.022 0.071 0.045 0.169 0.108 0.506 5 A 0.040 0.021 0.015 0.009 0.288 0.030 0.597 6 P 0.016 0.008 0.025 0.011 0.115 0.048 0.778 7 P 0.012 0.009 0.107 0.024 0.098 0.185 0.564 8 V 0.030 0.039 0.120 0.038 0.143 0.187 0.443 9 I 0.067 0.107 0.065 0.028 0.242 0.096 0.395 10 T 0.030 0.018 0.013 0.005 0.102 0.017 0.814 11 P 0.007 0.007 0.457 0.075 0.055 0.221 0.178 12 R 0.004 0.005 0.369 0.050 0.043 0.487 0.041 13 G 0.008 0.009 0.332 0.026 0.096 0.387 0.142 14 T 0.031 0.053 0.036 0.017 0.131 0.047 0.685 15 K 0.081 0.068 0.021 0.012 0.121 0.077 0.619 16 I 0.065 0.056 0.030 0.018 0.241 0.063 0.527 17 E 0.035 0.030 0.018 0.007 0.138 0.020 0.752 18 P 0.011 0.008 0.162 0.033 0.111 0.413 0.262 19 S 0.011 0.028 0.156 0.030 0.103 0.459 0.214 20 A 0.014 0.019 0.088 0.032 0.238 0.323 0.284 21 G 0.013 0.015 0.030 0.020 0.239 0.240 0.443 22 A 0.017 0.043 0.007 0.009 0.239 0.016 0.669 23 P 0.014 0.023 0.012 0.022 0.053 0.023 0.853 24 F 0.007 0.011 0.113 0.606 0.047 0.075 0.141 25 E 0.005 0.007 0.102 0.748 0.030 0.050 0.059 26 A 0.001 0.002 0.039 0.894 0.008 0.020 0.036 27 V 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.003 0.007 28 R 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 31 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 32 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.010 0.001 33 V 0.001 0.001 0.006 0.968 0.001 0.024 0.001 34 L 0.001 0.001 0.027 0.869 0.011 0.085 0.007 35 H 0.001 0.002 0.066 0.574 0.017 0.323 0.017 36 T 0.007 0.003 0.063 0.126 0.245 0.457 0.099 37 S 0.018 0.003 0.017 0.013 0.313 0.121 0.515 38 R 0.048 0.002 0.014 0.003 0.544 0.096 0.293 39 T 0.831 0.006 0.011 0.002 0.031 0.015 0.105 40 A 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 41 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 43 A 0.912 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.071 44 T 0.745 0.006 0.001 0.001 0.049 0.004 0.196 45 L 0.497 0.041 0.001 0.001 0.181 0.004 0.276 46 D 0.154 0.040 0.002 0.001 0.064 0.004 0.735 47 P 0.007 0.002 0.085 0.007 0.077 0.735 0.087 48 V 0.004 0.003 0.109 0.010 0.083 0.730 0.060 49 S 0.005 0.004 0.079 0.006 0.260 0.586 0.061 50 G 0.015 0.007 0.014 0.005 0.328 0.445 0.187 51 Y 0.137 0.053 0.002 0.002 0.182 0.005 0.619 52 P 0.402 0.134 0.004 0.003 0.039 0.013 0.405 53 Y 0.608 0.024 0.005 0.004 0.074 0.023 0.262 54 T 0.714 0.014 0.005 0.001 0.051 0.014 0.201 55 T 0.791 0.010 0.004 0.001 0.045 0.008 0.141 56 A 0.834 0.010 0.006 0.002 0.027 0.008 0.113 57 T 0.874 0.004 0.005 0.002 0.012 0.006 0.097 58 N 0.905 0.008 0.005 0.002 0.011 0.006 0.063 59 I 0.881 0.008 0.002 0.003 0.011 0.008 0.086 60 G 0.897 0.009 0.001 0.001 0.016 0.004 0.073 61 I 0.674 0.119 0.001 0.001 0.035 0.006 0.164 62 E 0.145 0.020 0.002 0.001 0.041 0.018 0.774 63 P 0.013 0.002 0.018 0.002 0.085 0.835 0.044 64 D 0.002 0.001 0.008 0.001 0.081 0.895 0.012 65 G 0.014 0.004 0.010 0.001 0.603 0.221 0.147 66 T 0.091 0.017 0.001 0.001 0.194 0.006 0.689 67 P 0.764 0.038 0.002 0.002 0.031 0.004 0.159 68 F 0.963 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.023 69 F 0.977 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.012 70 F 0.960 0.003 0.002 0.005 0.004 0.002 0.024 71 A 0.809 0.008 0.008 0.014 0.019 0.012 0.131 72 A 0.377 0.011 0.031 0.034 0.172 0.135 0.239 73 G 0.079 0.007 0.067 0.071 0.211 0.379 0.186 74 L 0.040 0.007 0.081 0.227 0.147 0.248 0.250 75 T 0.039 0.022 0.072 0.461 0.082 0.118 0.206 76 L 0.047 0.010 0.086 0.574 0.056 0.108 0.119 77 H 0.043 0.005 0.048 0.744 0.025 0.069 0.066 78 A 0.030 0.007 0.045 0.815 0.019 0.042 0.043 79 R 0.021 0.003 0.051 0.783 0.027 0.084 0.031 80 N 0.038 0.004 0.086 0.703 0.026 0.084 0.058 81 M 0.030 0.006 0.109 0.752 0.027 0.047 0.029 82 E 0.028 0.004 0.142 0.616 0.025 0.150 0.035 83 T 0.027 0.006 0.105 0.417 0.077 0.326 0.043 84 D 0.049 0.007 0.022 0.024 0.397 0.084 0.418 85 A 0.042 0.005 0.041 0.009 0.296 0.364 0.244 86 R 0.279 0.007 0.036 0.004 0.197 0.267 0.211 87 I 0.845 0.007 0.006 0.001 0.015 0.006 0.121 88 S 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 89 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 90 T 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 91 L 0.896 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.091 92 A 0.440 0.011 0.002 0.001 0.084 0.008 0.453 93 P 0.166 0.018 0.020 0.005 0.161 0.080 0.549 94 F 0.027 0.009 0.042 0.005 0.215 0.247 0.455 95 G 0.012 0.010 0.036 0.008 0.322 0.231 0.381 96 K 0.015 0.014 0.039 0.019 0.320 0.302 0.291 97 G 0.018 0.018 0.063 0.027 0.270 0.187 0.416 98 D 0.047 0.028 0.105 0.023 0.169 0.096 0.533 99 A 0.032 0.029 0.396 0.038 0.094 0.274 0.137 100 L 0.053 0.019 0.283 0.030 0.088 0.393 0.135 101 T 0.061 0.034 0.160 0.013 0.274 0.189 0.270 102 L 0.105 0.011 0.035 0.002 0.333 0.043 0.471 103 P 0.115 0.003 0.022 0.001 0.309 0.127 0.423 104 R 0.772 0.010 0.012 0.001 0.055 0.048 0.103 105 L 0.928 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.064 106 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 107 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 108 V 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 109 G 0.953 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.036 110 R 0.921 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.060 111 A 0.936 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.050 112 D 0.956 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.031 113 R 0.885 0.008 0.002 0.001 0.014 0.004 0.086 114 I 0.409 0.016 0.005 0.002 0.186 0.025 0.357 115 G 0.049 0.008 0.002 0.001 0.207 0.007 0.726 116 P 0.005 0.002 0.283 0.080 0.095 0.250 0.284 117 D 0.001 0.002 0.312 0.271 0.045 0.337 0.031 118 E 0.001 0.006 0.289 0.432 0.028 0.184 0.059 119 V 0.001 0.002 0.030 0.782 0.027 0.026 0.132 120 P 0.001 0.001 0.009 0.959 0.004 0.013 0.015 121 L 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.007 0.003 122 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.007 0.004 123 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.001 124 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 125 R 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.012 0.001 126 Y 0.001 0.001 0.007 0.969 0.002 0.019 0.003 127 I 0.001 0.001 0.031 0.940 0.003 0.022 0.003 128 A 0.001 0.001 0.044 0.867 0.003 0.082 0.002 129 R 0.001 0.001 0.021 0.788 0.014 0.165 0.010 130 Y 0.002 0.006 0.012 0.245 0.266 0.040 0.428 131 P 0.002 0.004 0.101 0.300 0.044 0.393 0.156 132 K 0.009 0.006 0.138 0.254 0.068 0.445 0.081 133 A 0.036 0.017 0.257 0.268 0.081 0.130 0.211 134 K 0.060 0.017 0.193 0.336 0.071 0.135 0.189 135 L 0.082 0.015 0.172 0.356 0.069 0.141 0.165 136 Y 0.124 0.034 0.156 0.278 0.070 0.115 0.222 137 L 0.154 0.023 0.097 0.147 0.116 0.121 0.341 138 S 0.162 0.028 0.062 0.065 0.155 0.150 0.378 139 L 0.052 0.008 0.021 0.005 0.237 0.031 0.645 140 P 0.031 0.003 0.057 0.006 0.258 0.365 0.279 141 D 0.075 0.005 0.046 0.001 0.274 0.448 0.150 142 T 0.476 0.009 0.008 0.001 0.046 0.011 0.449 143 R 0.800 0.002 0.001 0.001 0.059 0.004 0.134 144 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 145 Y 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 146 R 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 147 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 148 R 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 149 T 0.782 0.001 0.003 0.001 0.013 0.012 0.188 150 E 0.555 0.002 0.015 0.001 0.258 0.061 0.109 151 G 0.838 0.001 0.014 0.001 0.037 0.055 0.054 152 V 0.911 0.002 0.003 0.001 0.006 0.009 0.067 153 Q 0.986 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 154 I 0.961 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.030 155 N 0.747 0.003 0.001 0.002 0.036 0.099 0.112 156 G 0.256 0.004 0.002 0.002 0.407 0.204 0.124 157 G 0.136 0.011 0.009 0.006 0.409 0.100 0.329 158 P 0.159 0.017 0.051 0.023 0.253 0.225 0.272 159 A 0.197 0.023 0.140 0.038 0.180 0.229 0.193 160 R 0.272 0.020 0.142 0.042 0.154 0.127 0.244 161 N 0.379 0.024 0.096 0.062 0.094 0.111 0.235 162 A 0.390 0.037 0.129 0.052 0.069 0.060 0.263 163 S 0.394 0.015 0.124 0.043 0.091 0.136 0.197 164 N 0.468 0.032 0.047 0.018 0.119 0.093 0.223 165 I 0.254 0.076 0.002 0.005 0.189 0.008 0.467 166 T 0.042 0.018 0.001 0.002 0.031 0.001 0.905 167 P 0.001 0.001 0.191 0.767 0.001 0.034 0.005 168 A 0.001 0.001 0.266 0.697 0.002 0.033 0.002 169 D 0.001 0.001 0.351 0.623 0.001 0.017 0.007 170 L 0.002 0.003 0.092 0.846 0.005 0.035 0.018 171 R 0.003 0.003 0.047 0.858 0.009 0.050 0.029 172 T 0.006 0.002 0.078 0.747 0.025 0.105 0.037 173 D 0.010 0.003 0.059 0.716 0.041 0.107 0.065 174 L 0.025 0.017 0.103 0.437 0.133 0.142 0.142 175 S 0.013 0.018 0.069 0.288 0.113 0.383 0.117 176 G 0.010 0.010 0.039 0.164 0.164 0.325 0.288 177 A 0.007 0.009 0.047 0.326 0.105 0.074 0.432 178 E 0.005 0.005 0.109 0.589 0.069 0.055 0.169 179 E 0.002 0.002 0.143 0.693 0.021 0.102 0.035 180 L 0.002 0.002 0.108 0.761 0.012 0.079 0.036 181 M 0.005 0.008 0.058 0.763 0.024 0.053 0.089 182 A 0.003 0.002 0.045 0.784 0.018 0.083 0.065 183 A 0.002 0.002 0.061 0.746 0.024 0.102 0.062 184 A 0.002 0.002 0.040 0.753 0.039 0.085 0.078 185 E 0.001 0.002 0.044 0.812 0.018 0.067 0.056 186 S 0.001 0.001 0.053 0.784 0.016 0.114 0.031 187 E 0.001 0.003 0.033 0.841 0.014 0.068 0.039 188 A 0.002 0.002 0.029 0.890 0.015 0.033 0.029 189 T 0.001 0.001 0.020 0.914 0.007 0.045 0.011 190 R 0.002 0.001 0.030 0.864 0.009 0.075 0.019 191 L 0.003 0.004 0.044 0.804 0.016 0.095 0.035 192 N 0.003 0.003 0.034 0.770 0.015 0.135 0.039 193 A 0.003 0.002 0.047 0.631 0.047 0.178 0.092 194 I 0.005 0.005 0.031 0.642 0.049 0.139 0.129 195 K 0.003 0.005 0.024 0.745 0.036 0.097 0.090 196 G 0.001 0.001 0.011 0.883 0.028 0.038 0.037 197 E 0.001 0.001 0.007 0.958 0.005 0.016 0.013 198 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.006 0.005 199 S 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.004 0.003 200 R 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.003 0.002 201 L 0.002 0.001 0.007 0.976 0.002 0.011 0.002 202 A 0.005 0.001 0.009 0.952 0.003 0.027 0.004 203 V 0.010 0.001 0.009 0.935 0.007 0.029 0.010 204 L 0.012 0.002 0.014 0.868 0.014 0.069 0.022 205 A 0.006 0.003 0.019 0.439 0.028 0.481 0.024 206 G 0.007 0.003 0.024 0.059 0.075 0.720 0.112 207 A 0.038 0.012 0.021 0.015 0.141 0.049 0.724 208 K 0.144 0.038 0.045 0.011 0.084 0.060 0.618 209 T 0.174 0.038 0.148 0.019 0.125 0.100 0.397 210 G 0.114 0.003 0.103 0.011 0.365 0.209 0.194 211 R 0.485 0.011 0.059 0.007 0.119 0.127 0.193 212 W 0.796 0.012 0.004 0.001 0.011 0.004 0.171 213 K 0.910 0.004 0.002 0.001 0.022 0.003 0.057 214 I 0.950 0.002 0.004 0.001 0.004 0.004 0.035 215 T 0.942 0.002 0.002 0.002 0.008 0.002 0.042 216 S 0.928 0.003 0.002 0.002 0.017 0.003 0.046 217 I 0.767 0.051 0.003 0.002 0.045 0.008 0.124 218 D 0.186 0.013 0.001 0.001 0.082 0.003 0.715 219 P 0.011 0.001 0.045 0.005 0.101 0.803 0.034 220 D 0.005 0.001 0.033 0.003 0.063 0.879 0.016 221 G 0.099 0.010 0.103 0.009 0.311 0.299 0.169 222 I 0.482 0.030 0.015 0.010 0.062 0.030 0.371 223 D 0.803 0.032 0.010 0.010 0.044 0.009 0.092 224 L 0.877 0.006 0.013 0.010 0.011 0.012 0.071 225 A 0.915 0.009 0.005 0.013 0.006 0.010 0.042 226 S 0.876 0.010 0.006 0.012 0.011 0.019 0.066 227 A 0.577 0.004 0.010 0.007 0.084 0.116 0.203 228 S 0.353 0.005 0.011 0.006 0.281 0.161 0.184 229 D 0.466 0.006 0.015 0.009 0.215 0.146 0.143 230 L 0.774 0.009 0.007 0.006 0.053 0.014 0.137 231 A 0.928 0.005 0.002 0.002 0.010 0.004 0.049 232 R 0.940 0.008 0.002 0.004 0.009 0.003 0.034 233 L 0.789 0.014 0.002 0.005 0.020 0.005 0.165 234 W 0.451 0.013 0.004 0.002 0.054 0.028 0.447 235 F 0.261 0.034 0.017 0.006 0.164 0.070 0.448 236 A 0.082 0.019 0.153 0.057 0.144 0.072 0.474 237 E 0.042 0.021 0.203 0.070 0.234 0.086 0.343 238 R 0.042 0.021 0.156 0.077 0.075 0.144 0.484 239 V 0.028 0.027 0.099 0.122 0.049 0.038 0.637 240 E 0.047 0.049 0.040 0.204 0.183 0.049 0.427 241 T 0.027 0.032 0.021 0.182 0.200 0.022 0.515 242 L 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.006 0.001 243 K 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 244 Q 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 245 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 246 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 247 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 248 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 250 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 251 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 252 L 0.001 0.001 0.004 0.939 0.001 0.053 0.003 253 L 0.001 0.001 0.018 0.789 0.008 0.161 0.022 254 K 0.002 0.005 0.044 0.273 0.063 0.291 0.323