# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.040 0.005 0.023 0.047 0.054 0.112 0.009 0.709 2 T 0.025 0.005 0.035 0.068 0.075 0.098 0.006 0.688 3 Y 0.042 0.007 0.088 0.162 0.232 0.135 0.006 0.328 4 K 0.026 0.005 0.163 0.249 0.278 0.071 0.003 0.205 5 L 0.007 0.005 0.191 0.298 0.351 0.026 0.002 0.118 6 I 0.005 0.007 0.313 0.251 0.371 0.012 0.002 0.039 7 L 0.003 0.011 0.391 0.262 0.270 0.013 0.002 0.047 8 N 0.005 0.029 0.161 0.237 0.411 0.032 0.003 0.122 9 L 0.019 0.022 0.140 0.099 0.391 0.055 0.008 0.267 10 K 0.031 0.028 0.042 0.051 0.101 0.246 0.012 0.489 11 Q 0.099 0.039 0.015 0.019 0.032 0.199 0.025 0.572 12 A 0.205 0.213 0.017 0.022 0.029 0.092 0.019 0.404 13 K 0.064 0.272 0.019 0.022 0.031 0.087 0.019 0.487 14 E 0.057 0.274 0.017 0.018 0.027 0.069 0.016 0.523 15 E 0.078 0.464 0.018 0.018 0.026 0.083 0.009 0.303 16 A 0.030 0.706 0.009 0.017 0.020 0.035 0.006 0.175 17 I 0.026 0.738 0.020 0.017 0.030 0.025 0.008 0.136 18 K 0.012 0.804 0.011 0.013 0.015 0.016 0.003 0.127 19 E 0.020 0.826 0.009 0.008 0.011 0.019 0.007 0.101 20 A 0.025 0.902 0.009 0.007 0.007 0.008 0.007 0.036 21 V 0.023 0.844 0.019 0.013 0.011 0.015 0.008 0.068 22 D 0.016 0.827 0.015 0.013 0.014 0.019 0.007 0.090 23 A 0.013 0.848 0.020 0.007 0.020 0.005 0.005 0.083 24 G 0.031 0.360 0.007 0.004 0.010 0.232 0.015 0.340 25 T 0.095 0.313 0.002 0.002 0.003 0.385 0.010 0.191 26 A 0.014 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 27 E 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.036 28 K 0.019 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.057 29 Y 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 30 F 0.007 0.963 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.018 31 K 0.004 0.961 0.005 0.002 0.003 0.003 0.002 0.019 32 L 0.004 0.964 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.019 33 I 0.010 0.957 0.004 0.004 0.004 0.002 0.004 0.015 34 A 0.017 0.929 0.010 0.007 0.007 0.003 0.006 0.020 35 N 0.046 0.753 0.017 0.015 0.017 0.017 0.031 0.103 36 A 0.210 0.443 0.034 0.017 0.018 0.024 0.071 0.183 37 K 0.223 0.280 0.025 0.023 0.012 0.050 0.104 0.283 38 T 0.249 0.041 0.090 0.027 0.023 0.069 0.119 0.383 39 V 0.106 0.036 0.234 0.074 0.075 0.113 0.016 0.346 40 E 0.008 0.009 0.080 0.049 0.073 0.057 0.004 0.719 41 G 0.016 0.017 0.114 0.128 0.170 0.057 0.008 0.489 42 V 0.083 0.006 0.123 0.094 0.154 0.069 0.008 0.462 43 W 0.007 0.004 0.066 0.115 0.092 0.040 0.002 0.674 44 T 0.023 0.008 0.048 0.185 0.382 0.101 0.004 0.250 45 Y 0.037 0.014 0.053 0.163 0.310 0.050 0.004 0.370 46 K 0.021 0.013 0.023 0.075 0.194 0.161 0.007 0.507 47 D 0.059 0.019 0.015 0.049 0.060 0.171 0.016 0.612 48 E 0.424 0.035 0.014 0.034 0.065 0.181 0.025 0.221 49 I 0.129 0.062 0.058 0.133 0.156 0.170 0.025 0.267 50 K 0.046 0.034 0.130 0.317 0.245 0.052 0.021 0.153 51 T 0.006 0.010 0.050 0.051 0.085 0.023 0.002 0.773 52 F 0.007 0.014 0.197 0.289 0.372 0.023 0.004 0.093 53 T 0.017 0.009 0.079 0.104 0.167 0.086 0.005 0.534 54 V 0.019 0.012 0.183 0.175 0.279 0.054 0.005 0.273 55 T 0.021 0.016 0.057 0.081 0.149 0.253 0.004 0.419 56 E 0.043 0.016 0.034 0.047 0.110 0.148 0.010 0.592