# TARGET T0503 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.445 0.205 0.151 0.122 0.056 0.019 0.002 2 H 0.405 0.214 0.152 0.130 0.072 0.024 0.003 3 T 0.522 0.269 0.110 0.058 0.029 0.011 0.002 4 A 0.339 0.279 0.177 0.122 0.059 0.021 0.003 5 L 0.196 0.106 0.125 0.201 0.203 0.143 0.026 6 I 0.261 0.169 0.144 0.173 0.143 0.090 0.019 7 N 0.370 0.307 0.177 0.091 0.042 0.012 0.002 8 H 0.262 0.244 0.189 0.154 0.101 0.046 0.004 9 I 0.121 0.105 0.150 0.262 0.227 0.125 0.010 10 R 0.287 0.225 0.188 0.165 0.101 0.031 0.003 11 K 0.331 0.278 0.186 0.122 0.064 0.018 0.001 12 F 0.200 0.140 0.192 0.254 0.158 0.052 0.003 13 I 0.190 0.218 0.197 0.222 0.133 0.039 0.002 14 F 0.356 0.322 0.185 0.091 0.036 0.009 0.001 15 L 0.045 0.081 0.181 0.372 0.267 0.051 0.002 16 T 0.458 0.382 0.123 0.031 0.005 0.001 0.001 17 D 0.714 0.221 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 18 E 0.782 0.188 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 19 D 0.091 0.225 0.288 0.266 0.115 0.014 0.001 20 A 0.017 0.099 0.313 0.374 0.173 0.023 0.001 21 G 0.359 0.514 0.110 0.014 0.002 0.001 0.001 22 T 0.061 0.364 0.408 0.143 0.022 0.002 0.001 23 L 0.003 0.009 0.033 0.183 0.532 0.234 0.004 24 S 0.014 0.110 0.343 0.385 0.131 0.017 0.001 25 A 0.346 0.511 0.111 0.024 0.006 0.002 0.001 26 F 0.028 0.156 0.372 0.326 0.102 0.015 0.001 27 F 0.012 0.023 0.079 0.312 0.417 0.150 0.005 28 Q 0.276 0.456 0.184 0.061 0.019 0.004 0.001 29 L 0.222 0.339 0.248 0.141 0.041 0.008 0.001 30 K 0.178 0.333 0.266 0.168 0.046 0.009 0.001 31 K 0.302 0.463 0.169 0.051 0.013 0.002 0.001 32 V 0.034 0.072 0.185 0.453 0.236 0.019 0.001 33 R 0.491 0.367 0.110 0.028 0.004 0.001 0.001 34 K 0.561 0.340 0.078 0.018 0.002 0.001 0.001 35 K 0.357 0.398 0.165 0.064 0.014 0.002 0.001 36 E 0.040 0.154 0.262 0.320 0.182 0.039 0.001 37 T 0.012 0.056 0.143 0.285 0.320 0.174 0.010 38 L 0.008 0.022 0.059 0.153 0.303 0.410 0.044 39 L 0.009 0.025 0.066 0.169 0.350 0.339 0.042 40 K 0.043 0.151 0.254 0.309 0.179 0.056 0.008 41 T 0.173 0.284 0.234 0.188 0.089 0.028 0.004 42 G 0.337 0.320 0.174 0.111 0.044 0.013 0.002 43 E 0.322 0.316 0.177 0.118 0.052 0.014 0.001 44 I 0.338 0.297 0.196 0.112 0.046 0.011 0.001 45 C 0.101 0.176 0.237 0.277 0.163 0.044 0.002 46 R 0.129 0.288 0.249 0.200 0.102 0.030 0.003 47 I 0.022 0.103 0.181 0.297 0.253 0.127 0.016 48 N 0.006 0.016 0.034 0.107 0.247 0.420 0.168 49 Y 0.012 0.021 0.042 0.100 0.193 0.421 0.212 50 F 0.010 0.016 0.032 0.070 0.163 0.433 0.276 51 V 0.009 0.016 0.033 0.083 0.205 0.448 0.205 52 V 0.011 0.060 0.133 0.263 0.271 0.214 0.048 53 K 0.017 0.113 0.263 0.325 0.197 0.072 0.012 54 G 0.006 0.036 0.086 0.187 0.351 0.287 0.047 55 C 0.008 0.067 0.201 0.314 0.253 0.139 0.017 56 L 0.004 0.004 0.017 0.076 0.232 0.556 0.110 57 R 0.015 0.065 0.147 0.271 0.306 0.181 0.016 58 L 0.024 0.051 0.096 0.177 0.315 0.303 0.035 59 F 0.015 0.059 0.126 0.240 0.334 0.211 0.015 60 F 0.038 0.119 0.211 0.320 0.231 0.077 0.004 61 I 0.133 0.228 0.246 0.244 0.122 0.025 0.001 62 D 0.425 0.335 0.162 0.059 0.015 0.003 0.001 63 E 0.753 0.151 0.059 0.028 0.008 0.002 0.001 64 K 0.874 0.097 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 65 G 0.663 0.194 0.088 0.041 0.012 0.002 0.001 66 I 0.488 0.303 0.130 0.061 0.016 0.003 0.001 67 E 0.243 0.342 0.216 0.133 0.052 0.012 0.002 68 Q 0.083 0.170 0.247 0.286 0.165 0.046 0.004 69 T 0.038 0.069 0.113 0.214 0.300 0.223 0.042 70 T 0.049 0.087 0.134 0.231 0.242 0.198 0.058 71 Q 0.043 0.085 0.119 0.199 0.231 0.239 0.084 72 F 0.020 0.031 0.049 0.118 0.238 0.380 0.164 73 A 0.020 0.034 0.056 0.125 0.273 0.358 0.134 74 I 0.067 0.140 0.194 0.262 0.200 0.111 0.025 75 E 0.161 0.260 0.242 0.182 0.097 0.048 0.011 76 N 0.071 0.160 0.178 0.241 0.207 0.120 0.023 77 W 0.025 0.085 0.148 0.239 0.264 0.190 0.050 78 W 0.007 0.008 0.015 0.049 0.152 0.432 0.337 79 L 0.006 0.008 0.017 0.043 0.109 0.384 0.432 80 S 0.007 0.010 0.018 0.046 0.100 0.317 0.501 81 D 0.012 0.024 0.038 0.073 0.138 0.300 0.414 82 Y 0.015 0.023 0.036 0.076 0.163 0.322 0.364 83 M 0.027 0.052 0.083 0.135 0.185 0.291 0.227 84 A 0.038 0.065 0.093 0.157 0.212 0.305 0.131 85 F 0.042 0.059 0.083 0.150 0.261 0.321 0.085 86 Q 0.070 0.113 0.139 0.229 0.250 0.165 0.034 87 K 0.195 0.251 0.235 0.191 0.090 0.032 0.007 88 Q 0.372 0.330 0.156 0.085 0.039 0.015 0.003 89 Q 0.254 0.262 0.205 0.161 0.081 0.031 0.005 90 P 0.209 0.225 0.190 0.179 0.123 0.065 0.009 91 A 0.083 0.120 0.171 0.242 0.247 0.122 0.014 92 D 0.098 0.214 0.251 0.235 0.132 0.059 0.010 93 F 0.027 0.063 0.105 0.223 0.319 0.224 0.040 94 Y 0.031 0.091 0.164 0.252 0.259 0.170 0.032 95 I 0.013 0.029 0.048 0.127 0.275 0.392 0.116 96 Q 0.034 0.119 0.210 0.287 0.210 0.112 0.029 97 S 0.025 0.055 0.078 0.155 0.262 0.342 0.084 98 V 0.033 0.064 0.096 0.182 0.264 0.282 0.079 99 E 0.054 0.114 0.142 0.214 0.214 0.200 0.063 100 N 0.078 0.184 0.222 0.225 0.159 0.106 0.025 101 C 0.023 0.047 0.086 0.175 0.279 0.300 0.090 102 E 0.041 0.115 0.154 0.217 0.234 0.188 0.052 103 L 0.020 0.030 0.061 0.129 0.232 0.396 0.132 104 L 0.007 0.015 0.033 0.094 0.217 0.497 0.138 105 S 0.013 0.045 0.102 0.224 0.293 0.282 0.041 106 I 0.004 0.013 0.038 0.122 0.355 0.402 0.066 107 T 0.055 0.319 0.320 0.217 0.072 0.016 0.001 108 Y 0.031 0.166 0.347 0.325 0.111 0.019 0.001 109 T 0.519 0.403 0.067 0.009 0.002 0.001 0.001 110 E 0.050 0.290 0.382 0.217 0.055 0.006 0.001 111 Q 0.005 0.016 0.068 0.281 0.487 0.142 0.002 112 E 0.062 0.436 0.364 0.117 0.020 0.002 0.001 113 N 0.242 0.594 0.139 0.023 0.003 0.001 0.001 114 L 0.009 0.046 0.169 0.391 0.322 0.061 0.001 115 F 0.015 0.039 0.142 0.399 0.332 0.071 0.002 116 E 0.395 0.467 0.107 0.024 0.005 0.001 0.001 117 R 0.375 0.416 0.164 0.039 0.006 0.001 0.001 118 I 0.058 0.168 0.268 0.298 0.164 0.042 0.003 119 P 0.274 0.369 0.207 0.103 0.040 0.007 0.001 120 A 0.190 0.331 0.268 0.164 0.042 0.005 0.001 121 L 0.033 0.057 0.109 0.245 0.376 0.174 0.007 122 E 0.033 0.131 0.192 0.282 0.246 0.106 0.009 123 R 0.128 0.317 0.254 0.184 0.086 0.028 0.002 124 Y 0.023 0.083 0.213 0.339 0.249 0.085 0.007 125 F 0.014 0.019 0.026 0.082 0.254 0.504 0.102 126 R 0.031 0.098 0.181 0.287 0.261 0.128 0.014 127 L 0.119 0.323 0.293 0.172 0.073 0.020 0.001 128 V 0.037 0.085 0.169 0.330 0.268 0.102 0.009 129 Y 0.029 0.036 0.053 0.137 0.306 0.386 0.054 130 Q 0.115 0.203 0.223 0.245 0.152 0.055 0.006 131 K 0.231 0.373 0.216 0.112 0.051 0.015 0.001 132 S 0.089 0.139 0.220 0.286 0.178 0.079 0.009 133 F 0.059 0.064 0.098 0.212 0.304 0.237 0.025 134 A 0.231 0.255 0.205 0.166 0.103 0.036 0.005 135 A 0.332 0.342 0.175 0.098 0.039 0.013 0.002 136 A 0.219 0.191 0.203 0.214 0.120 0.047 0.006 137 Q 0.226 0.176 0.176 0.190 0.150 0.073 0.008 138 L 0.486 0.279 0.130 0.069 0.028 0.008 0.001 139 R 0.280 0.241 0.198 0.154 0.092 0.032 0.003 140 S 0.189 0.127 0.133 0.211 0.205 0.121 0.014 141 K 0.290 0.229 0.179 0.156 0.095 0.045 0.006 142 F 0.332 0.234 0.145 0.133 0.098 0.052 0.006 143 Q 0.182 0.127 0.144 0.182 0.206 0.141 0.019 144 H 0.195 0.148 0.155 0.213 0.178 0.099 0.012 145 M 0.245 0.258 0.215 0.159 0.085 0.033 0.004 146 Y 0.338 0.264 0.173 0.128 0.067 0.026 0.004 147 S 0.256 0.340 0.216 0.119 0.049 0.016 0.003 148 K 0.023 0.065 0.123 0.260 0.332 0.177 0.020 149 E 0.038 0.156 0.257 0.275 0.199 0.068 0.006 150 E 0.153 0.423 0.272 0.111 0.031 0.009 0.001 151 Q 0.012 0.065 0.172 0.305 0.293 0.135 0.018 152 Y 0.003 0.005 0.010 0.052 0.221 0.562 0.147 153 H 0.012 0.103 0.263 0.364 0.187 0.065 0.007 154 N 0.055 0.367 0.333 0.175 0.058 0.011 0.001 155 F 0.004 0.018 0.068 0.250 0.427 0.224 0.008 156 S 0.008 0.025 0.077 0.261 0.422 0.200 0.007 157 S 0.157 0.451 0.266 0.098 0.023 0.004 0.001 158 R 0.337 0.449 0.161 0.045 0.007 0.001 0.001 159 F 0.038 0.143 0.307 0.339 0.150 0.023 0.001 160 P 0.401 0.366 0.159 0.056 0.015 0.002 0.001 161 E 0.278 0.372 0.208 0.107 0.029 0.005 0.001 162 F 0.070 0.108 0.179 0.294 0.275 0.071 0.003 163 I 0.142 0.240 0.249 0.220 0.115 0.030 0.002 164 Q 0.272 0.306 0.180 0.139 0.073 0.028 0.003 165 R 0.141 0.250 0.253 0.218 0.102 0.033 0.003 166 V 0.030 0.063 0.134 0.272 0.326 0.159 0.016 167 P 0.186 0.331 0.237 0.157 0.067 0.020 0.002 168 Q 0.116 0.224 0.233 0.236 0.138 0.049 0.005 169 Y 0.266 0.354 0.207 0.115 0.044 0.012 0.002 170 L 0.058 0.168 0.223 0.250 0.202 0.084 0.014 171 L 0.021 0.030 0.059 0.152 0.323 0.363 0.052 172 A 0.062 0.148 0.199 0.255 0.214 0.105 0.017 173 S 0.154 0.300 0.228 0.157 0.087 0.060 0.014 174 Y 0.046 0.082 0.148 0.261 0.262 0.163 0.039 175 L 0.053 0.066 0.083 0.177 0.258 0.273 0.092 176 G 0.173 0.223 0.206 0.177 0.129 0.071 0.021 177 F 0.238 0.145 0.136 0.148 0.147 0.141 0.043 178 T 0.222 0.224 0.164 0.164 0.117 0.087 0.022 179 P 0.314 0.235 0.185 0.149 0.079 0.031 0.008 180 E 0.370 0.273 0.163 0.103 0.059 0.025 0.006 181 Y 0.206 0.181 0.170 0.213 0.149 0.069 0.012 182 L 0.199 0.117 0.128 0.180 0.185 0.160 0.031 183 S 0.396 0.229 0.165 0.124 0.062 0.021 0.003 184 E 0.366 0.232 0.197 0.127 0.058 0.017 0.002 185 I 0.158 0.103 0.132 0.216 0.255 0.124 0.011 186 R 0.209 0.194 0.226 0.229 0.114 0.026 0.002 187 K 0.608 0.274 0.085 0.025 0.006 0.001 0.001 188 K 0.581 0.231 0.116 0.053 0.016 0.003 0.001 189 Y 0.406 0.197 0.172 0.152 0.064 0.009 0.001 190 I 0.779 0.152 0.049 0.017 0.003 0.001 0.001 191 S 0.927 0.061 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001