# TARGET T0503 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0503.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2115 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.701 0.176 0.064 0.038 0.015 0.004 0.001 2 H 0.402 0.232 0.187 0.122 0.048 0.009 0.001 3 T 0.644 0.241 0.081 0.027 0.006 0.001 0.001 4 A 0.423 0.314 0.159 0.074 0.025 0.006 0.001 5 L 0.107 0.126 0.228 0.272 0.200 0.063 0.004 6 I 0.077 0.097 0.183 0.312 0.245 0.080 0.005 7 N 0.361 0.383 0.170 0.064 0.018 0.004 0.001 8 H 0.209 0.231 0.237 0.197 0.096 0.027 0.002 9 I 0.089 0.091 0.149 0.260 0.284 0.121 0.006 10 R 0.238 0.305 0.242 0.144 0.054 0.015 0.001 11 K 0.152 0.229 0.233 0.216 0.126 0.042 0.003 12 F 0.064 0.075 0.131 0.246 0.316 0.157 0.010 13 I 0.199 0.237 0.233 0.209 0.095 0.025 0.001 14 F 0.157 0.296 0.249 0.172 0.087 0.035 0.004 15 L 0.023 0.055 0.146 0.322 0.338 0.111 0.005 16 T 0.308 0.395 0.195 0.074 0.023 0.005 0.001 17 D 0.652 0.252 0.071 0.020 0.004 0.001 0.001 18 E 0.714 0.221 0.047 0.013 0.004 0.001 0.001 19 D 0.176 0.269 0.272 0.207 0.066 0.009 0.001 20 A 0.054 0.163 0.274 0.330 0.151 0.027 0.001 21 G 0.433 0.407 0.126 0.029 0.005 0.001 0.001 22 T 0.096 0.260 0.361 0.223 0.053 0.006 0.001 23 L 0.020 0.015 0.033 0.163 0.422 0.334 0.014 24 S 0.050 0.164 0.336 0.314 0.115 0.020 0.001 25 A 0.291 0.464 0.174 0.055 0.013 0.003 0.001 26 F 0.066 0.131 0.234 0.303 0.200 0.062 0.003 27 F 0.047 0.055 0.124 0.263 0.342 0.159 0.010 28 Q 0.346 0.375 0.184 0.071 0.019 0.004 0.001 29 L 0.269 0.284 0.218 0.150 0.065 0.014 0.001 30 K 0.147 0.218 0.255 0.216 0.122 0.039 0.004 31 K 0.320 0.411 0.170 0.070 0.021 0.006 0.001 32 V 0.062 0.088 0.190 0.336 0.270 0.052 0.002 33 R 0.454 0.317 0.144 0.061 0.019 0.004 0.001 34 K 0.484 0.276 0.148 0.073 0.017 0.003 0.001 35 K 0.604 0.248 0.096 0.040 0.011 0.002 0.001 36 E 0.172 0.264 0.277 0.196 0.076 0.015 0.001 37 T 0.072 0.140 0.224 0.273 0.203 0.082 0.005 38 L 0.033 0.052 0.092 0.198 0.319 0.276 0.030 39 L 0.044 0.085 0.142 0.256 0.290 0.164 0.018 40 K 0.176 0.305 0.256 0.163 0.070 0.026 0.004 41 T 0.251 0.287 0.224 0.147 0.069 0.021 0.003 42 G 0.388 0.285 0.164 0.096 0.046 0.018 0.003 43 E 0.212 0.232 0.211 0.181 0.111 0.047 0.005 44 I 0.131 0.217 0.217 0.215 0.147 0.066 0.008 45 C 0.072 0.091 0.154 0.261 0.263 0.137 0.022 46 R 0.163 0.298 0.237 0.164 0.082 0.045 0.011 47 I 0.048 0.085 0.151 0.225 0.242 0.199 0.050 48 N 0.030 0.043 0.068 0.136 0.262 0.357 0.103 49 Y 0.025 0.040 0.074 0.143 0.251 0.330 0.137 50 F 0.021 0.036 0.066 0.134 0.208 0.364 0.172 51 V 0.014 0.021 0.029 0.068 0.189 0.411 0.268 52 V 0.010 0.030 0.056 0.131 0.244 0.341 0.187 53 K 0.043 0.166 0.218 0.249 0.166 0.105 0.052 54 G 0.021 0.077 0.143 0.234 0.233 0.227 0.065 55 C 0.011 0.076 0.192 0.276 0.249 0.163 0.033 56 L 0.003 0.006 0.020 0.086 0.285 0.497 0.103 57 R 0.009 0.060 0.181 0.339 0.272 0.122 0.017 58 L 0.013 0.025 0.047 0.124 0.301 0.436 0.054 59 F 0.018 0.055 0.124 0.267 0.324 0.193 0.017 60 F 0.043 0.158 0.270 0.296 0.178 0.051 0.004 61 I 0.158 0.293 0.273 0.182 0.076 0.017 0.001 62 D 0.371 0.357 0.183 0.070 0.016 0.002 0.001 63 E 0.770 0.169 0.042 0.014 0.004 0.001 0.001 64 K 0.842 0.116 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 65 G 0.442 0.227 0.163 0.108 0.047 0.013 0.001 66 I 0.311 0.306 0.211 0.119 0.040 0.011 0.001 67 E 0.199 0.288 0.253 0.162 0.075 0.020 0.003 68 Q 0.122 0.171 0.238 0.244 0.160 0.058 0.007 69 T 0.079 0.083 0.128 0.227 0.272 0.187 0.024 70 T 0.052 0.075 0.129 0.229 0.269 0.210 0.037 71 Q 0.090 0.191 0.221 0.237 0.159 0.087 0.014 72 F 0.030 0.052 0.092 0.197 0.302 0.281 0.046 73 A 0.039 0.048 0.074 0.137 0.255 0.343 0.103 74 I 0.094 0.150 0.205 0.238 0.183 0.105 0.024 75 E 0.157 0.220 0.215 0.182 0.123 0.075 0.028 76 N 0.144 0.202 0.181 0.168 0.141 0.116 0.048 77 W 0.056 0.088 0.116 0.181 0.234 0.235 0.091 78 W 0.032 0.032 0.046 0.100 0.202 0.352 0.237 79 L 0.034 0.039 0.059 0.120 0.189 0.329 0.230 80 S 0.077 0.079 0.080 0.105 0.144 0.265 0.250 81 D 0.055 0.061 0.080 0.136 0.188 0.281 0.198 82 Y 0.046 0.044 0.066 0.119 0.192 0.291 0.241 83 M 0.073 0.110 0.134 0.179 0.200 0.206 0.097 84 A 0.118 0.113 0.110 0.152 0.195 0.224 0.088 85 F 0.081 0.089 0.109 0.179 0.238 0.234 0.069 86 Q 0.156 0.173 0.192 0.220 0.161 0.082 0.014 87 K 0.354 0.370 0.176 0.073 0.021 0.005 0.001 88 Q 0.457 0.320 0.137 0.060 0.020 0.005 0.001 89 Q 0.317 0.287 0.204 0.126 0.051 0.013 0.002 90 P 0.233 0.266 0.208 0.168 0.088 0.033 0.005 91 A 0.094 0.141 0.212 0.277 0.200 0.068 0.008 92 D 0.138 0.323 0.279 0.159 0.066 0.028 0.006 93 F 0.021 0.047 0.098 0.220 0.302 0.263 0.048 94 Y 0.014 0.057 0.134 0.218 0.260 0.249 0.068 95 I 0.015 0.023 0.044 0.111 0.255 0.414 0.138 96 Q 0.034 0.145 0.256 0.294 0.172 0.083 0.018 97 S 0.021 0.040 0.079 0.191 0.313 0.302 0.054 98 V 0.039 0.093 0.164 0.253 0.274 0.149 0.027 99 E 0.174 0.331 0.236 0.156 0.069 0.029 0.005 100 N 0.108 0.212 0.280 0.239 0.113 0.039 0.008 101 C 0.017 0.035 0.070 0.167 0.325 0.335 0.052 102 E 0.039 0.092 0.175 0.281 0.242 0.144 0.028 103 L 0.016 0.034 0.058 0.104 0.209 0.433 0.147 104 L 0.011 0.024 0.037 0.097 0.267 0.433 0.132 105 S 0.009 0.054 0.160 0.287 0.281 0.180 0.030 106 I 0.004 0.010 0.026 0.108 0.356 0.415 0.081 107 T 0.038 0.240 0.295 0.240 0.133 0.050 0.004 108 Y 0.014 0.120 0.280 0.335 0.196 0.053 0.003 109 T 0.505 0.346 0.101 0.032 0.011 0.004 0.001 110 E 0.127 0.338 0.306 0.169 0.050 0.010 0.001 111 Q 0.020 0.021 0.052 0.266 0.440 0.191 0.009 112 E 0.068 0.304 0.383 0.196 0.044 0.006 0.001 113 N 0.232 0.546 0.178 0.038 0.006 0.001 0.001 114 L 0.027 0.049 0.134 0.358 0.343 0.086 0.002 115 F 0.024 0.048 0.134 0.338 0.370 0.085 0.002 116 E 0.226 0.476 0.230 0.058 0.010 0.001 0.001 117 R 0.214 0.380 0.259 0.118 0.025 0.004 0.001 118 I 0.025 0.100 0.204 0.267 0.262 0.134 0.007 119 P 0.310 0.234 0.169 0.144 0.098 0.041 0.004 120 A 0.243 0.350 0.228 0.116 0.049 0.014 0.002 121 L 0.020 0.027 0.065 0.213 0.371 0.269 0.033 122 E 0.047 0.152 0.166 0.246 0.207 0.160 0.023 123 R 0.083 0.282 0.305 0.211 0.092 0.026 0.002 124 Y 0.031 0.051 0.183 0.358 0.304 0.069 0.004 125 F 0.035 0.017 0.017 0.039 0.168 0.564 0.160 126 R 0.023 0.065 0.127 0.300 0.297 0.175 0.013 127 L 0.058 0.273 0.341 0.228 0.080 0.018 0.002 128 V 0.017 0.033 0.099 0.301 0.362 0.173 0.015 129 Y 0.019 0.016 0.019 0.051 0.198 0.561 0.137 130 Q 0.067 0.145 0.210 0.268 0.205 0.097 0.009 131 K 0.173 0.334 0.266 0.158 0.057 0.011 0.002 132 S 0.060 0.113 0.194 0.316 0.220 0.086 0.011 133 F 0.049 0.047 0.059 0.139 0.287 0.350 0.068 134 A 0.212 0.272 0.223 0.162 0.091 0.036 0.005 135 A 0.276 0.308 0.211 0.138 0.052 0.013 0.002 136 A 0.118 0.108 0.137 0.232 0.235 0.141 0.028 137 Q 0.123 0.143 0.163 0.213 0.199 0.136 0.022 138 L 0.329 0.305 0.185 0.110 0.051 0.017 0.003 139 R 0.257 0.218 0.201 0.182 0.103 0.034 0.004 140 S 0.257 0.148 0.139 0.179 0.163 0.100 0.014 141 K 0.332 0.285 0.182 0.120 0.055 0.023 0.003 142 F 0.397 0.222 0.166 0.126 0.067 0.020 0.002 143 Q 0.372 0.204 0.153 0.141 0.090 0.035 0.005 144 H 0.395 0.216 0.149 0.127 0.073 0.034 0.006 145 M 0.398 0.285 0.167 0.094 0.042 0.012 0.002 146 Y 0.315 0.277 0.202 0.128 0.058 0.017 0.003 147 S 0.495 0.262 0.114 0.068 0.038 0.019 0.004 148 K 0.251 0.245 0.199 0.162 0.097 0.039 0.006 149 E 0.329 0.252 0.168 0.149 0.077 0.021 0.003 150 E 0.302 0.359 0.206 0.093 0.029 0.009 0.001 151 Q 0.078 0.197 0.272 0.250 0.142 0.055 0.007 152 Y 0.032 0.036 0.067 0.160 0.311 0.325 0.069 153 H 0.046 0.093 0.185 0.312 0.250 0.104 0.011 154 N 0.116 0.307 0.285 0.193 0.073 0.024 0.003 155 F 0.058 0.058 0.102 0.220 0.319 0.226 0.017 156 S 0.088 0.041 0.044 0.104 0.260 0.384 0.080 157 S 0.152 0.262 0.269 0.213 0.080 0.023 0.002 158 R 0.189 0.322 0.261 0.163 0.054 0.010 0.001 159 F 0.105 0.125 0.168 0.243 0.238 0.110 0.010 160 P 0.343 0.243 0.180 0.144 0.072 0.017 0.001 161 E 0.687 0.231 0.058 0.017 0.005 0.001 0.001 162 F 0.401 0.286 0.185 0.098 0.026 0.003 0.001 163 I 0.314 0.253 0.207 0.151 0.060 0.015 0.001 164 Q 0.563 0.277 0.097 0.041 0.016 0.005 0.001 165 R 0.563 0.244 0.118 0.051 0.017 0.004 0.001 166 V 0.236 0.160 0.172 0.223 0.156 0.048 0.005 167 P 0.202 0.328 0.229 0.137 0.066 0.032 0.007 168 Q 0.086 0.145 0.206 0.289 0.209 0.058 0.006 169 Y 0.320 0.377 0.197 0.078 0.022 0.005 0.001 170 L 0.096 0.207 0.286 0.272 0.113 0.024 0.002 171 L 0.052 0.041 0.072 0.208 0.301 0.280 0.046 172 A 0.092 0.139 0.209 0.287 0.199 0.066 0.008 173 S 0.200 0.325 0.205 0.137 0.071 0.051 0.011 174 Y 0.157 0.139 0.150 0.199 0.185 0.137 0.034 175 L 0.150 0.118 0.119 0.148 0.172 0.186 0.108 176 G 0.289 0.206 0.152 0.136 0.093 0.078 0.047 177 F 0.222 0.163 0.160 0.147 0.121 0.123 0.064 178 T 0.167 0.132 0.148 0.183 0.178 0.131 0.061 179 P 0.196 0.160 0.141 0.180 0.157 0.116 0.050 180 E 0.285 0.244 0.157 0.130 0.087 0.063 0.034 181 Y 0.277 0.214 0.164 0.152 0.103 0.068 0.021 182 L 0.169 0.157 0.154 0.195 0.162 0.129 0.034 183 S 0.242 0.200 0.178 0.182 0.121 0.061 0.016 184 E 0.318 0.312 0.185 0.110 0.049 0.021 0.005 185 I 0.404 0.236 0.157 0.120 0.061 0.020 0.003 186 R 0.402 0.239 0.175 0.120 0.050 0.013 0.001 187 K 0.663 0.212 0.082 0.032 0.010 0.002 0.001 188 K 0.732 0.185 0.058 0.019 0.005 0.001 0.001 189 Y 0.725 0.193 0.056 0.020 0.005 0.001 0.001 190 I 0.510 0.197 0.147 0.099 0.039 0.007 0.001 191 S 0.646 0.215 0.087 0.038 0.011 0.002 0.001