# TARGET T0503 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.003 0.019 0.004 0.003 0.969 2 H 0.026 0.019 0.020 0.497 0.008 0.044 0.387 3 T 0.012 0.003 0.046 0.745 0.043 0.065 0.087 4 A 0.013 0.005 0.060 0.764 0.021 0.084 0.054 5 L 0.018 0.004 0.069 0.773 0.021 0.068 0.048 6 I 0.011 0.003 0.130 0.760 0.014 0.044 0.038 7 N 0.015 0.001 0.142 0.673 0.026 0.118 0.024 8 H 0.011 0.003 0.171 0.533 0.023 0.229 0.030 9 I 0.026 0.044 0.077 0.356 0.174 0.087 0.237 10 R 0.036 0.009 0.108 0.311 0.089 0.150 0.298 11 K 0.036 0.006 0.197 0.267 0.091 0.229 0.173 12 F 0.028 0.012 0.316 0.118 0.112 0.201 0.213 13 I 0.040 0.006 0.197 0.072 0.238 0.233 0.214 14 F 0.042 0.021 0.085 0.033 0.115 0.218 0.485 15 L 0.002 0.006 0.003 0.004 0.086 0.006 0.893 16 T 0.002 0.003 0.001 0.006 0.018 0.002 0.969 17 D 0.001 0.001 0.017 0.941 0.010 0.024 0.008 18 E 0.001 0.001 0.016 0.956 0.004 0.019 0.005 19 D 0.001 0.001 0.020 0.958 0.002 0.012 0.008 20 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.005 0.002 21 G 0.002 0.001 0.004 0.970 0.003 0.015 0.006 22 T 0.001 0.001 0.006 0.952 0.002 0.033 0.004 23 L 0.003 0.001 0.009 0.942 0.008 0.024 0.013 24 S 0.004 0.001 0.056 0.873 0.008 0.047 0.010 25 A 0.007 0.001 0.063 0.711 0.016 0.190 0.014 26 F 0.005 0.003 0.080 0.464 0.023 0.392 0.032 27 F 0.081 0.009 0.021 0.160 0.273 0.161 0.295 28 Q 0.358 0.005 0.018 0.042 0.160 0.068 0.349 29 L 0.825 0.017 0.006 0.014 0.021 0.012 0.105 30 K 0.862 0.002 0.003 0.006 0.013 0.005 0.109 31 K 0.877 0.008 0.002 0.003 0.018 0.004 0.088 32 V 0.535 0.027 0.002 0.003 0.027 0.006 0.400 33 R 0.101 0.003 0.007 0.001 0.078 0.039 0.771 34 K 0.002 0.001 0.008 0.001 0.127 0.857 0.005 35 K 0.004 0.001 0.013 0.001 0.065 0.908 0.011 36 E 0.507 0.016 0.004 0.001 0.025 0.011 0.436 37 T 0.914 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.061 38 L 0.963 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.026 39 L 0.948 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.037 40 K 0.806 0.005 0.002 0.002 0.018 0.009 0.158 41 T 0.168 0.003 0.022 0.007 0.121 0.548 0.131 42 G 0.040 0.002 0.017 0.003 0.212 0.665 0.062 43 E 0.279 0.011 0.007 0.004 0.213 0.039 0.447 44 I 0.354 0.049 0.015 0.008 0.098 0.051 0.425 45 C 0.366 0.022 0.046 0.009 0.133 0.120 0.304 46 R 0.315 0.010 0.048 0.009 0.234 0.141 0.244 47 I 0.630 0.010 0.020 0.006 0.107 0.030 0.198 48 N 0.892 0.003 0.002 0.002 0.009 0.003 0.090 49 Y 0.967 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.018 50 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 51 V 0.981 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 52 V 0.933 0.006 0.003 0.004 0.009 0.009 0.037 53 K 0.691 0.003 0.013 0.004 0.095 0.086 0.108 54 G 0.586 0.005 0.009 0.001 0.179 0.081 0.139 55 C 0.850 0.004 0.003 0.001 0.029 0.007 0.107 56 L 0.933 0.004 0.001 0.001 0.010 0.003 0.048 57 R 0.980 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 58 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 59 F 0.968 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 60 F 0.950 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 61 I 0.887 0.013 0.001 0.001 0.018 0.002 0.079 62 D 0.341 0.010 0.001 0.001 0.016 0.007 0.624 63 E 0.017 0.001 0.008 0.001 0.089 0.842 0.041 64 K 0.004 0.001 0.005 0.001 0.117 0.864 0.009 65 G 0.046 0.002 0.002 0.001 0.704 0.094 0.152 66 I 0.219 0.013 0.002 0.002 0.099 0.015 0.652 67 E 0.830 0.070 0.001 0.001 0.010 0.002 0.086 68 Q 0.944 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.039 69 T 0.960 0.001 0.005 0.001 0.005 0.002 0.025 70 T 0.958 0.002 0.006 0.002 0.004 0.002 0.025 71 Q 0.965 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.023 72 F 0.957 0.004 0.003 0.002 0.005 0.002 0.027 73 A 0.862 0.011 0.003 0.004 0.022 0.006 0.092 74 I 0.526 0.005 0.005 0.005 0.070 0.020 0.369 75 E 0.073 0.004 0.028 0.023 0.197 0.591 0.085 76 N 0.027 0.002 0.033 0.024 0.132 0.738 0.046 77 W 0.196 0.013 0.064 0.149 0.166 0.129 0.283 78 W 0.484 0.044 0.021 0.248 0.030 0.044 0.130 79 L 0.497 0.013 0.013 0.328 0.023 0.034 0.093 80 S 0.400 0.007 0.025 0.417 0.025 0.044 0.082 81 D 0.300 0.007 0.035 0.467 0.051 0.055 0.086 82 Y 0.195 0.005 0.062 0.582 0.041 0.048 0.069 83 M 0.115 0.003 0.072 0.693 0.024 0.040 0.053 84 A 0.106 0.005 0.091 0.638 0.034 0.069 0.056 85 F 0.097 0.010 0.068 0.644 0.040 0.092 0.049 86 Q 0.067 0.015 0.048 0.543 0.076 0.163 0.089 87 K 0.032 0.005 0.023 0.205 0.169 0.435 0.131 88 Q 0.020 0.003 0.009 0.028 0.376 0.294 0.269 89 Q 0.071 0.013 0.004 0.010 0.319 0.035 0.548 90 P 0.140 0.016 0.007 0.010 0.154 0.039 0.635 91 A 0.291 0.022 0.015 0.017 0.122 0.033 0.499 92 D 0.601 0.012 0.030 0.022 0.061 0.031 0.243 93 F 0.764 0.014 0.025 0.023 0.037 0.014 0.123 94 Y 0.877 0.008 0.008 0.012 0.020 0.004 0.072 95 I 0.916 0.003 0.006 0.010 0.009 0.006 0.051 96 Q 0.948 0.004 0.003 0.007 0.008 0.006 0.024 97 S 0.890 0.010 0.007 0.009 0.011 0.012 0.060 98 V 0.802 0.006 0.008 0.007 0.053 0.039 0.086 99 E 0.648 0.008 0.007 0.004 0.159 0.028 0.146 100 N 0.506 0.004 0.009 0.002 0.192 0.083 0.203 101 C 0.792 0.005 0.002 0.001 0.047 0.014 0.139 102 E 0.937 0.002 0.001 0.001 0.023 0.002 0.034 103 L 0.980 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 104 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 105 S 0.954 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.030 106 I 0.782 0.018 0.001 0.002 0.031 0.003 0.163 107 T 0.215 0.005 0.001 0.003 0.051 0.007 0.719 108 Y 0.003 0.001 0.123 0.742 0.026 0.084 0.020 109 T 0.001 0.001 0.082 0.829 0.033 0.047 0.007 110 E 0.001 0.001 0.062 0.889 0.010 0.030 0.009 111 Q 0.001 0.001 0.007 0.973 0.005 0.008 0.006 112 E 0.001 0.001 0.004 0.970 0.005 0.015 0.004 113 N 0.001 0.001 0.007 0.970 0.003 0.017 0.003 114 L 0.001 0.001 0.010 0.955 0.006 0.023 0.005 115 F 0.001 0.002 0.021 0.915 0.008 0.048 0.005 116 E 0.001 0.001 0.023 0.658 0.020 0.286 0.012 117 R 0.001 0.001 0.017 0.561 0.062 0.318 0.041 118 I 0.001 0.002 0.003 0.097 0.203 0.023 0.671 119 P 0.001 0.001 0.082 0.717 0.031 0.131 0.037 120 A 0.001 0.001 0.059 0.801 0.023 0.099 0.017 121 L 0.001 0.001 0.028 0.921 0.011 0.023 0.016 122 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.004 0.006 123 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.004 124 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 125 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 129 Y 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.010 0.001 131 K 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.012 0.002 132 S 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.004 133 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.004 134 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.012 0.004 135 A 0.001 0.001 0.001 0.970 0.003 0.023 0.004 136 A 0.001 0.001 0.001 0.971 0.003 0.018 0.007 137 Q 0.001 0.001 0.001 0.978 0.004 0.011 0.006 138 L 0.001 0.001 0.001 0.977 0.005 0.010 0.008 139 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.009 0.006 140 S 0.001 0.001 0.001 0.980 0.005 0.007 0.006 141 K 0.001 0.001 0.003 0.970 0.004 0.018 0.004 142 F 0.001 0.001 0.008 0.913 0.005 0.068 0.006 143 Q 0.001 0.001 0.033 0.775 0.021 0.146 0.023 144 H 0.004 0.002 0.067 0.538 0.036 0.318 0.035 145 M 0.005 0.004 0.060 0.203 0.097 0.507 0.124 146 Y 0.004 0.013 0.007 0.046 0.529 0.055 0.346 147 S 0.002 0.011 0.001 0.024 0.119 0.009 0.834 148 K 0.001 0.001 0.009 0.958 0.009 0.013 0.010 149 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 150 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 151 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 153 H 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 154 N 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 155 F 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 156 S 0.001 0.001 0.009 0.971 0.002 0.016 0.002 157 S 0.001 0.001 0.010 0.868 0.003 0.117 0.002 158 R 0.001 0.001 0.010 0.730 0.018 0.229 0.012 159 F 0.001 0.005 0.012 0.150 0.266 0.060 0.506 160 P 0.002 0.003 0.164 0.198 0.093 0.379 0.161 161 E 0.005 0.004 0.366 0.148 0.073 0.319 0.085 162 F 0.013 0.007 0.512 0.169 0.079 0.103 0.117 163 I 0.072 0.014 0.384 0.177 0.063 0.109 0.182 164 Q 0.169 0.007 0.237 0.161 0.098 0.122 0.206 165 R 0.231 0.048 0.116 0.099 0.094 0.140 0.273 166 V 0.148 0.035 0.005 0.027 0.325 0.020 0.441 167 P 0.095 0.019 0.001 0.016 0.075 0.009 0.784 168 Q 0.001 0.001 0.023 0.951 0.005 0.013 0.006 169 Y 0.001 0.001 0.024 0.958 0.003 0.010 0.003 170 L 0.001 0.001 0.017 0.972 0.002 0.006 0.002 171 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.002 0.002 0.002 172 A 0.001 0.001 0.007 0.982 0.002 0.005 0.003 173 S 0.001 0.001 0.014 0.962 0.002 0.020 0.001 174 Y 0.001 0.001 0.024 0.910 0.004 0.060 0.002 175 L 0.001 0.001 0.019 0.525 0.032 0.411 0.011 176 G 0.002 0.003 0.010 0.060 0.063 0.759 0.102 177 F 0.006 0.030 0.003 0.013 0.296 0.021 0.632 178 T 0.009 0.005 0.003 0.009 0.064 0.005 0.905 179 P 0.001 0.001 0.125 0.764 0.020 0.073 0.016 180 E 0.001 0.001 0.051 0.865 0.018 0.054 0.010 181 Y 0.001 0.001 0.020 0.941 0.007 0.018 0.013 182 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.003 183 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 184 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 185 I 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 186 R 0.001 0.001 0.003 0.971 0.002 0.020 0.002 187 K 0.001 0.001 0.005 0.931 0.005 0.054 0.004 188 K 0.001 0.001 0.011 0.865 0.013 0.092 0.018 189 Y 0.006 0.007 0.023 0.681 0.060 0.121 0.103 190 I 0.009 0.011 0.042 0.452 0.004 0.246 0.235 191 S 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.003 0.980