# TARGET T0503 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2115 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.083 0.028 0.066 0.059 0.074 0.106 0.116 0.142 0.138 0.117 2 H 0.067 0.091 0.035 0.107 0.142 0.154 0.173 0.095 0.070 0.042 0.024 3 T 0.279 0.181 0.104 0.187 0.118 0.062 0.040 0.016 0.009 0.004 0.002 4 A 0.244 0.144 0.073 0.194 0.137 0.086 0.064 0.029 0.017 0.008 0.004 5 L 0.009 0.014 0.020 0.040 0.043 0.059 0.143 0.164 0.203 0.173 0.133 6 I 0.003 0.003 0.009 0.025 0.048 0.101 0.220 0.194 0.183 0.131 0.083 7 N 0.026 0.062 0.424 0.258 0.121 0.058 0.031 0.010 0.006 0.003 0.001 8 H 0.009 0.035 0.071 0.125 0.146 0.202 0.230 0.095 0.051 0.025 0.011 9 I 0.004 0.003 0.005 0.009 0.012 0.019 0.074 0.137 0.236 0.256 0.245 10 R 0.181 0.118 0.139 0.212 0.140 0.100 0.065 0.023 0.013 0.006 0.003 11 K 0.028 0.074 0.226 0.216 0.178 0.122 0.096 0.031 0.019 0.007 0.002 12 F 0.006 0.005 0.007 0.018 0.029 0.050 0.152 0.179 0.215 0.192 0.147 13 I 0.100 0.095 0.067 0.158 0.131 0.131 0.164 0.070 0.046 0.026 0.012 14 F 0.097 0.107 0.144 0.171 0.148 0.125 0.123 0.046 0.026 0.011 0.004 15 L 0.002 0.003 0.002 0.005 0.011 0.025 0.080 0.126 0.195 0.264 0.287 16 T 0.061 0.653 0.109 0.115 0.041 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 17 D 0.768 0.088 0.037 0.067 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.909 0.059 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 D 0.007 0.046 0.069 0.131 0.098 0.197 0.269 0.102 0.054 0.019 0.007 20 A 0.009 0.012 0.031 0.070 0.141 0.269 0.284 0.110 0.047 0.019 0.007 21 G 0.125 0.075 0.757 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.003 0.021 0.157 0.370 0.250 0.132 0.051 0.010 0.003 0.001 0.001 23 L 0.002 0.002 0.012 0.003 0.004 0.009 0.058 0.105 0.226 0.286 0.291 24 S 0.003 0.007 0.154 0.228 0.260 0.206 0.108 0.023 0.008 0.002 0.001 25 A 0.006 0.030 0.832 0.083 0.031 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.005 0.012 0.060 0.070 0.097 0.186 0.324 0.128 0.069 0.034 0.015 27 F 0.008 0.006 0.031 0.013 0.016 0.034 0.175 0.193 0.232 0.194 0.098 28 Q 0.026 0.093 0.359 0.261 0.140 0.064 0.035 0.012 0.005 0.003 0.001 29 L 0.021 0.044 0.239 0.169 0.160 0.125 0.113 0.057 0.041 0.022 0.009 30 K 0.057 0.065 0.116 0.121 0.131 0.131 0.188 0.087 0.058 0.030 0.016 31 K 0.077 0.123 0.184 0.229 0.153 0.102 0.086 0.025 0.014 0.005 0.002 32 V 0.004 0.007 0.015 0.019 0.029 0.047 0.139 0.167 0.212 0.197 0.163 33 R 0.115 0.277 0.220 0.206 0.102 0.042 0.024 0.007 0.004 0.001 0.001 34 K 0.216 0.218 0.126 0.170 0.105 0.070 0.057 0.020 0.010 0.005 0.002 35 K 0.561 0.164 0.060 0.112 0.058 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 36 E 0.051 0.089 0.062 0.151 0.149 0.151 0.166 0.083 0.057 0.026 0.014 37 T 0.030 0.086 0.065 0.212 0.214 0.166 0.136 0.050 0.025 0.011 0.005 38 L 0.006 0.008 0.010 0.016 0.022 0.040 0.119 0.153 0.227 0.221 0.179 39 L 0.002 0.005 0.010 0.043 0.084 0.112 0.228 0.182 0.150 0.102 0.083 40 K 0.038 0.106 0.117 0.201 0.166 0.130 0.119 0.056 0.037 0.019 0.012 41 T 0.057 0.086 0.042 0.184 0.164 0.151 0.171 0.076 0.038 0.021 0.010 42 G 0.633 0.132 0.039 0.084 0.048 0.027 0.019 0.009 0.005 0.003 0.002 43 E 0.110 0.152 0.060 0.164 0.131 0.120 0.133 0.053 0.037 0.023 0.018 44 I 0.102 0.187 0.113 0.233 0.139 0.094 0.078 0.025 0.016 0.008 0.005 45 C 0.016 0.007 0.004 0.015 0.027 0.057 0.189 0.177 0.217 0.165 0.127 46 R 0.088 0.144 0.156 0.314 0.173 0.077 0.033 0.009 0.004 0.002 0.001 47 I 0.007 0.013 0.015 0.057 0.080 0.136 0.268 0.165 0.133 0.088 0.037 48 N 0.003 0.007 0.018 0.043 0.044 0.068 0.140 0.163 0.189 0.188 0.137 49 Y 0.001 0.004 0.010 0.021 0.026 0.047 0.190 0.219 0.218 0.185 0.078 50 F 0.002 0.009 0.044 0.068 0.080 0.091 0.174 0.184 0.164 0.115 0.069 51 V 0.002 0.003 0.014 0.014 0.012 0.016 0.061 0.112 0.231 0.289 0.246 52 V 0.002 0.004 0.009 0.067 0.104 0.119 0.240 0.205 0.165 0.066 0.020 53 K 0.061 0.211 0.120 0.276 0.155 0.091 0.057 0.017 0.008 0.002 0.001 54 G 0.028 0.018 0.018 0.059 0.058 0.080 0.196 0.202 0.186 0.117 0.039 55 C 0.017 0.099 0.066 0.293 0.232 0.153 0.095 0.026 0.011 0.005 0.002 56 L 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.039 0.109 0.257 0.317 0.260 57 R 0.007 0.033 0.019 0.265 0.296 0.205 0.111 0.040 0.017 0.005 0.002 58 L 0.004 0.011 0.006 0.020 0.025 0.042 0.123 0.183 0.279 0.208 0.100 59 F 0.005 0.013 0.012 0.098 0.145 0.163 0.219 0.155 0.122 0.049 0.019 60 F 0.011 0.036 0.023 0.108 0.135 0.140 0.214 0.140 0.107 0.063 0.023 61 I 0.016 0.048 0.030 0.163 0.189 0.134 0.160 0.117 0.082 0.044 0.017 62 D 0.081 0.129 0.042 0.187 0.172 0.144 0.133 0.064 0.033 0.011 0.003 63 E 0.627 0.145 0.042 0.083 0.044 0.025 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 64 K 0.488 0.316 0.046 0.091 0.032 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 65 G 0.200 0.175 0.027 0.088 0.084 0.090 0.101 0.081 0.071 0.054 0.029 66 I 0.072 0.150 0.054 0.197 0.198 0.148 0.100 0.041 0.025 0.010 0.005 67 E 0.090 0.100 0.110 0.171 0.141 0.133 0.130 0.055 0.041 0.020 0.010 68 Q 0.019 0.035 0.049 0.216 0.208 0.171 0.152 0.077 0.044 0.020 0.009 69 T 0.019 0.012 0.016 0.026 0.027 0.037 0.104 0.153 0.219 0.214 0.172 70 T 0.007 0.009 0.042 0.086 0.115 0.174 0.206 0.132 0.113 0.071 0.045 71 Q 0.015 0.048 0.247 0.224 0.145 0.118 0.102 0.046 0.032 0.017 0.008 72 F 0.004 0.009 0.019 0.032 0.054 0.113 0.256 0.183 0.152 0.112 0.067 73 A 0.007 0.007 0.008 0.015 0.018 0.027 0.084 0.122 0.204 0.246 0.261 74 I 0.029 0.065 0.070 0.117 0.150 0.154 0.181 0.096 0.072 0.041 0.026 75 E 0.194 0.161 0.143 0.205 0.120 0.078 0.054 0.022 0.013 0.007 0.003 76 N 0.329 0.109 0.052 0.110 0.102 0.086 0.087 0.053 0.036 0.023 0.012 77 W 0.036 0.052 0.024 0.085 0.099 0.128 0.193 0.144 0.113 0.073 0.053 78 W 0.011 0.013 0.008 0.024 0.032 0.055 0.134 0.157 0.201 0.203 0.162 79 L 0.009 0.009 0.007 0.023 0.031 0.053 0.124 0.149 0.200 0.199 0.195 80 S 0.013 0.017 0.016 0.038 0.041 0.052 0.112 0.152 0.200 0.189 0.170 81 D 0.011 0.014 0.009 0.040 0.047 0.067 0.138 0.157 0.193 0.180 0.144 82 Y 0.014 0.014 0.017 0.049 0.057 0.085 0.157 0.160 0.180 0.156 0.111 83 M 0.020 0.025 0.036 0.101 0.107 0.124 0.174 0.135 0.133 0.090 0.055 84 A 0.009 0.015 0.021 0.043 0.045 0.074 0.155 0.165 0.200 0.164 0.110 85 F 0.004 0.005 0.008 0.018 0.022 0.038 0.100 0.143 0.217 0.235 0.210 86 Q 0.015 0.024 0.032 0.072 0.101 0.131 0.209 0.154 0.133 0.080 0.049 87 K 0.091 0.124 0.117 0.224 0.154 0.115 0.090 0.041 0.025 0.013 0.006 88 Q 0.314 0.140 0.079 0.140 0.097 0.077 0.064 0.035 0.027 0.017 0.010 89 Q 0.123 0.135 0.049 0.135 0.114 0.106 0.128 0.081 0.061 0.041 0.027 90 P 0.204 0.180 0.076 0.156 0.127 0.093 0.079 0.039 0.026 0.014 0.007 91 A 0.093 0.063 0.030 0.123 0.136 0.135 0.171 0.104 0.076 0.043 0.025 92 D 0.147 0.169 0.090 0.254 0.165 0.088 0.051 0.019 0.009 0.004 0.002 93 F 0.003 0.007 0.006 0.027 0.043 0.083 0.182 0.190 0.208 0.156 0.095 94 Y 0.043 0.070 0.050 0.239 0.207 0.164 0.123 0.050 0.030 0.016 0.008 95 I 0.002 0.002 0.003 0.007 0.009 0.018 0.076 0.123 0.229 0.263 0.268 96 Q 0.011 0.059 0.089 0.305 0.238 0.133 0.093 0.037 0.022 0.009 0.005 97 S 0.004 0.005 0.003 0.012 0.013 0.023 0.085 0.144 0.209 0.247 0.254 98 V 0.010 0.023 0.053 0.167 0.201 0.169 0.152 0.088 0.068 0.039 0.030 99 E 0.064 0.094 0.113 0.241 0.168 0.128 0.120 0.043 0.021 0.007 0.003 100 N 0.148 0.225 0.120 0.334 0.118 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.052 0.132 0.296 0.301 0.198 102 E 0.027 0.132 0.096 0.399 0.234 0.084 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.048 0.119 0.258 0.283 0.271 104 L 0.003 0.006 0.007 0.056 0.098 0.172 0.295 0.178 0.112 0.049 0.023 105 S 0.015 0.066 0.040 0.136 0.120 0.114 0.190 0.123 0.110 0.058 0.030 106 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.016 0.056 0.112 0.225 0.295 0.278 107 T 0.039 0.416 0.116 0.258 0.104 0.039 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 108 Y 0.014 0.026 0.010 0.076 0.144 0.174 0.248 0.143 0.099 0.048 0.018 109 T 0.713 0.143 0.055 0.052 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 110 E 0.034 0.108 0.065 0.274 0.218 0.149 0.099 0.028 0.016 0.006 0.003 111 Q 0.006 0.006 0.006 0.008 0.011 0.026 0.105 0.157 0.246 0.240 0.189 112 E 0.017 0.017 0.069 0.228 0.231 0.243 0.134 0.035 0.017 0.006 0.002 113 N 0.025 0.062 0.703 0.138 0.047 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 114 L 0.001 0.001 0.008 0.014 0.025 0.081 0.266 0.218 0.191 0.129 0.066 115 F 0.001 0.001 0.005 0.007 0.017 0.039 0.179 0.202 0.251 0.198 0.100 116 E 0.015 0.038 0.666 0.170 0.073 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 117 R 0.004 0.060 0.177 0.198 0.201 0.204 0.111 0.028 0.011 0.004 0.001 118 I 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.029 0.132 0.202 0.258 0.217 0.143 119 P 0.258 0.117 0.075 0.136 0.138 0.136 0.098 0.024 0.012 0.004 0.002 120 A 0.087 0.117 0.283 0.248 0.144 0.067 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 121 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.020 0.105 0.162 0.250 0.254 0.194 122 E 0.001 0.001 0.006 0.009 0.017 0.053 0.212 0.206 0.218 0.161 0.118 123 R 0.002 0.011 0.375 0.286 0.173 0.094 0.039 0.012 0.005 0.002 0.001 124 Y 0.001 0.002 0.030 0.037 0.070 0.178 0.340 0.184 0.095 0.046 0.018 125 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.075 0.210 0.332 0.354 126 R 0.001 0.001 0.022 0.023 0.055 0.144 0.366 0.185 0.115 0.061 0.027 127 L 0.001 0.011 0.373 0.242 0.175 0.112 0.055 0.017 0.009 0.004 0.001 128 V 0.001 0.002 0.010 0.011 0.024 0.072 0.305 0.234 0.184 0.108 0.051 129 Y 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.007 0.049 0.117 0.255 0.303 0.255 130 Q 0.001 0.004 0.115 0.072 0.106 0.170 0.269 0.122 0.079 0.043 0.020 131 K 0.008 0.027 0.425 0.271 0.142 0.077 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 132 S 0.001 0.004 0.026 0.020 0.028 0.075 0.290 0.214 0.183 0.108 0.050 133 F 0.001 0.001 0.014 0.008 0.009 0.022 0.114 0.160 0.244 0.245 0.181 134 A 0.005 0.012 0.369 0.132 0.124 0.143 0.146 0.043 0.017 0.007 0.002 135 A 0.003 0.016 0.301 0.246 0.191 0.138 0.074 0.020 0.008 0.003 0.001 136 A 0.003 0.004 0.049 0.011 0.012 0.030 0.163 0.165 0.244 0.206 0.114 137 Q 0.007 0.007 0.135 0.085 0.074 0.105 0.234 0.145 0.114 0.067 0.027 138 L 0.003 0.014 0.642 0.120 0.084 0.059 0.043 0.018 0.010 0.005 0.002 139 R 0.004 0.016 0.221 0.106 0.126 0.167 0.192 0.080 0.052 0.027 0.009 140 S 0.027 0.017 0.152 0.040 0.035 0.053 0.178 0.147 0.175 0.120 0.055 141 K 0.025 0.046 0.287 0.164 0.133 0.122 0.124 0.050 0.030 0.015 0.005 142 F 0.036 0.059 0.355 0.116 0.092 0.093 0.110 0.058 0.046 0.025 0.010 143 Q 0.071 0.068 0.213 0.122 0.101 0.089 0.120 0.073 0.072 0.048 0.021 144 H 0.124 0.092 0.168 0.113 0.112 0.099 0.139 0.067 0.052 0.025 0.009 145 M 0.084 0.067 0.114 0.126 0.106 0.107 0.150 0.096 0.084 0.046 0.020 146 Y 0.028 0.041 0.047 0.083 0.122 0.151 0.218 0.138 0.097 0.053 0.021 147 S 0.184 0.408 0.149 0.129 0.059 0.030 0.019 0.010 0.006 0.004 0.002 148 K 0.099 0.075 0.045 0.130 0.172 0.183 0.157 0.071 0.043 0.019 0.005 149 E 0.527 0.115 0.057 0.096 0.063 0.046 0.044 0.021 0.017 0.009 0.006 150 E 0.043 0.076 0.125 0.241 0.171 0.137 0.120 0.048 0.026 0.009 0.004 151 Q 0.012 0.022 0.045 0.094 0.096 0.115 0.178 0.165 0.136 0.090 0.046 152 Y 0.003 0.006 0.027 0.025 0.035 0.062 0.159 0.179 0.210 0.174 0.119 153 H 0.004 0.011 0.178 0.167 0.168 0.165 0.156 0.065 0.050 0.024 0.010 154 N 0.026 0.052 0.188 0.206 0.156 0.146 0.124 0.050 0.030 0.015 0.007 155 F 0.003 0.006 0.015 0.025 0.033 0.077 0.216 0.221 0.222 0.132 0.049 156 S 0.015 0.013 0.030 0.034 0.034 0.049 0.130 0.157 0.208 0.198 0.132 157 S 0.033 0.055 0.262 0.176 0.146 0.117 0.108 0.046 0.033 0.017 0.009 158 R 0.066 0.131 0.197 0.212 0.152 0.117 0.071 0.026 0.015 0.007 0.003 159 F 0.019 0.030 0.016 0.035 0.043 0.072 0.157 0.173 0.198 0.168 0.089 160 P 0.198 0.090 0.069 0.113 0.116 0.110 0.131 0.072 0.058 0.028 0.015 161 E 0.359 0.169 0.210 0.129 0.064 0.032 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 162 F 0.036 0.040 0.038 0.091 0.101 0.147 0.233 0.133 0.096 0.056 0.030 163 I 0.054 0.033 0.033 0.059 0.076 0.100 0.161 0.143 0.148 0.117 0.077 164 Q 0.312 0.222 0.168 0.131 0.067 0.042 0.032 0.013 0.007 0.004 0.002 165 R 0.277 0.134 0.086 0.162 0.118 0.096 0.076 0.026 0.015 0.007 0.003 166 V 0.023 0.017 0.007 0.020 0.034 0.054 0.150 0.184 0.198 0.182 0.133 167 P 0.079 0.406 0.105 0.191 0.091 0.054 0.035 0.015 0.011 0.007 0.005 168 Q 0.013 0.015 0.018 0.059 0.126 0.187 0.232 0.145 0.113 0.062 0.028 169 Y 0.343 0.149 0.113 0.161 0.104 0.064 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 170 L 0.008 0.030 0.053 0.266 0.234 0.184 0.145 0.048 0.021 0.008 0.004 171 L 0.003 0.004 0.012 0.011 0.010 0.011 0.040 0.100 0.209 0.290 0.310 172 A 0.003 0.004 0.028 0.049 0.102 0.181 0.267 0.164 0.114 0.056 0.032 173 S 0.030 0.055 0.565 0.218 0.075 0.032 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 174 Y 0.001 0.006 0.011 0.032 0.076 0.192 0.354 0.161 0.090 0.053 0.024 175 L 0.027 0.018 0.013 0.018 0.012 0.016 0.055 0.117 0.223 0.260 0.241 176 G 0.305 0.155 0.074 0.118 0.096 0.092 0.075 0.032 0.025 0.016 0.013 177 F 0.049 0.058 0.060 0.080 0.080 0.092 0.151 0.136 0.134 0.098 0.061 178 T 0.142 0.354 0.068 0.144 0.101 0.061 0.058 0.033 0.020 0.012 0.007 179 P 0.198 0.107 0.051 0.134 0.133 0.123 0.109 0.051 0.044 0.029 0.023 180 E 0.323 0.112 0.061 0.090 0.079 0.082 0.115 0.056 0.042 0.025 0.014 181 Y 0.039 0.079 0.063 0.214 0.168 0.157 0.142 0.065 0.039 0.023 0.012 182 L 0.018 0.018 0.030 0.033 0.029 0.038 0.099 0.130 0.198 0.222 0.186 183 S 0.046 0.051 0.128 0.196 0.160 0.146 0.133 0.066 0.046 0.020 0.008 184 E 0.058 0.105 0.320 0.228 0.126 0.071 0.056 0.020 0.010 0.004 0.002 185 I 0.021 0.021 0.069 0.072 0.079 0.110 0.203 0.147 0.127 0.098 0.054 186 R 0.026 0.033 0.104 0.112 0.115 0.127 0.213 0.123 0.086 0.044 0.016 187 K 0.049 0.095 0.325 0.207 0.138 0.078 0.059 0.027 0.014 0.006 0.002 188 K 0.155 0.215 0.213 0.183 0.103 0.061 0.040 0.017 0.008 0.004 0.001 189 Y 0.418 0.164 0.094 0.105 0.073 0.050 0.047 0.023 0.015 0.008 0.003 190 I 0.149 0.094 0.053 0.082 0.083 0.082 0.129 0.103 0.095 0.076 0.052 191 S 0.231 0.261 0.091 0.146 0.099 0.051 0.048 0.030 0.023 0.014 0.007