# TARGET T0503 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.838 0.013 0.019 0.097 0.004 0.011 0.009 0.004 0.004 0.002 0.001 2 H 0.956 0.007 0.009 0.019 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 T 0.975 0.002 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 A 0.981 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.988 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 N 0.977 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.824 0.002 0.002 0.158 0.001 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 9 I 0.860 0.025 0.032 0.061 0.002 0.008 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 10 R 0.933 0.009 0.017 0.029 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.812 0.042 0.023 0.102 0.011 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 12 F 0.520 0.052 0.104 0.260 0.009 0.020 0.019 0.003 0.012 0.001 0.001 13 I 0.425 0.206 0.151 0.109 0.023 0.023 0.017 0.003 0.041 0.001 0.001 14 F 0.150 0.077 0.182 0.285 0.024 0.082 0.144 0.019 0.029 0.006 0.002 15 L 0.012 0.231 0.623 0.040 0.020 0.052 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 16 T 0.001 0.108 0.805 0.001 0.039 0.032 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 17 D 0.984 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 D 0.905 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.982 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 G 0.984 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 22 T 0.964 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 S 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.984 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.834 0.001 0.002 0.160 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.315 0.174 0.180 0.214 0.030 0.014 0.019 0.010 0.043 0.001 0.001 28 Q 0.182 0.414 0.239 0.025 0.019 0.047 0.046 0.001 0.026 0.001 0.001 29 L 0.115 0.126 0.702 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 30 K 0.397 0.308 0.070 0.133 0.027 0.026 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 31 K 0.082 0.387 0.376 0.018 0.027 0.072 0.013 0.001 0.024 0.001 0.001 32 V 0.052 0.564 0.257 0.013 0.036 0.037 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 33 R 0.056 0.179 0.689 0.009 0.006 0.032 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 34 K 0.154 0.037 0.773 0.017 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 35 K 0.052 0.005 0.015 0.125 0.008 0.005 0.164 0.615 0.004 0.008 0.001 36 E 0.011 0.265 0.651 0.010 0.017 0.029 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 37 T 0.014 0.708 0.227 0.004 0.017 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 38 L 0.060 0.554 0.306 0.007 0.011 0.046 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 39 L 0.096 0.622 0.145 0.020 0.065 0.029 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 40 K 0.076 0.516 0.247 0.019 0.064 0.036 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 41 T 0.131 0.088 0.683 0.056 0.009 0.016 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 42 G 0.026 0.003 0.016 0.014 0.022 0.001 0.067 0.790 0.001 0.061 0.001 43 E 0.079 0.211 0.545 0.034 0.025 0.064 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 44 I 0.103 0.313 0.497 0.017 0.011 0.038 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 45 C 0.289 0.232 0.252 0.100 0.059 0.036 0.011 0.003 0.014 0.003 0.001 46 R 0.200 0.379 0.141 0.112 0.125 0.017 0.009 0.003 0.011 0.001 0.001 47 I 0.020 0.752 0.084 0.009 0.111 0.010 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 48 N 0.029 0.738 0.137 0.017 0.025 0.026 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 49 Y 0.005 0.805 0.070 0.002 0.092 0.006 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 50 F 0.006 0.629 0.272 0.002 0.021 0.050 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 51 V 0.007 0.642 0.278 0.001 0.009 0.041 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 52 V 0.114 0.605 0.098 0.049 0.030 0.061 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 53 K 0.015 0.557 0.174 0.046 0.133 0.017 0.033 0.001 0.024 0.001 0.001 54 G 0.005 0.063 0.043 0.007 0.551 0.002 0.087 0.164 0.002 0.075 0.001 55 C 0.006 0.718 0.155 0.007 0.093 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 56 L 0.003 0.765 0.170 0.002 0.038 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 57 R 0.006 0.820 0.098 0.004 0.029 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 58 L 0.004 0.602 0.326 0.002 0.023 0.030 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 59 F 0.010 0.775 0.066 0.010 0.073 0.026 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 60 F 0.001 0.741 0.138 0.002 0.081 0.017 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 61 I 0.008 0.482 0.383 0.032 0.032 0.049 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 62 D 0.001 0.119 0.713 0.001 0.115 0.032 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 63 E 0.977 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 K 0.235 0.001 0.009 0.732 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 65 G 0.048 0.001 0.029 0.043 0.008 0.001 0.147 0.690 0.001 0.032 0.001 66 I 0.383 0.146 0.401 0.035 0.007 0.012 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 67 E 0.241 0.175 0.511 0.024 0.008 0.026 0.003 0.002 0.008 0.002 0.001 68 Q 0.290 0.423 0.161 0.043 0.054 0.018 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 69 T 0.140 0.546 0.192 0.022 0.059 0.029 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 70 T 0.253 0.547 0.067 0.043 0.070 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 71 Q 0.127 0.578 0.096 0.014 0.146 0.014 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 72 F 0.196 0.528 0.128 0.056 0.034 0.029 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 73 A 0.158 0.463 0.190 0.049 0.072 0.028 0.007 0.002 0.027 0.003 0.001 74 I 0.090 0.478 0.258 0.024 0.043 0.024 0.006 0.001 0.073 0.003 0.001 75 E 0.175 0.018 0.753 0.023 0.002 0.015 0.007 0.001 0.002 0.004 0.002 76 N 0.072 0.005 0.014 0.088 0.015 0.009 0.393 0.387 0.004 0.013 0.001 77 W 0.199 0.258 0.286 0.101 0.042 0.055 0.025 0.003 0.028 0.002 0.001 78 W 0.200 0.311 0.324 0.036 0.045 0.050 0.007 0.003 0.019 0.004 0.001 79 L 0.582 0.157 0.090 0.079 0.015 0.049 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 80 S 0.699 0.079 0.059 0.066 0.054 0.012 0.008 0.005 0.011 0.008 0.001 81 D 0.723 0.047 0.073 0.083 0.018 0.038 0.006 0.003 0.007 0.002 0.001 82 Y 0.811 0.048 0.039 0.059 0.008 0.018 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 83 M 0.869 0.039 0.030 0.032 0.012 0.006 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 84 A 0.924 0.019 0.014 0.026 0.008 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 85 F 0.854 0.018 0.013 0.101 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 86 Q 0.842 0.041 0.028 0.071 0.003 0.006 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 87 K 0.622 0.023 0.045 0.275 0.008 0.005 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 88 Q 0.140 0.022 0.072 0.350 0.008 0.034 0.315 0.037 0.019 0.003 0.001 89 Q 0.025 0.375 0.364 0.002 0.023 0.017 0.015 0.001 0.178 0.001 0.001 90 P 0.272 0.006 0.575 0.016 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 91 A 0.145 0.332 0.277 0.031 0.151 0.016 0.012 0.007 0.021 0.006 0.001 92 D 0.363 0.138 0.287 0.118 0.032 0.038 0.007 0.003 0.006 0.002 0.004 93 F 0.041 0.625 0.084 0.034 0.195 0.007 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 94 Y 0.028 0.794 0.063 0.010 0.086 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 95 I 0.018 0.860 0.053 0.003 0.045 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 96 Q 0.033 0.724 0.115 0.006 0.035 0.041 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 97 S 0.068 0.451 0.312 0.008 0.052 0.082 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 98 V 0.269 0.433 0.067 0.136 0.048 0.019 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 99 E 0.065 0.506 0.186 0.016 0.193 0.011 0.008 0.001 0.009 0.004 0.001 100 N 0.137 0.189 0.144 0.306 0.048 0.079 0.048 0.007 0.041 0.002 0.001 101 C 0.010 0.535 0.154 0.018 0.260 0.005 0.007 0.002 0.007 0.002 0.001 102 E 0.009 0.783 0.135 0.004 0.043 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 103 L 0.007 0.720 0.235 0.002 0.011 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 104 L 0.008 0.823 0.060 0.014 0.044 0.024 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 105 S 0.001 0.792 0.122 0.001 0.058 0.014 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 106 I 0.001 0.798 0.118 0.002 0.044 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 107 T 0.001 0.057 0.896 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 108 Y 0.978 0.002 0.004 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 T 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 E 0.939 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 N 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 F 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 R 0.857 0.001 0.001 0.140 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 I 0.732 0.017 0.068 0.038 0.003 0.006 0.006 0.001 0.128 0.002 0.001 119 P 0.974 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 120 A 0.987 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 S 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 F 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Q 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 S 0.976 0.004 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 K 0.953 0.006 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 F 0.825 0.012 0.019 0.125 0.003 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 143 Q 0.772 0.019 0.038 0.129 0.005 0.008 0.020 0.004 0.004 0.001 0.001 144 H 0.603 0.060 0.083 0.175 0.017 0.023 0.021 0.005 0.011 0.001 0.001 145 M 0.357 0.138 0.140 0.292 0.024 0.023 0.011 0.002 0.011 0.002 0.001 146 Y 0.132 0.250 0.296 0.148 0.063 0.057 0.021 0.002 0.030 0.002 0.001 147 S 0.013 0.072 0.784 0.005 0.056 0.039 0.002 0.001 0.022 0.006 0.001 148 K 0.991 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.974 0.002 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 Q 0.988 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 H 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 N 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 F 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 S 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 S 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 R 0.727 0.005 0.006 0.258 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 F 0.273 0.053 0.156 0.025 0.006 0.020 0.013 0.001 0.452 0.002 0.001 160 P 0.939 0.001 0.044 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 161 E 0.897 0.007 0.019 0.056 0.004 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 162 F 0.901 0.020 0.021 0.049 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 163 I 0.880 0.020 0.020 0.063 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 164 Q 0.732 0.086 0.084 0.056 0.016 0.010 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 165 R 0.565 0.050 0.099 0.212 0.006 0.031 0.022 0.003 0.009 0.002 0.001 166 V 0.235 0.282 0.254 0.008 0.016 0.022 0.009 0.001 0.172 0.001 0.001 167 P 0.473 0.003 0.469 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 168 Q 0.973 0.002 0.002 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 Y 0.977 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 L 0.977 0.005 0.005 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 L 0.981 0.005 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 A 0.985 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 S 0.987 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 Y 0.917 0.010 0.006 0.056 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 175 L 0.410 0.010 0.043 0.531 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 176 G 0.021 0.002 0.006 0.031 0.006 0.003 0.404 0.511 0.002 0.014 0.001 177 F 0.031 0.315 0.503 0.072 0.023 0.042 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 178 T 0.010 0.211 0.621 0.001 0.077 0.031 0.002 0.001 0.043 0.003 0.001 179 P 0.989 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 E 0.982 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 Y 0.955 0.003 0.005 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 K 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 K 0.947 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 Y 0.745 0.003 0.009 0.234 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 190 I 0.555 0.064 0.141 0.149 0.008 0.037 0.022 0.002 0.019 0.002 0.001 191 S 0.484 0.063 0.196 0.110 0.040 0.017 0.028 0.018 0.008 0.036 0.001