# TARGET T0503 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2115 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.066 0.028 0.008 0.041 0.008 0.019 0.589 0.099 0.090 0.021 2 H 0.020 0.064 0.023 0.006 0.043 0.005 0.009 0.671 0.102 0.045 0.012 3 T 0.002 0.017 0.006 0.002 0.008 0.003 0.011 0.804 0.128 0.017 0.002 4 A 0.004 0.007 0.005 0.001 0.006 0.002 0.013 0.868 0.078 0.014 0.002 5 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.864 0.094 0.026 0.001 6 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.796 0.172 0.011 0.001 7 N 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.028 0.826 0.124 0.009 0.001 8 H 0.003 0.005 0.003 0.002 0.005 0.006 0.058 0.399 0.194 0.320 0.006 9 I 0.032 0.120 0.040 0.004 0.068 0.002 0.010 0.389 0.199 0.113 0.024 10 R 0.005 0.019 0.010 0.005 0.010 0.019 0.078 0.587 0.247 0.016 0.003 11 K 0.008 0.038 0.019 0.007 0.022 0.005 0.048 0.419 0.274 0.146 0.015 12 F 0.055 0.039 0.012 0.003 0.075 0.006 0.032 0.230 0.356 0.146 0.046 13 I 0.013 0.182 0.048 0.006 0.086 0.019 0.075 0.361 0.173 0.028 0.009 14 F 0.097 0.040 0.009 0.001 0.064 0.001 0.009 0.034 0.044 0.596 0.105 15 L 0.057 0.492 0.119 0.003 0.298 0.002 0.004 0.004 0.002 0.008 0.013 16 T 0.009 0.701 0.211 0.001 0.074 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 17 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.639 0.354 0.003 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.897 0.094 0.005 0.001 19 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.831 0.093 0.073 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.082 0.008 0.001 21 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.901 0.090 0.003 0.001 22 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.889 0.070 0.033 0.001 23 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.764 0.177 0.050 0.001 24 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.750 0.220 0.010 0.001 25 A 0.002 0.005 0.003 0.003 0.004 0.007 0.077 0.704 0.154 0.036 0.003 26 F 0.010 0.017 0.006 0.006 0.017 0.013 0.148 0.358 0.157 0.260 0.010 27 F 0.221 0.176 0.023 0.002 0.212 0.002 0.004 0.063 0.060 0.145 0.092 28 Q 0.035 0.382 0.101 0.007 0.256 0.006 0.018 0.075 0.060 0.052 0.007 29 L 0.483 0.040 0.009 0.001 0.272 0.002 0.011 0.023 0.021 0.031 0.106 30 K 0.030 0.366 0.124 0.023 0.253 0.039 0.076 0.050 0.022 0.008 0.009 31 K 0.410 0.082 0.015 0.001 0.350 0.001 0.005 0.010 0.007 0.033 0.087 32 V 0.097 0.457 0.123 0.018 0.212 0.006 0.006 0.015 0.012 0.019 0.035 33 R 0.003 0.137 0.768 0.062 0.018 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 34 K 0.001 0.004 0.002 0.013 0.001 0.101 0.575 0.266 0.036 0.001 0.001 35 K 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.009 0.057 0.824 0.095 36 E 0.055 0.512 0.053 0.001 0.339 0.001 0.003 0.009 0.011 0.012 0.005 37 T 0.276 0.142 0.016 0.001 0.518 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.032 38 L 0.227 0.163 0.059 0.014 0.418 0.013 0.023 0.025 0.014 0.009 0.037 39 L 0.213 0.178 0.043 0.019 0.255 0.018 0.033 0.059 0.021 0.053 0.107 40 K 0.071 0.245 0.281 0.055 0.179 0.020 0.019 0.052 0.017 0.032 0.029 41 T 0.031 0.128 0.080 0.093 0.083 0.168 0.275 0.071 0.027 0.023 0.022 42 G 0.033 0.031 0.064 0.132 0.027 0.023 0.009 0.017 0.040 0.470 0.153 43 E 0.145 0.274 0.085 0.006 0.312 0.004 0.014 0.058 0.047 0.030 0.025 44 I 0.097 0.248 0.071 0.013 0.160 0.014 0.022 0.114 0.102 0.113 0.047 45 C 0.152 0.156 0.050 0.037 0.249 0.027 0.039 0.087 0.084 0.056 0.063 46 R 0.027 0.013 0.007 0.015 0.033 0.082 0.199 0.412 0.139 0.057 0.016 47 I 0.149 0.117 0.028 0.009 0.349 0.011 0.025 0.105 0.059 0.102 0.046 48 N 0.329 0.060 0.005 0.003 0.505 0.003 0.005 0.021 0.011 0.018 0.039 49 Y 0.203 0.081 0.006 0.002 0.639 0.002 0.002 0.015 0.006 0.008 0.034 50 F 0.206 0.181 0.009 0.001 0.552 0.001 0.001 0.010 0.003 0.008 0.029 51 V 0.491 0.051 0.014 0.007 0.303 0.008 0.010 0.015 0.005 0.016 0.080 52 V 0.048 0.026 0.042 0.147 0.061 0.340 0.205 0.093 0.018 0.009 0.011 53 K 0.035 0.031 0.044 0.197 0.028 0.112 0.204 0.155 0.072 0.082 0.039 54 G 0.028 0.126 0.155 0.298 0.062 0.095 0.008 0.022 0.024 0.149 0.032 55 C 0.228 0.137 0.019 0.005 0.488 0.003 0.007 0.011 0.013 0.045 0.042 56 L 0.314 0.125 0.011 0.002 0.500 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.038 57 R 0.141 0.154 0.018 0.004 0.658 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.009 58 L 0.691 0.009 0.002 0.001 0.227 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.062 59 F 0.163 0.214 0.040 0.015 0.453 0.035 0.020 0.007 0.004 0.011 0.038 60 F 0.240 0.201 0.017 0.001 0.494 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 61 I 0.071 0.348 0.039 0.012 0.412 0.015 0.008 0.015 0.010 0.036 0.034 62 D 0.009 0.098 0.790 0.048 0.021 0.004 0.003 0.016 0.008 0.001 0.002 63 E 0.001 0.004 0.007 0.013 0.001 0.021 0.103 0.717 0.123 0.008 0.001 64 K 0.001 0.766 0.185 0.029 0.006 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 65 G 0.020 0.005 0.006 0.010 0.004 0.004 0.001 0.002 0.003 0.338 0.609 66 I 0.055 0.441 0.070 0.005 0.267 0.004 0.014 0.081 0.029 0.020 0.013 67 E 0.332 0.097 0.016 0.003 0.461 0.003 0.006 0.019 0.011 0.014 0.039 68 Q 0.125 0.302 0.081 0.027 0.356 0.015 0.022 0.042 0.012 0.011 0.009 69 T 0.364 0.076 0.010 0.003 0.436 0.004 0.007 0.027 0.006 0.011 0.056 70 T 0.253 0.097 0.016 0.014 0.421 0.020 0.019 0.057 0.020 0.029 0.055 71 Q 0.197 0.137 0.026 0.005 0.432 0.011 0.038 0.068 0.016 0.021 0.048 72 F 0.200 0.137 0.034 0.009 0.331 0.010 0.027 0.090 0.036 0.066 0.061 73 A 0.198 0.187 0.056 0.017 0.179 0.011 0.022 0.054 0.042 0.107 0.128 74 I 0.007 0.151 0.586 0.158 0.027 0.023 0.003 0.011 0.018 0.010 0.005 75 E 0.001 0.007 0.004 0.033 0.002 0.206 0.536 0.186 0.025 0.001 0.001 76 N 0.006 0.005 0.002 0.004 0.004 0.002 0.004 0.008 0.046 0.797 0.122 77 W 0.162 0.193 0.032 0.002 0.352 0.004 0.019 0.034 0.067 0.087 0.048 78 W 0.153 0.187 0.040 0.003 0.257 0.002 0.006 0.134 0.095 0.072 0.051 79 L 0.096 0.087 0.029 0.024 0.122 0.019 0.035 0.336 0.142 0.055 0.055 80 S 0.025 0.076 0.040 0.044 0.054 0.049 0.049 0.523 0.072 0.051 0.018 81 D 0.053 0.051 0.027 0.005 0.062 0.003 0.010 0.645 0.064 0.059 0.021 82 Y 0.020 0.013 0.005 0.002 0.016 0.003 0.006 0.768 0.111 0.048 0.009 83 M 0.007 0.015 0.003 0.003 0.018 0.005 0.019 0.776 0.134 0.017 0.004 84 A 0.010 0.015 0.010 0.002 0.018 0.004 0.028 0.823 0.074 0.011 0.003 85 F 0.008 0.008 0.007 0.006 0.011 0.010 0.050 0.722 0.125 0.049 0.006 86 Q 0.024 0.051 0.022 0.012 0.038 0.013 0.031 0.490 0.212 0.094 0.012 87 K 0.012 0.138 0.063 0.032 0.049 0.054 0.141 0.333 0.120 0.050 0.008 88 Q 0.026 0.017 0.015 0.014 0.020 0.010 0.024 0.049 0.078 0.656 0.092 89 Q 0.040 0.463 0.250 0.013 0.166 0.004 0.014 0.027 0.009 0.005 0.007 90 P 0.118 0.331 0.080 0.010 0.238 0.010 0.025 0.059 0.047 0.043 0.040 91 A 0.053 0.354 0.159 0.019 0.203 0.014 0.030 0.066 0.059 0.027 0.015 92 D 0.233 0.064 0.016 0.009 0.264 0.023 0.077 0.118 0.068 0.052 0.075 93 F 0.185 0.225 0.033 0.007 0.453 0.006 0.008 0.020 0.013 0.026 0.025 94 Y 0.218 0.077 0.005 0.003 0.653 0.004 0.006 0.011 0.003 0.004 0.015 95 I 0.461 0.029 0.002 0.002 0.438 0.003 0.003 0.006 0.002 0.006 0.047 96 Q 0.272 0.083 0.007 0.004 0.542 0.006 0.007 0.007 0.003 0.012 0.057 97 S 0.245 0.149 0.028 0.007 0.461 0.004 0.004 0.017 0.006 0.026 0.052 98 V 0.286 0.105 0.041 0.023 0.231 0.014 0.016 0.042 0.046 0.083 0.112 99 E 0.010 0.153 0.197 0.144 0.045 0.196 0.137 0.085 0.025 0.006 0.004 100 N 0.241 0.036 0.011 0.006 0.121 0.005 0.019 0.025 0.036 0.240 0.261 101 C 0.168 0.319 0.038 0.002 0.426 0.002 0.002 0.002 0.004 0.011 0.027 102 E 0.095 0.230 0.022 0.004 0.590 0.007 0.017 0.014 0.007 0.007 0.008 103 L 0.435 0.032 0.003 0.001 0.489 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.031 104 L 0.065 0.156 0.011 0.007 0.722 0.013 0.010 0.004 0.001 0.002 0.009 105 S 0.422 0.035 0.004 0.001 0.364 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.157 106 I 0.039 0.519 0.197 0.012 0.203 0.003 0.002 0.002 0.001 0.007 0.014 107 T 0.016 0.750 0.139 0.001 0.088 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 108 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.588 0.395 0.008 0.001 109 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.062 0.001 0.001 110 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.054 0.020 0.001 111 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.054 0.008 0.001 112 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.906 0.086 0.002 0.001 113 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.922 0.057 0.011 0.001 114 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.847 0.123 0.019 0.001 115 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.682 0.293 0.012 0.001 116 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.851 0.085 0.009 0.001 117 R 0.001 0.005 0.005 0.004 0.004 0.026 0.179 0.116 0.084 0.568 0.007 118 I 0.352 0.085 0.014 0.001 0.435 0.001 0.001 0.032 0.008 0.009 0.065 119 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.738 0.247 0.004 0.001 120 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.917 0.051 0.022 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.072 0.012 0.001 122 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.031 0.001 0.001 123 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.015 0.001 0.001 124 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.014 0.001 0.001 125 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.002 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.008 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.013 0.001 0.001 129 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.034 0.006 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.032 0.001 0.001 131 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.018 0.001 0.001 132 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.016 0.006 0.001 133 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.029 0.006 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.027 0.001 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.015 0.002 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.020 0.002 0.001 137 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.960 0.026 0.005 0.001 138 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.928 0.040 0.011 0.001 139 R 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.891 0.053 0.032 0.003 140 S 0.008 0.017 0.003 0.002 0.016 0.003 0.013 0.821 0.100 0.015 0.003 141 K 0.007 0.009 0.003 0.004 0.010 0.008 0.041 0.789 0.105 0.019 0.004 142 F 0.022 0.035 0.014 0.007 0.049 0.009 0.048 0.574 0.154 0.078 0.011 143 Q 0.038 0.042 0.008 0.003 0.059 0.007 0.028 0.484 0.211 0.098 0.022 144 H 0.046 0.071 0.016 0.004 0.086 0.008 0.040 0.342 0.176 0.179 0.032 145 M 0.122 0.080 0.022 0.003 0.134 0.007 0.030 0.162 0.080 0.292 0.069 146 Y 0.060 0.337 0.132 0.023 0.218 0.011 0.022 0.056 0.020 0.076 0.044 147 S 0.026 0.568 0.281 0.002 0.093 0.001 0.001 0.019 0.003 0.004 0.004 148 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.783 0.211 0.004 0.001 149 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.029 0.002 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.031 0.009 0.001 151 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.020 0.003 0.001 152 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.039 0.009 0.001 153 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.936 0.057 0.002 0.001 154 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.044 0.002 0.001 155 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.836 0.127 0.020 0.001 156 S 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.717 0.211 0.034 0.003 157 S 0.002 0.012 0.003 0.002 0.005 0.011 0.096 0.637 0.192 0.038 0.003 158 R 0.009 0.020 0.020 0.010 0.014 0.019 0.145 0.203 0.151 0.388 0.022 159 F 0.180 0.125 0.055 0.007 0.202 0.003 0.014 0.127 0.103 0.089 0.098 160 P 0.010 0.069 0.010 0.002 0.034 0.004 0.014 0.401 0.440 0.012 0.004 161 E 0.008 0.015 0.006 0.003 0.012 0.008 0.088 0.518 0.298 0.041 0.005 162 F 0.019 0.015 0.005 0.006 0.027 0.018 0.151 0.342 0.170 0.231 0.016 163 I 0.112 0.161 0.046 0.012 0.177 0.009 0.025 0.116 0.079 0.184 0.080 164 Q 0.013 0.100 0.134 0.131 0.047 0.108 0.089 0.173 0.101 0.089 0.015 165 R 0.098 0.165 0.147 0.008 0.129 0.008 0.035 0.085 0.066 0.179 0.078 166 V 0.013 0.601 0.234 0.006 0.108 0.001 0.004 0.019 0.004 0.004 0.006 167 P 0.005 0.783 0.124 0.001 0.030 0.001 0.001 0.047 0.006 0.003 0.001 168 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.797 0.199 0.002 0.001 169 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 170 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.032 0.018 0.001 171 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.034 0.004 0.001 172 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.052 0.003 0.001 173 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.863 0.096 0.004 0.001 174 Y 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.058 0.824 0.097 0.009 0.001 175 L 0.003 0.699 0.199 0.008 0.056 0.003 0.007 0.014 0.005 0.004 0.001 176 G 0.049 0.003 0.004 0.006 0.005 0.009 0.007 0.011 0.010 0.457 0.440 177 F 0.069 0.448 0.106 0.010 0.247 0.005 0.009 0.025 0.012 0.037 0.032 178 T 0.012 0.616 0.223 0.008 0.082 0.001 0.001 0.030 0.010 0.014 0.004 179 P 0.009 0.013 0.005 0.001 0.017 0.001 0.004 0.704 0.236 0.008 0.003 180 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.929 0.041 0.002 0.001 181 Y 0.007 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.904 0.037 0.027 0.002 182 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.907 0.071 0.014 0.001 183 S 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.914 0.059 0.010 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.038 0.004 0.001 185 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.929 0.045 0.005 0.001 186 R 0.004 0.009 0.004 0.002 0.004 0.003 0.017 0.746 0.170 0.038 0.003 187 K 0.005 0.013 0.008 0.004 0.009 0.007 0.029 0.661 0.209 0.051 0.004 188 K 0.008 0.419 0.169 0.017 0.062 0.026 0.072 0.158 0.045 0.021 0.005 189 Y 0.047 0.022 0.016 0.015 0.025 0.008 0.025 0.072 0.062 0.529 0.179 190 I 0.215 0.221 0.035 0.006 0.265 0.008 0.027 0.067 0.039 0.047 0.070 191 S 0.055 0.306 0.106 0.032 0.213 0.027 0.033 0.098 0.061 0.043 0.026