# TARGET T0503 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2115 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.044 0.002 0.004 0.947 2 H 0.004 0.006 0.006 0.396 0.005 0.012 0.571 3 T 0.002 0.001 0.020 0.886 0.015 0.017 0.059 4 A 0.003 0.001 0.047 0.887 0.008 0.022 0.033 5 L 0.003 0.001 0.033 0.929 0.005 0.018 0.011 6 I 0.002 0.002 0.037 0.919 0.007 0.028 0.005 7 N 0.001 0.001 0.023 0.855 0.004 0.114 0.002 8 H 0.001 0.001 0.016 0.803 0.009 0.157 0.014 9 I 0.005 0.009 0.025 0.541 0.106 0.059 0.257 10 R 0.008 0.007 0.155 0.490 0.032 0.122 0.186 11 K 0.013 0.005 0.233 0.488 0.039 0.178 0.046 12 F 0.014 0.008 0.451 0.217 0.045 0.172 0.093 13 I 0.022 0.012 0.271 0.130 0.125 0.340 0.100 14 F 0.029 0.019 0.110 0.039 0.137 0.416 0.251 15 L 0.012 0.034 0.003 0.004 0.255 0.009 0.684 16 T 0.002 0.008 0.001 0.002 0.017 0.001 0.969 17 D 0.001 0.001 0.162 0.793 0.003 0.030 0.011 18 E 0.001 0.001 0.227 0.738 0.001 0.031 0.002 19 D 0.001 0.001 0.279 0.685 0.001 0.028 0.006 20 A 0.001 0.001 0.074 0.880 0.002 0.037 0.006 21 G 0.001 0.001 0.082 0.752 0.006 0.148 0.011 22 T 0.002 0.003 0.073 0.750 0.010 0.130 0.031 23 L 0.006 0.008 0.068 0.750 0.030 0.087 0.052 24 S 0.007 0.003 0.147 0.665 0.028 0.090 0.060 25 A 0.004 0.001 0.133 0.613 0.031 0.201 0.018 26 F 0.019 0.005 0.122 0.460 0.049 0.272 0.073 27 F 0.186 0.018 0.030 0.218 0.082 0.098 0.369 28 Q 0.434 0.019 0.009 0.104 0.034 0.045 0.356 29 L 0.687 0.012 0.004 0.065 0.019 0.011 0.201 30 K 0.706 0.005 0.004 0.048 0.046 0.013 0.178 31 K 0.832 0.013 0.004 0.019 0.023 0.006 0.103 32 V 0.407 0.034 0.001 0.020 0.068 0.003 0.466 33 R 0.158 0.005 0.004 0.009 0.025 0.007 0.792 34 K 0.029 0.005 0.051 0.064 0.133 0.685 0.034 35 K 0.042 0.002 0.054 0.024 0.090 0.728 0.060 36 E 0.257 0.013 0.027 0.031 0.084 0.019 0.569 37 T 0.705 0.020 0.004 0.023 0.016 0.009 0.222 38 L 0.831 0.033 0.009 0.033 0.015 0.006 0.074 39 L 0.695 0.015 0.012 0.067 0.019 0.015 0.176 40 K 0.499 0.014 0.018 0.110 0.045 0.063 0.250 41 T 0.114 0.011 0.034 0.097 0.101 0.563 0.080 42 G 0.039 0.002 0.023 0.028 0.189 0.650 0.069 43 E 0.130 0.021 0.015 0.024 0.283 0.050 0.477 44 I 0.201 0.074 0.054 0.058 0.123 0.172 0.319 45 C 0.264 0.022 0.083 0.042 0.121 0.172 0.296 46 R 0.233 0.010 0.064 0.020 0.288 0.148 0.237 47 I 0.733 0.009 0.017 0.004 0.068 0.045 0.125 48 N 0.889 0.004 0.003 0.002 0.023 0.007 0.073 49 Y 0.977 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.011 50 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 51 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 52 V 0.971 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 53 K 0.759 0.002 0.002 0.001 0.057 0.078 0.103 54 G 0.553 0.001 0.002 0.001 0.175 0.205 0.064 55 C 0.918 0.004 0.001 0.001 0.016 0.014 0.047 56 L 0.985 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 57 R 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 58 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 59 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 60 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 61 I 0.880 0.049 0.001 0.001 0.010 0.002 0.058 62 D 0.266 0.006 0.001 0.001 0.026 0.007 0.694 63 E 0.008 0.001 0.005 0.003 0.053 0.921 0.010 64 K 0.002 0.001 0.005 0.004 0.037 0.945 0.006 65 G 0.027 0.003 0.011 0.018 0.621 0.198 0.122 66 I 0.252 0.038 0.006 0.088 0.091 0.058 0.467 67 E 0.816 0.049 0.003 0.045 0.026 0.007 0.054 68 Q 0.926 0.006 0.002 0.022 0.008 0.002 0.034 69 T 0.929 0.003 0.002 0.036 0.006 0.003 0.021 70 T 0.928 0.002 0.004 0.033 0.007 0.004 0.020 71 Q 0.882 0.002 0.006 0.056 0.014 0.011 0.029 72 F 0.814 0.006 0.006 0.064 0.022 0.017 0.072 73 A 0.599 0.041 0.004 0.085 0.061 0.022 0.188 74 I 0.228 0.018 0.006 0.038 0.121 0.028 0.562 75 E 0.012 0.002 0.019 0.079 0.055 0.814 0.019 76 N 0.011 0.001 0.024 0.036 0.063 0.837 0.029 77 W 0.111 0.020 0.031 0.074 0.180 0.080 0.505 78 W 0.377 0.059 0.015 0.076 0.089 0.053 0.330 79 L 0.459 0.037 0.037 0.168 0.080 0.065 0.154 80 S 0.314 0.030 0.041 0.224 0.111 0.070 0.209 81 D 0.198 0.015 0.048 0.294 0.085 0.039 0.320 82 Y 0.111 0.009 0.095 0.478 0.039 0.052 0.216 83 M 0.074 0.006 0.107 0.607 0.033 0.075 0.097 84 A 0.048 0.008 0.120 0.674 0.028 0.062 0.061 85 F 0.040 0.005 0.099 0.684 0.022 0.103 0.046 86 Q 0.069 0.017 0.130 0.507 0.052 0.154 0.072 87 K 0.027 0.006 0.065 0.279 0.076 0.494 0.052 88 Q 0.017 0.003 0.038 0.110 0.202 0.535 0.095 89 Q 0.035 0.016 0.002 0.004 0.340 0.012 0.591 90 P 0.050 0.013 0.012 0.004 0.063 0.070 0.787 91 A 0.142 0.021 0.035 0.005 0.311 0.145 0.341 92 D 0.397 0.012 0.034 0.004 0.112 0.069 0.373 93 F 0.707 0.007 0.007 0.002 0.048 0.014 0.216 94 Y 0.938 0.005 0.001 0.001 0.008 0.004 0.044 95 I 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 96 Q 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 97 S 0.961 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.031 98 V 0.885 0.003 0.002 0.001 0.017 0.006 0.087 99 E 0.704 0.002 0.005 0.001 0.097 0.033 0.156 100 N 0.443 0.003 0.012 0.001 0.143 0.127 0.272 101 C 0.650 0.005 0.003 0.001 0.079 0.032 0.230 102 E 0.921 0.002 0.001 0.001 0.028 0.005 0.044 103 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 104 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 105 S 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 106 I 0.945 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 107 T 0.307 0.005 0.001 0.001 0.059 0.002 0.625 108 Y 0.006 0.001 0.182 0.636 0.019 0.105 0.052 109 T 0.001 0.001 0.144 0.792 0.010 0.050 0.004 110 E 0.001 0.002 0.156 0.768 0.007 0.044 0.021 111 Q 0.001 0.001 0.013 0.970 0.001 0.011 0.005 112 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 113 N 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.003 0.001 114 L 0.001 0.001 0.009 0.984 0.001 0.005 0.001 115 F 0.001 0.001 0.025 0.952 0.002 0.020 0.001 116 E 0.001 0.001 0.025 0.822 0.001 0.150 0.001 117 R 0.001 0.001 0.012 0.622 0.008 0.352 0.006 118 I 0.001 0.001 0.002 0.331 0.141 0.025 0.500 119 P 0.001 0.001 0.011 0.943 0.003 0.029 0.014 120 A 0.001 0.001 0.011 0.970 0.002 0.014 0.002 121 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.005 0.001 122 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 123 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 124 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 125 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 129 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 131 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 132 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 133 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 134 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.003 135 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.010 0.004 136 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.004 137 Q 0.001 0.001 0.002 0.959 0.002 0.030 0.006 138 L 0.001 0.001 0.005 0.920 0.006 0.046 0.021 139 R 0.004 0.001 0.008 0.893 0.013 0.040 0.040 140 S 0.009 0.004 0.020 0.831 0.024 0.043 0.070 141 K 0.007 0.003 0.032 0.808 0.021 0.085 0.043 142 F 0.008 0.003 0.059 0.678 0.026 0.153 0.073 143 Q 0.011 0.005 0.112 0.463 0.064 0.180 0.165 144 H 0.011 0.003 0.106 0.291 0.088 0.345 0.156 145 M 0.014 0.010 0.045 0.156 0.162 0.305 0.307 146 Y 0.013 0.018 0.002 0.046 0.384 0.026 0.512 147 S 0.005 0.009 0.001 0.014 0.067 0.002 0.902 148 K 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.006 0.001 149 E 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.003 0.001 150 E 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 151 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.005 0.001 153 H 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.013 0.001 154 N 0.001 0.001 0.008 0.949 0.001 0.039 0.002 155 F 0.001 0.002 0.029 0.865 0.004 0.089 0.010 156 S 0.001 0.001 0.081 0.761 0.022 0.110 0.023 157 S 0.001 0.002 0.077 0.562 0.027 0.311 0.020 158 R 0.001 0.003 0.041 0.413 0.069 0.426 0.047 159 F 0.004 0.006 0.033 0.254 0.248 0.052 0.404 160 P 0.003 0.003 0.304 0.433 0.026 0.119 0.113 161 E 0.004 0.004 0.412 0.345 0.033 0.161 0.041 162 F 0.007 0.007 0.409 0.277 0.039 0.201 0.060 163 I 0.018 0.028 0.238 0.160 0.137 0.245 0.173 164 Q 0.026 0.012 0.051 0.053 0.304 0.220 0.334 165 R 0.020 0.010 0.017 0.028 0.205 0.069 0.651 166 V 0.021 0.039 0.002 0.016 0.182 0.005 0.736 167 P 0.021 0.024 0.006 0.032 0.050 0.010 0.858 168 Q 0.004 0.002 0.049 0.904 0.005 0.014 0.022 169 Y 0.002 0.001 0.043 0.937 0.004 0.007 0.007 170 L 0.001 0.001 0.017 0.970 0.002 0.005 0.005 171 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.003 0.002 172 A 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.004 0.001 173 S 0.001 0.001 0.008 0.977 0.001 0.012 0.001 174 Y 0.003 0.001 0.035 0.882 0.005 0.067 0.006 175 L 0.004 0.005 0.058 0.477 0.020 0.421 0.016 176 G 0.003 0.003 0.018 0.084 0.041 0.784 0.067 177 F 0.012 0.019 0.006 0.034 0.348 0.055 0.526 178 T 0.011 0.008 0.002 0.015 0.243 0.005 0.716 179 P 0.001 0.001 0.056 0.895 0.003 0.040 0.005 180 E 0.001 0.001 0.073 0.886 0.004 0.033 0.002 181 Y 0.002 0.001 0.034 0.945 0.001 0.009 0.008 182 L 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.002 0.003 183 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.002 184 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 185 I 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 186 R 0.005 0.001 0.005 0.973 0.002 0.011 0.003 187 K 0.002 0.001 0.006 0.917 0.005 0.065 0.004 188 K 0.001 0.001 0.006 0.348 0.009 0.625 0.011 189 Y 0.003 0.002 0.006 0.069 0.059 0.686 0.175 190 I 0.015 0.009 0.003 0.015 0.091 0.019 0.848 191 S 0.031 0.015 0.003 0.007 0.024 0.007 0.912