# TARGET T0503 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2115 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.586 0.043 0.085 0.177 0.018 0.034 0.025 0.009 0.016 0.007 0.001 2 H 0.865 0.018 0.035 0.046 0.003 0.018 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 3 T 0.963 0.004 0.009 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 A 0.973 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 5 L 0.974 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.979 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 N 0.976 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.823 0.003 0.004 0.158 0.002 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 9 I 0.819 0.021 0.042 0.093 0.001 0.010 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 10 R 0.928 0.009 0.020 0.027 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.833 0.023 0.021 0.102 0.008 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 12 F 0.482 0.035 0.085 0.352 0.006 0.016 0.014 0.002 0.007 0.001 0.001 13 I 0.559 0.119 0.178 0.087 0.013 0.016 0.011 0.002 0.015 0.001 0.001 14 F 0.142 0.028 0.061 0.490 0.012 0.034 0.167 0.039 0.024 0.004 0.001 15 L 0.004 0.136 0.763 0.013 0.009 0.056 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 16 T 0.001 0.095 0.835 0.001 0.025 0.032 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 17 D 0.986 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 D 0.891 0.001 0.002 0.102 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 G 0.985 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 22 T 0.961 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 S 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.978 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.811 0.002 0.004 0.179 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.368 0.137 0.172 0.213 0.028 0.013 0.026 0.013 0.029 0.002 0.001 28 Q 0.220 0.382 0.241 0.028 0.021 0.042 0.040 0.001 0.023 0.002 0.001 29 L 0.156 0.147 0.640 0.006 0.001 0.041 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 30 K 0.357 0.369 0.070 0.103 0.030 0.025 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 31 K 0.110 0.331 0.421 0.016 0.021 0.071 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 32 V 0.088 0.547 0.221 0.020 0.039 0.039 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 33 R 0.077 0.177 0.671 0.012 0.007 0.028 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 34 K 0.145 0.030 0.792 0.015 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.047 0.004 0.015 0.121 0.008 0.005 0.167 0.622 0.003 0.008 0.001 36 E 0.009 0.240 0.676 0.010 0.015 0.030 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 37 T 0.012 0.669 0.267 0.004 0.018 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 38 L 0.051 0.603 0.272 0.006 0.009 0.043 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 39 L 0.075 0.648 0.142 0.019 0.062 0.031 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 40 K 0.049 0.545 0.232 0.018 0.085 0.033 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 41 T 0.122 0.111 0.666 0.055 0.011 0.017 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 42 G 0.028 0.003 0.019 0.014 0.021 0.001 0.061 0.764 0.001 0.087 0.001 43 E 0.075 0.173 0.584 0.036 0.030 0.059 0.008 0.001 0.029 0.002 0.001 44 I 0.145 0.281 0.444 0.043 0.023 0.032 0.009 0.003 0.015 0.002 0.003 45 C 0.181 0.224 0.369 0.056 0.085 0.039 0.017 0.006 0.015 0.006 0.002 46 R 0.335 0.240 0.130 0.195 0.057 0.020 0.007 0.003 0.010 0.001 0.001 47 I 0.024 0.680 0.083 0.015 0.172 0.009 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 48 N 0.020 0.726 0.159 0.014 0.022 0.030 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 49 Y 0.004 0.808 0.079 0.002 0.079 0.007 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 50 F 0.005 0.675 0.235 0.002 0.022 0.043 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 51 V 0.005 0.638 0.289 0.001 0.009 0.040 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 52 V 0.086 0.649 0.086 0.051 0.038 0.054 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 53 K 0.010 0.591 0.134 0.039 0.175 0.011 0.019 0.001 0.018 0.001 0.001 54 G 0.003 0.081 0.039 0.006 0.648 0.001 0.062 0.091 0.002 0.065 0.001 55 C 0.003 0.754 0.134 0.004 0.086 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 56 L 0.001 0.805 0.137 0.001 0.037 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 57 R 0.001 0.785 0.144 0.001 0.014 0.031 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 58 L 0.003 0.486 0.440 0.001 0.009 0.049 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 59 F 0.009 0.770 0.052 0.015 0.087 0.025 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 60 F 0.001 0.709 0.172 0.001 0.089 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 61 I 0.006 0.507 0.375 0.022 0.029 0.049 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 62 D 0.001 0.166 0.654 0.001 0.140 0.021 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 63 E 0.979 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 K 0.190 0.001 0.007 0.779 0.001 0.001 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 65 G 0.052 0.001 0.047 0.039 0.009 0.001 0.132 0.672 0.001 0.045 0.001 66 I 0.442 0.113 0.385 0.030 0.006 0.011 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 67 E 0.345 0.128 0.460 0.024 0.004 0.026 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 68 Q 0.382 0.359 0.143 0.043 0.043 0.017 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 69 T 0.257 0.430 0.210 0.022 0.036 0.033 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 70 T 0.326 0.484 0.077 0.035 0.056 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 71 Q 0.266 0.448 0.100 0.023 0.122 0.016 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 72 F 0.318 0.397 0.121 0.080 0.034 0.028 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 73 A 0.236 0.365 0.200 0.086 0.050 0.029 0.006 0.002 0.024 0.002 0.001 74 I 0.100 0.433 0.294 0.021 0.044 0.021 0.009 0.001 0.072 0.004 0.001 75 E 0.170 0.014 0.767 0.022 0.002 0.013 0.006 0.001 0.002 0.003 0.002 76 N 0.075 0.005 0.016 0.077 0.016 0.006 0.273 0.513 0.003 0.018 0.001 77 W 0.263 0.185 0.315 0.095 0.032 0.062 0.019 0.003 0.023 0.003 0.001 78 W 0.302 0.238 0.277 0.058 0.034 0.057 0.007 0.003 0.020 0.004 0.001 79 L 0.708 0.074 0.066 0.084 0.011 0.035 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 80 S 0.846 0.023 0.037 0.046 0.020 0.007 0.006 0.006 0.004 0.006 0.001 81 D 0.847 0.017 0.025 0.079 0.007 0.015 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 82 Y 0.877 0.026 0.026 0.047 0.004 0.011 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 83 M 0.911 0.022 0.018 0.027 0.008 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 84 A 0.964 0.008 0.007 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 F 0.897 0.008 0.007 0.082 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.829 0.035 0.027 0.088 0.003 0.006 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 87 K 0.608 0.018 0.061 0.277 0.007 0.004 0.017 0.004 0.001 0.002 0.001 88 Q 0.095 0.010 0.036 0.353 0.005 0.023 0.403 0.062 0.012 0.002 0.001 89 Q 0.013 0.350 0.405 0.001 0.019 0.019 0.011 0.001 0.181 0.001 0.001 90 P 0.218 0.008 0.610 0.017 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 91 A 0.066 0.461 0.239 0.022 0.153 0.014 0.011 0.004 0.026 0.003 0.001 92 D 0.167 0.183 0.465 0.075 0.030 0.056 0.005 0.002 0.009 0.001 0.006 93 F 0.017 0.641 0.078 0.024 0.222 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 94 Y 0.012 0.807 0.059 0.008 0.097 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 95 I 0.004 0.882 0.036 0.002 0.063 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 96 Q 0.008 0.805 0.089 0.003 0.032 0.029 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 97 S 0.018 0.509 0.317 0.003 0.055 0.077 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 98 V 0.219 0.451 0.051 0.172 0.058 0.019 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 99 E 0.029 0.517 0.131 0.011 0.289 0.006 0.005 0.001 0.006 0.004 0.001 100 N 0.083 0.218 0.126 0.269 0.057 0.093 0.082 0.008 0.061 0.002 0.001 101 C 0.005 0.596 0.149 0.010 0.224 0.004 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 102 E 0.007 0.802 0.127 0.003 0.035 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 103 L 0.004 0.752 0.205 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 104 L 0.006 0.843 0.053 0.010 0.040 0.021 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 105 S 0.001 0.751 0.157 0.001 0.053 0.019 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 106 I 0.001 0.755 0.151 0.002 0.049 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 107 T 0.001 0.055 0.894 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 108 Y 0.977 0.002 0.004 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 109 T 0.987 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 E 0.945 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 N 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 F 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 R 0.806 0.001 0.001 0.190 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 I 0.707 0.018 0.089 0.032 0.003 0.009 0.007 0.001 0.131 0.002 0.001 119 P 0.983 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 S 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 F 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 Q 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.981 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 S 0.969 0.004 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 K 0.954 0.007 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 F 0.835 0.015 0.020 0.109 0.004 0.005 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 143 Q 0.754 0.024 0.039 0.154 0.006 0.006 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 144 H 0.552 0.073 0.080 0.183 0.028 0.022 0.036 0.010 0.015 0.002 0.001 145 M 0.342 0.158 0.145 0.280 0.023 0.025 0.011 0.002 0.011 0.002 0.001 146 Y 0.125 0.258 0.271 0.154 0.077 0.052 0.024 0.002 0.033 0.003 0.001 147 S 0.021 0.070 0.751 0.009 0.066 0.046 0.004 0.001 0.022 0.009 0.001 148 K 0.981 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.976 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.960 0.003 0.008 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 Q 0.989 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 Y 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 H 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 N 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 F 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 S 0.968 0.002 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 S 0.967 0.002 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 R 0.729 0.007 0.011 0.243 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 159 F 0.401 0.060 0.223 0.040 0.005 0.027 0.019 0.001 0.223 0.001 0.001 160 P 0.866 0.001 0.114 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 161 E 0.852 0.011 0.028 0.089 0.006 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 162 F 0.692 0.025 0.046 0.208 0.008 0.007 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 163 I 0.340 0.070 0.130 0.366 0.014 0.029 0.025 0.003 0.020 0.001 0.001 164 Q 0.253 0.127 0.232 0.174 0.056 0.027 0.078 0.024 0.015 0.014 0.001 165 R 0.193 0.177 0.297 0.193 0.032 0.036 0.036 0.011 0.011 0.011 0.002 166 V 0.034 0.437 0.346 0.004 0.026 0.021 0.008 0.001 0.122 0.001 0.001 167 P 0.050 0.003 0.885 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 168 Q 0.977 0.002 0.002 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 Y 0.988 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 L 0.989 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 L 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 A 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 S 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 Y 0.959 0.004 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 L 0.363 0.004 0.009 0.621 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 G 0.041 0.002 0.007 0.029 0.006 0.004 0.496 0.396 0.002 0.017 0.001 177 F 0.120 0.268 0.364 0.176 0.024 0.032 0.005 0.001 0.009 0.003 0.001 178 T 0.037 0.211 0.549 0.002 0.095 0.026 0.006 0.001 0.065 0.007 0.001 179 P 0.969 0.001 0.020 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 180 E 0.968 0.005 0.013 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 Y 0.955 0.010 0.009 0.020 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.989 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 S 0.985 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.990 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 I 0.985 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 R 0.974 0.005 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 K 0.903 0.010 0.009 0.069 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 188 K 0.575 0.022 0.037 0.341 0.009 0.002 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 189 Y 0.213 0.021 0.060 0.169 0.029 0.017 0.330 0.127 0.017 0.016 0.001 190 I 0.212 0.241 0.317 0.101 0.020 0.068 0.009 0.001 0.029 0.001 0.001 191 S 0.253 0.166 0.238 0.165 0.061 0.060 0.017 0.006 0.018 0.015 0.001