# TARGET T0506 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0506.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1355 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.197 0.182 0.181 0.196 0.146 0.082 0.016 2 L 0.212 0.210 0.193 0.182 0.128 0.063 0.012 3 D 0.398 0.266 0.149 0.099 0.055 0.027 0.006 4 V 0.150 0.150 0.189 0.233 0.184 0.083 0.011 5 A 0.235 0.242 0.228 0.166 0.088 0.036 0.005 6 P 0.238 0.261 0.225 0.162 0.082 0.028 0.004 7 P 0.364 0.254 0.172 0.118 0.065 0.024 0.003 8 V 0.175 0.219 0.213 0.191 0.137 0.059 0.007 9 I 0.075 0.104 0.179 0.294 0.244 0.097 0.007 10 T 0.270 0.339 0.222 0.115 0.042 0.011 0.001 11 P 0.297 0.286 0.214 0.137 0.053 0.012 0.001 12 R 0.492 0.251 0.132 0.078 0.036 0.010 0.001 13 G 0.325 0.303 0.210 0.111 0.040 0.011 0.001 14 T 0.140 0.121 0.174 0.273 0.215 0.072 0.004 15 K 0.314 0.310 0.201 0.114 0.045 0.014 0.001 16 I 0.242 0.250 0.227 0.167 0.082 0.028 0.003 17 E 0.266 0.284 0.209 0.143 0.070 0.025 0.003 18 P 0.145 0.136 0.176 0.234 0.206 0.094 0.011 19 S 0.178 0.208 0.212 0.197 0.134 0.063 0.007 20 A 0.228 0.251 0.229 0.173 0.087 0.030 0.004 21 G 0.365 0.302 0.171 0.101 0.043 0.015 0.003 22 A 0.193 0.215 0.203 0.202 0.126 0.054 0.007 23 P 0.217 0.265 0.208 0.161 0.096 0.046 0.006 24 F 0.262 0.248 0.212 0.157 0.086 0.031 0.004 25 E 0.270 0.388 0.205 0.089 0.034 0.012 0.002 26 A 0.033 0.065 0.124 0.266 0.321 0.174 0.017 27 V 0.031 0.121 0.223 0.321 0.218 0.080 0.006 28 R 0.156 0.471 0.268 0.082 0.019 0.004 0.001 29 V 0.009 0.058 0.220 0.383 0.264 0.063 0.003 30 A 0.002 0.002 0.005 0.032 0.210 0.645 0.104 31 R 0.006 0.057 0.219 0.412 0.240 0.063 0.003 32 D 0.035 0.256 0.377 0.250 0.067 0.013 0.001 33 V 0.004 0.014 0.037 0.135 0.327 0.419 0.064 34 L 0.004 0.014 0.040 0.158 0.383 0.347 0.055 35 H 0.103 0.324 0.289 0.172 0.081 0.027 0.005 36 T 0.099 0.298 0.278 0.203 0.089 0.028 0.005 37 S 0.018 0.071 0.128 0.240 0.285 0.215 0.042 38 R 0.016 0.083 0.165 0.264 0.268 0.163 0.040 39 T 0.013 0.031 0.067 0.152 0.265 0.315 0.156 40 A 0.002 0.007 0.016 0.046 0.131 0.393 0.405 41 A 0.001 0.004 0.011 0.034 0.103 0.347 0.499 42 L 0.001 0.002 0.005 0.013 0.052 0.262 0.666 43 A 0.001 0.004 0.008 0.032 0.120 0.378 0.457 44 T 0.001 0.004 0.010 0.041 0.161 0.459 0.323 45 L 0.005 0.028 0.073 0.202 0.330 0.281 0.082 46 D 0.046 0.210 0.274 0.255 0.146 0.059 0.010 47 P 0.086 0.239 0.295 0.240 0.109 0.027 0.003 48 V 0.401 0.300 0.171 0.088 0.032 0.007 0.001 49 S 0.532 0.269 0.118 0.052 0.020 0.007 0.002 50 G 0.116 0.175 0.234 0.253 0.158 0.058 0.007 51 Y 0.055 0.130 0.200 0.246 0.210 0.131 0.028 52 P 0.014 0.027 0.046 0.105 0.234 0.400 0.174 53 Y 0.010 0.023 0.046 0.111 0.212 0.347 0.250 54 T 0.005 0.011 0.018 0.039 0.104 0.333 0.490 55 T 0.003 0.009 0.023 0.061 0.131 0.298 0.475 56 A 0.001 0.006 0.016 0.045 0.103 0.306 0.523 57 T 0.001 0.005 0.013 0.038 0.115 0.344 0.484 58 N 0.003 0.011 0.029 0.078 0.189 0.393 0.297 59 I 0.001 0.004 0.010 0.033 0.136 0.449 0.367 60 G 0.005 0.026 0.058 0.146 0.274 0.393 0.097 61 I 0.007 0.037 0.098 0.239 0.349 0.241 0.029 62 E 0.069 0.211 0.285 0.263 0.135 0.033 0.003 63 P 0.326 0.351 0.200 0.094 0.025 0.004 0.001 64 D 0.542 0.291 0.106 0.044 0.013 0.003 0.001 65 G 0.108 0.235 0.280 0.237 0.113 0.025 0.002 66 T 0.020 0.061 0.176 0.314 0.281 0.132 0.017 67 P 0.002 0.005 0.011 0.034 0.159 0.556 0.235 68 F 0.001 0.002 0.008 0.038 0.160 0.421 0.370 69 F 0.001 0.002 0.004 0.009 0.033 0.240 0.713 70 F 0.001 0.002 0.005 0.022 0.082 0.292 0.596 71 A 0.001 0.004 0.009 0.026 0.086 0.339 0.535 72 A 0.004 0.018 0.045 0.128 0.249 0.322 0.233 73 G 0.032 0.095 0.145 0.201 0.200 0.217 0.109 74 L 0.029 0.066 0.105 0.176 0.241 0.266 0.117 75 T 0.097 0.124 0.156 0.195 0.199 0.179 0.050 76 L 0.095 0.159 0.190 0.208 0.173 0.131 0.045 77 H 0.055 0.088 0.126 0.197 0.229 0.236 0.069 78 A 0.057 0.073 0.102 0.186 0.267 0.261 0.055 79 R 0.136 0.253 0.244 0.202 0.107 0.049 0.008 80 N 0.068 0.161 0.222 0.252 0.174 0.103 0.019 81 M 0.038 0.046 0.083 0.199 0.341 0.256 0.037 82 E 0.188 0.279 0.232 0.179 0.090 0.027 0.004 83 T 0.307 0.307 0.192 0.120 0.051 0.019 0.004 84 D 0.079 0.236 0.288 0.220 0.130 0.043 0.005 85 A 0.016 0.072 0.160 0.292 0.287 0.152 0.021 86 R 0.007 0.041 0.107 0.236 0.325 0.228 0.057 87 I 0.001 0.002 0.007 0.029 0.136 0.528 0.298 88 S 0.001 0.003 0.008 0.038 0.124 0.409 0.418 89 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.268 0.692 90 T 0.001 0.002 0.008 0.041 0.153 0.389 0.407 91 L 0.001 0.001 0.004 0.026 0.150 0.518 0.300 92 A 0.002 0.018 0.062 0.192 0.365 0.307 0.054 93 P 0.041 0.150 0.220 0.267 0.211 0.099 0.012 94 F 0.071 0.193 0.280 0.272 0.136 0.044 0.005 95 G 0.455 0.279 0.144 0.082 0.032 0.008 0.001 96 K 0.530 0.235 0.128 0.070 0.028 0.009 0.001 97 G 0.523 0.231 0.127 0.074 0.033 0.011 0.001 98 D 0.346 0.268 0.182 0.120 0.059 0.023 0.004 99 A 0.168 0.172 0.181 0.210 0.168 0.085 0.015 100 L 0.088 0.150 0.196 0.232 0.208 0.104 0.021 101 T 0.119 0.211 0.218 0.206 0.147 0.079 0.020 102 L 0.043 0.095 0.161 0.267 0.269 0.139 0.026 103 P 0.044 0.175 0.261 0.243 0.157 0.097 0.022 104 R 0.010 0.060 0.161 0.272 0.283 0.168 0.046 105 L 0.003 0.007 0.018 0.063 0.190 0.497 0.222 106 T 0.006 0.042 0.108 0.224 0.273 0.241 0.106 107 L 0.002 0.011 0.027 0.078 0.186 0.449 0.246 108 V 0.006 0.061 0.173 0.297 0.244 0.171 0.048 109 G 0.012 0.039 0.089 0.189 0.304 0.300 0.066 110 R 0.018 0.137 0.290 0.311 0.181 0.058 0.005 111 A 0.015 0.020 0.059 0.189 0.433 0.267 0.017 112 D 0.093 0.278 0.342 0.212 0.064 0.011 0.001 113 R 0.132 0.363 0.280 0.155 0.056 0.012 0.001 114 I 0.042 0.108 0.238 0.350 0.217 0.043 0.001 115 G 0.410 0.395 0.148 0.040 0.007 0.001 0.001 116 P 0.722 0.212 0.050 0.013 0.003 0.001 0.001 117 D 0.780 0.162 0.036 0.015 0.006 0.002 0.001 118 E 0.308 0.324 0.218 0.108 0.034 0.007 0.001 119 V 0.121 0.206 0.276 0.272 0.104 0.020 0.001 120 P 0.314 0.399 0.194 0.070 0.019 0.004 0.001 121 L 0.143 0.298 0.304 0.175 0.066 0.013 0.001 122 A 0.052 0.058 0.088 0.211 0.331 0.236 0.024 123 I 0.042 0.090 0.169 0.310 0.253 0.123 0.012 124 A 0.104 0.316 0.286 0.184 0.074 0.031 0.004 125 R 0.027 0.090 0.195 0.317 0.257 0.102 0.012 126 Y 0.016 0.025 0.056 0.141 0.317 0.368 0.077 127 I 0.049 0.107 0.186 0.260 0.241 0.134 0.023 128 A 0.244 0.303 0.197 0.133 0.078 0.037 0.009 129 R 0.127 0.245 0.248 0.205 0.117 0.051 0.008 130 Y 0.072 0.124 0.195 0.265 0.215 0.113 0.015 131 P 0.338 0.251 0.157 0.123 0.084 0.039 0.009 132 K 0.433 0.284 0.144 0.079 0.038 0.017 0.005 133 A 0.089 0.107 0.176 0.295 0.236 0.089 0.009 134 K 0.351 0.347 0.191 0.079 0.024 0.007 0.001 135 L 0.150 0.233 0.255 0.214 0.110 0.035 0.003 136 Y 0.056 0.078 0.134 0.247 0.311 0.160 0.014 137 L 0.065 0.126 0.204 0.287 0.222 0.086 0.010 138 S 0.284 0.319 0.200 0.117 0.053 0.023 0.004 139 L 0.155 0.189 0.209 0.235 0.152 0.056 0.005 140 P 0.427 0.279 0.150 0.092 0.040 0.012 0.002 141 D 0.232 0.313 0.234 0.140 0.057 0.020 0.004 142 T 0.025 0.081 0.166 0.265 0.304 0.142 0.017 143 R 0.007 0.027 0.090 0.226 0.340 0.260 0.049 144 L 0.003 0.009 0.017 0.038 0.124 0.478 0.332 145 Y 0.001 0.008 0.018 0.068 0.213 0.455 0.237 146 R 0.001 0.011 0.068 0.199 0.275 0.276 0.169 147 L 0.001 0.001 0.003 0.019 0.124 0.479 0.375 148 R 0.002 0.023 0.083 0.219 0.293 0.294 0.087 149 T 0.001 0.009 0.027 0.096 0.257 0.437 0.172 150 E 0.010 0.111 0.229 0.266 0.186 0.147 0.051 151 G 0.005 0.054 0.196 0.354 0.252 0.112 0.027 152 V 0.002 0.007 0.017 0.062 0.223 0.528 0.162 153 Q 0.005 0.031 0.100 0.249 0.361 0.221 0.033 154 I 0.009 0.017 0.037 0.105 0.267 0.445 0.119 155 N 0.024 0.119 0.237 0.320 0.195 0.091 0.013 156 G 0.078 0.209 0.252 0.233 0.142 0.070 0.014 157 G 0.143 0.191 0.184 0.206 0.166 0.093 0.016 158 P 0.304 0.220 0.189 0.153 0.090 0.038 0.006 159 A 0.244 0.235 0.210 0.160 0.096 0.047 0.007 160 R 0.329 0.261 0.183 0.126 0.069 0.027 0.005 161 N 0.109 0.181 0.230 0.223 0.161 0.083 0.013 162 A 0.075 0.071 0.107 0.211 0.290 0.216 0.030 163 S 0.113 0.210 0.262 0.235 0.127 0.047 0.006 164 N 0.128 0.245 0.249 0.204 0.116 0.051 0.008 165 I 0.007 0.016 0.054 0.194 0.386 0.309 0.033 166 T 0.162 0.351 0.254 0.130 0.068 0.031 0.005 167 P 0.074 0.203 0.308 0.280 0.108 0.025 0.002 168 A 0.502 0.322 0.104 0.044 0.019 0.007 0.001 169 D 0.068 0.217 0.324 0.249 0.105 0.033 0.003 170 L 0.024 0.030 0.070 0.250 0.398 0.218 0.011 171 R 0.078 0.223 0.328 0.249 0.100 0.020 0.002 172 T 0.294 0.349 0.201 0.102 0.039 0.013 0.002 173 D 0.169 0.204 0.212 0.216 0.140 0.054 0.006 174 L 0.098 0.132 0.215 0.273 0.195 0.079 0.008 175 S 0.318 0.249 0.165 0.133 0.082 0.046 0.007 176 G 0.422 0.293 0.153 0.085 0.034 0.010 0.001 177 A 0.285 0.241 0.186 0.158 0.092 0.033 0.004 178 E 0.389 0.289 0.179 0.095 0.036 0.011 0.001 179 E 0.324 0.347 0.194 0.090 0.034 0.010 0.001 180 L 0.087 0.110 0.172 0.286 0.239 0.097 0.008 181 M 0.112 0.182 0.230 0.261 0.158 0.052 0.005 182 A 0.360 0.361 0.172 0.071 0.025 0.010 0.003 183 A 0.123 0.199 0.218 0.243 0.148 0.061 0.009 184 A 0.085 0.162 0.218 0.250 0.188 0.088 0.009 185 E 0.264 0.300 0.217 0.131 0.063 0.022 0.003 186 S 0.167 0.367 0.281 0.130 0.044 0.010 0.001 187 E 0.023 0.080 0.137 0.232 0.283 0.224 0.021 188 A 0.009 0.026 0.077 0.277 0.399 0.196 0.015 189 T 0.097 0.338 0.336 0.167 0.048 0.013 0.001 190 R 0.019 0.092 0.219 0.328 0.248 0.088 0.006 191 L 0.002 0.004 0.011 0.057 0.285 0.540 0.100 192 N 0.006 0.057 0.160 0.325 0.304 0.133 0.014 193 A 0.046 0.328 0.323 0.188 0.077 0.032 0.005 194 I 0.002 0.021 0.095 0.281 0.359 0.219 0.023 195 K 0.002 0.008 0.028 0.098 0.277 0.458 0.129 196 G 0.019 0.095 0.181 0.276 0.259 0.149 0.021 197 E 0.034 0.201 0.325 0.262 0.130 0.041 0.007 198 A 0.008 0.034 0.086 0.205 0.320 0.290 0.057 199 S 0.003 0.011 0.025 0.082 0.220 0.412 0.247 200 R 0.007 0.062 0.144 0.275 0.295 0.183 0.034 201 L 0.011 0.042 0.126 0.268 0.297 0.205 0.051 202 A 0.006 0.021 0.037 0.079 0.190 0.447 0.221 203 V 0.011 0.013 0.023 0.075 0.226 0.443 0.209 204 L 0.013 0.057 0.156 0.306 0.299 0.136 0.033 205 A 0.038 0.120 0.160 0.214 0.252 0.177 0.040 206 G 0.062 0.178 0.238 0.262 0.165 0.084 0.011 207 A 0.034 0.089 0.176 0.283 0.280 0.123 0.015 208 K 0.253 0.373 0.206 0.109 0.045 0.013 0.002 209 T 0.098 0.153 0.194 0.264 0.208 0.076 0.008 210 G 0.199 0.373 0.247 0.126 0.042 0.011 0.002 211 R 0.052 0.204 0.292 0.260 0.123 0.055 0.014 212 W 0.004 0.007 0.022 0.100 0.340 0.435 0.092 213 K 0.006 0.021 0.091 0.251 0.326 0.234 0.071 214 I 0.005 0.009 0.012 0.019 0.065 0.431 0.460 215 T 0.003 0.010 0.019 0.054 0.164 0.381 0.369 216 S 0.002 0.008 0.027 0.078 0.177 0.352 0.356 217 I 0.002 0.007 0.013 0.046 0.159 0.442 0.331 218 D 0.009 0.043 0.100 0.198 0.261 0.298 0.090 219 P 0.034 0.139 0.214 0.248 0.217 0.113 0.036 220 D 0.129 0.265 0.207 0.163 0.108 0.086 0.041 221 G 0.040 0.134 0.214 0.256 0.197 0.122 0.038 222 I 0.011 0.021 0.044 0.128 0.281 0.405 0.109 223 D 0.018 0.082 0.196 0.303 0.236 0.130 0.035 224 L 0.014 0.021 0.031 0.080 0.214 0.481 0.159 225 A 0.025 0.120 0.233 0.329 0.207 0.076 0.010 226 S 0.062 0.117 0.182 0.256 0.244 0.122 0.018 227 A 0.244 0.320 0.239 0.132 0.048 0.014 0.003 228 S 0.315 0.287 0.192 0.127 0.058 0.017 0.002 229 D 0.175 0.269 0.264 0.179 0.080 0.029 0.004 230 L 0.097 0.194 0.235 0.238 0.157 0.068 0.011 231 A 0.022 0.044 0.077 0.157 0.267 0.354 0.079 232 R 0.013 0.046 0.109 0.206 0.282 0.268 0.075 233 L 0.010 0.019 0.033 0.080 0.217 0.445 0.195 234 W 0.035 0.123 0.199 0.279 0.212 0.120 0.030 235 F 0.015 0.037 0.090 0.236 0.362 0.235 0.025 236 A 0.174 0.313 0.275 0.158 0.062 0.016 0.002 237 E 0.305 0.360 0.202 0.098 0.028 0.005 0.001 238 R 0.201 0.323 0.262 0.151 0.053 0.010 0.001 239 V 0.100 0.153 0.250 0.308 0.161 0.026 0.001 240 E 0.514 0.344 0.104 0.029 0.007 0.002 0.001 241 T 0.324 0.347 0.193 0.103 0.028 0.005 0.001 242 L 0.108 0.218 0.265 0.251 0.128 0.030 0.001 243 K 0.635 0.261 0.071 0.023 0.007 0.002 0.001 244 Q 0.170 0.368 0.296 0.126 0.033 0.007 0.001 245 F 0.013 0.024 0.060 0.231 0.444 0.219 0.009 246 E 0.034 0.164 0.323 0.331 0.125 0.022 0.001 247 K 0.226 0.529 0.188 0.047 0.008 0.001 0.001 248 A 0.019 0.061 0.241 0.383 0.248 0.047 0.001 249 L 0.026 0.015 0.025 0.125 0.418 0.375 0.016 250 A 0.076 0.259 0.355 0.241 0.061 0.008 0.001 251 Q 0.183 0.488 0.227 0.085 0.015 0.002 0.001 252 L 0.051 0.070 0.146 0.330 0.298 0.101 0.004 253 L 0.098 0.138 0.206 0.317 0.198 0.042 0.002 254 K 0.642 0.261 0.068 0.021 0.006 0.001 0.001