# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.662 0.254 0.058 0.020 0.006 0.001 0.001 2 T 0.317 0.405 0.183 0.074 0.017 0.004 0.001 3 Y 0.021 0.046 0.142 0.305 0.374 0.107 0.005 4 K 0.042 0.221 0.346 0.289 0.080 0.020 0.001 5 L 0.008 0.020 0.046 0.107 0.336 0.437 0.047 6 I 0.009 0.039 0.088 0.208 0.308 0.309 0.039 7 L 0.020 0.064 0.165 0.260 0.292 0.179 0.021 8 N 0.056 0.209 0.359 0.273 0.077 0.024 0.002 9 L 0.050 0.084 0.182 0.299 0.283 0.098 0.004 10 K 0.365 0.379 0.148 0.069 0.033 0.006 0.001 11 Q 0.460 0.395 0.098 0.035 0.010 0.002 0.001 12 A 0.133 0.155 0.257 0.284 0.144 0.027 0.001 13 K 0.342 0.303 0.218 0.099 0.031 0.006 0.001 14 E 0.421 0.329 0.155 0.070 0.022 0.004 0.001 15 E 0.361 0.373 0.156 0.079 0.025 0.004 0.001 16 A 0.049 0.129 0.218 0.295 0.219 0.084 0.005 17 I 0.039 0.085 0.155 0.271 0.295 0.144 0.011 18 K 0.131 0.291 0.285 0.190 0.078 0.023 0.001 19 E 0.084 0.231 0.261 0.250 0.129 0.041 0.003 20 A 0.022 0.048 0.107 0.221 0.303 0.268 0.030 21 V 0.029 0.061 0.141 0.271 0.304 0.172 0.022 22 D 0.129 0.321 0.269 0.159 0.080 0.037 0.005 23 A 0.032 0.061 0.127 0.267 0.303 0.191 0.021 24 G 0.226 0.340 0.218 0.132 0.067 0.016 0.001 25 T 0.124 0.304 0.275 0.186 0.083 0.026 0.003 26 A 0.033 0.051 0.096 0.215 0.348 0.224 0.033 27 E 0.086 0.247 0.278 0.236 0.115 0.036 0.002 28 K 0.129 0.311 0.281 0.196 0.061 0.020 0.002 29 Y 0.022 0.062 0.158 0.289 0.307 0.147 0.015 30 F 0.021 0.035 0.051 0.134 0.320 0.377 0.062 31 K 0.052 0.197 0.291 0.265 0.140 0.051 0.004 32 L 0.055 0.181 0.263 0.272 0.166 0.059 0.004 33 I 0.030 0.078 0.166 0.275 0.282 0.157 0.011 34 A 0.050 0.080 0.163 0.265 0.311 0.122 0.009 35 N 0.250 0.368 0.219 0.112 0.038 0.012 0.001 36 A 0.371 0.308 0.182 0.098 0.031 0.008 0.001 37 K 0.329 0.304 0.195 0.125 0.037 0.010 0.001 38 T 0.222 0.274 0.215 0.159 0.091 0.036 0.004 39 V 0.074 0.072 0.126 0.248 0.302 0.155 0.022 40 E 0.141 0.312 0.270 0.168 0.073 0.031 0.004 41 G 0.059 0.093 0.100 0.179 0.272 0.251 0.046 42 V 0.079 0.192 0.215 0.227 0.171 0.101 0.014 43 W 0.030 0.067 0.122 0.195 0.279 0.262 0.045 44 T 0.050 0.118 0.212 0.252 0.212 0.127 0.029 45 Y 0.043 0.067 0.136 0.230 0.279 0.213 0.032 46 K 0.314 0.338 0.183 0.103 0.045 0.016 0.002 47 D 0.372 0.340 0.152 0.085 0.037 0.013 0.001 48 E 0.148 0.282 0.217 0.208 0.098 0.042 0.005 49 I 0.032 0.073 0.157 0.267 0.286 0.168 0.018 50 K 0.050 0.115 0.184 0.246 0.243 0.144 0.019 51 T 0.073 0.145 0.198 0.207 0.204 0.144 0.028 52 F 0.034 0.038 0.064 0.163 0.258 0.346 0.096 53 T 0.090 0.186 0.213 0.192 0.169 0.127 0.023 54 V 0.063 0.079 0.136 0.240 0.234 0.203 0.045 55 T 0.279 0.231 0.182 0.152 0.097 0.051 0.007 56 E 0.487 0.230 0.115 0.096 0.050 0.021 0.002