# TARGET T0503 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.009 0.010 0.342 0.131 0.488 2 H 0.032 0.007 0.026 0.646 0.101 0.189 3 T 0.033 0.004 0.053 0.729 0.086 0.094 4 A 0.038 0.006 0.092 0.769 0.056 0.038 5 L 0.048 0.005 0.076 0.775 0.057 0.039 6 I 0.043 0.003 0.099 0.777 0.055 0.024 7 N 0.037 0.002 0.066 0.798 0.064 0.032 8 H 0.043 0.003 0.040 0.742 0.087 0.085 9 I 0.062 0.012 0.034 0.311 0.269 0.312 10 R 0.070 0.012 0.056 0.167 0.332 0.363 11 K 0.091 0.013 0.120 0.130 0.389 0.256 12 F 0.060 0.011 0.262 0.106 0.384 0.176 13 I 0.073 0.010 0.175 0.065 0.428 0.249 14 F 0.038 0.007 0.062 0.019 0.347 0.526 15 L 0.010 0.021 0.005 0.006 0.252 0.706 16 T 0.002 0.002 0.001 0.011 0.096 0.888 17 D 0.001 0.001 0.017 0.930 0.033 0.019 18 E 0.001 0.001 0.013 0.960 0.022 0.005 19 D 0.001 0.001 0.014 0.972 0.009 0.003 20 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.003 21 G 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.003 22 T 0.001 0.001 0.018 0.969 0.010 0.003 23 L 0.002 0.001 0.017 0.952 0.022 0.007 24 S 0.003 0.001 0.061 0.881 0.046 0.009 25 A 0.007 0.001 0.062 0.780 0.103 0.049 26 F 0.066 0.002 0.043 0.385 0.264 0.240 27 F 0.325 0.024 0.022 0.088 0.208 0.332 28 Q 0.621 0.008 0.016 0.026 0.134 0.195 29 L 0.786 0.004 0.017 0.022 0.049 0.121 30 K 0.879 0.005 0.006 0.008 0.026 0.074 31 K 0.873 0.005 0.002 0.003 0.015 0.103 32 V 0.549 0.023 0.002 0.003 0.069 0.355 33 R 0.157 0.044 0.003 0.004 0.675 0.117 34 K 0.036 0.003 0.009 0.004 0.906 0.043 35 K 0.033 0.001 0.006 0.002 0.927 0.032 36 E 0.465 0.022 0.004 0.002 0.462 0.046 37 T 0.839 0.024 0.001 0.003 0.038 0.095 38 L 0.940 0.016 0.001 0.002 0.016 0.025 39 L 0.879 0.008 0.002 0.004 0.051 0.056 40 K 0.746 0.014 0.003 0.006 0.179 0.052 41 T 0.250 0.007 0.008 0.015 0.588 0.132 42 G 0.098 0.005 0.004 0.005 0.707 0.183 43 E 0.286 0.035 0.004 0.003 0.496 0.177 44 I 0.450 0.063 0.007 0.006 0.227 0.246 45 C 0.413 0.020 0.031 0.010 0.324 0.202 46 R 0.466 0.011 0.024 0.005 0.314 0.181 47 I 0.742 0.008 0.007 0.003 0.116 0.125 48 N 0.946 0.003 0.001 0.001 0.015 0.035 49 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 50 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 51 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 52 V 0.925 0.003 0.001 0.001 0.024 0.045 53 K 0.594 0.003 0.003 0.003 0.211 0.187 54 G 0.334 0.003 0.007 0.006 0.381 0.269 55 C 0.759 0.011 0.002 0.002 0.122 0.104 56 L 0.949 0.006 0.001 0.001 0.017 0.027 57 R 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 58 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 59 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 60 F 0.936 0.001 0.001 0.001 0.023 0.038 61 I 0.886 0.035 0.001 0.001 0.030 0.048 62 D 0.290 0.039 0.001 0.001 0.648 0.021 63 E 0.015 0.001 0.005 0.003 0.970 0.007 64 K 0.007 0.001 0.003 0.001 0.985 0.003 65 G 0.033 0.005 0.003 0.001 0.944 0.013 66 I 0.516 0.015 0.001 0.001 0.115 0.352 67 E 0.949 0.015 0.001 0.001 0.009 0.026 68 Q 0.974 0.002 0.001 0.001 0.006 0.017 69 T 0.979 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 70 T 0.960 0.003 0.003 0.001 0.013 0.020 71 Q 0.954 0.001 0.004 0.001 0.016 0.024 72 F 0.941 0.003 0.004 0.002 0.024 0.026 73 A 0.898 0.014 0.001 0.001 0.034 0.051 74 I 0.476 0.031 0.002 0.004 0.463 0.025 75 E 0.060 0.002 0.011 0.024 0.881 0.022 76 N 0.038 0.001 0.007 0.022 0.912 0.020 77 W 0.250 0.034 0.010 0.085 0.591 0.030 78 W 0.607 0.039 0.003 0.146 0.056 0.149 79 L 0.645 0.027 0.006 0.239 0.030 0.053 80 S 0.421 0.007 0.021 0.364 0.068 0.119 81 D 0.212 0.009 0.034 0.578 0.061 0.106 82 Y 0.076 0.003 0.045 0.770 0.046 0.060 83 M 0.092 0.004 0.059 0.780 0.044 0.021 84 A 0.070 0.003 0.079 0.739 0.081 0.028 85 F 0.066 0.004 0.059 0.723 0.105 0.043 86 Q 0.045 0.004 0.059 0.704 0.141 0.046 87 K 0.025 0.003 0.039 0.532 0.254 0.147 88 Q 0.033 0.005 0.017 0.150 0.351 0.445 89 Q 0.075 0.023 0.009 0.051 0.304 0.538 90 P 0.106 0.023 0.009 0.039 0.277 0.546 91 A 0.141 0.013 0.014 0.058 0.260 0.513 92 D 0.243 0.017 0.035 0.129 0.256 0.320 93 F 0.466 0.017 0.028 0.137 0.155 0.197 94 Y 0.690 0.005 0.021 0.107 0.064 0.114 95 I 0.796 0.007 0.020 0.091 0.031 0.055 96 Q 0.841 0.007 0.012 0.063 0.029 0.048 97 S 0.765 0.006 0.018 0.073 0.060 0.078 98 V 0.619 0.008 0.030 0.069 0.134 0.141 99 E 0.591 0.008 0.043 0.024 0.201 0.133 100 N 0.508 0.005 0.042 0.009 0.260 0.176 101 C 0.704 0.005 0.010 0.004 0.133 0.144 102 E 0.931 0.002 0.002 0.001 0.026 0.038 103 L 0.968 0.002 0.001 0.001 0.007 0.021 104 L 0.961 0.001 0.001 0.001 0.010 0.027 105 S 0.934 0.004 0.001 0.001 0.015 0.045 106 I 0.613 0.011 0.001 0.001 0.063 0.311 107 T 0.180 0.010 0.001 0.002 0.186 0.622 108 Y 0.004 0.001 0.046 0.624 0.253 0.072 109 T 0.001 0.001 0.042 0.866 0.080 0.010 110 E 0.001 0.001 0.041 0.926 0.029 0.003 111 Q 0.001 0.001 0.005 0.979 0.009 0.007 112 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 113 N 0.001 0.001 0.006 0.978 0.012 0.004 114 L 0.001 0.001 0.012 0.977 0.009 0.002 115 F 0.001 0.001 0.026 0.954 0.018 0.002 116 E 0.001 0.001 0.023 0.941 0.029 0.007 117 R 0.001 0.001 0.019 0.810 0.091 0.079 118 I 0.001 0.001 0.003 0.152 0.092 0.753 119 P 0.001 0.001 0.014 0.825 0.054 0.106 120 A 0.001 0.001 0.023 0.910 0.047 0.020 121 L 0.001 0.001 0.023 0.947 0.023 0.007 122 E 0.001 0.001 0.009 0.975 0.011 0.004 123 R 0.001 0.001 0.003 0.984 0.008 0.005 124 Y 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.005 125 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.006 126 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 127 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 128 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 129 Y 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.006 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.005 0.007 131 K 0.001 0.001 0.001 0.976 0.009 0.014 132 S 0.001 0.001 0.001 0.963 0.014 0.022 133 F 0.001 0.001 0.001 0.965 0.012 0.021 134 A 0.001 0.001 0.002 0.960 0.016 0.021 135 A 0.001 0.001 0.002 0.972 0.012 0.013 136 A 0.001 0.001 0.002 0.976 0.008 0.013 137 Q 0.001 0.001 0.001 0.978 0.006 0.014 138 L 0.001 0.001 0.002 0.968 0.009 0.021 139 R 0.001 0.001 0.002 0.963 0.010 0.024 140 S 0.001 0.001 0.003 0.972 0.010 0.014 141 K 0.001 0.001 0.005 0.978 0.009 0.008 142 F 0.001 0.001 0.010 0.958 0.018 0.014 143 Q 0.001 0.001 0.027 0.914 0.035 0.022 144 H 0.002 0.001 0.053 0.745 0.107 0.093 145 M 0.003 0.003 0.031 0.454 0.196 0.312 146 Y 0.004 0.003 0.010 0.147 0.177 0.658 147 S 0.003 0.006 0.002 0.034 0.075 0.880 148 K 0.001 0.001 0.023 0.936 0.026 0.014 149 E 0.001 0.001 0.014 0.971 0.013 0.002 150 E 0.001 0.001 0.010 0.972 0.015 0.003 151 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.007 0.003 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.004 153 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 154 N 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 155 F 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 156 S 0.001 0.001 0.013 0.980 0.006 0.002 157 S 0.001 0.001 0.024 0.955 0.016 0.005 158 R 0.001 0.001 0.016 0.845 0.076 0.063 159 F 0.001 0.001 0.014 0.143 0.287 0.553 160 P 0.003 0.003 0.143 0.107 0.414 0.329 161 E 0.021 0.009 0.341 0.090 0.406 0.133 162 F 0.099 0.007 0.424 0.093 0.284 0.094 163 I 0.236 0.018 0.228 0.075 0.254 0.189 164 Q 0.474 0.010 0.073 0.055 0.160 0.227 165 R 0.318 0.031 0.033 0.054 0.186 0.378 166 V 0.106 0.023 0.009 0.056 0.179 0.627 167 P 0.049 0.007 0.005 0.063 0.141 0.734 168 Q 0.004 0.001 0.043 0.894 0.035 0.023 169 Y 0.013 0.001 0.032 0.870 0.065 0.020 170 L 0.012 0.003 0.041 0.864 0.062 0.019 171 L 0.014 0.003 0.022 0.900 0.035 0.026 172 A 0.007 0.001 0.058 0.891 0.034 0.009 173 S 0.006 0.001 0.132 0.777 0.066 0.019 174 Y 0.007 0.001 0.101 0.779 0.080 0.034 175 L 0.009 0.003 0.063 0.636 0.146 0.143 176 G 0.012 0.003 0.011 0.058 0.203 0.713 177 F 0.037 0.026 0.002 0.011 0.112 0.812 178 T 0.034 0.012 0.002 0.025 0.091 0.837 179 P 0.001 0.001 0.020 0.953 0.014 0.012 180 E 0.001 0.001 0.014 0.972 0.010 0.002 181 Y 0.001 0.001 0.013 0.975 0.009 0.003 182 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 183 S 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 184 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 185 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 186 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 187 K 0.001 0.001 0.007 0.977 0.012 0.003 188 K 0.001 0.001 0.019 0.926 0.033 0.021 189 Y 0.003 0.007 0.015 0.889 0.035 0.051 190 I 0.002 0.003 0.014 0.727 0.045 0.209 191 S 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.962