This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA L A 3 3 NATAA T A 4 4 NATAA K A 5 5 NATAA V A 6 6 NATAA I A 7 7 NATAA A A 8 8 NATAA Q A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA H A 11 11 NATAA I A 12 12 NATAA D A 13 13 NATAA H A 14 14 NATAA F A 15 15 NATAA T A 16 16 NATAA K A 17 17 NATAA W A 18 18 NATAA F A 19 19 NATAA E A 20 20 NATAA R A 21 21 NATAA A A 22 22 NATAA D A 23 23 NATAA K A 24 24 NATAA I A 25 25 NATAA V A 26 26 NATAA I A 27 27 NATAA V A 28 28 NATAA S A 29 29 NATAA H A 30 30 NATAA V A 31 31 NATAA S A 32 32 NATRO P A 33 33 NATAA D A 34 34 NATAA G A 35 35 NATAA D A 36 36 NATAA A A 37 37 NATAA I A 38 38 NATAA G A 39 39 NATAA S A 40 40 NATAA S A 41 41 NATAA L A 42 42 NATAA G A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA Y A 45 45 NATAA H A 46 46 NATAA F A 47 47 NATAA L A 48 48 NATAA D A 49 49 NATAA S A 50 50 NATAA Q A 51 51 NATAA D A 52 52 NATAA K A 53 53 NATAA I A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA N A 56 56 NATAA V A 57 57 NATAA I A 58 58 NATAA V A 59 59 NATRO P A 60 60 NATAA N A 61 61 NATAA A A 62 62 NATAA F A 63 63 NATRO P A 64 64 NATAA D A 65 65 NATAA F A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA K A 68 68 NATAA W A 69 69 NATAA M A 70 70 NATRO P A 71 71 NATAA G A 72 72 NATAA S A 73 73 NATAA K A 74 74 NATAA D A 75 75 NATAA I A 76 76 NATAA L A 77 77 NATAA L A 78 78 NATAA Y A 79 79 NATAA D A 80 80 NATAA R A 81 81 NATAA Y A 82 82 NATAA Q A 83 83 NATAA E A 84 84 NATAA F A 85 85 NATAA A A 86 86 NATAA D A 87 87 NATAA K A 88 88 NATAA L A 89 89 NATAA I A 90 90 NATAA M A 91 91 NATAA E A 92 92 NATAA A A 93 93 NATAA D A 94 94 NATAA V A 95 95 NATAA I A 96 96 NATRO C A 97 97 NATRO C A 98 98 NATAA L A 99 99 NATAA D A 100 100 NATAA F A 101 101 NATAA N A 102 102 NATAA A A 103 103 NATAA L A 104 104 NATAA K A 105 105 NATAA R A 106 106 NATAA I A 107 107 NATAA D A 108 108 NATAA E A 109 109 NATAA M A 110 110 NATAA S A 111 111 NATAA D A 112 112 NATAA I A 113 113 NATAA V A 114 114 NATAA A A 115 115 NATAA A A 116 116 NATAA S A 117 117 NATRO P A 118 118 NATAA G A 119 119 NATAA R A 120 120 NATAA K A 121 121 NATAA I A 122 122 NATAA M A 123 123 NATAA I A 124 124 NATAA D A 125 125 NATAA H A 126 126 NATAA H A 127 127 NATAA L A 128 128 NATAA Y A 129 129 NATRO P A 130 130 NATAA E A 131 131 NATAA D A 132 132 NATAA F A 133 133 NATRO C A 134 134 NATAA R A 135 135 NATAA I A 136 136 NATAA T A 137 137 NATAA I A 138 138 NATAA S A 139 139 NATAA H A 140 140 NATRO P A 141 141 NATAA E A 142 142 NATAA I A 143 143 NATAA S A 144 144 NATAA S A 145 145 NATAA T A 146 146 NATAA S A 147 147 NATAA E A 148 148 NATAA L A 149 149 NATAA V A 150 150 NATAA F A 151 151 NATAA R A 152 152 NATAA L A 153 153 NATAA I A 154 154 NATRO C A 155 155 NATAA R A 156 156 NATAA M A 157 157 NATAA G A 158 158 NATAA Y A 159 159 NATAA F A 160 160 NATAA S A 161 161 NATAA D A 162 162 NATAA I A 163 163 NATAA S A 164 164 NATAA K A 165 165 NATAA E A 166 166 NATAA G A 167 167 NATAA A A 168 168 NATAA E A 169 169 NATRO C A 170 170 NATAA I A 171 171 NATAA Y A 172 172 NATAA T A 173 173 NATAA G A 174 174 NATAA M A 175 175 NATAA M A 176 176 NATAA T A 177 177 NATAA D A 178 178 NATAA T A 179 179 NATAA G A 180 180 NATAA G A 181 181 NATAA F A 182 182 NATAA T A 183 183 NATAA Y A 184 184 NATAA N A 185 185 NATAA S A 186 186 NATAA N A 187 187 NATAA N A 188 188 NATAA R A 189 189 NATAA E A 190 190 NATAA I A 191 191 NATAA Y A 192 192 NATAA F A 193 193 NATAA I A 194 194 NATAA I A 195 195 NATAA S A 196 196 NATAA E A 197 197 NATAA L A 198 198 NATAA L A 199 199 NATAA S A 200 200 NATAA K A 201 201 NATAA G A 202 202 NATAA I A 203 203 NATAA D A 204 204 NATAA K A 205 205 NATAA D A 206 206 NATAA D A 207 207 NATAA I A 208 208 NATAA Y A 209 209 NATAA R A 210 210 NATAA K A 211 211 NATAA V A 212 212 NATAA Y A 213 213 NATAA N A 214 214 NATAA T A 215 215 NATAA Y A 216 216 NATAA S A 217 217 NATAA E A 218 218 NATAA S A 219 219 NATAA R A 220 220 NATAA L A 221 221 NATAA R A 222 222 NATAA L A 223 223 NATAA M A 224 224 NATAA G A 225 225 NATAA Y A 226 226 NATAA V A 227 227 NATAA L A 228 228 NATAA S A 229 229 NATAA N A 230 230 NATAA M A 231 231 NATAA K A 232 232 NATAA V A 233 233 NATAA Y A 234 234 NATAA K A 235 235 NATAA D A 236 236 NATAA Y A 237 237 NATAA N A 238 238 NATAA S A 239 239 NATAA A A 240 240 NATAA L A 241 241 NATAA I A 242 242 NATAA S A 243 243 NATAA L A 244 244 NATAA T A 245 245 NATAA K A 246 246 NATAA E A 247 247 NATAA E A 248 248 NATAA Q A 249 249 NATAA G A 250 250 NATAA K A 251 251 NATAA F A 252 252 NATAA D A 253 253 NATAA Y A 254 254 NATAA I A 255 255 NATAA K A 256 256 NATAA G A 257 257 NATAA D A 258 258 NATAA S A 259 259 NATAA E A 260 260 NATAA G A 261 261 NATAA F A 262 262 NATAA V A 263 263 NATAA N A 264 264 NATAA I A 265 265 NATRO P A 266 266 NATAA L A 267 267 NATAA S A 268 268 NATAA I A 269 269 NATAA K A 270 270 NATAA N A 271 271 NATAA V A 272 272 NATRO C A 273 273 NATAA F A 274 274 NATAA S A 275 275 NATRO C A 276 276 NATAA F A 277 277 NATAA L A 278 278 NATAA R A 279 279 NATAA E A 280 280 NATAA D A 281 281 NATAA T A 282 282 NATAA E A 283 283 NATAA K A 284 284 NATAA K A 285 285 NATAA M A 286 286 NATAA I A 287 287 NATAA K A 288 288 NATAA I A 289 289 NATAA S A 290 290 NATAA L A 291 291 NATAA R A 292 292 NATAA S A 293 293 NATAA V A 294 294 NATAA G A 295 295 NATAA K A 296 296 NATAA F A 297 297 NATRO P A 298 298 NATRO C A 299 299 NATAA N A 300 300 NATAA R A 301 301 NATAA L A 302 302 NATAA A A 303 303 NATAA A A 304 304 NATAA E A 305 305 NATAA F A 306 306 NATAA F A 307 307 NATAA N A 308 308 NATAA G A 309 309 NATAA G A 310 310 NATAA G A 311 311 NATAA H A 312 312 NATAA L A 313 313 NATAA N A 314 314 NATAA A A 315 315 NATAA S A 316 316 NATAA G A 317 317 NATAA G A 318 318 NATAA E A 319 319 NATAA F A 320 320 NATAA Y A 321 321 NATAA G A 322 322 NATAA T A 323 323 NATAA M A 324 324 NATAA E A 325 325 NATAA E A 326 326 NATAA A A 327 327 NATAA V A 328 328 NATAA K A 329 329 NATAA V A 330 330 NATAA F A 331 331 NATAA E A 332 332 NATAA Q A 333 333 NATAA A A 334 334 NATAA L A 335 335 NATAA E A 336 336 NATAA K A 337 337 NATAA Y A 338 338 NATAA K A 339 339 NATRO P A 340 340 NATAA L A 341 341 NATAA L A 342 342 NATAA K A 343 343 NATAA E