# TARGET T0503 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.115 0.060 0.021 0.120 0.011 0.016 0.292 0.124 0.105 0.045 2 H 0.016 0.082 0.041 0.007 0.041 0.007 0.012 0.570 0.177 0.039 0.009 3 T 0.008 0.012 0.005 0.004 0.011 0.007 0.018 0.747 0.146 0.034 0.007 4 A 0.007 0.013 0.006 0.002 0.011 0.002 0.014 0.810 0.108 0.022 0.005 5 L 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.821 0.141 0.017 0.002 6 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 0.682 0.272 0.018 0.001 7 N 0.002 0.006 0.002 0.003 0.005 0.005 0.057 0.753 0.159 0.009 0.001 8 H 0.012 0.005 0.002 0.002 0.011 0.006 0.052 0.325 0.188 0.378 0.018 9 I 0.141 0.198 0.047 0.005 0.250 0.003 0.006 0.107 0.080 0.095 0.069 10 R 0.019 0.030 0.016 0.014 0.039 0.032 0.077 0.432 0.271 0.055 0.015 11 K 0.026 0.079 0.064 0.016 0.087 0.009 0.034 0.353 0.204 0.111 0.017 12 F 0.078 0.058 0.010 0.008 0.112 0.015 0.066 0.207 0.175 0.236 0.036 13 I 0.022 0.216 0.124 0.043 0.136 0.060 0.097 0.122 0.115 0.052 0.012 14 F 0.106 0.118 0.034 0.004 0.095 0.002 0.006 0.012 0.034 0.437 0.153 15 L 0.039 0.461 0.253 0.007 0.182 0.003 0.005 0.005 0.005 0.027 0.013 16 T 0.003 0.653 0.318 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.660 0.317 0.006 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.900 0.090 0.004 0.001 19 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.874 0.074 0.042 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.072 0.005 0.001 21 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.931 0.057 0.002 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.923 0.052 0.014 0.001 23 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.878 0.093 0.021 0.001 24 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.799 0.177 0.006 0.001 25 A 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.055 0.817 0.103 0.012 0.001 26 F 0.005 0.008 0.010 0.004 0.011 0.007 0.168 0.452 0.142 0.187 0.006 27 F 0.249 0.162 0.014 0.001 0.249 0.002 0.005 0.037 0.028 0.123 0.130 28 Q 0.040 0.227 0.039 0.019 0.251 0.044 0.091 0.169 0.064 0.044 0.011 29 L 0.501 0.022 0.002 0.002 0.330 0.003 0.007 0.037 0.022 0.021 0.053 30 K 0.049 0.278 0.037 0.045 0.318 0.103 0.073 0.048 0.030 0.010 0.008 31 K 0.321 0.075 0.008 0.001 0.310 0.001 0.001 0.002 0.005 0.116 0.162 32 V 0.097 0.374 0.232 0.013 0.252 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.022 33 R 0.002 0.093 0.714 0.173 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.094 0.814 0.074 0.010 0.001 0.001 35 K 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.826 0.144 36 E 0.016 0.609 0.042 0.006 0.286 0.005 0.013 0.009 0.003 0.009 0.002 37 T 0.215 0.049 0.004 0.001 0.709 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.016 38 L 0.276 0.082 0.007 0.004 0.514 0.004 0.011 0.011 0.002 0.011 0.078 39 L 0.101 0.286 0.067 0.005 0.423 0.004 0.008 0.017 0.005 0.038 0.047 40 K 0.031 0.281 0.567 0.048 0.042 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.014 41 T 0.004 0.015 0.005 0.022 0.008 0.143 0.479 0.205 0.104 0.013 0.003 42 G 0.017 0.013 0.017 0.024 0.011 0.012 0.007 0.025 0.061 0.650 0.162 43 E 0.131 0.292 0.121 0.017 0.273 0.011 0.012 0.035 0.029 0.050 0.028 44 I 0.160 0.142 0.082 0.027 0.186 0.042 0.050 0.085 0.074 0.077 0.076 45 C 0.100 0.252 0.058 0.042 0.275 0.027 0.032 0.065 0.070 0.046 0.032 46 R 0.077 0.085 0.039 0.045 0.140 0.078 0.095 0.137 0.085 0.181 0.039 47 I 0.277 0.068 0.017 0.012 0.335 0.007 0.019 0.031 0.018 0.099 0.116 48 N 0.354 0.053 0.004 0.003 0.529 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.042 49 Y 0.112 0.132 0.014 0.002 0.726 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 50 F 0.260 0.069 0.002 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 51 V 0.434 0.071 0.011 0.004 0.388 0.012 0.008 0.010 0.003 0.004 0.057 52 V 0.214 0.091 0.059 0.056 0.329 0.091 0.050 0.037 0.011 0.015 0.046 53 K 0.068 0.170 0.093 0.157 0.110 0.044 0.050 0.037 0.042 0.154 0.073 54 G 0.045 0.171 0.231 0.157 0.101 0.022 0.013 0.013 0.015 0.163 0.067 55 C 0.146 0.261 0.036 0.006 0.462 0.010 0.023 0.015 0.009 0.016 0.017 56 L 0.495 0.034 0.002 0.001 0.419 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 57 R 0.186 0.136 0.016 0.013 0.571 0.053 0.010 0.001 0.001 0.002 0.011 58 L 0.495 0.016 0.001 0.001 0.458 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 59 F 0.319 0.092 0.012 0.004 0.523 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.038 60 F 0.196 0.215 0.026 0.001 0.535 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 61 I 0.118 0.231 0.011 0.009 0.473 0.012 0.003 0.005 0.003 0.034 0.102 62 D 0.004 0.108 0.833 0.044 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.018 0.038 0.511 0.408 0.003 0.001 64 K 0.001 0.730 0.251 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.004 0.005 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.565 0.410 66 I 0.032 0.566 0.035 0.001 0.288 0.008 0.034 0.019 0.005 0.007 0.003 67 E 0.611 0.020 0.002 0.001 0.298 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 68 Q 0.077 0.259 0.031 0.068 0.280 0.192 0.074 0.010 0.002 0.002 0.005 69 T 0.573 0.017 0.001 0.001 0.380 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 70 T 0.301 0.068 0.015 0.042 0.396 0.045 0.020 0.011 0.009 0.009 0.086 71 Q 0.228 0.145 0.024 0.005 0.539 0.006 0.008 0.006 0.003 0.007 0.029 72 F 0.373 0.074 0.009 0.001 0.408 0.002 0.003 0.005 0.006 0.032 0.087 73 A 0.191 0.219 0.071 0.039 0.357 0.012 0.013 0.011 0.008 0.025 0.054 74 I 0.023 0.125 0.550 0.227 0.030 0.022 0.003 0.006 0.003 0.004 0.007 75 E 0.003 0.015 0.012 0.065 0.005 0.182 0.400 0.211 0.099 0.008 0.001 76 N 0.010 0.015 0.020 0.063 0.008 0.014 0.009 0.029 0.069 0.650 0.112 77 W 0.059 0.290 0.106 0.037 0.187 0.022 0.031 0.047 0.043 0.137 0.041 78 W 0.235 0.134 0.035 0.016 0.335 0.012 0.019 0.073 0.030 0.052 0.059 79 L 0.168 0.148 0.052 0.044 0.219 0.029 0.048 0.105 0.048 0.061 0.079 80 S 0.050 0.204 0.164 0.119 0.113 0.050 0.019 0.154 0.051 0.049 0.028 81 D 0.172 0.121 0.054 0.012 0.163 0.010 0.022 0.274 0.072 0.032 0.069 82 Y 0.074 0.040 0.019 0.013 0.083 0.017 0.019 0.434 0.204 0.061 0.034 83 M 0.039 0.060 0.022 0.013 0.077 0.011 0.018 0.483 0.206 0.053 0.018 84 A 0.040 0.083 0.022 0.007 0.090 0.009 0.040 0.488 0.158 0.052 0.012 85 F 0.041 0.024 0.009 0.007 0.045 0.014 0.089 0.429 0.175 0.134 0.031 86 Q 0.080 0.075 0.029 0.024 0.108 0.039 0.092 0.256 0.128 0.115 0.054 87 K 0.043 0.167 0.054 0.044 0.125 0.051 0.131 0.191 0.104 0.070 0.020 88 Q 0.087 0.051 0.040 0.031 0.072 0.027 0.039 0.069 0.100 0.376 0.107 89 Q 0.059 0.363 0.192 0.025 0.227 0.012 0.022 0.043 0.025 0.018 0.015 90 P 0.199 0.144 0.036 0.014 0.237 0.019 0.034 0.055 0.061 0.114 0.088 91 A 0.071 0.338 0.184 0.025 0.299 0.007 0.011 0.018 0.014 0.019 0.013 92 D 0.274 0.075 0.015 0.006 0.257 0.009 0.022 0.100 0.057 0.073 0.113 93 F 0.163 0.161 0.032 0.028 0.288 0.053 0.057 0.094 0.032 0.055 0.037 94 Y 0.306 0.119 0.017 0.006 0.442 0.008 0.008 0.024 0.008 0.022 0.038 95 I 0.483 0.042 0.005 0.005 0.351 0.006 0.003 0.020 0.010 0.009 0.065 96 Q 0.146 0.267 0.094 0.031 0.340 0.020 0.016 0.031 0.011 0.013 0.031 97 S 0.211 0.201 0.042 0.002 0.458 0.002 0.004 0.018 0.007 0.014 0.041 98 V 0.269 0.112 0.048 0.041 0.270 0.051 0.028 0.036 0.028 0.044 0.074 99 E 0.017 0.296 0.300 0.151 0.109 0.050 0.034 0.021 0.010 0.009 0.003 100 N 0.316 0.064 0.018 0.010 0.208 0.010 0.033 0.050 0.053 0.098 0.140 101 C 0.123 0.314 0.030 0.008 0.454 0.005 0.004 0.006 0.006 0.018 0.031 102 E 0.125 0.100 0.011 0.003 0.696 0.005 0.015 0.014 0.005 0.009 0.017 103 L 0.452 0.032 0.001 0.001 0.493 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 104 L 0.111 0.127 0.012 0.007 0.686 0.010 0.008 0.005 0.002 0.005 0.028 105 S 0.435 0.041 0.005 0.001 0.251 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.221 106 I 0.012 0.546 0.279 0.010 0.140 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 107 T 0.041 0.607 0.199 0.005 0.129 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.011 108 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.461 0.517 0.008 0.001 109 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.867 0.120 0.003 0.001 110 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.842 0.091 0.051 0.001 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.083 0.007 0.001 112 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.075 0.001 0.001 113 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.923 0.061 0.005 0.001 114 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.837 0.124 0.023 0.001 115 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.696 0.260 0.020 0.002 116 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.102 0.733 0.142 0.012 0.001 117 R 0.004 0.017 0.019 0.005 0.010 0.030 0.227 0.247 0.111 0.320 0.011 118 I 0.353 0.088 0.015 0.001 0.216 0.001 0.003 0.054 0.036 0.064 0.168 119 P 0.002 0.020 0.008 0.003 0.008 0.009 0.015 0.615 0.299 0.018 0.003 120 A 0.001 0.009 0.005 0.001 0.004 0.001 0.007 0.827 0.113 0.029 0.002 121 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.845 0.130 0.018 0.001 122 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.050 0.002 0.001 123 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.038 0.003 0.001 124 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.947 0.039 0.006 0.001 125 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.059 0.005 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.038 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.950 0.032 0.004 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.928 0.050 0.010 0.001 129 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.064 0.006 0.001 130 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.930 0.046 0.005 0.001 131 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.904 0.049 0.018 0.002 132 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.908 0.068 0.010 0.001 133 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.925 0.062 0.004 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.926 0.052 0.005 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.923 0.050 0.010 0.001 136 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.908 0.064 0.009 0.001 137 Q 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.900 0.066 0.009 0.001 138 L 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.014 0.897 0.062 0.011 0.002 139 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.898 0.064 0.014 0.002 140 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.850 0.119 0.012 0.001 141 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.028 0.821 0.125 0.009 0.001 142 F 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.004 0.046 0.755 0.141 0.035 0.004 143 Q 0.008 0.011 0.003 0.003 0.014 0.011 0.048 0.533 0.253 0.108 0.008 144 H 0.021 0.029 0.009 0.004 0.044 0.011 0.057 0.432 0.254 0.119 0.019 145 M 0.052 0.075 0.016 0.006 0.071 0.009 0.059 0.296 0.115 0.268 0.033 146 Y 0.017 0.284 0.142 0.027 0.112 0.054 0.099 0.143 0.052 0.061 0.009 147 S 0.036 0.578 0.268 0.004 0.072 0.001 0.001 0.013 0.004 0.009 0.015 148 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.737 0.228 0.016 0.003 149 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.925 0.058 0.002 0.001 150 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.936 0.043 0.011 0.001 151 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.031 0.005 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.048 0.005 0.001 153 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.947 0.044 0.003 0.001 154 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.044 0.003 0.001 155 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.868 0.110 0.014 0.001 156 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.716 0.255 0.015 0.001 157 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.087 0.771 0.128 0.006 0.001 158 R 0.006 0.013 0.006 0.002 0.012 0.016 0.165 0.267 0.151 0.352 0.009 159 F 0.369 0.062 0.012 0.001 0.225 0.001 0.003 0.032 0.029 0.079 0.187 160 P 0.012 0.042 0.018 0.012 0.027 0.032 0.081 0.423 0.306 0.040 0.007 161 E 0.014 0.056 0.027 0.014 0.048 0.012 0.030 0.327 0.232 0.227 0.013 162 F 0.147 0.058 0.012 0.003 0.206 0.005 0.031 0.257 0.137 0.103 0.040 163 I 0.091 0.081 0.016 0.025 0.137 0.048 0.074 0.189 0.153 0.147 0.038 164 Q 0.052 0.270 0.124 0.020 0.261 0.010 0.018 0.099 0.070 0.051 0.025 165 R 0.222 0.102 0.026 0.002 0.167 0.002 0.006 0.011 0.027 0.301 0.133 166 V 0.025 0.544 0.223 0.005 0.189 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 167 P 0.009 0.765 0.182 0.002 0.030 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 168 Q 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.625 0.359 0.004 0.001 169 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.834 0.153 0.005 0.001 170 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.024 0.821 0.069 0.066 0.002 171 L 0.008 0.006 0.002 0.001 0.013 0.003 0.005 0.827 0.114 0.018 0.002 172 A 0.004 0.003 0.002 0.009 0.005 0.005 0.014 0.693 0.206 0.047 0.012 173 S 0.002 0.007 0.008 0.003 0.005 0.008 0.068 0.681 0.193 0.022 0.002 174 Y 0.006 0.012 0.003 0.003 0.009 0.005 0.193 0.591 0.136 0.041 0.002 175 L 0.008 0.597 0.172 0.011 0.157 0.013 0.012 0.009 0.009 0.009 0.002 176 G 0.207 0.011 0.005 0.006 0.038 0.002 0.002 0.002 0.008 0.319 0.400 177 F 0.055 0.472 0.190 0.007 0.204 0.002 0.003 0.004 0.008 0.027 0.027 178 T 0.003 0.702 0.245 0.005 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 179 P 0.009 0.005 0.003 0.001 0.020 0.004 0.009 0.542 0.394 0.009 0.003 180 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.878 0.101 0.005 0.001 181 Y 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.894 0.062 0.023 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.068 0.003 0.001 183 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.037 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.032 0.002 0.001 185 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.043 0.002 0.001 186 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.898 0.091 0.005 0.001 187 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.014 0.902 0.066 0.005 0.001 188 K 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.022 0.758 0.115 0.084 0.005 189 Y 0.008 0.019 0.006 0.002 0.018 0.005 0.020 0.633 0.210 0.066 0.012 190 I 0.007 0.021 0.005 0.004 0.013 0.009 0.049 0.658 0.198 0.031 0.006 191 S 0.008 0.029 0.017 0.011 0.021 0.030 0.120 0.436 0.149 0.171 0.009